genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695205--695268	19	3.3	21	71	20	68	48	0	0	51	1.00
695220--695246	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
699133--699353	72	3.1	72	85	1	300	31	21	19	27	1.97
707127--707167	20	2.0	20	90	0	64	48	9	7	34	1.64
710324--710350	14	1.9	14	100	0	54	44	14	14	25	1.84
711046--711077	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
721447--721499	24	2.2	24	93	0	88	37	15	16	30	1.90
721471--721599	49	2.5	52	86	3	174	34	10	16	38	1.83
721572--721623	24	2.2	24	92	0	86	40	9	15	34	1.80
721528--721660	73	1.9	69	90	6	212	34	8	18	39	1.80
722167--722209	22	2.0	22	81	9	52	53	13	4	27	1.60
724427--724537	22	5.2	23	73	12	69	36	2	0	60	1.11
724450--724544	15	6.3	14	76	19	75	35	2	0	62	1.07
724427--724550	19	5.9	20	71	21	69	35	3	0	61	1.12
724448--724545	32	3.2	30	76	18	96	35	2	0	62	1.07
724442--724544	27	3.4	34	70	23	93	35	1	0	62	1.07
725133--725269	72	1.9	73	92	4	233	35	21	17	26	1.95
725241--725298	28	2.1	28	100	0	116	39	20	25	13	1.90
725169--725369	100	2.0	100	86	5	282	34	22	18	23	1.96
725122--725436	172	1.8	172	92	2	535	33	22	18	25	1.96
725273--725440	72	2.3	72	89	4	250	32	23	17	26	1.97
728108--728133	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731600--731844	56	4.4	56	83	8	270	28	11	20	39	1.87
731685--731844	50	3.1	50	78	10	176	28	11	21	38	1.88
731600--731844	112	2.2	106	84	8	301	28	11	20	39	1.87
734504--734571	16	4.2	16	94	0	109	27	0	35	36	1.58
734552--734646	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
734807--734841	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
734764--734837	27	2.7	27	77	8	78	51	4	0	44	1.20
734952--734987	16	2.2	16	90	9	56	55	0	0	44	0.99
734745--735045	147	2.0	147	82	5	327	46	4	3	45	1.41
735055--735107	16	3.4	17	73	21	53	56	0	0	43	0.99
734992--735188	65	3.2	64	66	22	168	49	5	3	41	1.41
734934--735226	119	2.5	119	91	4	475	49	4	2	43	1.35
735045--735223	58	3.1	57	66	22	136	52	3	2	41	1.30
737200--737231	8	4.0	8	95	0	55	71	15	0	12	1.14
744802--744947	72	2.0	72	95	0	265	30	23	20	25	1.98
752653--752686	16	2.1	16	100	0	68	61	11	8	17	1.54
756013--756037	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
756246--756283	19	2.1	19	85	5	51	15	5	5	73	1.19
756641--756957	127	2.5	125	86	4	422	27	15	20	36	1.93
764832--764975	72	2.0	72	89	2	218	34	22	17	26	1.96
764844--764992	72	2.1	72	81	5	167	35	24	13	26	1.92
769062--769102	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769164--769188	9	2.8	9	100	0	50	32	0	44	24	1.54
776480--776518	16	2.5	15	84	12	51	41	0	0	58	0.98
776657--776855	59	3.3	58	67	19	158	41	3	4	51	1.38
776656--777192	120	4.3	121	87	8	688	41	2	5	49	1.40
776876--776921	16	2.9	16	96	3	85	39	0	10	50	1.38
776756--777160	136	3.1	136	84	8	474	41	2	6	49	1.41
776913--776947	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
777046--777092	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
777042--777092	15	3.5	15	82	12	54	47	0	1	50	1.12
776656--777160	256	2.0	254	91	2	816	41	2	5	49	1.41
777351--777441	45	2.0	44	85	6	121	35	26	5	32	1.80
777422--777473	16	3.2	16	86	0	68	36	32	0	30	1.58
779807--779834	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
780823--780972	72	2.1	71	90	5	230	32	22	18	26	1.97
786584--786661	11	7.2	10	71	17	50	29	5	2	62	1.30
786784--786859	40	1.9	40	84	10	102	35	0	2	61	1.10
786810--786847	16	2.5	15	91	4	58	34	0	0	65	0.93
786829--786890	11	5.3	11	75	12	61	32	3	1	62	1.20
786800--786881	36	2.2	39	86	8	116	32	2	2	62	1.22
786886--786984	51	1.9	51	87	4	146	35	8	5	51	1.53
786842--786987	26	5.9	26	73	14	123	34	6	4	54	1.46
786829--787132	46	6.5	47	75	16	188	33	4	5	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787048--787088	11	3.9	11	78	12	50	36	2	7	53	1.42
787059--787102	21	2.1	21	95	4	81	34	6	4	54	1.47
787059--787139	24	3.4	24	74	21	73	34	4	6	54	1.47
786785--787139	25	15.3	23	70	19	93	34	4	5	56	1.42
790106--790146	18	2.2	20	86	8	59	68	9	0	21	1.18
790327--790355	11	2.6	11	100	0	58	58	10	13	17	1.62
794078--794118	21	2.0	20	85	9	55	29	0	0	70	0.87
794222--794452	118	2.0	118	89	0	354	29	30	17	22	1.97
795216--795308	42	2.2	42	84	5	116	19	12	35	32	1.90
795415--795490	6	12.7	6	90	9	104	81	0	0	18	0.69
804275--804409	57	2.4	57	92	2	218	29	10	18	41	1.84
806391--806682	72	4.1	72	85	4	394	30	21	18	29	1.97
819766--819791	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
820773--820798	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
821688--821806	57	2.1	56	96	1	220	27	10	17	44	1.81
825766--825914	72	2.1	72	89	0	226	31	23	18	26	1.97
830403--830478	35	2.2	35	95	0	134	25	13	14	47	1.80
831249--831351	51	2.0	51	100	0	206	22	9	23	44	1.82
837648--837714	28	2.4	27	78	7	71	62	0	7	29	1.22
838639--838682	23	1.9	23	85	0	61	52	2	18	27	1.57
842833--842879	22	2.1	22	88	7	69	40	4	0	55	1.19
842833--842879	23	2.1	21	84	7	58	40	4	0	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845410--845461	23	2.2	25	82	6	63	36	30	7	25	1.84
853383--853509	37	3.4	37	96	0	227	28	18	15	37	1.91
858199--858263	26	2.5	26	85	5	78	80	6	6	7	1.04
858778--858863	24	3.5	23	72	12	66	75	3	6	13	1.14
858797--858854	17	3.2	18	79	15	66	74	3	10	12	1.19
860189--860811	89	7.1	88	65	8	253	29	17	26	27	1.97
860073--861150	177	6.1	177	87	0	1440	29	17	25	27	1.97
861053--861149	44	2.2	46	78	10	112	27	14	26	30	1.95
861480--861508	12	2.4	12	100	0	58	86	6	0	6	0.72
862196--862242	20	2.3	21	79	17	55	46	12	31	8	1.72
863919--864144	43	5.2	44	82	4	228	25	26	23	24	2.00
864280--864326	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
876295--876393	44	2.2	44	77	7	103	35	21	26	17	1.95
881857--882077	72	3.1	71	91	5	354	31	23	16	28	1.96
883203--883237	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
883238--883421	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
887640--887701	3	20.7	3	100	0	124	32	0	0	67	0.91
887702--887885	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
892782--892815	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
901403--901440	19	2.0	19	89	0	58	34	2	0	63	1.09
901490--901514	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
901484--901535	17	3.1	17	86	5	70	30	0	1	67	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901490--901536	10	4.4	11	79	20	55	31	0	0	68	0.90
901557--901592	7	5.0	7	86	6	54	30	2	0	66	1.06
901490--901592	31	3.3	30	75	20	97	29	5	0	65	1.16
901954--902061	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
907101--907166	28	2.4	28	80	5	82	30	1	3	65	1.17
912101--912208	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
912101--912208	52	2.1	52	98	0	207	36	23	7	33	1.83
912495--912550	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
912491--912564	19	4.1	19	87	10	118	39	10	13	36	1.80
912491--912571	35	2.3	37	87	12	125	39	9	14	35	1.80

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