genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25989375--25989550	27	6.6	27	81	6	187	27	15	27	29	1.96
25991311--25991351	22	1.9	21	90	5	64	24	29	36	9	1.87
26004722--26004910	55	3.5	53	77	3	162	21	23	18	37	1.94
26007539--26007592	24	2.2	24	90	0	90	35	3	40	20	1.70
26008962--26009072	27	4.2	26	86	5	141	16	25	21	36	1.94
26012049--26012074	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
26013569--26013680	40	2.8	40	83	2	136	26	22	24	26	2.00
26013643--26013765	40	3.1	40	97	0	228	21	20	29	28	1.98
26020377--26020402	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
26021913--26022089	40	4.4	40	85	4	187	23	20	27	27	1.99
26026437--26026469	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
26029365--26029398	12	2.9	12	91	4	52	82	5	0	11	0.83
26031303--26031343	21	2.0	21	85	0	55	14	29	24	31	1.95
26038010--26038179	48	3.6	47	83	7	188	24	30	17	28	1.97
26038054--26038224	46	3.7	44	85	7	166	23	29	19	26	1.98
26038151--26038322	46	3.6	45	80	10	159	23	27	20	27	1.99
26040098--26040133	16	2.2	16	95	0	63	58	11	5	25	1.54
26046051--26046451	48	8.4	48	96	0	712	30	27	6	35	1.81
26050527--26050696	46	3.7	46	73	10	157	30	28	17	22	1.97
26063319--26063382	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
26063344--26063403	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
26067471--26067526	27	2.1	27	96	0	103	60	7	8	23	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26078846--26078900	20	2.8	19	76	15	51	23	7	16	52	1.68
26079602--26079671	35	2.0	35	100	0	140	40	5	22	31	1.78
26082078--26082130	20	2.7	20	82	2	63	9	22	24	43	1.83
26082096--26082138	20	2.2	20	91	0	68	13	25	20	39	1.90
26083844--26084016	93	1.9	93	92	2	294	27	28	21	21	1.99
26083837--26084012	46	3.8	46	78	11	198	28	27	21	21	1.99
26083888--26084031	46	3.1	46	71	18	136	29	27	20	22	1.98
26086249--26086330	30	2.7	31	81	10	98	53	15	19	10	1.71
26086253--26086330	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
26089258--26089431	46	3.8	45	77	11	183	29	28	19	22	1.98
26089309--26089439	47	2.8	45	73	11	122	31	26	18	23	1.97
26090985--26091035	26	2.0	26	100	0	102	27	15	15	41	1.88
26095093--26095384	40	7.3	39	86	3	334	26	28	21	23	1.99
26095084--26095343	120	2.2	120	90	2	407	26	28	21	23	1.99
26095084--26095380	120	2.5	120	87	2	402	26	28	22	23	1.99
26103086--26103213	45	2.8	44	89	2	184	25	22	26	25	2.00
26110730--26110938	45	4.7	45	87	3	273	24	24	27	23	2.00
26114948--26115059	56	2.0	56	98	0	215	43	17	15	23	1.87
26118777--26119445	54	12.4	53	80	7	570	31	8	19	40	1.82
26118777--26119445	81	8.3	80	80	9	569	31	8	19	40	1.82
26118777--26119445	27	24.8	27	77	10	464	31	8	19	40	1.82
26125996--26126210	6	34.8	6	70	15	145	48	13	18	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26126008--26126210	31	6.5	31	79	13	193	48	13	18	19	1.81
26126050--26126210	25	6.7	25	78	13	153	47	14	18	19	1.83
26126100--26126210	37	3.2	36	78	15	142	46	14	18	19	1.83
26126328--26126387	27	2.3	26	82	2	66	36	20	20	23	1.95
26126666--26126916	27	9.3	27	84	6	253	23	19	19	37	1.95
26126666--26126914	54	4.6	54	86	3	306	23	20	19	36	1.95
26126670--26126908	81	3.0	81	90	2	340	23	20	19	36	1.95
26126898--26126970	27	2.7	26	77	8	74	32	4	21	41	1.72
26126952--26127401	27	16.7	26	81	6	468	30	9	20	39	1.84
26127007--26127401	54	7.3	54	90	0	574	30	9	20	40	1.83
26132979--26133171	27	7.1	27	83	2	181	37	23	8	30	1.84
26132979--26133156	54	3.3	54	81	0	203	38	22	8	30	1.84
26133002--26133172	81	2.1	81	82	4	202	38	23	7	30	1.83
26133169--26133241	26	2.8	26	75	4	76	28	17	20	32	1.96
26136953--26137096	40	3.6	40	83	5	157	32	25	17	24	1.97
26146587--26146808	40	5.5	39	81	9	241	33	24	18	23	1.97
26146582--26146808	81	2.8	81	87	2	314	33	24	17	24	1.97
26149605--26149825	48	4.7	47	74	10	193	25	20	26	27	1.99
26152394--26152681	120	2.4	120	94	0	488	23	20	28	27	1.99
26152390--26152661	40	6.8	40	87	2	368	24	20	27	26	1.99
26154808--26154835	13	2.2	13	100	0	56	14	32	28	25	1.94
26158442--26158733	40	7.3	41	83	6	341	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26158459--26158733	120	2.3	120	94	0	480	23	20	28	27	1.99
26175411--26175727	47	6.7	47	94	0	528	31	8	30	28	1.87
26175844--26175921	37	2.1	38	87	2	113	25	17	29	26	1.98
26179667--26179706	21	2.0	20	85	5	53	10	32	25	32	1.89
26184399--26184462	32	2.0	32	100	0	128	31	9	9	50	1.66
26186842--26187052	47	4.4	48	89	2	275	32	14	21	32	1.93
26186835--26187052	95	2.3	96	84	4	280	32	13	21	32	1.92
26187022--26187103	38	2.2	38	93	0	137	29	14	26	29	1.95
26193818--26193963	43	3.4	43	76	7	129	27	21	25	25	2.00
26193861--26193953	42	2.2	43	82	5	118	31	20	21	26	1.98
26211279--26211463	40	4.7	40	82	7	209	23	21	28	26	1.99
26211279--26211461	79	2.3	81	83	7	223	23	21	28	26	1.99
26211280--26211486	79	2.6	79	77	12	219	24	21	28	26	1.99
26217517--26217545	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
26218061--26218091	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
26219966--26220068	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
26220671--26220698	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
26222119--26222404	40	7.2	40	93	2	443	24	21	25	29	1.99
26226520--26226691	27	6.2	28	92	3	269	25	12	29	31	1.93
26226520--26226691	55	3.1	55	94	0	290	25	12	29	31	1.93
26234555--26234698	27	5.3	27	92	2	216	25	12	30	31	1.92
26234555--26234698	55	2.6	54	91	2	216	25	12	30	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26237093--26237190	45	2.2	45	98	1	189	41	6	11	40	1.65
26241934--26242017	25	3.4	24	82	9	71	26	22	21	29	1.99
26241947--26242019	25	2.9	25	85	2	101	26	21	24	27	2.00
26242073--26242129	9	5.9	9	80	15	69	38	21	7	33	1.80
26242065--26242141	20	3.8	20	96	0	145	36	19	10	33	1.86
26242051--26242135	40	2.1	40	85	10	120	35	18	11	34	1.88
26242065--26242140	11	7.5	11	71	16	74	35	19	10	34	1.86
26246126--26246155	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
26246773--26246870	41	2.3	42	82	8	117	22	18	27	31	1.97
26251209--26251417	94	2.3	91	80	7	217	24	29	19	26	1.98
26258381--26258486	32	3.4	32	74	20	125	26	30	21	21	1.99
26258352--26258552	60	3.3	60	91	5	293	28	27	19	24	1.99
26258542--26258587	20	2.3	20	85	3	67	28	30	17	23	1.97
26261029--26261234	111	1.9	110	88	1	313	34	22	15	28	1.94
26261029--26261234	55	3.7	56	89	1	299	34	22	15	28	1.94
26262808--26262875	29	2.3	29	84	0	82	22	25	11	41	1.87
26269568--26269656	29	3.2	29	65	18	80	19	24	16	39	1.92
26269444--26269705	54	4.9	54	87	3	348	22	23	16	36	1.94
26269733--26269892	45	3.4	46	81	7	171	18	24	21	35	1.96
26269897--26269981	44	1.9	44	85	4	118	27	21	14	37	1.91
26270519--26270579	30	2.0	30	87	0	86	32	22	6	37	1.80
26273295--26273446	27	5.6	27	93	0	214	39	19	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26273295--26273502	54	3.9	54	81	1	220	38	20	9	31	1.84
26273295--26273507	81	2.6	81	82	4	225	38	20	9	31	1.84
26273295--26273557	27	9.7	27	82	2	190	38	20	8	31	1.84
26273542--26273773	27	9.0	27	76	13	186	36	19	20	23	1.95
26273592--26273623	8	4.0	8	100	0	64	50	25	12	12	1.75
26273542--26273773	54	4.5	54	75	12	227	36	19	20	23	1.95
26273565--26273650	43	2.0	43	90	0	136	41	20	17	19	1.90
26273616--26273776	27	6.0	27	88	0	223	34	18	21	25	1.96
26273608--26273773	81	2.1	81	91	1	271	34	18	21	24	1.96
26275880--26276084	43	4.9	43	93	1	305	24	19	28	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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