genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76347891--76348584	177	3.9	176	91	1	1095	29	20	23	26	1.99
76347584--76348231	309	2.1	309	93	0	1100	29	20	23	26	1.99
76347490--76348408	486	1.9	486	91	0	1527	29	20	23	26	1.99
76348423--76348691	131	2.0	132	89	0	414	30	20	22	26	1.98
76354561--76354591	15	2.1	15	100	0	62	74	0	25	0	0.82
76362727--76362788	22	2.9	22	75	15	58	53	3	1	41	1.27
76362796--76362828	12	2.6	13	85	9	50	66	3	0	30	1.06
76367881--76367938	29	2.0	30	96	3	109	55	1	13	29	1.49
76370754--76371069	162	2.0	162	91	2	519	30	25	14	29	1.95
76371322--76371369	24	2.0	24	83	0	60	31	0	27	41	1.56
76371371--76371416	11	4.2	11	81	15	51	52	2	0	45	1.13
76371376--76371417	11	3.9	10	87	12	57	54	2	0	42	1.13
76371842--76371868	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
76373283--76373323	17	2.3	18	87	8	66	56	0	0	43	0.99
76377417--76377576	43	3.7	42	74	12	137	26	18	23	31	1.97
76378359--76378422	32	2.0	32	90	0	101	39	0	23	37	1.55
76381412--76381628	89	2.4	87	79	11	217	34	17	9	38	1.82
76381442--76381643	90	2.2	89	83	6	248	34	17	9	38	1.83
76381763--76381898	10	14.4	9	69	17	80	65	2	1	30	1.13
76381776--76381879	19	5.3	20	76	10	81	63	1	1	32	1.16
76382196--76382277	38	2.1	39	84	6	105	34	3	2	59	1.28
76382215--76382283	19	3.6	18	74	16	59	42	2	1	53	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76385627--76385662	18	2.0	18	94	0	63	63	5	0	30	1.17
76386682--76386742	31	2.0	31	87	6	88	45	9	3	40	1.53
76387546--76388491	152	6.3	152	85	4	1249	32	21	20	25	1.98
76390782--76390836	25	2.2	25	96	0	101	27	3	7	61	1.39
76390782--76390846	25	2.6	25	87	2	78	29	4	6	60	1.41
76391682--76391728	19	2.4	19	82	3	58	19	4	10	65	1.39
76391956--76392023	33	2.1	33	100	0	136	39	11	8	39	1.73
76399234--76399272	9	4.2	9	80	6	51	48	0	0	51	1.00
76399238--76399274	19	1.9	19	94	0	65	48	0	0	51	1.00
76399267--76399312	18	2.6	17	86	6	65	67	0	0	32	0.91
76400732--76400770	21	1.9	20	94	5	69	35	0	17	46	1.49
76402713--76402775	33	1.9	33	83	6	83	15	28	28	26	1.96
76403845--76403871	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
76405561--76406035	44	10.6	43	69	13	226	28	22	17	31	1.96
76405584--76406022	133	3.2	130	75	12	382	28	23	16	32	1.96
76412484--76412550	33	2.0	33	100	0	134	29	23	8	37	1.86
76415197--76415372	46	3.8	46	78	14	200	20	19	29	30	1.97
76415194--76415365	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
76433034--76433139	55	1.9	55	96	0	194	49	3	10	36	1.55
76441662--76441740	32	2.5	32	85	6	99	41	17	10	30	1.83
76443515--76443553	14	2.8	14	84	0	51	48	0	15	35	1.45
76443346--76443625	153	1.8	153	85	1	391	37	10	20	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76443366--76443667	153	2.0	153	81	5	360	37	10	20	30	1.87
76453654--76453691	11	3.5	11	82	13	51	28	2	0	68	1.03
76455566--76455839	46	6.0	46	85	2	336	43	13	22	20	1.87
76455566--76455824	138	1.9	138	87	1	385	44	12	23	20	1.85
76455922--76455991	26	2.7	25	76	13	70	35	2	24	37	1.70
76458800--76458848	23	2.1	23	92	0	80	63	6	0	30	1.19
76466661--76466691	15	2.1	14	94	5	53	61	0	9	29	1.28
76469587--76469630	14	2.8	17	80	19	60	43	4	4	47	1.44
76474466--76474506	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
76478317--76478361	22	2.0	22	83	8	56	42	13	11	33	1.79
76485934--76486073	39	3.6	39	95	0	235	12	25	22	39	1.90
76487344--76487499	54	2.9	54	81	5	149	29	12	22	35	1.91
76495622--76496343	206	3.5	206	92	0	1142	30	18	22	27	1.98
76497971--76498015	23	2.0	23	86	0	63	51	6	0	42	1.28
76498235--76498320	38	2.3	39	76	10	97	32	5	4	56	1.43
76500430--76500564	53	2.5	53	91	0	216	22	16	7	53	1.68
76500987--76501074	46	1.9	46	81	9	108	30	13	27	28	1.94
76501457--76501651	45	4.4	45	72	5	139	33	20	20	26	1.97
76501457--76501650	89	2.2	89	80	5	214	33	20	20	25	1.97
76501560--76501786	99	2.3	99	82	3	260	31	19	21	27	1.97
76504496--76504605	26	4.2	26	95	0	175	36	23	5	34	1.78
76505928--76505979	27	1.9	27	84	7	70	71	0	11	17	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76506078--76506131	24	2.3	22	79	17	63	74	7	0	18	1.05
76506089--76506146	13	4.7	12	79	12	55	70	8	3	17	1.26
76506093--76506132	20	2.0	20	90	9	64	75	10	0	15	1.05
76506089--76506135	4	11.5	4	78	13	51	74	8	0	17	1.05
76506089--76506146	16	3.5	16	79	13	55	70	8	3	17	1.26
76506509--76506550	21	2.0	21	85	0	57	69	0	0	30	0.89
76514198--76514331	26	5.2	26	94	0	241	35	24	7	32	1.84
76521435--76521542	26	4.2	26	91	0	180	36	24	6	33	1.81
76524590--76524711	43	2.9	42	83	7	149	27	17	24	30	1.97
76524598--76524711	41	2.7	43	81	9	144	28	17	24	28	1.97
76527351--76527383	15	2.1	16	88	5	50	15	3	9	72	1.21
76527414--76527466	26	2.0	26	85	7	72	22	9	1	66	1.31
76527486--76527523	10	3.9	10	96	3	69	18	0	0	81	0.69
76527487--76527521	16	2.2	16	90	10	54	17	0	0	82	0.66
76540516--76540559	1	44.0	1	95	0	79	97	2	0	0	0.16
76543980--76544134	77	2.0	77	96	0	283	40	13	27	18	1.88
76549364--76549672	52	6.2	51	85	10	378	35	13	22	28	1.92
76549364--76549672	51	6.2	52	82	12	382	35	13	22	28	1.92
76549358--76549672	141	2.2	144	89	6	480	35	13	22	28	1.92
76549636--76549745	37	3.0	37	94	1	195	37	16	21	24	1.93
76550998--76551187	49	3.9	48	91	6	294	24	14	30	31	1.94
76550998--76551187	95	2.0	99	90	4	307	24	14	30	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76552044--76552234	48	4.0	48	91	4	287	30	30	14	24	1.94
76552044--76552232	95	2.0	98	90	5	305	30	30	14	24	1.94
76553483--76553591	36	3.0	37	91	4	186	24	21	16	37	1.93
76553555--76553869	52	6.2	52	84	7	384	29	22	13	34	1.92
76553555--76553875	98	3.3	98	83	10	429	29	22	13	34	1.92
76556441--76556482	21	2.0	21	86	4	59	50	19	0	30	1.48
76556448--76556489	20	2.0	21	86	4	59	50	14	0	35	1.43
76559135--76559287	76	2.0	76	93	2	263	18	28	13	39	1.89
76560482--76560516	14	2.4	14	90	4	52	82	0	17	0	0.66
76560624--76560790	92	1.8	92	81	7	198	23	20	11	44	1.83
76566158--76566201	23	2.0	23	90	4	72	47	0	0	52	1.00
76579705--76579746	12	3.5	12	78	12	50	59	9	0	30	1.29
76579710--76579774	24	2.6	24	85	7	85	58	7	3	30	1.42
76579710--76579786	24	3.1	25	80	14	79	61	6	2	29	1.35
76580559--76580601	22	2.0	22	90	9	70	55	6	4	32	1.47
76581166--76581209	15	3.3	13	84	12	54	13	0	4	81	0.83
76581482--76581520	19	2.0	20	85	5	53	17	5	58	17	1.56
76581727--76581832	43	2.4	45	84	7	146	12	7	38	41	1.71
76587881--76587923	17	2.5	18	82	17	56	27	2	0	69	1.00
76587940--76587980	19	2.1	20	90	4	66	43	0	0	56	0.99
76595043--76595098	19	2.8	19	81	7	60	66	5	7	21	1.37
76598857--76598910	28	1.9	28	81	7	65	33	3	20	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76599459--76599500	18	2.3	18	80	8	50	42	2	7	47	1.43
76600452--76600484	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
76601098--76601151	21	2.5	22	76	11	58	38	0	7	53	1.29
76608829--76608880	26	2.0	26	81	7	61	21	15	25	38	1.92
76610363--76610427	32	2.0	32	96	0	121	36	24	7	30	1.84
76615214--76615256	12	3.6	12	90	0	68	13	46	27	11	1.78
76616848--76616898	26	2.0	27	84	7	70	23	15	23	37	1.93
76618382--76618446	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
76620356--76620472	45	2.6	45	84	1	153	26	19	23	30	1.98
76620807--76620845	15	2.6	15	91	0	60	17	5	17	58	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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