genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17808030--17808085	27	2.1	26	87	9	78	37	10	12	39	1.78
17809228--17809283	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
17809223--17809283	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
17809333--17809499	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
17809333--17809499	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
17809333--17809498	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
17809692--17809755	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
17810538--17810656	47	2.5	46	81	10	143	30	19	27	22	1.98
17810461--17810656	94	2.1	93	83	3	241	30	21	26	21	1.98
17810538--17810683	47	3.1	47	75	12	138	30	20	28	21	1.98
17819518--17819607	33	2.7	33	91	0	153	24	17	23	34	1.96
17826365--17826486	47	2.6	47	90	0	190	27	22	13	36	1.91
17831611--17831835	40	5.7	40	86	5	269	26	27	21	24	2.00
17831611--17831835	119	1.9	120	82	6	287	26	27	21	24	2.00
17838867--17839051	79	2.3	81	81	7	218	24	27	22	25	2.00
17838848--17839051	40	5.1	40	80	8	220	24	26	22	25	2.00
17841840--17842054	54	4.0	54	77	7	204	23	25	14	36	1.93
17842025--17842146	47	2.6	47	94	0	208	26	23	13	36	1.91
17847650--17847713	33	1.9	33	96	0	119	25	18	23	32	1.97
17861768--17861885	43	2.8	41	81	10	121	31	26	16	25	1.97
17873547--17873708	45	3.6	45	85	3	204	27	27	20	24	1.99
17874542--17874589	12	3.8	13	75	8	55	54	10	10	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17874531--17874616	25	3.4	25	88	0	109	52	6	13	26	1.66
17874544--17874623	25	3.2	25	89	0	115	51	8	11	28	1.67
17886035--17886077	17	2.5	17	76	3	50	25	0	13	60	1.34
17887310--17887475	43	3.9	43	82	8	178	33	24	18	24	1.96
17887316--17887475	85	1.9	84	85	3	223	33	23	18	24	1.96
17892800--17892857	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
17893128--17893284	49	3.2	48	92	5	264	31	7	30	30	1.85
17893402--17893480	37	2.1	37	85	0	104	26	17	30	25	1.97
17895344--17895446	43	2.4	43	96	0	197	22	15	34	27	1.94
17895428--17895501	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
17895812--17896161	119	2.9	119	82	5	404	24	22	27	25	2.00
17895812--17896151	40	8.5	40	86	3	384	24	22	27	25	2.00
17899312--17899369	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
17899640--17899797	49	3.2	48	93	2	264	31	7	30	30	1.85
17899915--17899993	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
17909006--17909216	40	5.3	40	87	4	221	22	20	28	28	1.99
17909004--17909216	80	2.7	80	83	3	250	22	20	28	28	1.99
17915147--17915196	19	2.7	19	90	3	75	8	26	42	24	1.82
17918854--17918884	11	2.8	11	100	0	62	38	19	9	32	1.84
17921459--17921643	79	2.3	81	84	7	236	23	23	27	25	2.00
17921460--17921643	40	4.6	40	83	9	216	23	23	27	25	2.00
17921512--17921676	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17929506--17929536	11	2.8	11	100	0	62	38	19	9	32	1.84
17942493--17942799	41	7.5	41	77	3	287	33	15	28	22	1.94
17942493--17942799	81	3.8	83	77	4	248	33	15	28	22	1.94
17946043--17946104	18	3.2	19	77	11	56	58	0	27	14	1.37
17953212--17953364	74	2.1	75	97	1	290	30	17	9	42	1.81
17953682--17953919	49	4.8	49	85	2	296	29	27	17	25	1.98
17953682--17953927	101	2.5	99	86	2	341	28	27	17	25	1.98
17959211--17959352	67	2.1	67	86	5	194	30	22	28	18	1.97
17959282--17959333	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
17961204--17961419	55	4.0	54	79	6	231	22	24	17	35	1.95
17964556--17964779	40	5.7	40	92	3	339	22	23	28	26	1.99
17964556--17964780	119	1.9	118	87	5	321	22	23	28	26	1.99
17974598--17974813	55	4.0	54	80	6	249	23	25	17	34	1.95
17974604--17974806	108	1.9	110	88	4	313	24	24	18	33	1.97
17976183--17976277	43	2.2	43	90	0	145	29	25	14	30	1.95
17976290--17976391	41	2.5	41	83	1	125	33	26	14	25	1.95
17978684--17978808	49	2.5	49	80	3	144	25	20	28	26	1.99
17983744--17983842	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
17989064--17989327	40	6.7	40	87	5	342	25	27	20	25	1.99
17997063--17997284	40	5.7	40	85	9	257	24	27	22	25	2.00
17997063--17997284	117	1.9	118	82	11	287	24	27	22	25	2.00
18027091--18027128	19	2.0	19	85	10	51	36	5	5	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18033876--18033930	23	2.4	23	81	0	65	29	20	20	30	1.97
18035294--18035594	39	7.6	39	89	5	398	24	27	22	25	2.00
18039674--18039781	37	2.9	37	94	0	180	25	30	18	25	1.98
18039988--18040278	47	6.1	47	87	4	393	26	30	11	31	1.92
18039988--18040278	147	2.0	141	88	4	429	26	30	11	31	1.92
18042099--18042275	85	2.1	85	98	0	345	26	27	8	37	1.85
18043724--18043832	57	1.9	58	86	1	157	27	28	19	24	1.98
18044044--18044555	40	12.8	40	95	0	880	25	29	22	22	1.99
18045810--18045953	37	3.9	37	96	0	243	25	31	18	24	1.98
18046166--18046456	47	6.1	47	88	4	402	26	30	12	30	1.92
18046166--18046456	147	2.0	141	89	4	438	26	30	12	30	1.92
18048274--18048452	85	2.1	85	97	0	340	26	27	7	37	1.84
18049313--18049404	27	3.4	27	81	3	96	34	18	21	25	1.96
18052091--18052166	28	2.8	27	94	4	134	19	23	23	32	1.97
18051888--18052446	277	2.0	277	99	0	1100	29	17	20	32	1.95
18052368--18052482	27	4.3	26	89	5	149	20	22	21	35	1.96
18060061--18060175	27	4.3	28	85	7	143	20	20	22	37	1.94
18060061--18060175	26	4.3	26	87	5	140	20	20	22	37	1.94
18060061--18060175	53	2.1	54	87	1	160	20	20	22	37	1.94
18071114--18071417	40	7.7	40	88	4	404	26	26	21	25	1.99
18079114--18079377	40	6.7	40	87	5	333	25	26	21	26	1.99
18089624--18089784	46	3.5	45	85	9	186	23	29	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18098370--18098576	53	3.8	53	75	6	166	19	23	18	38	1.93
18103418--18103559	43	3.3	43	75	12	148	31	23	17	27	1.97
18131816--18131851	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
18136863--18136970	37	2.9	37	94	0	180	25	32	19	22	1.97
18137133--18137694	47	12.0	47	89	1	849	26	29	12	31	1.92
18137125--18137695	141	4.0	141	95	0	1002	26	29	12	31	1.92
18142293--18142334	21	2.0	21	100	0	84	47	9	14	28	1.75
18143793--18143946	43	3.6	43	81	1	157	31	22	17	28	1.97
18148018--18148154	40	3.5	40	88	3	206	24	29	23	23	1.99
18160480--18160522	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
18160960--18161057	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
18160988--18161071	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
18167080--18167177	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
18172975--18173138	27	6.1	27	83	3	170	24	22	18	34	1.96
18172975--18173138	54	3.1	53	84	2	202	24	22	18	34	1.96
18172985--18173137	81	1.9	80	84	1	207	23	20	19	36	1.95
18175831--18175914	42	2.0	42	85	2	114	23	16	25	34	1.95
18180316--18180383	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
18180485--18180563	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
18180031--18180532	174	2.9	174	98	0	959	31	24	14	29	1.94
18182574--18182661	6	14.3	6	73	17	74	47	15	19	17	1.82
18182574--18182661	19	4.8	18	74	18	74	47	15	19	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18182583--18182661	31	2.5	31	91	0	122	48	15	20	16	1.82
18182764--18182917	67	2.3	67	94	0	263	30	20	30	18	1.96
18183143--18183470	27	12.3	26	85	4	327	24	18	18	38	1.93
18183155--18183463	54	5.7	54	84	2	379	24	19	18	38	1.93
18183155--18183464	81	3.8	81	90	0	415	24	19	18	38	1.93
18183466--18183592	27	4.7	27	88	0	164	37	10	22	29	1.87
18185849--18185907	25	2.4	25	94	0	100	28	25	20	25	1.99
18185849--18185941	25	3.7	25	78	4	89	30	22	22	24	1.99
18186801--18186838	20	1.9	20	94	0	67	23	7	0	68	1.16
18190940--18191117	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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