genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78869441--78869508	11	6.5	10	75	13	57	32	1	1	64	1.11
78869433--78869531	31	3.2	30	79	13	85	28	3	2	66	1.17
78870621--78870654	16	2.2	16	90	10	54	64	0	0	35	0.94
78874349--78874456	15	7.2	15	63	12	51	46	6	20	26	1.75
78874345--78874456	30	3.7	30	91	0	179	47	6	20	25	1.73
78879039--78879146	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
78879033--78879156	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
78883275--78883315	18	2.2	19	83	12	50	51	12	0	36	1.40
78883698--78883740	22	1.9	23	90	4	70	48	2	4	44	1.36
78893102--78893133	14	2.3	14	94	0	55	31	6	21	40	1.78
78896875--78896974	43	2.3	43	86	3	130	22	19	22	37	1.95
78903452--78903508	28	2.0	29	86	10	82	35	8	0	56	1.31
78908023--78908196	87	2.0	87	98	0	339	29	21	14	34	1.93
78913817--78913841	6	4.2	6	100	0	50	0	52	16	32	1.44
78917020--78917070	25	2.0	25	100	0	102	41	15	11	31	1.83
78919695--78919743	9	5.0	9	81	13	53	53	0	0	46	1.00
78919701--78919742	22	1.9	22	85	9	59	52	0	0	47	1.00
78919700--78919748	22	2.2	21	80	16	55	51	0	0	48	1.00
78919700--78919749	23	2.3	23	79	6	59	52	0	0	48	1.00
78941708--78941734	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
78950721--78950781	31	2.0	31	96	0	113	9	14	0	75	1.04
78950721--78950769	15	3.1	17	77	17	68	12	16	0	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78950726--78950787	15	4.1	15	77	20	67	6	14	0	79	0.93
78957288--78957353	30	2.2	28	82	12	71	30	4	3	62	1.30
78960965--78960993	8	3.6	8	100	0	58	10	13	0	75	1.04
78973423--78973467	17	2.6	17	78	0	54	31	0	8	60	1.28
78977318--78977387	33	2.1	33	97	0	131	44	2	12	40	1.58
78983559--78983634	26	2.9	26	94	3	100	35	23	6	34	1.81
78984546--78984588	21	2.0	21	81	4	50	53	2	0	44	1.13
78988809--78988911	44	2.3	45	84	3	127	31	22	12	33	1.91
78988831--78988916	46	1.9	44	88	4	127	30	25	12	31	1.93
78990397--78990462	33	2.0	33	96	0	123	31	15	22	30	1.95
78993545--78993576	15	2.1	15	100	0	64	31	12	6	50	1.65
78999796--78999836	12	3.7	12	75	18	52	51	19	19	9	1.74
78999792--78999844	21	2.5	21	100	0	106	54	16	20	7	1.66
79005221--79005262	22	1.9	22	85	0	57	59	0	0	40	0.97
79005504--79005547	21	2.1	21	87	8	63	22	4	6	65	1.35
79011628--79011678	15	3.4	15	91	0	84	21	41	15	21	1.90
79013013--79013037	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
79015287--79015357	33	2.2	33	100	0	142	26	22	29	21	1.99
79017193--79017235	16	2.6	17	89	10	72	4	6	9	79	1.06
79017409--79017442	15	2.3	15	100	0	68	32	0	32	35	1.58
79032584--79032913	67	5.2	63	73	19	256	30	16	29	23	1.96
79032557--79032803	123	2.0	123	100	0	494	30	15	28	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79032731--79032913	63	2.8	63	75	13	176	28	17	31	22	1.97
79036474--79036523	24	2.1	24	100	0	100	50	0	12	38	1.40
79036474--79036533	24	2.5	23	92	7	86	51	1	10	36	1.45
79037071--79037124	13	4.1	13	76	4	54	18	24	9	48	1.77
79039827--79039853	4	6.8	4	100	0	54	51	25	0	22	1.48
79044295--79044324	8	3.8	8	95	0	51	50	16	0	33	1.46
79047467--79047512	6	7.3	6	85	9	65	52	13	0	34	1.40
79047467--79047509	14	3.2	14	93	6	72	53	11	0	34	1.37
79051436--79052053	323	1.9	327	92	3	1041	49	6	3	40	1.46
79052458--79052499	21	2.0	21	86	4	59	73	0	19	7	1.05
79061623--79061660	19	2.0	19	85	10	51	55	0	0	44	0.99
79061677--79061712	17	2.1	17	89	0	54	69	2	2	25	1.15
79086287--79086330	24	1.9	24	86	9	65	6	15	9	68	1.38
79088063--79088101	17	2.3	17	100	0	78	28	10	35	25	1.89
79089993--79090040	21	2.2	22	77	3	53	2	12	14	70	1.25
79090300--79090359	22	2.7	22	84	0	84	25	48	11	15	1.78
79102271--79102667	73	5.3	73	76	9	377	26	17	21	34	1.96
79102131--79102421	159	1.8	159	88	1	451	28	17	21	31	1.96
79102129--79102651	232	2.3	230	84	4	651	28	17	21	32	1.96
79102343--79103022	159	4.1	162	77	10	607	27	17	20	35	1.94
79102661--79102825	74	2.2	74	91	4	262	29	13	18	38	1.89
79102824--79102991	80	2.1	80	92	1	273	29	19	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79102753--79103160	176	2.2	181	81	10	436	29	17	19	33	1.94
79103015--79103182	89	1.9	90	83	3	223	29	17	19	33	1.95
79103329--79103537	52	3.9	51	73	13	161	32	22	15	30	1.94
79103967--79104029	22	2.9	22	87	0	99	25	50	11	12	1.73
79107272--79107299	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
79109210--79109244	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
79109501--79109558	22	2.6	22	81	7	64	41	15	5	37	1.70
79109530--79109608	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
79109551--79109606	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
79109537--79109608	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
79109726--79109766	21	2.0	21	85	0	55	9	2	14	73	1.19
79109959--79110156	45	4.5	45	89	3	285	22	29	15	32	1.95
79109959--79110140	87	2.1	89	90	3	287	23	29	15	31	1.95
79110170--79110464	78	3.8	78	86	3	423	23	23	20	32	1.97
79115430--79115462	15	2.2	15	100	0	66	15	33	0	51	1.43
79120529--79120564	17	2.1	17	90	10	56	66	0	0	33	0.92
79120847--79120925	35	2.2	37	84	13	112	34	16	11	37	1.85
79120886--79120923	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
79120854--79120925	19	3.9	19	87	10	114	34	15	12	37	1.85
79121561--79121603	23	1.9	22	85	4	59	53	0	18	27	1.45
79124972--79125053	41	2.0	41	100	0	164	39	2	26	31	1.70
79127878--79127908	15	2.1	15	100	0	62	48	25	12	12	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79138754--79138819	34	1.9	34	96	0	123	53	7	15	24	1.68
79140858--79140927	21	3.4	21	76	7	81	31	25	14	28	1.95
79142593--79142631	20	2.0	19	90	5	60	64	0	5	30	1.15
79142621--79142656	19	1.9	19	88	5	56	47	5	2	44	1.41
79145284--79145391	43	2.5	43	83	3	137	27	15	21	35	1.94
79147301--79147353	25	2.0	26	82	7	63	52	3	1	41	1.30
79153628--79153693	21	3.2	21	72	20	59	33	24	12	30	1.91
79153636--79153703	21	3.3	20	81	8	75	33	23	13	29	1.93
79155978--79156149	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
79155971--79156146	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
79161569--79161610	18	2.3	19	87	4	59	47	19	14	19	1.82
79170237--79170281	19	2.3	20	84	7	65	53	4	0	42	1.21
79193992--79194241	131	1.9	131	88	0	374	30	19	18	31	1.96
79199639--79199713	32	2.3	32	90	4	114	57	5	5	32	1.44
79206822--79206856	16	2.2	17	90	10	56	60	14	5	20	1.54
79207249--79207298	26	1.9	26	84	8	66	48	2	0	50	1.12
79207565--79207613	24	2.0	24	96	0	89	30	6	4	59	1.41
79209825--79209886	29	2.1	29	100	0	124	32	19	11	37	1.87
79211202--79211237	18	2.0	18	100	0	72	22	33	5	38	1.77
79222418--79222565	73	2.0	73	96	0	269	20	25	25	28	1.99
79223185--79223227	13	3.3	12	78	15	50	65	2	2	30	1.18
79224002--79224086	36	2.4	36	81	13	95	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79231555--79231594	20	2.0	20	85	9	55	20	32	0	47	1.50
79237063--79237129	35	1.9	35	100	0	134	16	49	11	22	1.78
79237507--79237557	9	6.0	8	80	11	57	80	3	1	13	0.94
79237643--79237677	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
79238153--79238179	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
79242832--79242893	14	4.6	13	78	7	61	85	6	6	1	0.80
79242827--79242893	25	2.7	26	84	11	79	85	5	7	1	0.81
79245149--79245312	54	3.0	54	87	7	237	29	16	17	36	1.92
79245278--79245509	127	1.8	127	87	3	351	31	17	21	30	1.96
79245405--79245590	74	2.5	74	93	1	329	32	16	22	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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