genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67488329--67488430	50	2.0	50	94	0	177	27	11	8	51	1.68
67498654--67498790	40	3.5	40	83	2	159	35	19	13	31	1.90
67498678--67498790	39	2.9	39	85	1	145	37	17	14	30	1.90
67509323--67509520	43	4.6	43	94	0	360	29	33	25	10	1.90
67509513--67509617	38	2.8	38	86	0	138	28	26	21	22	1.99
67512523--67512562	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
67512528--67512570	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
67520345--67520454	55	2.0	55	100	0	220	29	27	7	36	1.84
67520637--67520834	98	2.0	98	99	0	387	31	19	15	34	1.92
67524841--67524872	13	2.4	14	90	10	50	68	0	0	31	0.90
67525939--67525989	20	2.5	20	84	6	68	58	5	0	35	1.22
67529444--67529468	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
67529749--67529782	9	3.7	9	84	7	50	61	8	0	29	1.26
67529747--67529781	10	3.6	10	84	7	54	62	8	0	28	1.24
67530007--67530060	26	2.1	26	82	6	65	27	22	11	38	1.88
67535904--67535947	17	2.5	17	75	17	54	40	0	0	59	0.98
67539542--67540053	47	10.9	47	95	1	888	32	8	30	29	1.87
67539542--67540053	237	2.2	234	94	2	886	32	8	30	29	1.87
67540172--67540250	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
67547345--67547389	19	2.4	19	96	0	81	26	6	6	60	1.47
67547751--67547815	10	6.3	10	77	13	51	23	3	4	69	1.21
67550454--67550513	7	9.0	7	81	17	58	23	5	0	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67551723--67551901	99	1.8	99	86	0	259	26	15	26	31	1.96
67551921--67551969	14	3.4	15	83	8	66	83	0	14	2	0.73
67552587--67552645	10	5.9	10	84	7	84	22	8	1	67	1.26
67555557--67555649	37	2.4	37	81	13	100	39	3	4	52	1.37
67555707--67555747	20	2.0	21	85	4	57	51	2	0	46	1.14
67558219--67558326	37	2.9	36	78	16	107	40	2	3	52	1.33
67558877--67558911	13	2.8	12	86	4	52	2	34	0	62	1.10
67559615--67559764	34	4.5	34	82	2	162	33	13	12	41	1.81
67559615--67559764	68	2.3	65	84	3	183	33	13	12	41	1.81
67568066--67568148	38	2.2	38	93	2	139	43	10	15	30	1.81
67569040--67569113	33	2.2	34	80	7	87	21	28	20	29	1.98
67575810--67575844	9	3.7	9	88	11	52	37	2	0	60	1.12
67580448--67580566	42	2.8	42	79	13	127	31	26	17	23	1.97
67580409--67580566	43	3.7	40	77	13	138	32	25	17	24	1.97
67583605--67583635	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
67583757--67583817	30	2.1	29	90	3	95	54	13	3	29	1.55
67584653--67584720	32	2.1	32	100	0	136	44	5	20	29	1.75
67585117--67585168	25	2.1	25	85	7	70	44	0	1	53	1.11
67599482--67599518	19	1.9	19	94	0	65	5	32	0	62	1.18
67601956--67601988	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
67611708--67611786	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
67611699--67612026	47	6.9	47	94	1	557	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67611699--67612026	143	2.3	141	94	1	557	32	8	30	28	1.87
67612145--67612223	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
67613437--67613698	40	6.6	40	88	1	366	24	20	28	26	1.99
67613882--67613936	25	2.2	24	77	6	56	34	10	25	29	1.90
67616928--67617059	47	2.8	47	95	0	237	32	7	28	31	1.85
67617030--67617090	31	2.0	31	96	0	113	31	11	29	27	1.92
67616983--67617137	78	2.0	78	96	0	283	30	9	30	29	1.88
67617061--67617304	47	5.1	47	91	2	389	31	9	31	28	1.88
67617061--67617304	96	2.6	94	92	1	389	31	9	31	28	1.88
67617423--67617501	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
67619049--67619190	49	2.9	49	83	7	187	25	19	26	28	1.99
67620460--67620539	40	2.0	40	97	0	151	30	13	20	36	1.91
67620624--67620663	19	2.1	19	100	0	80	45	7	20	27	1.78
67625823--67625847	13	1.9	13	100	0	50	16	24	52	8	1.70
67639658--67639700	18	2.3	19	84	8	52	39	6	6	46	1.58
67643025--67643057	16	2.1	16	88	11	50	36	24	6	33	1.80
67648031--67648118	44	2.0	44	84	4	115	27	17	25	30	1.97
67651719--67651752	5	6.8	5	100	0	68	41	0	0	58	0.98
67657962--67658083	43	2.9	42	78	9	140	24	18	25	31	1.97
67662033--67662350	48	6.6	48	78	4	327	27	18	27	26	1.98
67662022--67662350	96	3.4	96	85	5	441	27	18	27	26	1.98
67681771--67681942	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67681773--67681995	40	5.6	39	82	5	207	26	27	21	25	1.99
67681771--67681995	80	2.8	79	81	7	249	26	27	20	25	1.99
67681927--67682004	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
67693414--67693565	43	3.6	43	71	12	125	28	18	22	30	1.97
67696350--67696409	25	2.5	23	77	17	59	51	3	1	43	1.28
67696878--67696911	17	2.0	17	100	0	68	29	0	23	47	1.52
67705110--67705142	17	2.0	17	88	5	50	21	6	18	54	1.64
67708749--67708961	27	7.9	27	79	12	224	32	22	26	18	1.97
67708767--67708964	54	3.7	54	94	1	335	32	23	26	17	1.96
67712205--67712260	3	19.0	3	78	10	62	60	3	1	33	1.24
67717793--67717840	7	7.0	7	85	7	55	16	4	0	79	0.89
67717793--67717839	13	3.4	14	80	14	53	17	4	0	78	0.90
67725145--67725189	13	3.5	13	96	0	81	31	44	22	2	1.65
67738172--67738213	13	3.2	13	82	0	57	11	7	9	71	1.31
67742030--67742155	49	2.6	49	90	1	189	30	21	27	19	1.98
67746730--67746787	27	2.1	27	93	0	98	37	12	25	24	1.90
67748579--67748616	20	1.9	20	88	0	58	47	5	23	23	1.72
67753272--67753305	15	2.3	15	89	0	50	44	0	8	47	1.34
67757484--67757535	20	2.6	20	78	6	61	44	15	11	28	1.81
67758415--67758484	30	2.3	31	82	2	88	47	1	2	48	1.25
67758578--67758677	52	1.9	52	100	0	200	27	15	17	41	1.88
67761758--67761807	20	2.4	21	80	12	59	30	8	8	54	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67767727--67767801	5	15.0	5	100	0	150	40	0	0	60	0.97
67770504--67770653	41	3.7	41	84	1	212	21	23	27	28	1.99
67775527--67775873	40	8.7	40	95	0	613	29	20	28	21	1.98
67782687--67782992	40	7.7	40	94	0	533	29	20	28	21	1.98
67786991--67787018	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
67789512--67789597	42	2.0	42	88	4	127	39	13	22	24	1.90
67795408--67795643	28	8.5	28	95	1	397	31	29	13	25	1.94
67795408--67795643	55	4.3	56	95	1	397	31	29	13	25	1.94
67802155--67802192	14	2.7	14	91	0	58	34	10	34	21	1.87
67806316--67806413	50	2.0	50	93	0	169	35	12	25	26	1.91
67817198--67817230	14	2.4	14	94	0	57	30	3	0	66	1.06
67817654--67817721	29	2.4	28	76	16	68	45	4	0	50	1.22
67817654--67817716	14	4.4	14	76	18	58	46	4	0	49	1.23
67817819--67817854	17	2.1	18	89	5	56	30	19	0	50	1.48
67824759--67824791	14	2.4	14	94	0	57	30	3	0	66	1.06
67824759--67824797	14	2.8	14	88	0	51	28	2	2	66	1.18
67825235--67825296	14	4.3	14	79	16	56	45	4	0	50	1.23
67825869--67825897	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
67829495--67829544	16	3.1	17	80	8	59	42	0	0	58	0.98
67830411--67830531	51	2.4	51	87	2	163	40	11	20	27	1.87
67834090--67834132	18	2.4	18	96	0	77	27	27	13	30	1.95
67840296--67840334	19	2.0	20	85	14	55	56	5	0	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67842648--67842740	46	2.0	46	100	0	186	25	17	17	39	1.91
67842759--67842802	22	2.0	21	83	12	54	34	6	11	47	1.66
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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