genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33055453--33055715	40	6.6	40	86	3	307	27	28	20	24	1.99
33058463--33058671	47	4.6	48	70	16	176	31	14	22	32	1.94
33058506--33058707	84	2.4	85	89	3	318	31	14	23	31	1.94
33058506--33058744	84	2.8	83	87	4	257	30	12	23	32	1.93
33071348--33071509	47	3.6	47	79	14	207	30	15	23	30	1.95
33071393--33071554	38	4.0	38	78	13	171	30	16	24	29	1.96
33071348--33071544	85	2.3	85	96	0	367	30	15	24	29	1.96
33075137--33075200	31	2.1	31	96	0	119	39	21	14	25	1.91
33077785--33077862	27	2.9	27	92	0	120	29	21	10	38	1.87
33077740--33077898	27	5.9	27	78	4	106	35	22	8	33	1.84
33077839--33077951	54	2.1	54	80	3	120	40	23	7	29	1.80
33077853--33078045	27	7.2	27	80	8	178	41	20	8	29	1.81
33077880--33078060	27	6.8	27	80	8	183	41	21	8	28	1.83
33077996--33078057	26	2.4	27	86	5	83	41	20	8	29	1.81
33078815--33078874	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
33082180--33082367	42	4.5	42	90	0	295	22	20	25	31	1.98
33082134--33082367	84	2.8	83	84	2	297	23	20	25	31	1.98
33084152--33084395	122	2.0	122	98	0	470	24	23	24	28	2.00
33088204--33088463	27	9.7	27	79	5	260	38	20	10	30	1.86
33088204--33088463	54	4.8	54	82	5	303	38	20	10	30	1.86
33088442--33088506	27	2.4	27	84	0	85	35	16	20	27	1.94
33097448--33097513	23	2.9	23	82	8	89	42	19	18	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33099154--33099231	41	1.9	41	84	5	104	15	20	33	30	1.94
33103134--33103440	40	7.6	40	82	8	361	27	26	21	24	1.99
33103134--33103436	83	3.7	83	92	2	436	27	26	22	24	2.00
33103134--33103440	123	2.5	120	84	6	402	27	26	21	24	1.99
33111589--33111697	37	2.9	37	91	0	173	26	29	19	24	1.98
33111902--33112095	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
33112017--33112096	25	3.3	25	68	16	69	32	27	6	33	1.82
33116259--33116610	40	8.8	40	91	0	560	24	27	22	25	2.00
33117879--33117987	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
33118192--33118385	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
33118285--33118356	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
33121311--33121617	40	7.6	40	84	8	388	26	26	22	24	2.00
33121311--33121613	83	3.7	82	90	3	452	26	26	23	23	2.00
33121311--33121617	123	2.5	124	86	6	425	26	26	22	24	2.00
33123346--33123393	20	2.4	20	100	0	96	50	10	4	35	1.56
33151560--33151642	31	2.7	31	92	3	134	28	25	15	30	1.96
33151862--33151931	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
33152724--33152801	27	2.9	27	73	17	81	20	17	21	39	1.92
33152850--33152927	29	2.8	28	74	18	81	34	5	15	44	1.68
33152819--33153056	54	4.4	54	73	6	176	30	8	19	40	1.82
33152819--33153063	27	9.0	27	74	7	138	31	9	19	40	1.83
33153049--33153178	54	2.4	54	86	0	161	40	7	20	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33153068--33153178	27	4.1	27	92	0	186	40	7	22	29	1.81
33152906--33153217	27	11.6	27	80	3	146	33	8	20	38	1.82
33153043--33153216	81	2.1	81	75	0	177	37	7	18	35	1.80
33155454--33155536	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
33155729--33155800	25	3.0	23	82	10	72	29	23	18	29	1.97
33155756--33155825	25	2.8	26	86	6	99	25	24	22	27	2.00
33155743--33155825	25	3.4	24	85	8	96	25	24	20	30	1.99
33155960--33156008	25	1.9	25	83	4	62	30	28	18	22	1.97
33156635--33156712	27	2.9	27	79	11	88	20	19	21	38	1.94
33156743--33156872	27	4.8	27	88	0	188	38	6	23	30	1.81
33156743--33156872	54	2.4	54	93	0	215	38	6	23	30	1.81
33156737--33156910	81	2.1	81	75	0	177	36	6	21	35	1.80
33159451--33159754	120	2.5	119	86	1	428	22	21	27	28	1.99
33159458--33159719	40	6.6	40	94	0	416	20	20	29	29	1.98
33167739--33167969	40	5.8	40	94	1	383	21	20	29	29	1.98
33167738--33167995	80	3.2	80	90	2	387	22	21	28	27	1.99
33170874--33170951	31	2.5	31	97	2	149	26	26	17	28	1.98
33171144--33171215	25	3.0	23	82	10	72	27	22	20	29	1.99
33171171--33171240	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
33172050--33172127	27	2.9	26	76	14	86	20	17	21	39	1.92
33172168--33172397	27	8.4	27	78	7	160	31	8	19	40	1.81
33172153--33172383	54	4.2	54	77	4	230	31	8	18	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33172376--33172501	27	4.7	27	88	0	189	38	10	23	27	1.87
33172370--33172543	81	2.1	81	76	0	186	37	9	20	32	1.84
33173593--33173657	31	2.1	31	97	0	121	53	4	3	38	1.37
33176129--33176356	40	5.7	40	87	2	341	27	26	20	25	1.99
33178638--33178666	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
33183741--33183880	9	15.6	9	69	15	76	36	1	19	42	1.60
33183764--33183862	36	2.7	35	92	3	153	37	2	18	42	1.62
33183764--33183880	36	3.2	36	86	8	125	36	1	17	43	1.60
33185955--33185979	12	2.1	12	100	0	50	56	16	8	20	1.65
33186138--33186261	62	2.0	62	96	0	230	39	21	12	25	1.89
33186959--33187133	70	2.5	70	99	0	341	46	13	6	32	1.70
33188867--33188973	29	3.7	29	78	8	112	28	14	31	25	1.94
33190248--33190360	27	4.1	27	81	8	122	38	22	23	16	1.93
33190248--33190360	55	2.1	54	83	8	140	38	22	23	16	1.93
33198100--33198212	27	4.1	27	80	8	122	38	22	22	17	1.94
33199588--33199634	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
33201273--33201311	16	2.4	17	86	4	53	12	5	5	76	1.11
33201278--33201311	17	2.1	16	88	5	50	11	5	5	76	1.14
33201301--33201342	20	2.2	20	91	4	68	21	4	7	66	1.35
33201624--33201666	7	6.0	7	89	5	50	34	41	0	23	1.55
33201624--33201665	14	2.9	15	85	3	59	35	40	0	23	1.55
33201741--33201778	15	2.6	15	91	4	60	42	34	0	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33201749--33201828	22	3.7	22	75	11	67	43	31	1	23	1.62
33201788--33201828	21	1.9	22	85	5	57	41	36	0	21	1.54
33201940--33202072	7	18.7	7	78	6	88	39	38	1	21	1.62
33201940--33202137	14	13.9	14	71	6	76	40	34	3	22	1.69
33202027--33202142	21	5.5	21	70	10	65	44	26	3	25	1.70
33204835--33205245	207	2.0	207	97	0	768	41	16	5	36	1.71
33206348--33206533	95	2.0	93	85	6	250	37	19	17	25	1.94
33206595--33206702	40	2.7	40	91	1	171	26	21	20	31	1.98
33209935--33210036	30	3.5	29	77	10	84	40	22	20	16	1.91
33209960--33210041	30	2.7	30	84	0	110	41	24	18	15	1.89
33228288--33228360	36	2.0	36	97	0	137	34	8	23	34	1.84
33241041--33241149	37	2.9	37	93	0	182	26	32	19	22	1.97
33241295--33241527	48	4.8	48	91	3	353	30	25	7	36	1.84
33241497--33241689	47	4.1	47	89	0	280	26	29	10	33	1.90
33246939--33247066	44	3.0	43	75	6	141	22	15	28	32	1.95
33249379--33249525	27	5.4	27	80	4	154	38	21	18	21	1.93
33249379--33249526	54	2.7	55	83	4	176	38	20	18	22	1.93
33249518--33249591	27	2.7	27	93	0	130	25	17	20	36	1.94
33250031--33250115	34	2.5	35	86	5	120	28	21	23	27	1.99
33267604--33267635	16	2.0	16	93	0	55	40	0	15	43	1.47
33279384--33279510	46	2.8	46	95	0	218	29	28	21	21	1.98
33281903--33281991	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33281903--33281982	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
33281914--33281991	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
33284937--33285061	46	2.7	46	93	0	205	31	28	19	20	1.97
33291138--33291170	17	1.9	17	100	0	66	30	12	0	57	1.35
33296282--33296382	29	3.5	29	81	6	125	26	12	30	29	1.93
33296274--33296382	57	1.9	57	90	1	173	26	14	30	28	1.95
33300564--33300609	16	2.9	16	87	3	58	47	21	21	8	1.77
33300569--33300607	8	4.9	8	83	0	51	43	23	23	10	1.84
33300837--33300977	29	4.9	29	87	0	185	25	15	30	28	1.96
33312485--33312652	46	3.6	45	75	16	146	29	20	26	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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