genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23360381--23360638	101	2.6	100	86	2	322	26	25	15	31	1.96
23360477--23360638	35	4.8	33	69	10	103	28	25	14	31	1.95
23366995--23367168	49	3.5	49	84	4	242	25	16	26	31	1.97
23366987--23367168	99	1.8	99	92	2	312	25	17	26	30	1.97
23368622--23368671	26	1.9	26	88	8	75	28	10	16	46	1.78
23371074--23371149	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
23372340--23372484	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
23374372--23374498	28	4.5	28	88	3	173	29	12	24	33	1.92
23374372--23374498	57	2.2	57	90	2	193	29	12	24	33	1.92
23381314--23381427	41	2.8	41	75	10	124	32	26	19	21	1.97
23382335--23382374	18	2.3	18	95	4	73	55	5	0	40	1.22
23389247--23389308	26	2.4	26	81	5	72	19	12	30	37	1.89
23393876--23393947	36	2.0	36	97	0	135	54	4	16	25	1.60
23403258--23403374	33	3.6	33	83	1	137	28	26	14	30	1.95
23403291--23403452	33	4.9	33	84	3	139	30	22	12	33	1.91
23403252--23403413	66	2.5	66	78	3	175	27	24	14	33	1.94
23410846--23410951	33	3.2	32	82	5	122	30	26	15	28	1.96
23410868--23411029	33	4.9	33	84	3	139	30	22	12	33	1.91
23410829--23410990	66	2.5	66	78	3	175	27	24	14	33	1.94
23422711--23422771	19	3.2	19	97	0	113	26	22	14	36	1.93
23424885--23424930	24	1.9	24	82	8	58	8	4	30	56	1.49
23426616--23426654	19	2.1	19	85	0	51	33	0	17	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23429908--23429942	10	3.5	10	96	0	61	40	34	0	25	1.56
23431238--23431311	37	2.0	37	100	0	148	29	13	35	21	1.92
23439847--23440032	92	2.0	92	93	0	318	39	16	23	20	1.92
23441819--23441918	43	2.3	43	87	1	148	28	24	17	31	1.97
23442999--23443058	30	2.0	30	83	0	75	40	3	25	31	1.72
23448053--23448086	6	5.7	6	92	0	50	17	0	8	73	1.08
23448051--23448094	18	2.4	19	80	3	54	20	2	6	70	1.21
23460139--23460173	17	2.0	18	94	5	63	17	40	34	8	1.80
23461710--23461895	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
23466399--23466469	36	2.0	36	91	0	115	42	18	16	22	1.89
23479339--23479429	24	3.8	25	75	11	84	18	23	19	38	1.93
23496492--23496772	49	5.7	49	83	4	332	30	26	17	25	1.97
23496480--23496772	101	3.0	99	83	5	360	30	26	17	25	1.97
23506297--23506370	37	2.0	37	100	0	148	29	24	16	29	1.96
23512154--23512296	40	3.6	39	91	1	214	25	27	22	24	2.00
23512154--23512337	40	4.6	40	84	4	212	26	27	22	24	2.00
23516505--23516538	16	2.1	16	88	5	50	73	8	5	11	1.24
23531411--23531454	22	2.0	22	100	0	88	68	18	0	13	1.22
23535373--23535578	39	5.3	39	95	0	351	17	21	30	31	1.96
23546558--23546968	27	15.2	26	82	8	166	35	20	7	36	1.81
23546558--23546727	81	2.1	81	81	6	193	41	21	8	29	1.82
23546552--23546781	109	2.1	107	79	6	250	38	21	6	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23546704--23547032	27	12.1	27	90	2	464	31	21	6	40	1.79
23547335--23547396	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
23547536--23547622	6	14.3	6	73	20	74	18	16	17	48	1.82
23547536--23547613	31	2.6	30	89	2	111	17	16	16	48	1.81
23551912--23552033	46	2.7	46	92	2	183	30	27	20	21	1.98
23554284--23554369	18	4.6	18	73	8	73	6	19	2	70	1.21
23559036--23559062	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
23559544--23559694	27	5.6	27	81	4	169	27	15	28	29	1.96
23559545--23559694	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	29	1.96
23559544--23559694	55	2.8	53	81	4	167	27	15	28	29	1.96
23566449--23566500	24	2.2	24	83	10	63	11	23	3	61	1.46
23566477--23566517	17	2.4	18	80	8	50	14	24	4	56	1.58
23575260--23575286	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
23575766--23575943	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
23575767--23575922	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23575763--23575943	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23579354--23579401	12	3.6	13	86	8	62	75	6	4	14	1.16
23579354--23579387	12	2.8	12	100	0	68	76	5	0	17	0.98
23579378--23579415	18	2.2	18	86	9	53	73	5	7	13	1.22
23580326--23580381	16	3.6	16	79	13	62	73	1	21	3	1.08
23580423--23580453	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
23580456--23580542	12	7.2	12	74	5	59	65	1	20	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23580450--23580505	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
23580456--23580542	30	2.9	31	79	6	99	65	1	20	12	1.32
23583506--23583537	9	3.6	9	100	0	64	87	0	12	0	0.54
23588870--23588908	12	3.2	12	82	7	51	69	0	17	12	1.19
23588892--23588925	18	1.9	18	88	5	52	55	0	20	23	1.43
23588881--23588952	29	2.4	30	84	11	94	59	0	20	19	1.37
23597362--23597448	43	2.0	43	82	8	106	29	27	18	24	1.98
23623170--23623203	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
23625972--23626010	11	3.7	11	80	13	55	38	12	17	30	1.88
23626058--23626152	25	3.8	25	88	0	145	26	24	22	27	2.00
23633068--23633281	50	4.3	49	78	7	209	29	11	19	39	1.87
23633068--23633281	98	2.2	100	84	4	281	29	11	19	39	1.87
23636821--23636968	40	3.7	39	86	5	208	25	27	20	25	1.99
23636821--23636968	79	1.9	80	87	4	219	25	27	20	25	1.99
23639380--23639491	57	2.0	57	92	0	188	41	14	15	29	1.86
23641760--23641844	40	2.2	40	84	2	109	30	31	20	17	1.95
23648291--23648502	50	4.3	49	76	9	200	29	11	18	40	1.86
23648318--23648502	96	1.9	96	87	2	273	29	10	18	41	1.84
23652665--23652984	47	6.8	47	72	10	208	27	19	28	24	1.98
23652665--23652925	94	2.8	91	77	8	251	29	18	28	23	1.98
23654953--23655194	40	6.1	40	91	1	364	26	26	22	24	2.00
23663021--23663315	40	7.4	40	91	3	431	26	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23663021--23663315	119	2.5	119	91	3	452	26	27	21	23	1.99
23665147--23665292	55	2.7	56	78	4	163	20	23	33	21	1.97
23666942--23667030	44	2.0	43	93	2	151	19	20	24	35	1.95
23677294--23677435	67	2.1	67	86	5	194	30	22	28	18	1.97
23677365--23677416	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
23681461--23681780	47	6.8	47	76	10	237	25	19	29	25	1.98
23682538--23682654	55	2.1	55	82	0	135	23	22	28	25	1.99
23693570--23693747	27	6.6	27	83	5	189	29	28	15	26	1.96
23700678--23700844	67	2.5	64	82	12	203	40	4	15	39	1.69
23701532--23701659	69	1.9	67	90	3	202	39	5	21	33	1.77
23701532--23701703	69	2.5	67	83	3	200	40	4	19	34	1.73
23704949--23705219	48	5.6	49	80	3	273	27	19	29	23	1.98
23704949--23705219	96	2.8	96	91	0	407	27	19	29	23	1.98
23707633--23707705	26	2.8	26	85	4	94	31	13	24	30	1.94
23707859--23707922	32	2.0	32	100	0	128	34	9	28	28	1.88
23708089--23708172	40	2.1	40	90	0	132	40	11	22	25	1.88
23717967--23717995	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
23723835--23723902	11	5.7	11	75	16	55	14	5	5	73	1.21
23723835--23723878	12	3.8	11	82	8	52	15	4	2	77	1.04
23723835--23723892	23	2.4	24	80	13	66	17	6	3	72	1.21
23728649--23728711	11	5.7	11	82	14	76	14	6	4	74	1.18
23728649--23728711	12	5.8	10	81	10	63	14	6	4	74	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23728650--23728711	23	2.9	21	83	9	72	14	6	4	74	1.19
23733750--23733934	79	2.3	81	82	7	218	26	27	21	24	1.99
23733750--23733934	40	4.7	40	82	6	216	26	27	21	24	1.99
23741700--23741884	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
23741700--23741884	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
23748443--23748490	20	2.6	17	78	18	51	43	0	0	56	0.99
23766415--23766454	20	2.0	20	85	0	53	30	7	20	42	1.79
23769900--23770663	277	2.8	277	90	1	1190	35	16	21	27	1.94
23772956--23772989	17	2.0	17	88	0	50	55	5	14	23	1.61
23779769--23779798	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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