genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9997678--9997755	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
9999994--10000043	26	1.9	26	87	0	73	44	4	14	38	1.63
10002112--10002161	26	1.9	26	91	0	82	48	2	12	38	1.52
10004043--10004073	9	3.3	9	95	4	53	87	0	0	12	0.55
10008983--10009032	26	1.9	26	91	0	82	46	4	12	38	1.60
10010181--10010236	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
10011680--10011732	26	2.0	26	82	7	63	41	20	11	26	1.86
10015027--10015056	14	2.1	14	93	0	51	50	10	0	40	1.36
10015538--10015715	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
10015539--10015694	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
10015535--10015715	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
10023420--10023569	27	5.6	27	85	3	185	24	16	28	30	1.96
10023421--10023569	81	1.8	81	85	0	208	24	16	28	30	1.96
10028998--10029040	7	6.4	7	86	13	56	69	0	2	27	1.00
10029003--10029041	12	3.1	12	82	10	51	71	0	2	25	0.98
10041264--10041291	13	2.2	13	100	0	56	28	7	25	39	1.82
10046582--10046620	12	3.2	13	89	7	55	0	20	17	61	1.34
10046582--10046616	6	5.7	6	90	6	52	0	20	14	65	1.26
10047753--10047816	33	1.9	33	87	6	94	28	23	26	21	1.99
10048280--10048315	1	36.0	1	100	0	72	100	0	0	0	0.00
10049249--10049342	23	4.0	23	84	8	118	30	21	21	26	1.98
10049249--10049343	47	2.0	49	85	8	133	30	21	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10049392--10049458	20	3.3	20	87	0	98	34	22	11	31	1.90
10049442--10049475	17	1.9	18	88	5	52	32	26	5	35	1.81
10049495--10049542	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
10057031--10057094	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
10057288--10057380	23	4.0	23	87	5	125	30	21	22	25	1.99
10057431--10057497	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
10057431--10057486	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
10057481--10057514	17	1.9	18	88	5	52	32	26	5	35	1.81
10057534--10057581	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
10058767--10058848	6	15.8	5	73	20	55	76	0	6	17	0.97
10058798--10058829	11	2.8	11	95	4	55	78	0	6	15	0.95
10058810--10058849	19	2.1	19	86	9	55	82	0	5	12	0.82
10058767--10058848	24	3.4	23	78	11	76	76	0	6	17	0.97
10064178--10064210	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
10069182--10069228	24	1.9	25	82	4	60	34	21	4	40	1.73
10074698--10074894	55	3.6	54	82	4	245	36	17	24	20	1.94
10082133--10082169	19	1.9	19	88	0	56	18	10	2	67	1.32
10095296--10095367	23	3.1	23	80	4	83	62	2	4	30	1.28
10095355--10095420	24	2.6	25	76	19	66	57	0	7	34	1.27
10097091--10097373	88	3.2	87	72	16	276	30	24	15	29	1.96
10096985--10097285	44	6.8	44	75	11	190	28	24	15	30	1.95
10096985--10097416	176	2.5	175	86	3	591	28	24	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10097223--10097478	131	1.9	132	88	0	379	28	23	16	31	1.96
10098608--10098680	21	3.4	21	84	5	94	4	13	0	82	0.81
10098614--10098678	22	3.0	23	84	13	84	3	15	0	81	0.81
10104125--10104244	23	5.2	23	68	16	70	61	1	5	30	1.29
10104232--10104297	24	2.6	25	76	19	66	57	0	7	34	1.27
10106329--10106362	12	2.9	12	95	4	61	61	0	0	38	0.96
10123481--10123530	20	2.4	21	81	18	61	32	0	2	66	1.03
10123667--10123726	19	3.2	18	73	13	66	35	3	5	56	1.37
10123814--10123859	18	2.6	18	89	0	65	32	2	2	63	1.19
10123822--10123864	18	2.3	18	84	4	59	39	2	0	58	1.11
10123880--10123930	9	5.6	9	75	11	50	35	0	0	64	0.94
10123891--10123935	18	2.4	18	82	13	56	35	0	0	64	0.94
10124006--10124049	15	3.0	14	77	9	52	20	9	2	68	1.28
10124054--10124088	18	1.9	18	88	0	52	28	2	2	65	1.21
10124049--10124106	30	2.0	30	90	10	93	31	1	3	63	1.21
10124072--10124111	21	2.0	21	85	14	57	30	2	2	65	1.19
10132138--10132173	17	2.1	17	94	0	63	19	22	13	44	1.86
10140577--10140619	18	2.4	17	81	14	50	60	0	11	27	1.31
10143008--10143412	88	4.6	87	81	5	406	37	20	16	25	1.93
10143319--10143467	73	2.0	72	88	6	219	30	22	19	27	1.98
10143492--10143722	75	3.1	74	87	3	340	32	20	17	29	1.96
10143556--10145151	164	10.0	161	77	13	1416	34	20	16	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10143633--10143899	89	3.0	89	85	5	344	37	18	18	25	1.94
10143809--10144211	75	5.2	75	70	14	275	33	20	18	27	1.96
10143890--10144061	89	1.9	89	90	2	274	33	19	19	27	1.96
10143245--10144999	325	5.5	321	75	17	1178	34	20	16	28	1.95
10143148--10145151	489	4.2	481	83	10	2141	34	20	16	28	1.95
10144197--10144227	16	1.9	16	93	0	53	64	6	12	16	1.47
10144122--10144297	89	2.0	90	91	1	291	38	19	16	26	1.92
10144213--10144916	87	9.2	74	71	17	327	34	20	15	29	1.93
10144357--10144389	12	2.5	13	85	14	50	60	9	12	18	1.57
10144050--10145147	160	6.9	161	78	10	1082	35	20	15	29	1.93
10144386--10144509	66	1.9	66	91	0	203	27	24	16	31	1.97
10143979--10145076	312	3.5	312	81	9	1169	34	20	15	28	1.94
10144688--10144916	71	3.2	72	83	6	286	34	18	15	31	1.93
10144683--10144900	75	3.0	72	85	4	287	31	19	16	32	1.94
10144829--10145080	85	2.9	86	79	9	266	40	20	12	26	1.88
10148892--10149338	137	3.2	137	90	2	682	27	21	18	31	1.97
10148984--10149341	45	7.9	45	68	12	221	27	21	18	32	1.96
10164344--10164437	48	2.0	48	83	8	120	20	11	26	41	1.86
10166504--10166547	15	2.9	15	96	3	79	34	11	6	47	1.66
10166628--10166706	39	2.0	39	95	0	140	45	5	22	26	1.73
10173591--10173630	19	2.1	19	100	0	80	50	10	10	30	1.69
10174522--10174595	23	3.1	24	69	17	64	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10174524--10174606	26	3.3	25	69	15	73	46	1	2	49	1.22
10177570--10177612	19	2.4	18	82	14	54	51	2	0	46	1.13
10181775--10181816	22	1.9	22	85	0	57	50	2	19	28	1.60
10185694--10185761	32	2.1	33	91	2	111	16	1	30	51	1.53
10186836--10186883	24	2.0	24	83	0	60	33	14	12	39	1.84
10189592--10189776	40	4.6	40	81	6	230	23	28	24	24	2.00
10202757--10202798	18	2.3	18	92	8	68	69	2	0	28	1.01
10205799--10205839	16	2.5	16	85	14	57	75	0	19	4	0.98
10206418--10206509	22	4.3	22	75	19	79	36	3	0	59	1.14
10206433--10206512	16	4.8	17	76	10	76	36	2	0	61	1.10
10206480--10206510	12	2.7	12	95	5	55	38	0	0	61	0.96
10206430--10206520	20	4.4	21	75	16	73	34	2	0	63	1.06
10213939--10214022	38	2.2	37	100	0	132	36	4	13	45	1.64
10219443--10219472	10	2.8	11	90	10	53	83	0	0	16	0.65
10220973--10221014	18	2.3	18	88	8	59	64	0	2	33	1.07
10222581--10222814	44	5.3	43	86	3	306	25	27	16	30	1.97
10246560--10246611	21	2.5	21	80	17	63	65	1	1	30	1.14
10255752--10255929	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
10255773--10255928	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
10262370--10262418	22	2.3	22	85	3	64	14	10	24	51	1.73
10262383--10262427	22	2.0	22	83	8	56	13	6	24	55	1.62
10263689--10263722	17	2.0	17	94	0	59	41	14	5	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10266585--10266610	11	2.4	11	100	0	52	53	23	7	15	1.67
10267099--10267135	15	2.4	16	82	17	51	67	2	0	29	1.04
10267826--10268112	127	2.2	128	82	6	352	36	18	17	27	1.94
10270929--10271178	88	2.9	88	91	0	412	21	24	21	32	1.98
10270936--10271167	44	5.3	44	67	6	148	20	24	21	32	1.98
10271951--10272111	61	2.9	53	78	14	198	13	21	18	46	1.83
10282814--10283062	129	1.9	131	82	6	310	36	20	16	27	1.93
10285115--10285156	21	2.0	21	81	9	50	7	19	54	19	1.66
10292770--10292819	24	2.0	25	81	11	59	24	14	24	38	1.92
10303436--10303559	62	2.0	62	96	0	230	20	32	6	40	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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