genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25280570--25280607	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
25280569--25280606	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
25284181--25284215	18	1.9	18	100	0	70	42	22	0	34	1.54
25287535--25287922	40	9.7	40	96	0	704	22	26	20	31	1.98
25296387--25296814	40	10.7	40	95	0	748	22	26	20	30	1.98
25299859--25299898	16	2.4	17	87	4	55	52	0	2	45	1.14
25301886--25301927	20	2.1	20	95	0	75	9	2	45	42	1.49
25304263--25304303	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
25310873--25311134	47	5.6	46	75	8	192	24	27	19	29	1.98
25310964--25311077	46	2.5	46	78	7	115	26	28	19	26	1.99
25310884--25311093	93	2.3	93	78	10	225	24	28	19	28	1.98
25313294--25313417	27	4.6	27	81	6	135	43	20	7	28	1.78
25313373--25313472	27	3.6	27	80	5	83	47	18	6	29	1.72
25313429--25313480	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
25313521--25313599	27	2.9	27	85	9	106	35	20	20	24	1.96
25313532--25313611	27	3.0	28	85	10	105	33	18	22	25	1.97
25314757--25314803	25	2.0	24	83	8	60	31	25	19	23	1.98
25314851--25314890	20	2.1	19	90	9	64	37	10	20	32	1.85
25314941--25315032	23	4.0	23	90	2	148	27	20	20	31	1.98
25314935--25315054	23	5.0	24	84	5	138	30	20	20	28	1.97
25314935--25315054	47	2.5	49	84	9	158	30	20	20	28	1.97
25318075--25318201	27	4.7	27	79	5	132	44	19	7	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25318157--25318256	27	3.6	27	80	5	83	47	17	6	30	1.71
25318209--25318264	27	2.1	26	87	9	78	39	10	10	39	1.75
25318305--25318383	27	2.9	27	83	9	97	34	20	21	24	1.97
25318319--25318398	27	3.0	27	84	10	87	32	18	23	25	1.97
25319631--25319671	20	2.0	20	90	0	64	31	12	21	34	1.91
25319721--25319838	23	5.0	24	90	5	170	27	20	22	29	1.98
25319722--25319817	47	2.1	46	94	2	165	28	19	20	31	1.97
25331026--25331310	144	2.0	144	84	2	376	26	17	29	25	1.97
25331036--25331310	48	5.7	48	79	4	259	26	18	30	24	1.98
25336877--25336942	33	2.0	33	87	0	96	25	24	21	28	1.99
25337321--25337549	27	8.5	27	82	1	273	24	20	18	36	1.95
25337321--25337669	54	6.7	54	80	9	382	23	21	19	35	1.96
25337321--25337669	81	4.5	81	79	9	409	23	21	19	35	1.96
25337535--25337565	16	1.9	16	100	0	62	19	32	9	38	1.84
25337547--25337669	27	4.6	27	90	0	201	23	24	19	32	1.97
25337505--25337592	43	2.1	42	89	2	131	25	25	14	35	1.94
25341105--25341191	43	2.1	43	82	8	108	28	21	26	22	1.99
25342554--25342578	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
25348385--25348494	40	2.8	40	90	0	175	24	18	28	29	1.98
25356110--25356227	40	3.0	40	93	0	200	22	19	29	28	1.98
25364653--25364716	29	2.2	30	88	2	94	25	12	29	32	1.92
25368180--25368204	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25372113--25372295	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
25372114--25372297	40	4.6	39	82	9	203	23	22	28	25	1.99
25372166--25372330	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
25377571--25377682	42	2.6	42	82	9	122	23	19	26	30	1.98
25380618--25380795	46	3.8	45	75	15	157	21	29	20	28	1.98
25380625--25380798	94	1.9	92	83	9	228	22	29	20	27	1.98
25399124--25399282	43	3.7	42	79	7	142	20	19	28	30	1.97
25399124--25399231	44	2.5	42	82	10	130	19	21	27	31	1.97
25402318--25402476	42	3.7	42	77	9	169	20	18	27	32	1.97
25402317--25402481	85	1.9	86	85	8	230	20	18	27	33	1.96
25412403--25412553	27	5.6	27	83	4	169	29	28	15	27	1.96
25412403--25412552	82	1.8	81	88	4	230	29	28	15	26	1.96
25428038--25428248	40	5.3	40	90	1	318	23	26	22	27	2.00
25437841--25438108	46	5.7	46	78	11	210	23	29	19	27	1.98
25437842--25438116	94	2.9	91	81	10	265	24	29	18	26	1.98
25440366--25440647	48	5.8	49	75	7	245	27	26	17	29	1.97
25440363--25440647	96	2.9	96	86	5	369	27	26	17	29	1.97
25446804--25446842	17	2.3	17	81	0	51	35	28	12	23	1.91
25447117--25447156	21	2.0	21	90	5	64	22	22	40	15	1.91
25448387--25448555	48	3.5	47	77	12	182	27	27	15	29	1.96
25450153--25450204	8	6.5	8	77	0	50	46	13	21	19	1.84
25450422--25450529	29	3.8	29	92	1	173	25	13	30	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25455201--25455230	11	2.6	12	94	5	53	0	13	0	86	0.57
25456254--25456301	13	3.8	13	80	5	62	14	16	14	54	1.72
25456270--25456302	6	5.3	6	96	3	57	18	15	15	51	1.77
25469419--25469481	31	2.0	31	100	0	126	28	28	15	26	1.96
25471037--25471214	49	3.6	49	79	8	189	29	25	18	26	1.98
25471021--25471220	98	2.0	98	83	4	249	29	25	18	26	1.98
25472025--25472085	30	2.0	30	90	0	95	29	24	4	40	1.76
25474645--25474768	28	4.4	28	92	1	185	33	27	12	26	1.93
25477042--25477304	40	6.6	39	85	4	269	25	26	21	26	2.00
25477236--25477313	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
25484461--25484725	40	6.7	40	84	6	279	25	27	21	26	1.99
25487291--25487346	20	2.8	20	88	0	85	10	32	39	17	1.84
25489222--25489253	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
25494741--25494867	47	2.8	44	79	15	141	26	18	29	25	1.98
25494743--25494912	94	1.8	93	87	5	254	26	18	29	25	1.98
25497793--25498012	46	4.7	46	79	9	205	28	18	30	23	1.98
25497840--25498012	93	1.8	95	82	11	223	27	18	31	22	1.97
25498565--25498616	24	2.1	25	85	3	70	50	7	21	21	1.73
25505325--25505592	47	5.8	44	73	16	195	29	19	29	21	1.98
25505367--25505591	46	4.8	46	77	11	145	28	20	30	20	1.98
25505325--25505590	140	1.9	141	84	6	362	28	19	30	21	1.98
25514863--25514899	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25523418--25523525	24	4.6	24	85	6	141	33	3	40	22	1.71
25524955--25525055	27	3.8	26	82	8	105	20	22	18	37	1.94
25524947--25525048	54	1.9	52	84	7	134	20	22	19	37	1.95
25526825--25526925	27	3.8	26	82	8	105	20	22	18	37	1.94
25526817--25526918	54	1.9	52	84	7	134	20	22	19	37	1.95
25528390--25528567	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25528411--25528566	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25528390--25528581	82	2.3	83	77	11	216	30	27	14	28	1.95
25530953--25530999	23	2.0	23	100	0	94	34	25	23	17	1.96
25536798--25536898	27	3.8	26	82	8	105	20	22	18	37	1.94
25536790--25536891	54	1.9	52	84	7	134	20	22	19	37	1.95
25538366--25538543	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25538387--25538542	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25538366--25538557	82	2.3	83	77	11	216	30	27	14	28	1.95
25551379--25551499	43	2.9	41	77	9	136	30	11	25	32	1.91
25553115--25553186	20	3.6	20	90	0	108	22	33	26	18	1.96
25566651--25566736	24	3.5	24	71	7	75	29	26	16	27	1.97
25580588--25580849	39	6.7	40	86	7	319	25	22	27	24	2.00
25584210--25584376	40	4.2	40	85	0	201	25	29	20	23	1.99
25584210--25584356	79	1.9	80	86	1	215	25	29	21	23	1.99
25590785--25590910	49	2.6	47	84	3	153	29	18	28	23	1.98
25594232--25594384	51	3.0	51	100	0	306	33	13	17	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25601432--25601472	20	2.0	20	100	0	82	21	24	14	39	1.91
25611964--25612098	70	1.9	70	87	0	198	33	12	18	35	1.89
25612871--25612955	43	2.0	43	83	4	109	25	21	30	22	1.98
25626858--25626912	20	2.8	20	89	5	78	18	34	30	16	1.93
25628832--25628978	48	3.1	48	87	0	222	27	27	19	26	1.99
25634685--25634755	35	2.0	35	86	0	97	42	21	7	29	1.79
25637700--25637821	6	19.8	6	66	14	52	48	13	19	18	1.81
25637700--25637821	37	3.5	37	70	13	103	48	13	19	18	1.81
25638245--25638440	27	7.3	27	83	2	241	27	19	17	35	1.95
25638261--25638440	81	2.2	81	90	0	279	27	18	18	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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