genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8533842--8533962	25	4.5	28	75	15	107	33	4	1	59	1.29
8534307--8534348	22	2.0	21	85	4	57	28	2	9	59	1.41
8536289--8536333	19	2.4	19	85	7	56	28	22	8	40	1.84
8539583--8539680	3	32.7	3	89	0	151	68	1	30	0	0.97
8540531--8540650	46	2.6	46	90	2	188	28	16	25	30	1.97
8540673--8541596	44	20.0	44	69	11	373	31	17	20	29	1.96
8540673--8541171	94	5.3	94	89	0	710	30	19	20	30	1.97
8541387--8541630	44	5.5	44	74	1	157	32	16	22	28	1.96
8541384--8541630	133	1.9	132	81	0	305	31	17	21	29	1.96
8541438--8541630	89	2.2	88	80	0	224	32	15	23	28	1.95
8543097--8543217	26	4.6	26	77	10	120	33	4	1	59	1.29
8543563--8543604	22	2.0	21	90	4	66	26	2	11	59	1.45
8544449--8544568	46	2.6	46	90	2	188	28	16	25	30	1.97
8544591--8545514	44	20.0	44	69	11	373	31	17	20	29	1.96
8544591--8545089	94	5.3	94	89	0	710	30	19	20	30	1.97
8545305--8545548	44	5.5	44	74	1	157	32	16	22	28	1.96
8545302--8545548	133	1.9	132	81	0	305	31	17	21	29	1.96
8545356--8545548	89	2.2	88	80	0	224	32	15	23	28	1.95
8547015--8547134	26	4.6	26	78	9	127	34	5	1	59	1.29
8547480--8547521	22	2.0	21	90	4	66	26	2	11	59	1.45
8548835--8548929	49	1.9	50	80	6	113	46	7	3	43	1.47
8550151--8550211	31	2.0	31	83	6	79	31	16	9	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8550426--8550490	10	6.5	10	73	18	55	56	0	6	36	1.24
8550426--8550496	19	3.6	20	68	21	60	59	0	5	35	1.21
8551069--8551134	9	6.9	10	72	14	50	33	0	3	63	1.10
8551436--8551480	19	2.4	18	81	3	54	46	0	2	51	1.13
8551467--8551504	11	3.6	11	82	13	53	34	0	0	65	0.93
8551472--8551506	9	3.8	9	92	3	52	37	0	0	62	0.95
8551470--8551504	10	3.5	10	88	0	52	31	0	0	68	0.90
8551497--8551569	39	1.9	37	83	5	92	57	0	4	38	1.18
8562843--8562928	41	2.1	40	82	2	100	65	10	3	20	1.38
8562915--8562979	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
8563399--8563445	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
8564803--8564915	56	2.0	56	92	0	190	35	22	9	32	1.87
8566494--8566522	13	2.2	13	100	0	58	0	13	0	86	0.58
8566494--8566523	7	4.4	7	91	8	53	0	13	0	86	0.57
8567412--8567515	36	2.9	37	77	20	105	72	9	0	17	1.17
8567459--8567503	6	7.5	6	82	0	54	75	6	0	17	1.01
8567460--8567498	18	2.2	17	90	4	60	74	7	0	17	1.05
8585494--8585531	17	2.2	17	95	0	67	47	31	2	18	1.62
8600141--8600252	44	2.5	44	75	8	109	31	20	15	33	1.93
8600520--8600680	44	3.6	44	78	3	180	29	16	21	31	1.96
8602596--8602944	175	2.0	175	97	0	664	36	14	12	35	1.84
8605566--8605643	35	2.3	34	77	8	86	25	11	1	61	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8606759--8606807	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
8606891--8606941	21	2.5	20	78	6	66	68	0	5	25	1.12
8607171--8607239	3	22.7	3	73	2	57	57	5	2	33	1.37
8607171--8607221	21	2.4	21	93	0	84	60	5	1	31	1.31
8607252--8607286	18	1.9	18	88	0	52	71	2	0	25	1.00
8607329--8607383	4	13.8	4	77	11	51	70	1	3	23	1.12
8607329--8607376	18	2.6	19	87	6	64	70	0	4	25	1.04
8621238--8621316	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
8621435--8621798	49	7.6	49	93	2	591	29	29	8	33	1.86
8625668--8626099	40	10.8	40	88	0	630	26	25	21	26	2.00
8627314--8627392	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
8627511--8627728	49	4.6	49	88	5	306	28	29	8	33	1.86
8633302--8633342	20	2.1	19	86	13	57	58	7	0	34	1.26
8640596--8640639	21	2.1	21	86	0	61	31	29	11	27	1.91
8648262--8648881	310	2.0	310	98	0	1204	33	24	8	33	1.85
8649482--8649514	16	2.1	16	100	0	66	36	24	6	33	1.80
8657235--8657276	22	1.9	22	85	0	57	23	4	4	66	1.30
8657327--8657464	70	2.0	70	98	0	267	36	14	12	36	1.84
8658611--8658676	31	2.1	32	88	2	98	54	4	12	28	1.57
8665628--8665710	43	1.9	43	82	4	105	26	28	19	25	1.98
8681758--8681789	16	2.0	17	88	11	50	43	3	0	53	1.16
8686998--8687080	42	2.0	42	81	9	98	21	25	37	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8689404--8689454	23	2.2	23	78	0	57	29	19	9	41	1.84
8700191--8700461	74	3.7	74	87	3	379	29	18	20	32	1.96
8700405--8700514	53	2.0	56	89	5	172	25	15	20	39	1.91
8700479--8700898	75	5.5	72	77	10	250	30	17	20	31	1.96
8700461--8700688	72	3.2	72	78	6	237	30	15	18	35	1.92
8700708--8700898	75	2.6	75	90	0	294	28	18	23	29	1.98
8700549--8700860	161	1.9	160	88	3	473	29	17	20	33	1.95
8700871--8701183	173	1.8	174	88	3	488	30	16	18	34	1.93
8700854--8701375	87	6.3	86	79	12	484	30	17	18	33	1.94
8701116--8701348	75	3.1	75	83	9	314	28	18	22	30	1.97
8702047--8702114	35	1.9	35	90	0	109	17	51	8	22	1.72
8704426--8704477	25	2.1	25	88	0	77	19	3	26	50	1.65
8707046--8707111	34	1.9	34	93	0	114	36	12	9	42	1.74
8715464--8715511	17	2.8	17	77	0	60	20	6	0	72	1.05
8724066--8724177	25	4.6	24	80	5	109	26	31	16	25	1.97
8724066--8724177	49	2.3	48	81	6	127	26	31	16	25	1.97
8727575--8727630	20	3.2	17	72	18	53	19	8	0	71	1.12
8734117--8734174	29	2.0	28	86	3	80	39	27	8	24	1.84
8752889--8752941	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
8754547--8754577	12	2.6	12	89	0	53	9	25	48	16	1.76
8759372--8759436	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
8760914--8760966	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8762411--8762464	25	2.2	25	80	12	58	25	5	9	59	1.50
8767911--8767961	24	2.0	24	85	7	66	39	3	1	54	1.30
8767969--8768002	14	2.3	15	90	5	52	26	2	2	67	1.19
8768119--8768204	15	5.7	15	72	14	52	33	2	2	61	1.21
8768231--8768275	21	2.1	21	84	8	56	33	8	2	55	1.43
8768324--8768358	14	2.5	14	90	0	52	37	11	2	48	1.54
8768339--8768397	15	3.8	16	75	18	52	32	5	3	59	1.36
8768333--8768365	14	2.3	15	94	5	59	33	6	0	60	1.21
8772394--8772468	37	2.0	37	97	0	141	42	24	20	13	1.87
8780421--8780472	27	1.9	27	84	7	70	38	19	13	28	1.89
8780694--8780769	34	2.2	34	84	9	102	30	18	21	30	1.97
8782290--8782343	21	2.5	22	78	3	56	53	1	5	38	1.35
8791604--8791657	26	2.1	26	93	6	92	46	20	11	22	1.82
8798363--8798392	13	2.3	13	100	0	60	33	33	26	6	1.83
8817591--8817699	42	2.6	42	75	5	112	33	23	17	25	1.96
8820567--8820624	30	1.9	30	89	0	89	8	13	17	60	1.58
8820844--8820917	36	2.1	36	97	0	139	27	17	24	31	1.97
8822494--8822533	18	2.2	18	86	13	55	60	7	17	15	1.57
8823780--8823821	17	2.3	19	88	8	61	57	2	0	40	1.12
8825152--8825187	15	2.3	16	95	4	65	41	8	19	30	1.81
8826150--8826176	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
8826163--8826438	41	6.8	41	87	2	360	32	21	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8826163--8826438	81	3.4	81	85	3	358	32	21	23	23	1.98
8826163--8826438	122	2.3	122	85	4	369	32	21	23	23	1.98
8826480--8826527	23	2.1	23	85	11	64	50	22	0	27	1.50
8826738--8826792	15	3.8	15	77	15	53	21	1	36	40	1.64
8826740--8826794	21	2.6	21	80	8	58	23	1	36	38	1.66
8827590--8827623	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
8829135--8829265	42	3.1	41	77	6	118	29	15	28	27	1.96
8829164--8829284	42	2.9	41	78	3	107	29	19	26	24	1.98
8829273--8829313	22	1.9	22	95	5	75	4	21	24	48	1.69
8830682--8830722	21	2.0	20	85	4	55	73	4	14	7	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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