genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1701829--1701859	16	1.9	16	93	0	53	74	0	3	22	0.96
1705988--1706032	23	2.0	23	100	0	90	48	8	13	28	1.72
1714566--1714703	58	2.4	58	83	0	159	18	26	23	31	1.97
1714598--1714729	58	2.3	58	83	0	156	21	23	21	32	1.98
1716128--1716166	16	2.6	16	88	8	55	25	2	0	71	0.98
1716346--1716384	20	2.0	20	100	0	78	66	10	10	12	1.44
1717134--1717294	80	2.0	83	84	9	217	45	6	6	40	1.57
1721967--1722179	117	1.8	116	85	3	302	32	11	22	33	1.90
1727465--1727562	48	2.0	48	94	0	169	22	23	13	40	1.89
1735573--1735693	64	1.9	62	86	6	172	28	4	32	35	1.76
1743167--1743198	13	2.4	14	90	10	50	21	0	15	62	1.32
1746765--1746802	17	2.3	17	86	4	51	55	13	2	28	1.51
1748859--1748884	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
1749481--1749516	16	2.3	15	90	4	54	75	0	0	25	0.81
1749471--1749524	24	2.2	24	83	12	65	68	1	0	29	1.00
1749688--1749725	20	2.0	18	90	10	58	42	10	0	47	1.38
1750355--1750397	17	2.4	17	80	7	50	44	0	0	55	0.99
1751833--1751864	16	2.0	16	93	0	55	25	15	6	53	1.65
1752291--1752324	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
1752274--1752333	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
1753621--1753664	20	2.2	20	84	8	54	65	2	2	29	1.16
1755351--1755379	12	2.5	12	94	5	51	48	6	44	0	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1755532--1755576	15	3.0	15	80	0	54	51	0	44	4	1.21
1755523--1755592	24	2.8	23	77	12	68	48	0	45	5	1.26
1756032--1756067	19	1.9	18	94	5	63	8	36	16	38	1.79
1765967--1766024	29	2.0	29	93	0	98	29	25	8	36	1.86
1770679--1770740	30	2.1	30	100	0	124	41	12	6	38	1.69
1771230--1771287	6	9.7	6	100	0	116	0	17	48	34	1.47
1777598--1777626	3	10.0	3	92	7	51	34	31	0	34	1.58
1779546--1779570	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
1778779--1780736	983	2.0	957	82	9	2373	38	13	10	37	1.79
1782234--1782277	7	6.3	7	86	0	52	22	29	9	38	1.85
1782752--1783125	180	2.1	180	99	0	739	28	18	12	40	1.87
1785485--1786027	272	2.0	271	85	3	736	37	12	16	33	1.86
1786464--1786521	29	2.0	29	83	6	73	53	18	6	20	1.67
1791061--1791136	30	2.5	30	89	0	107	14	38	26	21	1.91
1793908--1793991	42	2.0	42	100	0	168	40	21	7	30	1.80
1794851--1794876	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1795174--1795233	30	2.0	30	96	0	111	21	30	11	36	1.89
1797034--1797106	31	2.3	32	79	11	89	28	15	12	43	1.82
1798373--1798427	15	3.5	15	74	13	56	47	1	1	49	1.23
1820087--1820142	23	2.4	23	87	3	76	39	3	26	30	1.73
1820458--1820522	25	2.5	26	77	5	69	9	20	1	69	1.24
1823715--1823759	22	2.0	22	82	0	54	33	6	4	55	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1824580--1824629	18	2.8	18	82	8	57	14	12	0	74	1.09
1824591--1824629	18	2.1	18	90	4	60	12	10	0	76	1.01
1824658--1824714	23	2.6	21	78	13	60	42	0	3	54	1.17
1824675--1824722	22	2.1	23	92	3	80	39	0	2	58	1.10
1824673--1824758	36	2.4	34	83	14	111	38	0	1	60	1.04
1824713--1825068	21	16.0	21	69	20	133	39	0	2	56	1.18
1824685--1824774	21	4.7	20	75	18	100	38	0	1	60	1.04
1824679--1824787	22	5.5	20	74	19	77	42	0	0	56	1.05
1824850--1824930	31	2.5	31	82	11	101	37	0	0	62	0.95
1824960--1825066	22	4.5	24	77	21	111	40	0	0	57	1.11
1824955--1825066	21	4.9	22	83	15	138	39	0	0	58	1.10
1825234--1825304	22	3.0	24	84	12	78	53	2	0	43	1.15
1824718--1825309	294	2.0	291	83	8	755	41	2	2	53	1.25
1830285--1830321	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
1839432--1839460	12	2.3	13	94	5	51	17	0	0	82	0.66
1839705--1839769	9	6.6	10	75	23	50	69	1	1	27	1.07
1847096--1847129	8	4.2	8	88	0	50	61	2	0	35	1.11
1848602--1848647	14	3.1	15	84	12	67	69	0	0	30	0.89
1848618--1848659	20	2.0	21	86	4	59	61	0	0	38	0.96
1853515--1853569	21	2.5	22	72	16	60	65	5	0	29	1.15
1853787--1853816	14	2.1	14	93	0	51	43	3	0	53	1.17
1856573--1856846	46	6.0	45	92	1	379	22	24	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1856619--1856847	46	5.0	46	95	1	388	24	24	13	36	1.92
1864956--1865006	17	2.9	17	85	8	59	68	0	0	31	0.90
1864978--1865006	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
1870309--1870361	27	2.0	27	88	0	79	20	22	28	28	1.99
1871148--1871208	19	3.0	20	73	9	61	54	1	0	44	1.10
1872940--1872984	15	2.9	16	83	12	58	6	17	0	75	1.01
1882662--1882692	16	1.9	16	93	0	53	38	19	16	25	1.92
1888604--1888799	98	2.0	98	89	4	297	29	26	34	9	1.87
1889255--1889288	3	11.3	3	93	0	59	32	0	2	64	1.08
1889374--1889424	22	2.3	22	83	12	61	31	1	5	60	1.31
1889470--1889498	13	2.1	14	93	6	51	13	0	0	86	0.58
1889563--1889955	3	131.7	3	70	14	190	29	7	3	60	1.40
1890026--1890098	3	25.0	3	77	10	53	31	8	1	58	1.36
1889986--1890042	26	2.3	25	82	11	64	49	1	7	42	1.40
1890027--1890080	21	2.6	21	80	8	65	35	9	1	53	1.44
1903067--1903174	26	4.2	26	95	0	189	36	26	6	30	1.82
1915124--1915220	12	8.2	12	73	19	64	35	5	1	58	1.27
1915446--1915535	15	6.0	15	79	8	67	14	0	1	84	0.68
1915447--1915534	25	3.8	25	78	14	82	12	0	1	86	0.63
1915447--1915503	1	57.0	1	89	0	78	7	0	0	92	0.37
1915446--1915536	14	6.1	14	79	7	74	14	0	1	84	0.68
1917686--1917797	27	4.1	27	75	7	93	39	21	21	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1919214--1919263	24	2.1	24	92	0	82	22	42	8	28	1.81
1929065--1929308	32	7.6	32	86	0	317	32	13	21	32	1.93
1929065--1929302	96	2.5	96	88	0	359	32	14	21	32	1.93
1935980--1936030	27	1.9	26	84	4	66	43	1	9	45	1.48
1937745--1937987	32	7.6	32	88	1	335	32	13	21	31	1.93
1937745--1937981	96	2.5	95	91	1	375	32	14	21	31	1.93
1944920--1944961	19	2.2	19	83	8	50	61	0	4	33	1.17
1949381--1949528	32	4.6	32	84	0	188	33	14	20	31	1.93
1955160--1955211	25	2.0	26	85	10	72	36	23	15	25	1.93
1956809--1956837	12	2.4	12	100	0	58	10	24	51	13	1.72
1961683--1961747	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
1966820--1966896	31	2.5	31	89	4	120	24	27	27	20	1.99
1968348--1968381	17	2.0	17	100	0	68	23	5	11	58	1.55
1976454--1976664	32	6.6	32	83	3	273	34	13	20	31	1.92
1978213--1978307	12	8.0	12	73	15	65	33	4	1	61	1.22
1978222--1978289	14	4.9	14	71	10	50	35	2	0	61	1.11
1978220--1978256	19	2.1	17	90	10	56	32	0	0	67	0.91
1978215--1978284	26	2.7	26	86	0	95	34	2	0	62	1.10
1978213--1978320	33	3.0	36	74	15	107	34	3	1	60	1.25
1978598--1978630	16	2.1	16	88	5	50	27	0	6	66	1.15
1979864--1979919	26	2.2	26	93	0	94	30	7	26	35	1.83
1993328--1993635	43	7.5	43	81	11	324	31	16	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1993324--1993635	44	7.5	43	80	11	332	31	16	24	28	1.96
1993374--1993595	114	1.9	121	85	8	314	30	17	23	28	1.97
2013890--2013955	30	2.1	31	81	13	73	54	9	6	30	1.56
2017800--2017832	15	2.1	16	88	11	50	12	0	6	81	0.85
2024841--2024877	7	5.1	7	93	6	65	72	0	0	27	0.84
2025879--2026122	32	7.6	32	85	0	263	34	21	11	32	1.90
2025879--2026122	64	3.8	64	86	0	308	34	21	11	32	1.90
2025885--2026122	96	2.5	96	83	0	296	34	21	12	32	1.90
2032609--2032665	30	1.9	30	85	0	78	12	29	33	24	1.92
2033465--2033491	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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