genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  235  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77211434--77211531	30	3.3	30	95	1	180	25	48	4	21	1.67
77211512--77211550	17	2.4	17	95	4	71	33	51	5	10	1.58
77211453--77211610	76	2.1	77	97	2	302	27	49	3	19	1.65
77211483--77211578	47	2.1	45	94	3	165	28	50	4	17	1.65
77211528--77211624	30	3.2	30	91	1	158	26	50	3	19	1.62
77211804--77211840	18	2.1	18	85	14	51	27	5	29	37	1.79
77212179--77212317	25	5.5	25	72	12	97	33	6	4	56	1.45
77212155--77212268	52	2.2	52	83	12	135	34	4	3	57	1.35
77212167--77212268	27	3.7	28	73	12	77	33	4	3	57	1.38
77212298--77212353	19	2.8	20	75	8	60	32	7	5	55	1.50
77212473--77212506	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
77212473--77212506	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
77212473--77212513	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
77217350--77217379	15	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
77217850--77217882	15	2.1	16	88	5	50	60	0	3	36	1.12
77227475--77227559	42	2.0	42	97	0	161	54	17	9	18	1.70
77227489--77227556	21	3.2	21	64	15	59	57	16	10	16	1.65
77227687--77227738	23	2.3	23	93	0	86	38	0	11	50	1.39
77228458--77228486	13	2.1	14	93	6	51	17	6	0	75	1.01
77240829--77240890	27	2.2	29	81	16	78	35	0	11	53	1.37
77243613--77243667	18	2.8	20	84	15	80	27	3	5	63	1.33
77247525--77247557	17	1.9	17	93	0	57	15	33	6	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77257396--77257440	22	2.0	22	100	0	90	22	31	0	46	1.52
77260127--77260180	19	2.8	19	94	0	90	37	11	16	35	1.84
77265098--77265128	7	4.6	7	96	4	55	90	0	9	0	0.46
77266011--77266467	44	10.4	44	72	11	319	29	18	24	27	1.98
77266011--77266454	132	3.4	132	92	0	719	30	18	24	27	1.98
77266398--77266490	44	2.1	44	93	0	159	30	16	29	24	1.96
77266477--77266980	205	2.5	205	96	0	918	29	18	23	28	1.98
77267341--77267438	19	5.2	19	92	7	164	37	9	16	36	1.80
77267341--77267438	36	2.6	38	90	9	164	37	9	16	36	1.80
77268077--77268116	20	2.0	21	90	5	64	37	5	2	55	1.35
77268339--77268384	23	2.1	23	84	8	60	36	2	0	60	1.09
77270367--77270408	18	2.3	18	100	0	84	26	16	19	38	1.92
77273449--77273476	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
77276799--77276830	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
77276800--77276830	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
77285539--77285585	13	3.6	13	91	0	76	10	23	42	23	1.85
77286252--77286285	17	2.1	17	94	5	61	76	0	5	17	0.98
77287907--77287937	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
77302122--77302156	17	2.0	18	88	5	54	60	8	11	20	1.57
77302465--77302497	7	4.7	7	100	0	66	57	0	0	42	0.98
77302541--77302595	25	2.2	24	83	3	65	63	1	7	27	1.31
77302750--77302796	18	2.7	18	83	3	60	63	6	0	29	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77302750--77302804	18	3.2	16	78	14	56	60	7	0	32	1.24
77305975--77306070	16	6.3	15	72	25	69	33	2	2	62	1.18
77305958--77306076	12	11.2	11	70	26	80	31	2	1	63	1.17
77305942--77306064	30	4.0	29	78	16	90	31	2	2	63	1.20
77305978--77306080	27	3.6	27	79	10	91	33	1	1	62	1.18
77318536--77318951	178	2.3	175	85	3	539	28	16	25	30	1.96
77318293--77319000	44	15.8	44	69	9	308	28	17	24	29	1.97
77318700--77319031	132	2.5	132	82	7	347	28	17	25	28	1.97
77318798--77319031	44	5.3	45	78	9	191	30	17	24	27	1.97
77328423--77328656	55	4.4	54	79	10	236	36	17	24	21	1.94
77328430--77328630	108	1.8	110	85	6	284	34	17	25	22	1.95
77328746--77328790	23	1.9	24	86	4	65	42	8	24	24	1.83
77333791--77333832	13	3.2	13	78	18	50	47	11	7	33	1.68
77335361--77335409	21	2.3	22	86	10	66	32	28	30	8	1.86
77336322--77336367	13	3.8	13	75	16	53	80	0	4	15	0.86
77336331--77336369	17	2.3	18	86	13	64	76	0	5	17	0.96
77336321--77336367	23	2.1	22	88	4	67	80	0	4	14	0.85
77336913--77337007	36	2.6	36	94	3	163	40	10	13	35	1.79
77336912--77337007	17	5.2	19	85	12	137	39	10	14	35	1.80
77339628--77339688	29	2.1	29	96	0	113	19	29	0	50	1.48
77339628--77339695	29	2.3	29	92	2	100	19	30	0	50	1.48
77339701--77339746	3	15.3	3	100	0	92	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77348058--77348181	48	2.6	47	84	7	153	33	8	6	50	1.59
77349781--77349823	18	2.4	18	88	0	59	23	27	9	39	1.85
77353891--77353963	20	3.8	20	69	20	73	46	21	0	31	1.52
77359277--77359329	14	4.1	14	74	18	60	20	7	20	50	1.72
77359283--77359331	24	2.0	24	100	0	98	18	8	20	53	1.70
77361082--77361132	24	2.1	24	85	0	66	15	11	5	66	1.41
77369670--77369730	32	1.9	32	90	3	97	31	24	16	27	1.96
77370595--77370682	42	2.1	42	100	0	176	35	25	21	18	1.95
77370870--77370894	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
77380778--77380978	91	2.2	95	80	7	225	29	18	24	26	1.98
77380964--77381293	89	3.7	87	75	5	338	29	15	25	29	1.96
77381041--77381335	44	6.7	44	76	6	211	28	17	24	29	1.97
77380908--77381345	178	2.5	175	84	4	590	29	17	24	28	1.97
77380994--77381325	44	7.5	45	73	7	151	28	17	24	29	1.97
77381228--77381419	44	4.4	44	79	7	142	30	18	23	27	1.98
77381268--77381431	88	1.9	88	82	5	206	29	18	25	27	1.98
77381271--77381445	44	4.0	43	77	11	158	30	17	24	27	1.97
77381762--77381798	17	2.2	17	90	9	58	59	27	0	13	1.35
77403829--77403936	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
77406279--77406386	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
77407651--77407692	13	3.2	13	78	18	50	47	11	7	33	1.68
77409092--77409198	50	2.1	51	89	1	162	33	15	24	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77409174--77409260	31	2.8	31	89	0	138	26	18	28	26	1.98
77409276--77409512	93	2.5	95	81	6	259	27	14	26	31	1.95
77409282--77409582	42	6.6	47	80	10	265	28	14	26	30	1.95
77411595--77411640	17	2.7	16	90	10	65	78	0	4	17	0.91
77415687--77415747	32	1.9	32	96	3	115	42	11	11	34	1.77
77431485--77431552	24	2.8	25	75	14	72	1	36	0	61	1.05
77433502--77433538	15	2.5	15	95	0	65	35	48	13	2	1.57
77435314--77435371	30	1.9	30	89	0	89	22	31	27	18	1.97
77438531--77438583	25	2.1	25	100	0	106	37	13	11	37	1.80
77447253--77447292	14	2.9	14	88	0	62	40	2	0	57	1.12
77449407--77449448	13	3.2	13	81	18	59	47	9	7	35	1.64
77452960--77453014	28	2.1	28	83	12	73	34	1	5	58	1.32
77453011--77453068	24	2.4	23	83	13	64	31	12	3	53	1.54
77465360--77465917	166	3.4	163	77	16	603	26	18	22	32	1.97
77465499--77465770	89	3.0	86	85	7	341	24	18	20	36	1.95
77465702--77465961	72	3.5	71	83	7	308	27	16	24	31	1.97
77465679--77465908	72	3.1	74	87	4	338	27	17	23	31	1.97
77465678--77465917	76	3.2	75	84	7	321	26	17	22	32	1.96
77467175--77467213	18	2.2	18	85	0	51	0	51	0	48	1.00
77467156--77467210	22	2.5	22	88	5	76	0	58	0	41	0.98
77467165--77467210	11	4.2	11	91	8	76	0	54	0	45	0.99
77468241--77468326	36	2.4	35	79	9	93	33	5	6	53	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77468485--77468565	39	2.1	39	100	0	162	43	16	2	38	1.61
77481825--77482101	41	6.8	41	93	1	423	37	25	18	18	1.93
77499923--77499995	24	3.2	23	84	11	89	36	5	21	35	1.77
77499923--77499995	22	3.2	21	78	18	76	36	5	21	35	1.77
77503937--77504468	47	11.1	47	87	4	749	30	12	30	26	1.93
77503938--77504468	145	3.7	145	89	4	688	30	12	30	26	1.93
77503937--77504468	98	5.5	94	90	3	749	30	12	30	26	1.93
77504156--77504231	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
77504278--77504352	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
77504442--77504532	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255