genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27844089--27844129	14	2.9	15	82	10	50	60	2	2	34	1.23
27846927--27847092	42	3.9	42	78	12	169	33	25	16	24	1.96
27847233--27847257	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
27847725--27847749	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
27851963--27852110	42	3.5	42	83	0	188	33	15	22	29	1.95
27853176--27853221	20	2.3	20	85	3	58	26	34	30	8	1.86
27860753--27860937	40	4.7	40	80	6	189	25	21	27	25	2.00
27860807--27860970	79	2.1	79	80	6	181	26	20	27	25	1.99
27868932--27869133	40	5.1	39	80	12	191	25	22	28	23	1.99
27884040--27884217	27	6.6	27	83	5	180	29	27	15	27	1.96
27884061--27884216	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27884699--27884724	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
27887114--27887226	41	2.7	41	80	10	106	25	18	28	27	1.98
27888984--27889474	47	10.6	47	92	3	798	29	28	8	33	1.86
27888984--27889474	139	3.5	141	93	3	818	29	28	8	33	1.86
27892894--27893173	40	7.1	40	89	1	420	25	28	21	24	1.99
27892894--27893173	119	2.3	120	89	1	420	25	28	21	24	1.99
27895409--27895842	47	8.8	48	78	13	418	28	29	7	33	1.85
27895531--27895741	109	1.9	111	93	6	367	27	27	7	36	1.84
27895479--27895775	158	1.8	164	94	5	534	28	29	8	34	1.86
27895643--27895842	96	2.1	94	96	3	368	30	29	8	32	1.86
27895820--27895896	26	2.7	30	75	22	76	40	27	0	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27898994--27899076	41	2.0	41	92	0	139	20	40	22	15	1.90
27900034--27900166	47	2.8	47	81	9	173	24	32	17	26	1.97
27903247--27903285	16	2.4	17	86	4	53	0	30	0	69	0.89
27907116--27907169	27	2.0	27	100	0	108	48	11	11	29	1.73
27907120--27907177	27	2.1	27	93	0	98	48	10	13	27	1.75
27909882--27910153	40	6.8	40	87	4	379	26	28	20	24	1.99
27909862--27910143	120	2.4	120	95	0	494	27	28	20	24	1.99
27911011--27911282	40	6.8	40	87	4	379	26	28	20	24	1.99
27910991--27911272	120	2.4	120	95	0	494	27	28	20	24	1.99
27919295--27919526	40	5.8	40	82	3	270	26	28	21	24	1.99
27919295--27919526	80	2.9	80	85	1	313	26	28	21	24	1.99
27919266--27919525	120	2.2	119	88	3	387	27	27	21	23	1.99
27940936--27941031	40	2.4	40	89	1	147	31	25	21	21	1.98
27947347--27947402	27	2.1	27	96	0	103	35	17	17	28	1.93
27953122--27953233	27	4.1	28	80	10	108	39	23	22	15	1.91
27961010--27961097	27	3.2	27	85	7	115	36	26	22	14	1.93
27961200--27961247	25	1.9	25	83	8	62	20	22	25	31	1.98
27963151--27963259	55	2.0	55	92	0	182	43	20	2	33	1.66
27964030--27964086	16	3.9	14	74	17	53	57	0	5	36	1.21
27964016--27964059	23	2.0	21	82	8	52	56	0	6	36	1.26
27968161--27968320	43	3.7	43	83	3	189	26	15	25	33	1.95
27978469--27978511	18	2.3	19	84	4	61	0	30	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27978740--27978773	3	11.3	3	87	0	50	32	0	2	64	1.08
27978729--27978772	21	2.1	21	87	4	63	34	0	2	63	1.07
27988447--27988515	21	3.3	20	72	6	66	42	20	23	14	1.89
27988483--27988562	42	1.9	42	87	5	117	46	16	20	17	1.84
27988720--27988872	76	2.0	76	100	0	306	45	13	3	37	1.62
27995110--27995146	19	2.0	19	89	5	58	70	0	0	29	0.88
27995436--27995526	35	2.5	37	91	8	150	36	15	10	37	1.83
27995436--27995526	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
27995875--27996058	44	4.1	45	71	13	162	26	26	16	30	1.97
27995998--27996214	78	2.8	78	94	0	380	23	25	20	30	1.98
27996156--27996745	220	2.7	220	90	0	930	26	22	18	32	1.97
28002020--28002281	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
28007288--28007322	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
28007588--28007632	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
28007604--28007682	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
28007625--28007680	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
28007611--28007682	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
28008692--28008818	7	17.7	7	70	11	51	42	33	0	22	1.60
28008693--28008876	14	12.9	14	68	13	63	43	31	1	23	1.63
28008746--28008796	21	2.5	20	84	9	66	37	39	1	21	1.65
28008753--28008799	21	2.2	22	92	3	78	36	42	2	19	1.63
28008975--28009129	7	21.7	7	71	3	67	40	36	1	21	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28009063--28009124	15	4.3	15	79	8	65	41	38	1	17	1.59
28009092--28009163	22	3.3	21	72	14	65	45	29	1	23	1.61
28009620--28009878	135	1.9	135	82	6	321	33	19	18	28	1.95
28009902--28010032	40	3.3	40	79	6	115	22	17	25	34	1.96
28015770--28015845	40	1.9	40	91	0	125	13	9	36	40	1.76
28023310--28023385	40	1.9	40	88	0	116	14	11	35	38	1.83
28026903--28028167	47	26.6	47	91	2	1726	28	29	9	33	1.88
28026903--28028167	96	13.3	95	92	3	1719	28	29	9	33	1.88
28026903--28028167	478	2.7	478	93	2	2133	28	29	9	33	1.88
28029433--28029611	85	2.1	85	96	0	331	25	28	8	37	1.85
28030715--28030787	21	3.4	21	73	1	65	46	16	21	15	1.83
28030679--28030814	42	3.2	42	79	4	132	41	17	22	17	1.90
28033522--28033577	28	2.0	28	96	0	103	21	10	23	44	1.83
28036950--28037067	35	3.3	35	83	1	128	44	31	11	13	1.79
28044352--28044408	26	2.2	26	83	3	69	26	17	19	36	1.94
28056471--28056564	9	10.6	9	78	6	93	28	10	19	41	1.84
28058915--28058951	18	2.1	18	89	0	56	29	2	0	67	1.04
28060585--28060722	40	3.5	40	80	0	150	31	14	20	34	1.92
28060687--28060918	79	2.9	78	85	1	320	32	15	20	30	1.94
28066239--28066326	26	3.4	25	71	10	79	45	2	2	50	1.27
28080202--28080339	70	2.0	70	95	0	249	45	20	13	21	1.84
28082329--28082355	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28085264--28085300	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
28085710--28085751	18	2.4	17	84	15	50	47	2	2	47	1.28
28086466--28086490	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28090452--28090603	43	3.6	41	75	4	124	32	24	13	30	1.93
28097972--28098125	41	3.7	41	81	6	175	29	23	16	31	1.96
28111079--28111126	24	2.0	25	87	4	71	35	16	22	25	1.95
28113887--28114001	53	2.2	53	88	3	169	28	15	26	28	1.96
28113865--28114032	53	3.1	55	79	16	149	26	14	27	30	1.95
28120039--28120072	17	2.0	17	88	0	50	26	14	5	52	1.64
28130487--28130527	21	2.0	21	85	0	55	19	21	14	43	1.87
28132715--28132762	22	2.2	22	85	7	62	79	2	10	8	1.02
28133926--28133974	25	2.0	25	83	0	62	28	12	4	55	1.55
28137791--28137859	33	2.1	32	97	2	129	44	7	11	36	1.68
28141365--28141426	18	3.5	17	78	12	54	27	3	0	69	1.04
28148071--28148101	16	1.9	16	93	0	53	19	3	0	77	0.90
28165305--28165367	13	4.9	13	86	1	92	31	7	23	36	1.84
28169183--28169228	20	2.3	20	88	0	65	26	10	17	45	1.81
28175688--28175753	23	2.9	23	75	8	71	24	12	19	43	1.85
28175660--28175753	46	2.0	46	83	4	118	21	13	20	44	1.86
28180051--28180083	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
28180418--28180462	19	2.4	19	100	0	90	35	4	22	37	1.74
28183437--28183477	22	1.9	22	90	5	66	29	19	2	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28185605--28185688	23	3.7	23	95	0	150	40	16	16	26	1.90
28188602--28188713	46	2.5	44	80	9	118	30	21	26	21	1.98
28192755--28192921	6	27.8	6	88	0	172	0	60	0	39	0.97
28192755--28192921	18	9.4	18	89	2	194	0	60	0	39	0.97
28197511--28197558	22	2.2	22	100	0	96	58	14	8	18	1.61
28204321--28204441	24	5.0	24	68	13	68	38	21	20	19	1.93
28216621--28216776	67	2.3	66	81	7	172	33	14	29	21	1.93
28234547--28234666	24	5.0	24	65	17	68	38	19	22	20	1.94
28234837--28234916	24	3.3	24	76	8	74	41	18	25	15	1.89
28238664--28238808	49	2.9	50	80	2	175	28	27	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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