genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77949384--77949456	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
77949385--77949427	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
77949391--77949455	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
77952537--77953090	44	12.8	44	71	13	260	30	18	21	28	1.97
77952536--77953089	85	6.4	85	69	11	254	30	18	22	28	1.97
77952533--77953045	129	4.0	129	91	1	735	30	19	22	28	1.98
77953405--77953434	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
77959905--77959944	18	2.2	18	86	4	53	50	0	0	50	1.00
77959913--77959952	17	2.3	18	91	4	64	37	0	0	62	0.95
77960892--77960952	28	2.1	28	81	3	68	22	1	6	68	1.21
77963904--77963937	18	1.9	17	88	5	50	29	2	5	61	1.34
77966989--77967047	22	2.7	22	72	0	55	32	22	28	16	1.96
77967043--77967091	20	2.3	22	89	6	75	36	24	26	12	1.91
77969513--77969617	23	4.6	23	69	17	58	60	4	5	29	1.41
77969560--77969618	23	2.5	23	86	8	75	61	5	5	28	1.39
77970843--77970871	5	5.8	5	100	0	58	62	0	20	17	1.33
77972202--77972284	40	2.1	40	86	0	112	32	10	16	39	1.84
77972583--77972623	17	2.3	19	87	8	59	17	14	17	51	1.77
77977275--77977332	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
77978953--77979104	39	3.9	38	89	5	223	30	17	2	48	1.61
77978955--77979104	79	1.9	78	89	4	230	31	16	2	49	1.60
77979120--77979163	21	2.0	21	86	4	61	52	9	2	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77979721--77979765	22	2.0	22	87	8	65	33	31	4	31	1.78
77995037--77995072	18	1.9	19	88	5	56	30	16	11	41	1.83
77997441--77997485	23	2.0	23	90	0	72	24	13	20	42	1.87
78003222--78003297	36	2.1	37	82	2	91	60	0	9	30	1.28
78003263--78003327	29	2.3	29	84	7	80	61	0	7	30	1.24
78005140--78005204	26	2.6	24	79	13	76	7	12	9	70	1.33
78005140--78005210	25	2.8	25	79	10	81	7	12	8	71	1.29
78005372--78005462	22	4.0	22	75	10	76	42	0	1	56	1.06
78005439--78005493	11	5.0	11	72	14	51	43	1	0	54	1.10
78011577--78011829	3	86.3	3	68	14	120	62	3	5	29	1.32
78011577--78011795	23	9.9	23	69	18	101	62	3	4	29	1.31
78011665--78011805	20	6.7	20	73	16	90	62	4	4	29	1.33
78013681--78013735	8	6.8	8	74	17	51	49	0	1	49	1.11
78013674--78013754	16	5.0	16	71	20	53	50	0	2	46	1.14
78013716--78013761	18	2.6	18	79	6	58	52	0	2	45	1.13
78013778--78013821	20	2.2	20	85	14	65	38	4	0	56	1.20
78013781--78013827	10	5.1	9	77	12	51	42	4	0	53	1.20
78013868--78013952	8	10.0	8	73	12	71	50	2	1	45	1.22
78013905--78014069	71	2.4	70	84	9	230	43	3	1	51	1.30
78013875--78014105	36	6.5	37	68	19	109	43	3	2	51	1.29
78014039--78014078	17	2.4	17	82	0	62	35	0	0	65	0.93
78024815--78024840	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78026393--78026456	33	1.9	33	81	12	78	60	9	1	28	1.36
78037754--78037808	6	9.3	6	86	4	67	32	0	5	61	1.19
78037746--78037804	23	2.6	23	83	2	75	32	0	5	62	1.17
78038078--78038103	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
78038526--78038572	18	2.4	20	89	10	71	42	0	0	57	0.98
78038522--78038576	21	2.7	20	73	18	51	40	0	0	60	0.97
78041423--78041455	9	3.7	9	88	11	50	78	0	0	21	0.75
78044929--78044972	3	15.0	3	90	4	54	31	6	0	61	1.22
78049775--78049899	42	3.0	42	86	5	157	30	26	13	29	1.94
78049858--78049981	47	2.7	46	84	2	158	29	26	15	28	1.96
78050006--78050132	31	4.1	31	91	2	193	25	26	21	26	1.99
78050091--78050180	43	2.1	43	91	4	146	26	24	22	26	2.00
78050134--78050197	31	2.1	31	88	5	94	26	26	20	26	1.99
78050189--78050301	50	2.3	51	90	7	187	25	22	15	37	1.93
78055236--78055577	108	3.2	108	95	0	605	35	28	5	30	1.81
78055344--78056090	251	2.9	255	87	6	984	38	26	5	29	1.79
78055596--78055869	108	2.5	108	92	1	462	39	24	5	30	1.78
78055711--78056026	168	1.9	168	91	0	515	41	21	5	31	1.77
78055879--78056078	108	1.9	108	92	0	337	40	26	4	29	1.75
78057072--78057651	215	2.7	221	78	11	579	27	12	17	42	1.86
78057072--78057687	216	2.8	221	77	12	576	27	12	17	42	1.86
78064625--78064658	6	5.8	6	96	3	61	32	0	67	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78071903--78071987	43	2.0	43	82	13	104	29	28	17	24	1.97
78074616--78074640	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
78076571--78076634	31	2.1	31	87	0	92	42	7	14	35	1.74
78077638--78077685	25	1.9	25	95	0	87	58	0	2	39	1.10
78077643--78077697	25	2.2	25	83	0	65	61	0	3	34	1.13
78078160--78078204	13	3.7	13	77	17	60	44	0	0	55	0.99
78078151--78078219	23	3.1	23	93	6	117	44	0	0	55	0.99
78103948--78104201	125	2.0	125	100	0	508	40	10	13	35	1.79
78105317--78105341	13	1.9	13	100	0	50	20	32	24	24	1.98
78106519--78106572	10	5.1	11	77	11	51	35	3	0	61	1.14
78106496--78106572	28	2.7	28	80	13	77	32	3	1	62	1.22
78110486--78110531	23	2.0	23	83	8	58	8	10	8	71	1.30
78110563--78110604	18	2.2	19	87	8	59	19	2	11	66	1.34
78111243--78111267	12	2.1	12	100	0	50	28	8	0	64	1.22
78111734--78111810	24	3.4	22	74	20	61	58	2	1	37	1.20
78112643--78112667	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
78112727--78112753	14	1.9	14	100	0	54	37	18	14	29	1.91
78119603--78119714	12	9.3	12	66	24	51	58	3	4	33	1.36
78119601--78119670	18	3.9	17	77	18	63	61	1	4	32	1.24
78122788--78122832	20	2.3	20	84	3	56	28	17	24	28	1.97
78126772--78126879	26	4.2	26	89	0	171	37	22	7	33	1.82
78127270--78127295	9	2.9	9	100	0	52	57	0	7	34	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78128276--78128532	3	88.3	3	68	16	91	62	2	6	28	1.33
78128448--78128532	16	5.4	16	71	19	63	64	3	2	29	1.22
78128450--78128532	28	3.2	24	76	15	69	63	3	2	30	1.24
78129807--78130019	111	1.9	111	81	10	256	53	5	6	34	1.50
78130089--78130135	24	2.0	24	82	0	58	59	4	4	31	1.36
78131772--78131827	14	3.9	15	88	6	89	35	0	12	51	1.40
78131768--78131825	29	2.1	27	93	6	98	34	0	12	53	1.38
78132199--78132285	21	4.0	23	79	10	83	14	21	24	39	1.91
78134226--78134297	20	3.4	21	80	7	74	38	26	22	12	1.89
78134682--78134738	15	3.8	15	88	6	89	50	12	0	36	1.40
78134685--78134742	29	2.1	27	93	6	98	53	12	0	34	1.38
78136492--78136539	23	2.1	22	84	3	60	58	4	4	33	1.36
78136584--78136656	36	2.0	38	89	7	116	58	2	0	38	1.12
78136602--78136642	14	2.9	14	88	3	55	60	2	0	36	1.10
78136589--78136649	18	3.3	19	79	9	72	59	3	0	37	1.14
78136587--78136653	13	5.6	12	76	18	68	58	2	0	38	1.14
78136797--78136834	16	2.4	17	82	13	53	65	0	2	31	1.06
78136806--78136837	16	2.0	16	100	0	64	62	0	6	31	1.20
78139592--78139639	6	7.8	6	90	2	60	64	0	18	16	1.29
78146600--78146677	30	2.5	31	83	10	97	41	0	5	53	1.23
78147470--78147495	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
78160666--78160725	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78164184--78166065	627	3.0	627	99	0	3710	35	14	21	27	1.93
78170330--78170368	1	39.0	1	84	0	51	92	0	7	0	0.39
78170336--78170372	19	1.9	19	94	0	65	89	0	10	0	0.49
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78178184--78178234	18	2.8	17	80	13	50	29	3	9	56	1.49
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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