genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  48  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13357316--13357533	84	2.6	84	84	2	258	24	19	24	31	1.98
13364096--13364425	42	7.8	42	84	2	394	24	18	24	32	1.97
13364097--13364417	125	2.5	126	83	2	412	24	18	23	32	1.97
13377475--13377533	30	2.0	30	83	6	75	42	0	18	38	1.51
13391893--13391932	20	2.0	20	90	4	64	30	7	7	55	1.56
13396912--13397087	44	3.8	46	71	15	123	27	17	28	25	1.98
13401097--13401197	40	2.5	40	93	1	168	25	25	23	24	2.00
13429934--13430158	40	5.7	40	85	5	260	25	28	22	24	2.00
13429936--13430158	119	1.9	120	82	6	283	25	27	22	24	2.00
13437802--13437855	25	2.1	26	83	10	67	59	7	7	25	1.51
13451010--13451231	40	5.6	40	90	1	340	28	25	22	23	1.99
13453156--13453278	28	4.4	28	90	2	176	32	27	13	26	1.93
13462232--13462498	94	2.8	96	79	12	255	22	29	20	26	1.99
13462235--13462498	139	1.9	143	85	5	376	22	29	20	26	1.99
13472783--13472891	49	2.2	50	77	4	114	22	31	21	24	1.98
13472899--13473028	46	2.8	47	81	4	147	23	29	20	26	1.99
13486712--13486793	42	2.0	42	92	0	137	21	19	28	30	1.98
13488632--13488942	39	8.0	39	91	0	487	21	25	28	23	1.99
13492480--13492654	92	1.9	92	84	4	235	23	31	18	26	1.98
13496194--13496228	15	2.3	15	90	0	52	34	17	11	37	1.85
13498789--13499039	50	5.0	50	76	13	244	41	17	10	30	1.83
13498814--13498927	57	2.0	57	94	0	201	41	17	9	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13514058--13514242	40	4.6	39	80	7	169	24	22	27	25	2.00
13514111--13514275	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
13517813--13517844	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
13518055--13518429	50	7.5	50	73	6	283	30	24	17	27	1.97
13518047--13518438	151	2.6	150	88	1	570	29	24	17	27	1.97
13518247--13518429	101	1.8	100	83	4	242	29	25	18	26	1.98
13521010--13521101	40	2.3	39	84	3	112	23	16	25	34	1.95
13528339--13528430	40	2.3	40	77	3	98	40	33	11	14	1.82
13537663--13537765	43	2.4	42	79	6	109	30	16	21	32	1.95
13541853--13542028	27	6.5	27	84	3	201	26	15	28	30	1.96
13541853--13542007	82	1.9	81	88	4	231	26	15	28	29	1.96
13541848--13542028	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
13544073--13544211	27	5.2	26	73	11	84	14	12	35	37	1.85
13544073--13544213	54	2.6	53	75	8	149	14	13	34	36	1.86
13550855--13551027	93	1.9	92	85	7	242	28	26	20	24	1.99
13559717--13559810	47	2.0	47	93	0	161	31	18	12	37	1.88
13565709--13565881	33	5.3	33	77	6	140	46	15	18	19	1.84
13569935--13570055	45	2.7	45	88	0	161	23	14	27	34	1.93
13572433--13572656	40	5.8	40	84	8	227	28	27	18	25	1.98
13579433--13579545	38	2.9	38	86	2	136	23	24	25	25	2.00
13579644--13579708	16	4.2	16	81	18	93	9	33	30	26	1.88
13579639--13579697	29	2.0	29	100	0	118	6	35	33	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13579549--13579747	43	4.6	43	82	9	251	12	28	32	27	1.92
13580717--13580819	48	2.1	48	82	7	120	30	22	30	17	1.97
13585442--13585567	46	2.7	46	92	0	207	30	26	21	21	1.98
13592430--13592598	46	3.7	46	93	1	268	30	27	19	22	1.98
13592432--13592620	46	4.1	45	89	4	145	30	27	20	22	1.98
13593695--13593781	38	2.3	38	85	0	111	22	24	24	28	1.99
13593728--13593802	38	2.0	38	91	0	123	21	20	26	32	1.97
13593795--13593949	43	3.6	43	91	0	238	12	25	30	30	1.93
13596064--13596145	42	1.9	42	82	7	103	36	29	14	19	1.92
13603027--13603124	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
13603055--13603139	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
13616090--13616155	27	2.5	26	82	9	71	36	18	19	25	1.94
13616826--13616885	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
13618613--13618793	40	4.6	40	88	2	251	23	27	22	27	1.99
13621334--13621382	12	3.8	12	81	10	53	69	4	26	0	1.06
13623396--13623461	21	3.1	21	86	4	89	15	36	30	18	1.91
13626909--13626983	31	2.4	31	95	0	132	26	26	18	28	1.98
13627008--13627097	42	2.1	42	91	0	144	35	21	13	30	1.91
13627242--13627364	26	4.8	26	87	1	169	28	22	22	26	1.99
13627242--13627364	52	2.4	51	89	8	196	28	22	22	26	1.99
13628167--13628253	27	3.2	27	80	3	95	20	25	19	34	1.96
13628311--13628670	27	13.3	26	72	10	102	31	8	19	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13628369--13628643	54	5.1	53	76	6	250	29	8	21	40	1.82
13628396--13628643	81	3.1	80	85	2	327	29	7	21	40	1.81
13628621--13628751	27	4.9	27	89	0	190	41	7	20	29	1.80
13628594--13628751	54	2.9	54	85	0	208	39	7	20	31	1.81
13628611--13628797	81	2.3	81	78	0	203	37	7	20	34	1.81
13634460--13634552	40	2.3	40	85	3	116	29	13	27	29	1.95
13639036--13639269	99	2.3	100	85	4	312	29	25	17	27	1.98
13639042--13639269	49	4.6	50	84	3	264	28	25	17	28	1.98
13647369--13647429	30	2.0	30	83	3	77	32	11	22	32	1.90
13648154--13648380	101	2.3	97	83	6	278	34	15	24	24	1.95
13648197--13648363	47	3.4	47	70	19	151	35	14	23	26	1.93
13648188--13648418	101	2.3	102	91	2	367	36	15	23	25	1.93
13648249--13648570	55	6.1	52	73	13	248	34	16	24	24	1.96
13648223--13648541	108	3.1	101	84	5	356	35	16	24	24	1.95
13648344--13648570	55	4.2	55	80	10	263	33	17	25	23	1.96
13648344--13648592	108	2.3	108	90	0	381	34	17	24	22	1.95
13648350--13648604	53	4.7	52	79	13	196	34	17	24	23	1.95
13648965--13648990	11	2.4	11	100	0	52	30	46	7	15	1.74
13661085--13661266	40	4.6	40	82	6	219	26	28	20	24	1.99
13661087--13661268	79	2.3	81	83	7	230	26	28	21	24	1.99
13669270--13669454	40	4.7	40	84	6	225	25	28	21	24	1.99
13669270--13669454	79	2.3	81	81	8	218	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13677999--13678028	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
13679119--13679168	26	1.9	26	83	0	64	26	20	20	34	1.96
13681298--13681438	42	3.5	40	77	17	121	33	24	15	26	1.95
13687198--13687236	19	2.1	19	85	0	51	38	20	7	33	1.81
13687378--13687461	23	3.5	23	77	11	71	30	21	23	23	1.99
13695118--13695197	24	3.3	23	78	18	83	31	17	23	27	1.97
13695089--13695182	24	3.9	23	78	13	91	31	20	23	24	1.98
13695103--13695197	47	1.9	51	83	12	128	32	16	24	26	1.96
13697036--13697092	28	2.0	28	93	0	96	28	8	29	33	1.87
13704071--13704267	50	3.9	50	80	4	218	26	18	25	28	1.98
13725964--13725993	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
13729966--13730159	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
13729995--13730066	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
13730040--13730115	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
13730130--13730308	91	1.9	95	87	10	269	35	7	26	30	1.84
13730129--13730308	43	3.8	48	83	12	264	35	7	26	31	1.84
13730454--13730562	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
13739286--13739324	19	2.1	19	85	0	51	38	20	7	33	1.81
13739493--13739549	23	2.4	24	88	8	82	35	15	22	26	1.94
13742352--13742536	40	4.7	40	79	9	191	25	26	21	26	2.00
13742357--13742536	79	2.3	80	79	9	190	24	26	22	26	2.00
13750525--13750707	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13750504--13750707	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
13751306--13751393	37	2.4	37	100	0	176	32	22	14	29	1.94
13758687--13758858	93	1.8	93	88	4	267	30	29	18	21	1.97
13758679--13758854	46	3.8	47	76	12	184	31	28	18	21	1.97
13758741--13758873	46	2.9	46	72	13	112	30	30	18	21	1.96
13764205--13764373	46	3.7	46	74	12	166	31	30	17	20	1.96
13767020--13767113	24	3.9	24	72	16	77	31	20	23	24	1.98
13767035--13767138	47	2.1	48	81	13	115	32	17	25	25	1.97
13768966--13769022	28	2.0	28	96	0	105	26	8	31	33	1.87
13771535--13771640	52	2.0	52	100	0	212	22	11	18	47	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255