genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62430777--62430921	37	3.9	37	93	0	236	24	31	20	22	1.98
62431040--62431493	47	9.6	47	93	2	779	29	28	8	33	1.86
62452530--62452679	40	3.8	40	83	3	167	36	21	17	24	1.94
62453663--62453835	46	3.7	46	78	10	199	21	20	27	30	1.98
62453660--62453830	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
62454060--62454097	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
62460783--62460955	46	3.7	46	79	10	208	21	19	27	30	1.98
62460780--62460950	93	1.8	93	93	0	297	21	19	28	29	1.98
62461180--62461217	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
62467604--62467802	42	4.7	42	75	6	186	25	15	25	33	1.95
62467604--62467802	85	2.3	85	82	5	215	25	15	25	33	1.95
62468160--62468205	21	2.2	20	84	3	56	32	6	8	52	1.58
62477001--62477026	11	2.4	11	100	0	52	30	11	19	38	1.87
62489934--62489978	23	2.0	23	82	8	56	64	0	13	22	1.28
62509397--62509431	16	2.1	17	94	5	63	48	0	17	34	1.47
62509475--62509523	11	4.4	11	77	12	55	38	0	20	40	1.53
62512953--62513010	19	3.3	19	68	22	63	31	10	8	50	1.67
62512948--62513012	33	2.0	33	100	0	130	32	9	9	49	1.66
62515818--62516036	47	4.7	47	74	15	213	29	18	29	22	1.98
62515815--62516130	94	3.3	94	85	5	372	30	18	28	22	1.97
62515815--62516137	142	2.3	139	78	14	324	30	17	28	23	1.97
62515905--62516129	47	4.8	49	73	18	165	31	16	29	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62519131--62519258	62	2.1	62	98	0	247	33	10	20	35	1.88
62520661--62520786	39	3.2	39	91	0	198	21	19	30	28	1.98
62520661--62520824	39	4.2	39	86	2	188	21	20	29	28	1.98
62529125--62529297	46	3.7	46	72	13	156	22	19	24	32	1.97
62529122--62529292	93	1.8	93	89	0	270	22	19	25	32	1.98
62534650--62534822	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	30	1.98
62534647--62534817	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	29	1.98
62546369--62546507	38	3.7	38	83	5	174	22	20	25	30	1.98
62546378--62546536	76	2.1	78	84	4	207	21	20	26	31	1.98
62553839--62553978	38	3.7	38	84	9	178	22	21	25	30	1.98
62553841--62554007	76	2.2	78	83	6	216	22	21	25	30	1.99
62560496--62560572	37	2.1	36	90	2	118	14	42	9	33	1.77
62569066--62569161	28	3.4	28	73	9	79	29	30	17	22	1.97
62569066--62569197	57	2.3	58	84	3	171	27	29	19	23	1.98
62569225--62569438	40	5.3	40	96	0	383	29	27	18	24	1.98
62576929--62577024	26	3.7	26	73	12	90	43	1	2	53	1.19
62577193--62577247	16	3.4	16	82	5	67	30	25	5	38	1.79
62580785--62580831	23	2.0	23	88	8	69	40	10	23	25	1.87
62581865--62581907	21	2.0	21	82	8	52	30	6	0	62	1.21
62583074--62584194	228	4.9	228	92	0	1749	28	29	21	19	1.98
62583074--62584425	228	5.9	228	89	1	961	28	27	22	20	1.99
62583074--62584437	684	2.0	684	83	0	1726	28	27	22	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62585864--62585936	30	2.4	29	84	8	85	52	6	4	36	1.48
62587969--62588124	42	3.7	42	83	3	181	28	30	17	23	1.97
62588061--62588163	42	2.4	42	83	1	116	33	23	15	28	1.95
62593966--62594008	21	2.0	21	82	8	52	30	53	0	16	1.43
62594017--62594114	22	4.5	22	79	11	73	46	25	1	26	1.59
62594075--62594119	7	6.4	7	84	0	54	51	26	0	22	1.49
62594213--62594276	7	9.0	7	74	3	56	43	34	1	20	1.61
62594214--62594262	22	2.2	22	85	7	64	42	32	2	22	1.65
62594241--62594288	14	3.4	14	79	2	60	47	29	4	18	1.67
62594226--62594304	28	2.8	27	79	7	86	40	34	2	22	1.68
62600412--62600538	63	2.0	63	98	0	245	33	9	21	35	1.86
62601589--62601635	3	15.7	3	90	0	76	70	0	29	0	0.88
62602115--62602175	32	1.9	32	93	0	104	32	1	11	54	1.46
62602390--62602437	21	2.3	21	79	10	55	68	4	0	27	1.07
62604994--62605084	29	3.0	29	80	4	83	30	5	12	51	1.61
62605619--62605676	23	2.5	23	81	15	66	48	1	0	50	1.11
62605627--62605689	23	3.0	21	74	19	58	47	3	0	49	1.17
62610834--62610871	13	3.0	13	88	11	53	34	5	0	60	1.19
62612927--62613051	43	2.9	43	79	9	148	22	15	28	33	1.94
62612927--62613051	44	2.9	43	76	13	130	22	15	28	33	1.94
62614327--62614361	17	2.1	17	94	0	61	31	20	0	48	1.50
62615060--62615088	15	1.9	15	100	0	58	6	20	6	65	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62615263--62615319	21	2.6	22	73	15	64	66	5	0	28	1.13
62618942--62618984	17	2.4	18	84	3	52	79	2	4	13	1.00
62618942--62618984	18	2.4	18	84	0	50	79	2	4	13	1.00
62619224--62619251	13	2.2	13	100	0	56	21	0	14	64	1.29
62619191--62619257	16	3.9	16	75	16	64	19	0	14	65	1.27
62619244--62619301	26	2.2	26	93	0	98	37	5	6	50	1.52
62619252--62619309	26	2.2	26	87	0	80	36	5	12	46	1.63
62619270--62619361	39	2.4	37	81	15	107	32	4	13	50	1.61
62625508--62625682	49	3.6	49	82	3	185	29	20	26	24	1.99
62632364--62632388	13	1.9	13	100	0	50	20	16	40	24	1.91
62644177--62644215	21	1.9	20	85	15	53	17	41	25	15	1.89
62645612--62645651	18	2.3	18	80	20	50	40	2	10	47	1.50
62646096--62646131	12	2.8	13	87	4	56	22	2	0	75	0.94
62646065--62646883	299	2.7	295	88	5	1173	26	5	8	58	1.50
62646065--62646883	150	5.5	150	89	4	1149	26	5	8	58	1.50
62646916--62646947	17	1.9	16	93	6	55	9	15	6	68	1.36
62647484--62647532	3	17.3	3	79	12	59	0	36	0	63	0.95
62647490--62647531	22	1.9	22	90	0	66	0	33	0	66	0.92
62647485--62647532	25	1.9	25	86	0	69	0	35	0	64	0.94
62647611--62647672	27	2.3	27	88	0	88	14	37	30	17	1.90
62647718--62647759	17	2.5	17	81	18	52	14	9	2	73	1.18
62649384--62649570	51	3.7	51	92	0	284	42	13	5	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62649450--62649533	22	3.5	22	69	20	69	41	13	4	40	1.65
62650475--62650668	96	2.0	96	83	4	239	14	31	16	37	1.89
62652325--62652511	51	3.7	51	92	0	284	42	13	6	37	1.71
62652391--62652474	22	3.5	22	66	20	60	40	14	5	39	1.70
62663811--62664028	33	6.7	33	75	5	147	31	21	11	35	1.89
62664393--62664474	26	3.2	26	98	0	155	31	7	25	35	1.84
62665652--62665681	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
62666068--62666211	54	2.7	54	93	2	236	17	23	23	35	1.95
62666071--62666211	27	5.2	27	83	10	173	17	23	23	35	1.95
62666084--62666229	27	5.4	26	75	19	104	19	23	20	35	1.96
62666071--62666229	81	2.0	80	83	10	200	18	23	22	35	1.96
62674458--62674573	33	3.6	32	80	3	117	28	25	12	33	1.93
62674557--62674678	33	3.8	32	86	6	156	28	22	12	36	1.90
62677787--62677845	22	2.8	21	73	19	59	67	5	8	18	1.35
62686872--62687069	43	4.7	42	73	8	123	27	24	17	29	1.97
62702745--62702920	83	2.1	83	88	2	255	31	11	29	27	1.91
62704839--62704890	15	3.3	15	75	15	52	40	3	1	53	1.30
62707283--62707436	53	2.9	52	81	6	193	25	27	13	33	1.94
62707284--62707458	53	3.3	52	77	10	176	26	25	13	34	1.93
62714567--62714607	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
62724428--62724665	114	2.1	114	93	0	404	16	23	31	28	1.96
62736567--62736715	43	3.5	42	78	12	126	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62736640--62736770	45	3.0	44	80	5	122	33	26	16	23	1.95
62736682--62736773	45	2.0	45	87	0	130	36	25	14	23	1.92
62749555--62749590	5	7.0	5	93	6	63	19	77	2	0	0.88
62757020--62757078	29	2.0	29	100	0	118	49	10	20	20	1.77
62767507--62767553	23	2.0	23	100	0	94	31	12	12	42	1.81
62769452--62769491	19	2.0	20	85	4	55	25	2	5	67	1.23
62770090--62770115	8	3.2	8	100	0	52	11	26	23	38	1.89
62777397--62777801	141	2.9	141	95	1	731	32	12	29	26	1.92
62777707--62777782	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
62777398--62777801	47	8.6	47	90	1	639	32	12	29	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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