genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70336480--70336644	79	2.1	80	78	6	176	31	7	1	60	1.32
70336503--70336646	22	6.5	22	74	12	82	31	6	1	60	1.30
70336651--70336689	18	2.2	18	85	0	51	28	17	0	53	1.44
70336680--70336716	11	3.5	11	82	17	51	24	2	0	72	0.97
70336678--70336732	22	2.5	22	79	2	58	21	9	0	69	1.16
70339553--70339594	18	2.3	19	84	12	52	14	14	7	64	1.48
70340008--70340056	20	2.5	20	79	0	53	20	10	16	53	1.72
70340049--70340113	20	3.3	19	82	8	85	18	12	4	64	1.43
70341589--70341682	20	4.7	20	75	10	93	21	19	3	56	1.56
70341574--70341682	40	2.7	41	75	16	118	21	17	5	55	1.61
70341650--70341714	20	3.1	20	84	6	76	18	12	10	58	1.62
70342171--70342216	21	2.2	21	84	0	56	52	13	15	19	1.75
70342253--70342330	38	2.1	39	95	4	142	42	5	0	52	1.23
70343163--70343257	49	1.9	50	89	2	147	15	17	12	53	1.72
70345767--70345849	41	2.0	41	97	0	157	55	19	12	13	1.68
70349095--70349181	31	2.9	29	86	5	111	48	4	1	45	1.30
70350058--70350095	14	2.6	15	87	4	51	78	0	18	2	0.86
70354537--70354767	120	1.9	120	86	3	331	51	15	2	31	1.55
70354734--70354849	55	2.1	55	80	6	128	56	19	0	23	1.42
70358073--70358104	14	2.3	14	100	0	64	25	25	25	25	2.00
70362035--70362144	26	4.2	26	95	0	193	33	4	24	37	1.76
70373989--70374039	20	2.5	20	72	15	50	35	1	19	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70374180--70374221	20	2.0	22	90	9	70	50	0	0	50	1.00
70374180--70374221	22	2.0	20	82	17	50	50	0	0	50	1.00
70374384--70374430	19	2.5	19	86	6	69	72	4	14	8	1.24
70374384--70374438	19	2.9	19	83	5	58	70	5	14	9	1.30
70374455--70374491	8	4.5	8	90	6	56	67	0	32	0	0.91
70374461--70374494	17	2.0	17	100	0	68	64	0	35	0	0.94
70375809--70375885	18	4.3	18	79	0	73	33	12	18	35	1.89
70375809--70375899	36	2.5	36	76	3	103	32	12	18	36	1.88
70378746--70378796	20	2.5	20	72	15	50	35	1	19	43	1.63
70379153--70379193	19	2.2	18	86	4	55	73	0	19	7	1.07
70380517--70380593	18	4.3	18	77	0	64	33	11	18	36	1.87
70380514--70380607	36	2.6	36	74	3	100	32	10	18	38	1.85
70384786--70384813	12	2.3	12	100	0	56	21	17	28	32	1.96
70400200--70400282	26	3.2	26	98	0	157	34	27	7	30	1.84
70402707--70402746	21	2.0	20	85	5	53	20	27	40	12	1.88
70404350--70404375	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
70405477--70405510	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
70406973--70407145	46	3.7	46	80	6	179	21	26	21	31	1.98
70407018--70407145	47	2.7	46	80	12	154	22	27	20	29	1.98
70407483--70407556	30	2.5	30	100	0	148	32	24	9	33	1.87
70418368--70418530	46	3.6	45	74	15	147	23	28	18	29	1.98
70418373--70418530	45	3.5	46	79	11	164	24	28	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70423024--70423131	54	2.0	54	98	0	207	27	13	24	34	1.93
70426816--70426929	43	2.6	45	83	8	130	25	17	24	32	1.97
70427129--70427194	34	1.9	34	93	0	114	39	1	22	36	1.64
70427134--70427206	34	2.1	34	89	0	110	38	1	21	38	1.63
70429397--70429581	40	4.6	40	83	4	237	24	22	27	25	2.00
70429401--70429555	83	1.9	83	90	0	247	22	22	29	25	1.99
70432380--70432413	17	2.0	17	100	0	68	17	17	5	58	1.57
70440229--70440288	30	2.0	30	90	0	93	41	8	21	28	1.82
70447736--70447795	30	2.0	30	83	0	75	38	5	25	31	1.77
70451140--70451164	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
70460327--70460410	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
70466056--70466139	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
70469942--70470217	48	5.9	48	73	10	255	29	25	19	25	1.98
70470037--70470217	96	1.9	96	89	0	281	29	25	18	25	1.98
70476166--70476195	11	2.7	11	94	0	51	73	0	26	0	0.84
70478642--70478737	43	2.2	43	84	0	129	28	31	17	22	1.97
70479395--70479427	12	2.8	12	100	0	66	36	9	6	48	1.60
70483471--70483533	23	2.7	23	77	18	85	55	6	0	38	1.25
70483471--70483560	46	2.0	46	84	8	121	55	4	2	37	1.32
70484694--70484813	7	16.9	7	68	10	64	37	40	0	21	1.60
70484694--70484787	36	2.6	36	83	8	104	35	42	1	21	1.60
70484792--70484820	14	2.0	15	93	6	51	41	31	0	27	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70484858--70484942	21	3.9	21	76	11	89	44	25	1	28	1.61
70484842--70484935	46	2.0	46	95	0	170	42	25	2	29	1.67
70484853--70484950	7	13.4	7	72	8	52	46	24	1	27	1.59
70485108--70485407	41	7.4	41	88	0	406	19	25	23	32	1.97
70490660--70490990	48	6.9	49	77	9	270	24	26	18	30	1.98
70490661--70490929	96	2.8	96	84	3	301	24	27	18	30	1.98
70490708--70490990	144	2.0	143	89	4	435	24	27	17	30	1.97
70490708--70490980	96	2.8	96	83	3	318	23	27	18	30	1.97
70498421--70498750	48	6.9	48	78	1	302	24	28	17	29	1.97
70498425--70498750	144	2.3	143	86	2	438	24	28	17	29	1.97
70509729--70509761	7	4.7	7	96	0	57	24	15	30	30	1.95
70513440--70513476	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
70516532--70516572	21	2.0	21	95	0	73	68	12	4	14	1.36
70519229--70519264	19	1.9	18	88	5	54	44	13	13	27	1.82
70520028--70520083	10	5.6	10	72	6	51	67	8	3	19	1.32
70520028--70520085	21	2.9	21	71	5	57	67	8	3	20	1.33
70533144--70533177	14	2.4	14	100	0	68	52	26	5	14	1.64
70534513--70534611	31	3.3	30	68	20	73	33	3	4	59	1.31
70534379--70534727	174	2.0	169	91	4	558	31	4	4	59	1.37
70534429--70534688	3	84.7	3	67	20	121	32	5	3	58	1.37
70535039--70535091	22	2.5	20	81	9	61	37	7	7	47	1.60
70535029--70535084	22	2.7	20	76	13	58	35	7	7	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70563233--70564435	457	2.6	456	94	1	2067	31	15	20	33	1.93
70563165--70564435	72	16.9	75	78	9	954	31	15	19	33	1.93
70564140--70564443	73	4.2	73	85	6	384	30	16	20	32	1.95
70564302--70564647	178	1.9	174	84	7	446	31	17	20	30	1.95
70566598--70566682	28	3.3	26	77	19	74	28	5	5	60	1.44
70566633--70566669	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
70566419--70566755	162	2.0	166	91	7	544	32	5	4	58	1.40
70566469--70566663	3	63.7	3	65	23	70	31	5	4	58	1.38
70569134--70569200	21	3.0	22	68	14	57	22	4	13	59	1.52
70577292--70577561	41	6.6	40	73	12	192	37	15	25	22	1.93
70579798--70579853	28	2.0	27	82	3	67	42	0	5	51	1.24
70581162--70581279	46	2.6	46	79	2	130	32	16	23	27	1.96
70599561--70599593	16	2.1	16	100	0	66	33	24	18	24	1.97
70603122--70603147	13	2.0	13	100	0	52	53	30	7	7	1.57
70606550--70606631	30	2.7	30	94	0	137	15	48	7	28	1.72
70607137--70607219	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
70607141--70607223	18	4.4	18	81	13	87	31	3	1	63	1.19
70608587--70608615	15	2.0	15	93	6	51	10	34	6	48	1.64
70615930--70616105	46	3.8	45	77	12	196	19	19	31	28	1.97
70615926--70616097	93	1.8	93	92	0	290	19	20	31	27	1.97
70618204--70618261	30	1.9	30	92	0	98	20	32	22	24	1.98
70623039--70623127	42	2.1	42	83	8	110	30	25	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70636815--70636855	21	2.0	21	90	0	64	34	4	2	58	1.32
70650536--70650707	67	2.5	67	86	1	227	29	13	23	33	1.93
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70651328--70651682	190	1.9	192	94	3	637	29	14	20	34	1.93
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70651822--70651855	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
70651763--70652064	90	3.5	86	80	10	321	27	18	17	36	1.94
70652008--70652225	54	4.1	54	83	10	270	29	15	17	37	1.90
70652016--70652225	106	2.0	104	88	7	309	30	14	18	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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