genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37478181--37478982	243	3.3	239	92	2	1266	29	29	8	33	1.86
37480258--37480436	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
37484461--37484523	29	2.2	29	94	5	110	30	7	26	34	1.85
37491529--37491648	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
37492772--37492996	40	5.7	40	86	5	278	24	21	28	26	1.99
37512982--37513008	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
37519313--37519431	56	2.1	56	96	0	220	43	9	24	22	1.82
37520557--37520780	40	5.6	40	85	5	285	25	21	27	25	1.99
37520557--37520779	119	1.9	119	83	6	281	25	21	27	25	1.99
37527242--37527361	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
37528484--37528708	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
37542456--37542673	40	5.5	40	88	1	305	26	27	22	23	2.00
37548616--37548729	38	3.0	38	100	0	228	31	13	23	31	1.93
37549924--37550066	40	3.5	40	84	4	180	25	25	27	22	2.00
37553983--37554190	40	5.2	40	90	1	312	27	27	22	22	1.99
37558858--37559079	40	5.6	40	89	1	313	23	21	26	29	1.99
37562067--37562333	47	5.7	46	73	12	188	28	20	28	22	1.98
37564542--37564639	28	3.5	28	87	5	119	32	26	13	27	1.93
37570024--37570065	21	2.0	21	95	0	75	30	19	19	30	1.96
37579812--37579877	28	2.4	28	86	0	87	33	12	25	28	1.92
37579829--37579890	28	2.2	28	82	0	79	40	9	20	29	1.84
37581863--37582074	28	7.5	28	72	3	172	16	19	34	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37581891--37582049	29	5.6	29	72	3	160	16	18	36	28	1.92
37581861--37582088	57	4.0	57	92	0	384	17	18	34	29	1.94
37596578--37596784	45	4.6	45	82	6	215	28	19	25	26	1.99
37596532--37596794	45	5.7	48	77	13	205	30	19	24	25	1.98
37598671--37598717	25	2.0	24	87	8	69	27	6	4	61	1.39
37598671--37598724	25	2.2	24	83	9	65	27	9	3	59	1.45
37604045--37604151	49	2.1	51	81	8	130	28	19	6	45	1.75
37606034--37606085	19	2.7	19	88	8	70	61	5	1	30	1.30
37606090--37606150	9	6.6	9	73	14	52	57	3	1	37	1.25
37606065--37606110	24	2.0	23	83	12	58	52	2	0	45	1.13
37610845--37610883	17	2.3	17	87	12	62	51	0	2	46	1.14
37611114--37611287	41	4.4	39	83	9	110	35	24	22	16	1.95
37611135--37611391	40	6.4	41	86	7	316	35	25	22	16	1.95
37611175--37611391	41	5.4	41	92	2	350	33	26	23	17	1.96
37611175--37611391	81	2.7	81	92	2	348	33	26	23	17	1.96
37612395--37612426	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
37612413--37612458	10	4.3	10	84	10	56	58	0	0	41	0.98
37612415--37612464	12	4.2	12	78	17	52	60	0	2	38	1.09
37616893--37616948	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
37617053--37617322	9	29.6	9	75	8	161	47	12	1	38	1.51
37617054--37617269	27	7.8	27	78	9	193	47	12	1	37	1.53
37617078--37617322	44	5.4	45	74	12	113	47	12	1	38	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37617067--37617199	71	1.9	72	85	1	99	47	15	2	35	1.58
37617158--37617208	26	2.0	26	88	0	75	50	9	1	37	1.47
37617126--37617346	114	1.9	113	83	4	284	47	12	1	38	1.49
37622967--37623017	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
37623258--37623337	31	2.5	33	77	8	92	15	2	18	63	1.41
37623390--37623534	44	3.4	42	84	7	184	24	26	21	26	1.99
37623413--37623534	44	2.8	43	90	2	199	22	30	20	26	1.98
37623849--37623912	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
37634124--37634306	79	2.3	81	82	8	223	26	27	21	24	2.00
37634103--37634306	40	5.1	40	78	8	211	25	27	21	25	1.99
37641398--37641521	43	2.9	43	80	4	135	33	24	14	28	1.94
37643709--37643743	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
37644350--37644447	25	3.8	26	87	4	137	28	24	22	24	1.99
37644497--37644544	20	2.4	20	82	6	62	37	16	8	37	1.79
37645937--37645965	15	2.0	15	93	6	51	82	0	17	0	0.66
37650334--37650368	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
37650964--37651151	27	7.2	27	86	5	255	30	21	18	29	1.97
37650964--37651151	53	3.6	53	87	5	269	30	21	18	29	1.97
37650964--37651151	80	2.4	79	87	4	267	30	21	18	29	1.97
37651206--37651255	9	5.0	10	74	16	50	32	22	14	32	1.93
37651206--37651267	20	3.1	20	88	4	90	32	20	12	33	1.91
37657934--37657981	23	2.1	23	100	0	96	43	25	22	8	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37659866--37659955	45	2.0	45	93	0	153	23	11	17	47	1.79
37661864--37662048	40	4.6	39	83	5	203	24	23	28	24	2.00
37661864--37662046	79	2.3	81	83	7	223	24	23	27	24	2.00
37661917--37662081	79	2.1	79	82	6	192	26	21	28	23	1.99
37665923--37666156	41	5.8	41	90	4	334	28	28	22	20	1.99
37670375--37671019	47	13.6	47	93	1	1038	32	8	29	29	1.86
37670375--37671019	96	6.8	94	92	2	1038	32	8	29	29	1.86
37670375--37671019	190	3.4	190	94	1	1082	32	8	29	29	1.86
37673282--37673642	40	9.1	40	91	0	544	24	22	27	24	2.00
37676951--37677595	47	13.6	47	93	1	1056	32	8	29	29	1.86
37676951--37677595	96	6.8	94	93	2	1056	32	8	29	29	1.86
37676951--37677595	143	4.5	143	95	1	1100	32	8	29	29	1.86
37683351--37683428	29	2.7	29	86	2	113	29	29	16	24	1.97
37687379--37687470	29	3.2	28	78	17	100	29	28	16	26	1.97
37687390--37687477	29	3.1	28	85	8	115	31	26	15	26	1.96
37687364--37687479	57	2.0	57	81	6	137	31	27	13	26	1.94
37699622--37699662	17	2.4	17	100	0	82	21	46	26	4	1.72
37707817--37707914	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
37707845--37707929	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
37713037--37713118	27	3.0	27	80	8	94	34	20	24	20	1.97
37713064--37713197	67	2.0	66	88	4	196	29	21	29	19	1.98
37713133--37713184	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37721004--37721138	24	5.7	24	79	5	132	24	13	27	34	1.93
37721010--37721109	47	2.1	48	83	1	121	24	12	27	37	1.90
37721006--37721139	71	1.9	71	84	0	178	24	13	27	34	1.93
37726092--37726121	10	3.0	10	100	0	60	40	0	20	40	1.52
37735675--37735704	10	3.0	10	100	0	60	40	0	20	40	1.52
37737053--37737089	18	2.1	19	85	10	51	10	27	43	18	1.83
37752222--37752345	55	2.3	55	81	2	151	25	29	29	15	1.96
37757685--37757909	40	5.6	40	82	2	272	23	26	24	25	2.00
37757649--37757909	80	3.3	80	81	3	285	23	26	24	26	2.00
37760789--37760873	37	2.3	37	87	4	118	30	18	23	27	1.98
37760853--37761081	48	4.8	48	84	2	307	25	18	26	29	1.98
37762955--37762979	12	2.1	12	100	0	50	32	8	32	28	1.86
37767702--37767868	40	4.2	40	77	9	169	24	26	16	31	1.96
37767714--37767904	80	2.4	80	80	0	220	24	26	14	34	1.94
37767727--37767870	20	7.2	20	61	9	51	23	27	15	32	1.95
37767720--37767878	40	4.0	40	80	3	176	23	27	15	32	1.95
37777463--37777495	14	2.3	15	89	5	50	54	6	15	24	1.63
37778555--37778679	66	1.9	66	86	3	180	26	25	28	20	1.99
37779454--37779478	12	2.1	12	100	0	50	28	8	16	48	1.74
37783941--37784158	46	4.7	45	77	8	215	23	20	24	31	1.98
37787072--37787149	15	5.2	15	83	6	88	11	15	15	57	1.65
37789551--37789726	46	3.8	46	79	11	207	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37789548--37789719	93	1.8	93	93	2	301	22	21	28	27	1.99
37791477--37791565	37	2.3	39	85	11	114	29	26	20	23	1.99
37791505--37791613	37	3.1	36	78	13	104	27	27	19	25	1.99
37805061--37805363	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
37807851--37807910	31	1.9	31	83	6	77	41	5	20	33	1.74
37807888--37807935	25	2.0	24	84	12	62	41	2	25	31	1.67
37813961--37814105	39	3.7	39	86	0	209	28	27	22	20	1.99
37819458--37819489	16	2.0	16	100	0	64	50	31	12	6	1.65
37819416--37819532	59	2.0	58	88	1	171	35	33	20	10	1.86
37819474--37819571	43	2.3	43	94	0	169	31	33	22	12	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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