genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81018433--81018466	4	8.5	4	86	0	50	20	2	2	73	1.09
81020609--81020888	38	7.3	38	86	3	380	30	26	21	21	1.99
81020609--81020888	78	3.6	76	85	2	380	30	26	21	21	1.99
81020608--81020888	116	2.4	116	94	0	481	29	26	22	21	1.99
81021991--81022048	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
81021992--81022049	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
81021994--81022049	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
81023370--81023404	16	2.1	17	89	5	54	40	0	11	48	1.39
81034227--81034335	37	3.0	37	95	2	195	24	20	16	38	1.92
81034299--81034665	46	7.6	46	87	7	446	28	22	14	34	1.93
81034342--81034659	52	6.3	52	86	7	426	28	22	13	34	1.93
81034299--81034651	196	1.8	196	92	0	607	28	22	14	34	1.93
81034299--81034665	98	3.7	97	85	9	501	28	22	14	34	1.93
81037980--81038010	15	2.1	15	93	0	53	22	22	41	12	1.88
81038692--81038727	17	2.1	17	90	10	56	0	27	2	69	1.02
81040772--81040798	12	2.2	12	100	0	54	22	18	22	37	1.95
81041881--81041910	15	2.0	15	100	0	60	13	40	0	46	1.43
81043524--81043573	25	2.0	24	84	3	64	28	2	8	62	1.35
81057011--81057078	21	3.3	20	67	27	52	25	0	7	67	1.16
81058722--81058775	27	2.0	27	100	0	108	44	18	7	29	1.77
81063333--81063382	13	4.2	12	76	18	52	68	0	4	28	1.08
81063409--81063462	23	2.4	23	82	11	60	59	7	1	31	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81063412--81063482	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
81065142--81065583	95	4.7	94	92	3	719	28	21	19	30	1.98
81065142--81065583	189	2.3	189	92	3	737	28	21	19	30	1.98
81080357--81080513	38	3.9	38	84	12	215	34	17	23	24	1.96
81080395--81080557	46	3.7	45	77	14	171	38	16	22	22	1.93
81080346--81080547	84	2.4	84	91	1	316	38	15	22	23	1.93
81080818--81080864	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
81085904--81085989	40	2.2	40	95	0	154	23	19	27	29	1.98
81091808--81091842	17	2.1	17	88	0	52	17	17	17	48	1.81
81093131--81093190	29	2.0	30	87	3	86	26	8	30	35	1.86
81093234--81093272	18	2.3	18	86	8	55	69	7	7	15	1.35
81101546--81101596	26	2.0	26	88	3	77	64	1	0	33	1.05
81101558--81101606	26	2.0	24	92	8	80	63	4	0	32	1.13
81101589--81101621	12	2.8	12	86	4	50	75	6	0	18	1.00
81101561--81101622	26	2.6	25	80	12	67	69	4	0	25	1.08
81103249--81103286	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
81107877--81107944	21	3.2	21	82	0	82	20	33	26	19	1.96
81108440--81108480	4	10.2	4	100	0	82	26	0	0	73	0.84
81110377--81110444	31	2.2	31	89	0	100	32	10	11	45	1.74
81110976--81111009	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
81114326--81114405	21	3.8	21	70	8	72	26	28	30	15	1.96
81115157--81115184	8	3.5	8	100	0	56	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81120120--81120403	132	2.2	132	87	3	403	30	19	17	31	1.96
81120120--81120487	132	2.8	132	82	2	375	29	19	19	32	1.96
81120298--81120649	129	2.7	128	77	4	305	27	19	17	34	1.95
81120146--81120716	132	4.4	132	78	7	344	26	19	19	33	1.96
81122092--81122155	28	2.2	29	81	10	78	40	0	4	54	1.21
81130904--81130971	34	2.0	34	94	0	118	16	29	20	33	1.94
81134169--81134222	22	2.6	21	82	8	65	35	11	11	42	1.76
81136767--81136843	38	2.0	38	92	0	127	27	28	15	28	1.96
81140429--81140461	10	3.3	10	84	16	50	60	0	3	36	1.12
81140429--81140472	17	2.6	18	85	7	56	63	0	2	34	1.07
81140429--81140539	20	5.6	20	69	17	70	61	1	2	34	1.21
81140495--81140558	21	3.1	21	77	18	64	64	0	4	31	1.14
81143768--81143807	19	2.2	19	90	4	64	70	0	30	0	0.88
81144632--81144703	24	3.0	25	72	11	60	19	23	18	38	1.93
81144831--81144919	24	3.7	25	80	5	94	15	25	20	38	1.92
81144890--81144984	25	3.8	24	71	10	84	18	27	21	32	1.97
81148961--81149051	46	2.0	45	81	10	105	26	14	3	56	1.54
81148989--81149070	21	3.9	21	73	17	71	23	12	6	58	1.56
81149994--81150049	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
81156033--81156112	26	3.1	26	92	0	142	30	6	26	37	1.81
81160007--81160087	36	2.3	34	80	14	94	33	1	20	44	1.60
81162403--81162465	23	2.7	22	78	11	63	0	33	1	65	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81162404--81162469	26	2.6	24	77	15	71	0	31	1	66	1.01
81164360--81164404	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
81164610--81164655	20	2.4	19	88	3	65	36	0	2	60	1.09
81164857--81164904	24	1.9	26	84	16	66	35	0	6	58	1.23
81168593--81168664	29	2.4	29	84	9	83	50	18	12	19	1.78
81170233--81170281	25	1.9	26	84	12	66	53	2	2	42	1.24
81177775--81177815	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
81177816--81177848	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
81178452--81178529	39	2.0	39	97	0	147	52	17	6	23	1.67
81180251--81180293	22	1.9	23	85	4	61	23	46	20	9	1.79
81181945--81181988	18	2.7	16	86	10	54	25	9	6	59	1.53
81182535--81182785	131	1.9	132	86	0	360	29	20	19	30	1.97
81182535--81182816	131	2.1	132	83	0	350	31	19	17	31	1.95
81183809--81183861	25	2.1	25	83	13	65	30	5	7	56	1.50
81184186--81184237	22	2.3	24	83	9	65	30	1	7	59	1.36
81197704--81197774	16	4.4	16	87	0	106	38	7	26	28	1.82
81197756--81197861	44	2.5	41	75	16	101	32	4	26	36	1.77
81197882--81197937	28	2.0	28	100	0	112	32	21	14	32	1.93
81197968--81198134	58	2.9	57	81	8	171	53	3	1	41	1.26
81204982--81205028	18	2.4	19	79	13	51	44	8	2	44	1.46
81206515--81206545	12	2.6	12	94	0	53	3	22	9	64	1.38
81213780--81213817	20	1.9	20	88	0	58	31	0	7	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81220183--81220210	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
81220744--81220789	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
81223413--81223550	73	1.9	73	92	0	231	21	32	13	31	1.93
81224811--81224837	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
81230943--81230982	19	2.0	20	90	4	64	32	0	2	65	1.06
81234027--81234223	92	2.2	91	89	0	295	25	15	25	33	1.95
81234118--81234487	132	2.8	132	94	0	641	24	16	25	33	1.96
81234731--81234778	21	2.3	21	77	0	51	27	2	25	45	1.64
81234821--81234869	22	2.2	21	82	10	62	18	0	28	53	1.45
81234832--81234875	22	2.0	22	90	0	70	13	0	36	50	1.42
81234967--81235008	22	1.9	22	85	9	59	14	0	35	50	1.43
81235042--81235095	14	3.9	14	80	4	65	12	1	38	46	1.53
81235014--81235095	21	3.8	21	76	7	67	17	2	32	47	1.60
81235502--81235667	47	3.5	47	94	0	296	34	16	15	33	1.90
81238567--81238955	37	10.6	36	70	11	164	25	20	13	39	1.90
81238606--81238959	73	4.8	72	76	10	292	25	21	14	38	1.92
81238606--81238856	111	2.3	109	83	6	328	24	22	14	38	1.91
81238566--81238953	184	2.1	185	83	6	484	25	20	14	39	1.90
81238606--81238893	111	2.6	109	80	9	275	25	21	14	38	1.92
81238606--81238959	37	9.6	36	74	14	165	25	21	14	38	1.92
81240265--81240309	21	2.1	21	84	8	56	37	0	17	44	1.49
81240622--81240688	25	2.7	25	79	2	64	16	23	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81242284--81242310	11	2.5	11	100	0	54	29	0	18	51	1.46
81243251--81243284	17	2.0	17	88	0	50	76	0	23	0	0.79
81245195--81245222	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
81245377--81245656	46	6.0	46	86	5	366	40	13	23	23	1.90
81245386--81245704	96	3.4	95	88	3	407	41	13	23	22	1.89
81247634--81247747	43	2.7	42	77	9	113	49	9	5	35	1.58
81248582--81248665	41	2.0	41	90	0	132	51	13	13	22	1.75
81249300--81249342	11	3.7	11	79	11	50	37	4	6	51	1.50
81252071--81252118	14	3.7	13	81	15	55	22	0	4	72	1.01
81252069--81252128	25	2.4	26	83	8	72	23	0	5	71	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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