genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14922478--14923055	2	296.5	2	73	7	249	37	0	59	3	1.17
14923320--14923374	29	1.9	28	82	10	67	43	3	1	50	1.30
14923734--14923777	16	2.8	16	89	0	61	34	22	2	40	1.67
14923740--14923794	16	3.4	16	87	5	67	32	21	5	40	1.76
14927334--14927409	38	2.0	38	94	0	134	23	26	21	28	1.99
14928359--14928408	10	4.6	11	80	9	59	76	2	2	20	0.99
14928359--14928408	15	3.1	16	81	16	59	76	2	2	20	0.99
14928933--14929099	84	2.0	84	93	0	289	33	25	13	27	1.93
14932236--14932291	22	2.5	23	80	8	71	73	0	10	16	1.10
14932298--14932347	17	2.8	18	85	8	59	74	2	4	20	1.08
14945591--14945717	40	3.3	40	67	18	97	39	21	18	21	1.93
14945591--14945730	75	1.9	75	86	3	201	37	22	18	20	1.94
14945694--14945820	35	3.7	35	72	8	91	33	24	21	21	1.97
14948824--14949002	48	3.7	48	90	0	268	26	18	27	27	1.99
14948838--14949012	96	1.8	96	92	0	296	26	18	27	26	1.98
14958318--14958355	19	2.1	19	85	5	51	39	0	15	44	1.47
14960600--14960655	28	2.0	28	96	0	103	50	7	12	30	1.67
14967514--14967691	97	1.8	97	84	7	245	23	29	21	25	1.99
14967509--14967826	48	6.7	49	75	9	209	25	28	19	26	1.99
14968166--14968222	30	1.9	30	92	0	96	31	26	8	33	1.87
14970210--14970250	20	2.0	20	85	0	55	48	0	12	39	1.41
14978846--14979085	99	2.4	100	85	2	313	24	18	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14978853--14979090	49	4.8	49	87	2	305	25	18	27	28	1.98
14986371--14986480	43	2.6	41	73	15	107	25	18	23	32	1.97
14992214--14992241	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
14992688--14992813	28	4.5	28	92	2	191	26	12	27	32	1.93
14992688--14992813	55	2.2	57	90	2	193	26	12	27	32	1.93
14992716--14992826	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
14996973--14997016	22	2.0	22	100	0	88	40	4	0	54	1.21
15010040--15010190	27	5.6	27	81	1	149	29	27	16	26	1.97
15010040--15010190	55	2.8	55	83	2	171	29	27	16	26	1.97
15010673--15010699	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
15012616--15012647	14	2.4	14	90	10	50	53	0	12	34	1.39
15012767--15012808	11	3.8	11	81	9	50	69	0	4	26	1.08
15012886--15012967	35	2.4	33	78	11	85	62	1	4	31	1.24
15014533--15014878	44	8.2	44	73	15	239	27	26	15	30	1.96
15014681--15014892	40	5.1	40	77	7	176	28	27	15	28	1.96
15016397--15016466	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
15016397--15016494	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
15022408--15022512	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
15039581--15039765	40	4.7	40	84	6	225	25	27	22	24	2.00
15039583--15039765	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
15040930--15041107	85	2.1	84	97	1	338	26	27	8	37	1.86
15043678--15043732	19	3.2	17	80	12	67	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15045372--15045441	21	3.2	21	66	18	61	40	17	14	28	1.88
15045362--15045494	45	3.0	45	93	0	221	38	20	14	27	1.91
15045399--15045472	24	3.2	24	63	18	66	37	17	16	28	1.91
15045623--15045668	21	2.1	21	84	4	56	47	17	10	23	1.79
15049901--15050106	40	5.2	40	87	1	290	23	22	27	26	2.00
15057998--15058141	40	3.6	40	85	4	168	24	22	26	26	2.00
15057977--15058141	80	2.1	79	85	5	217	23	22	27	26	1.99
15060593--15060749	43	3.7	41	75	10	138	22	18	26	32	1.97
15062787--15062825	21	1.9	20	84	5	51	25	28	33	12	1.93
15063131--15063269	70	2.0	70	89	0	215	22	22	22	33	1.98
15064043--15064172	49	2.7	49	81	4	147	27	29	18	24	1.98
15066601--15067365	47	16.1	47	92	3	1244	32	9	29	28	1.89
15066601--15067365	96	8.0	96	93	2	1278	32	9	29	28	1.89
15066601--15067365	143	5.4	143	93	2	1270	32	9	29	28	1.89
15067484--15067562	37	2.1	37	90	0	122	22	18	32	25	1.97
15069348--15069421	29	2.6	29	88	0	103	28	14	31	25	1.95
15069734--15069923	40	4.7	41	82	5	124	24	22	27	25	2.00
15069812--15069968	40	3.9	40	88	0	224	24	21	29	25	1.99
15073293--15073617	47	6.8	47	94	2	560	32	9	28	28	1.89
15073293--15074082	96	8.0	96	80	11	850	32	8	29	28	1.88
15073293--15074082	143	5.4	143	82	11	925	32	8	29	28	1.88
15073594--15073697	24	4.3	25	72	8	99	33	2	29	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15073547--15073684	71	1.9	71	97	0	258	32	5	31	30	1.81
15073498--15073735	118	2.0	119	95	1	424	32	6	30	30	1.83
15073618--15074082	47	9.8	47	92	1	705	32	8	30	29	1.87
15073451--15073782	165	2.0	166	97	1	621	32	7	30	29	1.86
15074201--15074279	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
15082121--15082211	29	3.2	27	76	7	83	31	28	12	27	1.92
15085412--15085475	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
15085682--15085810	47	2.7	48	88	8	183	27	22	19	30	1.98
15085668--15085810	24	6.0	24	86	9	195	27	22	20	29	1.98
15085869--15085925	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
15085865--15085927	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
15098522--15098693	46	3.7	46	78	10	188	22	19	26	31	1.98
15104008--15104180	46	3.8	45	77	13	190	21	20	27	30	1.98
15104005--15104175	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
15106927--15106988	15	4.2	15	76	10	56	12	19	11	56	1.66
15109380--15109552	46	3.7	46	78	14	203	21	20	28	28	1.98
15109377--15109547	93	1.8	93	93	2	299	21	21	29	28	1.98
15113295--15113502	55	3.8	54	78	8	217	34	16	25	23	1.96
15113303--15113502	108	1.8	109	86	6	289	33	17	25	24	1.96
15133285--15133334	20	2.5	20	78	12	57	24	26	14	36	1.93
15135783--15136172	40	9.8	40	94	0	647	23	30	22	23	1.99
15143324--15143714	40	9.8	40	93	0	631	24	29	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15150322--15150366	20	2.2	20	88	0	63	24	24	15	35	1.94
15160025--15160079	11	5.5	10	79	12	60	36	10	18	34	1.86
15163189--15163327	48	2.9	48	85	0	197	26	30	16	26	1.97
15163645--15163703	30	1.9	31	86	3	84	30	23	8	37	1.85
15169312--15169570	68	3.9	64	78	10	220	25	28	15	30	1.96
15182669--15182695	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
15183053--15183090	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
15186213--15186254	17	2.4	17	81	14	50	9	26	45	19	1.80
15198460--15198498	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
15214062--15214137	38	2.0	38	97	0	143	28	19	25	26	1.99
15216125--15216215	46	2.0	46	84	0	119	31	20	16	30	1.95
15217954--15218298	70	5.0	70	91	2	552	31	10	17	40	1.83
15223478--15223525	25	1.9	25	82	0	60	35	20	14	29	1.93
15223561--15223647	20	4.3	20	91	2	140	35	10	19	34	1.86
15223572--15223647	11	7.5	10	71	16	59	35	10	19	34	1.86
15223583--15223639	9	5.9	9	76	15	60	35	7	21	36	1.80
15223561--15223661	40	2.5	39	82	9	114	35	10	18	34	1.86
15223961--15224024	31	2.1	31	90	0	101	37	15	25	21	1.93
15224011--15224035	7	3.6	7	100	0	50	52	0	16	32	1.44
15231633--15231719	20	4.3	20	92	2	140	34	9	19	36	1.84
15231644--15231711	9	6.9	9	76	15	55	33	8	20	36	1.84
15231655--15231713	9	6.1	9	81	14	73	33	6	20	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15231647--15231733	40	2.2	39	86	12	115	34	10	18	36	1.85
15231767--15231849	25	3.4	24	86	8	105	28	22	22	25	1.99
15234784--15234809	7	3.7	7	100	0	52	42	42	15	0	1.47
15246203--15246246	20	2.3	19	84	4	52	43	2	25	29	1.67
15257990--15258071	26	3.2	26	98	0	155	37	26	4	30	1.77
15264817--15264924	26	4.2	26	95	0	189	37	25	6	30	1.81
15265263--15265412	43	3.5	42	79	9	153	27	27	18	27	1.98
15271198--15271450	68	3.9	64	79	10	201	28	16	29	24	1.97
15271267--15271450	67	2.8	64	80	8	212	28	16	30	23	1.97
15271243--15271420	67	2.7	64	82	8	198	30	15	30	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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