genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28242892--28243069	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28242893--28243048	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28242889--28243069	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28255279--28255436	42	3.7	41	83	5	165	31	27	18	23	1.97
28255279--28255437	43	3.7	42	80	7	169	31	27	18	23	1.97
28264760--28264813	25	2.2	25	100	0	108	22	14	33	29	1.94
28274201--28274234	11	3.0	11	91	4	50	67	0	0	32	0.91
28274200--28274249	12	4.2	13	78	21	56	64	0	0	36	0.94
28274206--28274240	11	3.1	11	91	4	52	68	0	0	31	0.90
28279899--28280007	43	2.6	42	84	5	139	30	17	22	29	1.97
28280098--28280136	20	2.0	20	84	0	51	33	2	28	35	1.71
28281239--28281298	30	2.0	30	96	0	111	18	13	21	46	1.83
28282600--28282633	16	2.1	17	94	5	61	79	11	0	8	0.94
28283919--28283965	19	2.3	21	85	7	62	25	17	25	31	1.97
28285573--28285599	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
28286082--28286259	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28286083--28286238	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28286079--28286259	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28297287--28297318	16	2.0	16	93	0	55	40	28	25	6	1.79
28298401--28298467	33	2.0	33	100	0	134	32	8	23	34	1.86
28304269--28304397	46	2.8	46	95	0	222	20	21	27	30	1.98
28313326--28313352	9	3.0	9	100	0	54	55	0	22	22	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28317788--28317866	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
28317987--28318160	47	3.7	47	89	3	226	27	30	9	32	1.88
28333404--28333435	16	2.0	16	100	0	64	12	12	31	43	1.80
28335451--28335501	26	2.0	26	92	0	84	29	7	19	43	1.79
28336998--28337035	18	2.1	18	85	9	51	28	7	2	60	1.38
28337755--28337794	21	1.9	21	85	10	55	52	2	0	45	1.14
28337774--28337831	29	2.0	30	83	10	75	48	1	3	46	1.29
28338220--28338282	31	2.0	31	100	0	126	60	19	3	17	1.49
28338825--28339934	554	2.0	554	93	0	1898	34	21	14	28	1.94
28340885--28341134	51	4.9	51	89	1	376	30	24	13	32	1.94
28342803--28342889	39	2.3	37	79	15	88	51	1	5	41	1.33
28347314--28347395	28	2.9	28	88	0	128	28	25	12	34	1.92
28365952--28366103	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
28365952--28366103	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
28365952--28366103	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
28369031--28369283	68	3.9	64	78	9	181	24	27	18	30	1.98
28390880--28391042	46	3.5	46	76	14	181	22	19	27	30	1.98
28398712--28398750	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
28410210--28410395	40	4.7	40	86	5	234	26	26	21	24	1.99
28418139--28418323	40	4.7	40	83	6	225	25	27	23	24	2.00
28418139--28418323	79	2.3	82	83	7	229	25	27	23	24	2.00
28423187--28423226	3	13.3	3	94	0	71	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28428887--28428941	23	2.5	22	82	8	60	63	7	0	29	1.21
28429148--28429193	15	2.9	15	83	6	56	65	0	6	28	1.17
28429186--28429256	15	4.9	14	73	19	56	64	1	8	25	1.30
28438094--28438123	8	3.8	8	95	0	51	23	30	40	6	1.80
28441468--28441699	40	5.8	40	91	1	288	23	20	28	27	1.99
28444991--28445057	30	2.2	30	97	0	125	19	23	31	25	1.98
28453055--28453103	20	2.4	20	82	3	62	12	26	18	42	1.85
28462456--28462519	30	2.1	31	88	2	94	34	9	21	34	1.86
28463274--28463395	47	2.6	47	94	0	208	35	13	24	26	1.93
28463382--28463581	55	3.7	54	82	5	217	35	18	24	21	1.95
28463385--28463581	53	3.6	54	81	6	211	35	18	24	21	1.95
28469964--28470084	47	2.6	47	95	0	215	35	14	24	25	1.93
28470064--28470260	55	3.6	54	80	8	204	36	17	23	21	1.95
28470075--28470271	53	3.6	54	80	6	193	35	17	24	22	1.95
28475825--28476044	48	4.6	48	83	10	222	28	30	15	25	1.96
28475828--28476096	143	1.9	141	82	9	339	27	30	16	25	1.97
28487183--28487367	79	2.3	81	82	7	218	25	22	26	25	2.00
28487183--28487367	40	4.7	40	84	6	216	25	22	26	25	2.00
28487236--28487400	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
28495113--28495296	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
28495113--28495296	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
28495166--28495329	78	2.1	79	83	7	201	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28502644--28502828	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
28502645--28502828	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
28502697--28502861	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
28514502--28514552	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
28523926--28523971	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
28523938--28523981	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
28527553--28527718	43	3.9	43	85	1	199	24	15	28	31	1.95
28527649--28527745	43	2.3	43	83	0	122	26	18	25	28	1.98
28527552--28527745	86	2.3	85	78	4	201	25	15	27	30	1.96
28528107--28528133	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
28548610--28548929	3	107.3	3	70	12	187	31	7	1	59	1.34
28548610--28548730	44	2.7	44	82	3	145	32	6	1	59	1.33
28552562--28552618	15	3.7	15	79	4	60	28	15	0	56	1.40
28552569--28552619	16	3.2	16	80	2	59	23	15	0	60	1.35
28553792--28553822	11	2.9	11	95	4	55	22	0	0	77	0.77
28555003--28555064	31	2.0	31	100	0	124	35	3	16	45	1.63
28555897--28555921	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
28566221--28566265	22	2.0	22	100	0	90	46	13	17	22	1.83
28571791--28571865	22	3.4	22	74	3	62	16	14	13	56	1.69
28577583--28577744	42	3.8	43	76	12	154	27	19	24	29	1.98
28577867--28577907	18	2.3	18	91	4	66	41	2	14	41	1.59
28581304--28581344	20	2.3	18	84	16	50	73	4	4	17	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28585188--28585256	30	2.3	31	85	7	88	47	2	20	28	1.64
28585510--28585534	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
28592556--28592736	40	4.6	40	90	2	269	26	24	27	21	1.99
28598122--28598154	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
28598768--28598805	17	2.1	19	90	9	62	0	23	0	76	0.79
28601741--28601811	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
28601741--28601834	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
28602047--28602164	58	2.0	58	100	0	236	30	25	11	32	1.92
28603052--28603163	27	4.1	27	78	7	111	16	21	23	39	1.92
28603053--28603159	54	2.0	54	83	3	135	16	20	22	40	1.91
28606464--28606491	14	2.0	14	100	0	56	50	28	7	14	1.69
28619493--28619613	65	1.9	64	88	6	183	52	16	5	24	1.65
28625205--28625258	26	2.1	26	100	0	108	46	3	18	31	1.67
28631362--28631528	39	4.2	40	91	1	275	23	17	28	29	1.97
28631362--28631528	79	2.1	79	91	2	273	23	17	28	29	1.97
28654205--28654332	62	2.1	62	96	0	238	27	11	25	35	1.91
28654282--28654474	43	4.5	44	82	2	196	26	16	24	33	1.96
28657665--28657707	21	2.0	21	86	0	59	46	23	11	18	1.82
28661281--28661591	49	6.5	50	75	11	217	27	18	28	24	1.98
28661327--28661588	98	2.7	95	81	6	262	27	18	28	25	1.98
28668480--28668518	18	2.2	19	86	9	55	20	25	41	12	1.88
28668634--28668850	27	8.1	27	81	4	224	25	11	18	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28668634--28668841	81	2.6	81	84	0	272	25	11	18	44	1.83
28669162--28669205	18	2.4	18	92	7	72	20	15	18	45	1.85
28670354--28670392	20	1.9	21	85	15	55	51	2	5	41	1.38
28672907--28672957	25	2.0	25	81	7	59	31	17	19	31	1.95
28673057--28673125	25	2.8	25	88	0	102	26	24	23	26	2.00
28673057--28673152	25	3.9	24	80	10	72	28	22	22	26	1.99
28673347--28673430	31	2.7	31	85	1	125	30	16	26	26	1.97
28683618--28683662	4	10.8	4	82	17	56	73	0	4	22	1.01
28683618--28683665	17	2.8	17	85	14	64	72	0	4	22	1.01
28683619--28683674	17	3.3	17	77	7	60	69	1	5	23	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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