genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80544001--80544176	46	3.8	46	78	12	189	20	20	29	29	1.98
80543997--80544167	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
80550835--80550877	18	2.3	20	84	11	56	39	0	2	58	1.11
80550869--80550903	11	3.2	11	91	0	52	25	5	0	68	1.11
80553046--80553340	46	6.7	46	86	9	398	40	13	24	22	1.90
80553140--80553211	35	2.1	35	100	0	144	43	11	22	23	1.85
80553048--80553303	127	2.0	127	94	0	449	39	14	23	22	1.90
80553094--80553257	81	2.0	81	98	0	319	40	13	23	23	1.89
80554658--80554685	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
80561995--80562051	29	2.0	29	96	0	105	47	10	19	22	1.80
80562040--80562079	21	1.9	21	89	0	62	40	12	20	27	1.88
80579898--80580385	130	3.8	129	87	5	634	29	19	17	33	1.95
80579898--80580385	253	1.9	252	86	2	683	29	19	17	33	1.95
80582205--80582272	14	4.5	14	76	16	73	20	19	14	45	1.85
80584806--80584855	17	3.3	15	83	10	57	80	0	18	2	0.82
80584809--80584853	23	2.0	23	86	8	65	77	0	20	2	0.87
80586070--80586379	132	2.3	132	92	0	521	30	19	22	28	1.98
80586274--80586467	87	2.2	88	94	0	336	30	19	21	28	1.97
80586313--80586459	44	3.3	44	66	6	118	28	19	21	30	1.97
80586361--80587478	133	8.5	132	82	7	1241	29	18	25	26	1.98
80586138--80586600	220	2.1	220	91	2	743	29	19	23	27	1.98
80586578--80586916	45	7.6	44	68	6	164	30	18	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80586270--80586733	88	5.3	88	73	7	350	29	20	23	26	1.99
80587670--80588332	44	15.1	44	89	0	959	26	14	32	26	1.94
80590599--80591086	130	3.8	128	85	5	576	29	18	18	34	1.94
80590599--80591086	253	1.9	253	84	2	649	29	18	18	34	1.94
80593557--80593602	20	2.4	19	85	7	65	76	0	8	15	1.02
80599703--80599772	29	2.3	29	82	4	86	22	12	14	50	1.77
80601962--80602002	15	2.7	16	82	17	52	58	0	0	41	0.98
80601954--80602029	38	2.0	39	82	7	93	52	1	1	44	1.17
80603176--80603240	31	2.1	31	82	8	78	53	0	6	40	1.26
80604470--80604545	16	4.8	16	69	18	59	51	0	1	47	1.09
80604473--80604555	22	3.4	25	76	15	86	50	0	1	48	1.08
80604486--80604564	38	2.1	39	81	11	92	51	0	1	46	1.08
80604479--80604570	45	2.0	47	83	10	118	54	0	1	44	1.07
80605449--80605525	28	2.8	29	86	9	108	51	6	9	32	1.59
80605601--80605650	17	2.9	17	78	21	68	48	0	0	52	1.00
80605600--80605656	15	3.5	15	70	25	53	49	0	0	50	1.00
80605695--80605725	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
80605808--80605850	22	1.9	23	85	4	61	48	0	4	46	1.22
80609435--80609484	20	2.5	20	77	6	57	72	4	6	18	1.22
80613464--80613496	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
80617920--80617962	5	8.6	5	100	0	86	81	0	0	18	0.69
80618831--80618951	61	2.0	61	83	3	154	27	37	18	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80619955--80620000	13	3.6	13	97	2	85	78	0	6	15	0.95
80619958--80620014	13	4.4	12	91	6	69	77	0	8	14	0.99
80620007--80620050	22	2.0	23	82	13	56	72	6	18	2	1.17
80621287--80621334	15	3.3	15	79	2	53	39	2	10	47	1.49
80621931--80621971	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
80622834--80622907	19	3.9	19	92	3	132	36	9	16	37	1.81
80622834--80622914	37	2.2	38	89	8	132	37	8	17	37	1.80
80622834--80622930	19	4.8	22	87	7	88	36	8	16	39	1.79
80624031--80624068	19	2.0	19	94	0	67	36	7	0	55	1.29
80631135--80631165	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
80631135--80631172	13	2.7	14	84	12	51	44	0	0	55	0.99
80631279--80631322	22	2.0	22	90	0	70	40	0	0	59	0.98
80635675--80635715	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
80640040--80641060	31	34.5	31	73	12	569	39	16	19	24	1.91
80640050--80640308	60	4.2	60	79	4	159	40	15	19	24	1.90
80640014--80640979	91	10.8	90	75	9	734	39	16	19	24	1.92
80640649--80640702	26	2.2	25	86	6	74	38	16	18	25	1.92
80640562--80640891	146	2.3	146	82	7	393	39	17	19	23	1.93
80640609--80640970	146	2.5	147	81	5	412	38	17	19	24	1.93
80640952--80641046	29	3.4	28	72	19	90	42	17	17	22	1.90
80640943--80641025	24	3.2	24	71	21	76	43	18	16	21	1.88
80640945--80641029	26	3.2	26	68	21	75	44	17	16	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80640012--80640998	177	5.6	176	85	4	1064	39	16	19	24	1.92
80640912--80641045	55	2.3	58	83	6	175	41	17	18	22	1.91
80640397--80641078	323	2.1	322	82	5	788	38	16	19	24	1.92
80641074--80641176	29	3.5	29	73	10	75	55	13	6	24	1.62
80645040--80645079	19	2.1	19	100	0	80	17	15	12	55	1.70
80645137--80645179	21	2.0	21	100	0	86	41	0	13	44	1.44
80645335--80645596	138	1.9	135	83	5	332	46	6	16	29	1.73
80647348--80647425	18	3.9	18	72	19	57	26	3	2	66	1.22
80647482--80647524	16	2.4	18	85	11	54	32	0	2	65	1.06
80647486--80647534	25	2.1	23	85	11	64	30	0	4	65	1.11
80647498--80647550	24	2.2	25	82	3	63	28	0	5	66	1.15
80648422--80648469	14	3.4	14	80	13	53	50	0	6	43	1.27
80650826--80650856	11	2.8	11	95	0	53	58	12	19	9	1.62
80653542--80653574	14	2.4	14	90	10	50	51	3	0	45	1.16
80658738--80658779	15	2.8	15	75	13	50	61	4	4	28	1.36
80660945--80660972	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
80668335--80668391	21	2.7	21	88	0	87	17	28	14	40	1.88
80670329--80670396	22	3.1	22	100	0	136	45	4	19	30	1.70
80676505--80676589	31	2.8	32	80	8	97	60	3	0	36	1.14
80676516--80676575	23	2.7	23	71	16	56	63	1	0	35	1.05
80677601--80677652	20	2.6	20	76	11	61	55	0	1	42	1.10
80678087--80678137	25	2.0	25	100	0	102	31	15	25	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80684318--80684374	18	3.2	18	87	0	87	31	15	24	28	1.96
80688475--80688512	18	2.2	18	95	4	69	47	0	0	52	1.00
80697370--80697404	8	4.4	8	88	0	52	62	0	5	31	1.18
80699915--80699957	21	2.0	21	95	0	77	46	30	13	9	1.75
80702253--80703376	379	3.0	379	99	0	2185	41	17	16	24	1.89
80703360--80703391	15	2.1	15	94	0	55	31	15	0	53	1.43
80704024--80704170	64	2.3	64	95	0	267	41	13	8	36	1.76
80707733--80707785	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
80709804--80709852	22	2.3	22	79	10	57	40	12	4	42	1.61
80710737--80710775	21	1.9	20	84	5	51	43	5	0	51	1.24
80724488--80724537	15	3.3	15	82	2	64	52	14	2	32	1.53
80726077--80726101	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
80729420--80729486	23	2.9	23	68	16	57	34	4	19	41	1.72
80731656--80731710	23	2.3	23	81	9	67	65	1	1	30	1.13
80731660--80731699	8	5.3	7	85	14	53	65	2	0	32	1.06
80731660--80731706	16	3.1	15	87	9	60	63	2	2	31	1.18
80731656--80731706	8	6.5	8	84	8	52	64	1	1	31	1.15
80731860--80731921	25	2.7	23	80	9	72	51	6	8	33	1.57
80731944--80732075	25	5.6	25	72	15	93	56	3	4	35	1.35
80732611--80732698	30	2.9	30	96	0	158	21	3	47	27	1.66
80732564--80732698	60	2.2	60	85	5	175	22	3	46	26	1.69
80733590--80733805	73	3.0	72	85	4	281	31	21	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80733733--80734159	89	4.8	89	90	0	674	33	20	19	26	1.96
80733905--80733931	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
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80746283--80746347	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
80746370--80746426	25	2.3	25	84	0	69	59	1	3	35	1.25
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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