genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78610739--78610804	27	2.4	27	71	0	69	40	22	6	30	1.78
78610795--78611160	27	13.6	27	85	1	421	36	18	19	25	1.94
78611535--78611584	22	2.3	23	79	10	59	22	28	18	32	1.97
78611741--78611805	27	2.4	27	79	5	78	20	21	23	35	1.96
78611953--78612048	6	15.7	6	74	16	81	17	17	16	47	1.82
78611959--78612028	31	2.3	31	89	0	104	17	20	17	45	1.85
78612773--78612806	17	2.0	17	88	0	50	41	2	8	47	1.50
78612896--78612965	29	2.4	30	80	2	79	35	4	17	42	1.69
78619935--78619960	6	4.3	6	100	0	52	61	0	0	38	0.96
78630120--78630187	3	22.7	3	100	0	136	33	0	0	66	0.92
78630340--78630388	23	2.0	26	88	11	77	48	0	20	30	1.50
78639765--78639893	63	2.0	63	100	0	258	47	12	10	29	1.75
78642053--78642092	21	1.9	21	85	10	55	22	7	15	55	1.65
78652014--78652056	13	3.5	13	87	6	63	34	0	0	65	0.93
78653403--78653431	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
78683869--78684153	46	6.6	44	70	15	168	31	21	20	26	1.98
78683865--78684244	170	2.2	170	86	6	518	31	21	21	26	1.98
78686036--78686100	18	3.4	18	89	6	85	32	7	0	60	1.25
78686207--78686279	30	2.5	30	80	8	87	30	12	2	54	1.51
78687745--78687772	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
78692073--78692611	44	11.6	44	73	12	335	33	18	18	28	1.95
78692162--78692535	51	7.8	51	72	12	202	33	18	19	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78692076--78692568	189	2.6	190	81	3	598	33	18	18	28	1.95
78697785--78697891	4	25.5	4	71	17	67	25	4	1	68	1.19
78697794--78698066	60	4.4	58	82	14	282	27	6	2	63	1.33
78697866--78698070	60	3.4	60	95	0	358	26	8	2	61	1.38
78700629--78700761	52	2.5	53	84	3	162	30	28	16	24	1.97
78707941--78708125	52	3.7	52	80	7	177	29	29	15	25	1.96
78707985--78708125	52	2.7	53	85	3	178	30	27	14	26	1.95
78709670--78709714	23	1.9	24	95	4	83	48	40	4	6	1.49
78709696--78709763	29	2.4	30	76	18	81	45	33	2	17	1.64
78710198--78710255	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
78711155--78711218	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
78711466--78711501	18	2.0	18	89	10	56	58	2	0	38	1.13
78714099--78714145	15	3.2	15	77	14	53	10	0	19	70	1.16
78716072--78716106	18	1.9	18	100	0	70	60	0	11	28	1.32
78716062--78716093	11	2.9	11	95	0	55	59	3	9	28	1.44
78717696--78717733	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
78719628--78719944	46	7.0	46	89	3	446	39	15	23	22	1.91
78719628--78719949	91	3.5	92	88	3	447	39	15	22	22	1.92
78719628--78719944	137	2.3	138	88	4	446	39	15	23	22	1.91
78722685--78722740	29	2.0	28	82	3	67	37	0	7	55	1.27
78724836--78725180	46	7.6	46	86	7	465	39	13	23	22	1.90
78724846--78725212	179	2.0	180	81	8	417	39	14	22	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78739667--78739731	27	2.4	27	84	0	85	32	13	13	40	1.85
78740084--78740118	18	1.9	18	94	0	61	14	20	20	45	1.85
78741609--78741634	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
78743304--78743389	9	9.6	9	77	0	91	38	1	18	41	1.58
78743296--78743530	27	8.6	27	70	9	111	36	1	18	44	1.58
78743374--78743486	43	2.6	44	88	7	167	35	0	15	47	1.52
78743419--78743504	9	9.6	9	77	5	84	32	0	20	46	1.51
78743295--78743504	18	11.8	18	75	8	142	35	1	18	44	1.59
78744014--78744098	39	2.2	40	82	2	100	64	8	1	25	1.28
78744114--78744156	23	2.0	21	90	9	68	69	0	2	27	1.00
78744085--78744159	29	2.7	27	80	12	80	68	0	1	30	0.98
78746130--78746345	108	2.0	108	90	0	342	30	21	18	29	1.97
78746945--78747002	30	1.9	30	85	0	80	41	24	3	31	1.71
78747270--78747317	14	3.4	14	76	2	51	47	25	2	25	1.62
78747296--78747338	7	6.1	7	81	10	52	44	23	0	32	1.54
78747221--78747338	21	5.5	21	71	7	58	48	22	1	27	1.60
78747434--78747561	41	3.2	39	68	16	116	23	20	14	42	1.88
78747405--78747573	82	2.1	82	96	0	311	22	19	14	43	1.87
78751990--78752055	20	3.1	21	81	12	64	54	6	0	39	1.25
78755674--78755719	20	2.2	21	92	3	76	39	2	23	34	1.67
78755763--78755929	74	2.2	75	78	3	176	23	22	22	31	1.98
78768841--78768895	22	2.5	21	82	8	74	43	0	12	43	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78769792--78769816	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
78771060--78771183	35	3.5	34	66	20	85	29	4	10	54	1.55
78771061--78771194	70	1.9	70	87	3	198	29	5	10	54	1.56
78772378--78772405	6	4.7	6	100	0	56	0	0	82	17	0.68
78776998--78777047	20	2.5	20	83	3	64	50	10	12	28	1.71
78777411--78777493	9	9.0	9	72	9	51	21	2	0	75	0.91
78777413--78777494	8	9.8	8	76	7	56	20	2	0	76	0.89
78777414--78777500	17	5.1	17	69	17	56	22	2	1	73	1.01
78777416--78777479	25	2.5	25	80	10	85	23	3	0	73	0.97
78777463--78777491	14	2.1	14	93	6	51	20	0	0	79	0.74
78777423--78777474	24	2.2	23	89	6	77	23	3	0	73	1.00
78777490--78777590	23	4.5	22	72	10	80	43	0	3	52	1.19
78777535--78777605	11	6.4	11	73	17	58	39	0	1	59	1.06
78777535--78777614	33	2.4	33	85	8	99	41	0	1	57	1.07
78777576--78777644	22	3.1	22	83	10	79	43	0	1	55	1.08
78777688--78777725	19	2.0	20	89	5	60	36	0	0	63	0.95
78777676--78777758	28	3.1	26	74	20	73	37	0	1	61	1.04
78777716--78777748	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
78777724--78777761	11	3.1	12	85	14	51	39	0	0	60	0.97
78777972--78778014	19	2.2	19	87	4	59	55	0	2	41	1.12
78778024--78778059	16	2.3	16	95	4	65	58	0	5	36	1.22
78778023--78778060	15	2.5	15	88	12	60	55	0	5	39	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78778609--78778645	12	2.7	14	84	16	51	62	0	0	37	0.96
78778688--78778720	13	2.5	13	85	14	50	78	0	0	21	0.75
78793915--78793961	12	3.5	13	78	16	51	6	19	0	74	1.03
78797418--78797442	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
78800318--78800348	14	2.2	14	94	0	53	35	16	6	41	1.74
78819063--78819087	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
78819115--78819154	20	2.0	20	85	0	53	72	7	2	17	1.19
78819172--78819231	27	2.2	27	84	0	75	25	6	21	46	1.75
78819172--78819230	18	3.3	18	87	0	82	25	6	22	45	1.76
78821292--78821322	3	10.3	3	92	0	53	0	29	0	70	0.87
78821481--78821548	31	2.2	31	82	7	77	23	7	19	50	1.72
78824473--78824565	42	2.2	42	86	3	125	33	22	33	10	1.89
78829762--78829807	22	2.0	22	83	4	56	41	13	0	45	1.43
78831373--78831466	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
78835879--78835972	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
78836834--78836902	3	23.3	3	77	14	54	33	7	59	0	1.25
78836834--78836903	24	2.9	24	89	4	97	34	7	58	0	1.25
78841185--78842345	591	2.0	592	87	1	1664	25	20	20	33	1.97
78856281--78856362	42	2.0	42	97	0	155	20	20	18	40	1.92
78858798--78858862	28	2.3	28	94	2	112	35	26	10	27	1.90
78863026--78863067	16	2.6	16	81	7	50	64	4	7	23	1.38
78863065--78863134	9	7.8	9	72	15	56	72	2	22	1	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78863102--78863135	17	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
78864572--78864607	17	2.1	17	100	0	72	27	13	22	36	1.92
78866780--78866830	19	2.7	20	84	6	70	52	5	1	39	1.37
78868775--78868847	18	3.9	19	77	10	71	68	0	2	28	1.03
78868775--78868847	37	2.0	37	81	5	85	68	0	2	28	1.03
78868773--78868886	10	11.7	10	71	15	78	65	1	2	29	1.16
78869405--78869461	29	2.0	29	82	6	71	31	1	0	66	1.02
78869415--78869489	22	3.7	21	81	12	70	29	0	1	69	0.97
78869414--78869499	9	8.6	10	76	17	65	30	0	1	68	0.97
78869433--78869510	31	2.5	31	83	8	88	30	1	1	66	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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