genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68534631--68534667	7	5.3	7	100	0	74	0	56	0	43	0.99
68545873--68545905	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
68546186--68546474	46	6.0	47	81	9	291	22	24	13	40	1.89
68546201--68546474	92	2.9	92	86	6	332	22	24	12	40	1.88
68546360--68546468	57	1.9	57	98	0	209	23	25	11	38	1.89
68554652--68554708	29	2.0	29	100	0	114	40	17	17	24	1.91
68559830--68559872	18	2.4	19	88	11	72	16	16	23	44	1.86
68562113--68562330	40	5.5	40	90	2	298	24	27	24	22	2.00
68570136--68570319	40	4.6	39	91	4	253	26	28	22	22	1.99
68570113--68570324	80	2.7	79	86	6	277	25	27	22	23	2.00
68581118--68581145	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
68582983--68583579	44	13.6	44	83	3	623	24	30	15	29	1.95
68582983--68583851	88	10.1	88	81	5	889	25	30	15	29	1.96
68582983--68583851	132	6.7	132	82	6	979	25	30	15	29	1.96
68583614--68583851	44	5.4	44	88	2	318	26	30	15	27	1.96
68583458--68583765	159	1.9	158	82	3	386	25	30	15	28	1.96
68583401--68583809	203	2.0	203	83	2	516	24	31	15	28	1.96
68584057--68585101	260	4.0	262	90	3	1263	26	25	18	28	1.98
68584613--68585080	45	10.6	45	65	9	154	25	24	19	30	1.98
68584057--68585101	132	8.0	132	85	3	1167	26	25	18	28	1.98
68588916--68588967	5	10.6	5	84	12	72	38	17	21	23	1.93
68588906--68588960	24	2.3	24	93	0	101	41	16	20	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68590587--68590831	131	1.9	132	79	5	282	33	17	20	27	1.96
68596016--68596062	18	2.6	18	74	12	51	25	14	27	31	1.95
68604069--68604295	103	2.2	100	81	5	242	33	16	22	26	1.96
68605792--68605843	24	2.2	24	85	0	68	32	3	9	53	1.51
68606934--68607093	43	3.7	43	77	8	146	21	20	26	31	1.98
68606934--68607053	42	2.8	42	79	9	127	20	20	26	31	1.98
68607174--68607227	27	2.0	27	96	0	99	38	7	16	37	1.77
68621407--68621524	58	2.1	58	82	4	141	32	17	16	33	1.92
68626645--68626770	39	3.2	39	93	0	198	21	19	30	28	1.98
68626645--68626797	39	3.9	39	88	1	137	20	20	30	28	1.98
68626645--68626808	78	2.1	78	80	5	181	21	20	29	28	1.98
68632427--68632467	4	10.2	4	100	0	82	26	0	0	73	0.84
68633170--68633251	24	3.4	24	86	3	85	43	0	4	51	1.23
68644979--68645066	42	2.1	42	100	0	176	38	21	9	30	1.85
68645068--68645240	62	2.8	62	85	2	231	39	24	6	28	1.81
68652665--68652769	31	3.4	31	86	5	140	18	33	26	21	1.96
68653437--68653461	11	2.3	11	100	0	50	28	20	0	52	1.47
68655653--68655691	16	2.4	16	86	4	51	66	0	33	0	0.92
68657256--68657366	45	2.5	44	81	7	134	23	19	17	39	1.92
68657346--68657370	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
68657547--68657592	18	2.6	18	89	0	74	34	13	17	34	1.88
68657599--68657672	36	2.1	36	84	0	94	35	8	18	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68657609--68657685	18	4.3	18	78	1	66	33	7	18	40	1.79
68657613--68657681	36	1.9	36	84	0	93	34	5	18	40	1.75
68658781--68658817	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
68660981--68661299	46	7.0	46	90	1	417	38	15	24	21	1.92
68660982--68661322	137	2.5	138	85	2	447	39	15	23	21	1.91
68664157--68664193	18	2.1	18	100	0	74	35	5	21	37	1.77
68667613--68667655	15	2.6	18	78	17	56	39	0	4	55	1.20
68672326--68672475	43	3.5	43	80	5	169	32	24	14	29	1.94
68673361--68673414	8	6.4	8	83	10	63	31	18	0	50	1.48
68673368--68673414	9	5.4	9	85	10	71	31	21	0	46	1.51
68673361--68673414	17	3.2	17	91	0	90	31	18	0	50	1.48
68674216--68674254	20	2.0	20	94	0	69	33	12	17	35	1.88
68677293--68677342	14	3.5	15	78	13	52	72	6	0	22	1.07
68677299--68677341	14	3.1	14	87	9	54	72	6	0	20	1.08
68678337--68678374	18	2.1	19	85	5	51	31	0	13	55	1.38
68678331--68678380	19	2.5	20	81	15	59	30	0	12	58	1.34
68678746--68678840	47	2.0	47	95	0	172	54	1	16	27	1.49
68680354--68680380	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
68685379--68685427	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
68688702--68688742	19	2.2	19	95	0	73	41	17	4	36	1.71
68691087--68691380	53	5.8	52	78	9	254	25	15	27	31	1.96
68698606--68698650	8	5.4	8	87	10	63	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68698606--68698649	13	3.4	13	84	12	63	63	0	0	36	0.95
68698749--68698841	42	2.2	42	98	0	177	22	31	33	12	1.92
68701635--68701796	54	3.0	53	81	3	191	25	13	27	33	1.93
68711841--68711893	8	6.4	8	89	8	79	64	0	0	35	0.94
68711848--68711906	13	4.7	12	82	14	66	64	0	1	33	1.04
68714425--68714612	53	3.6	53	84	0	227	28	14	25	31	1.95
68714468--68714631	53	3.1	53	83	0	159	29	15	24	31	1.95
68714610--68714701	47	2.0	46	81	10	107	30	13	22	33	1.92
68715058--68715114	18	3.4	18	72	18	68	38	24	15	21	1.92
68715060--68715126	32	2.1	32	97	0	125	37	25	13	23	1.92
68721708--68721760	8	6.6	8	93	0	88	54	20	22	1	1.54
68733634--68733791	43	3.7	43	81	5	160	31	25	17	24	1.97
68748797--68748860	32	2.0	32	100	0	128	46	6	12	34	1.67
68749296--68749372	24	3.2	24	84	1	100	42	2	35	19	1.65
68753257--68753383	35	3.6	35	83	2	157	30	11	25	32	1.91
68756091--68756116	6	4.3	6	100	0	52	30	50	19	0	1.48
68765433--68765458	8	3.2	8	100	0	52	50	0	23	26	1.50
68765570--68765636	24	2.8	24	81	0	71	49	1	31	17	1.56
68769163--68769197	16	2.2	16	94	0	61	14	25	0	60	1.35
68775178--68775218	20	2.0	20	95	0	73	4	2	29	63	1.28
68783778--68783865	6	14.5	6	89	2	122	0	61	0	38	0.96
68786432--68786476	19	2.3	20	92	3	74	51	11	8	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68786728--68786804	13	5.4	14	69	13	50	49	0	0	50	1.00
68786719--68786807	45	2.0	42	83	10	108	49	0	0	50	1.00
68792552--68792597	22	2.1	22	100	0	92	32	4	32	30	1.77
68793679--68794504	412	2.0	412	97	0	1553	33	11	17	38	1.85
68797202--68797269	27	2.4	28	78	11	77	38	1	4	55	1.29
68798021--68798123	53	2.0	52	90	1	161	23	15	15	45	1.84
68799381--68799437	15	3.5	15	71	17	51	50	0	1	47	1.11
68814772--68814808	19	2.0	19	89	5	58	72	0	18	8	1.08
68817371--68817442	6	12.3	6	85	5	67	1	41	0	56	1.07
68817375--68817431	3	19.7	3	75	7	55	1	40	0	57	1.09
68823507--68823535	14	2.1	14	100	0	58	13	27	6	51	1.66
68824393--68824441	20	2.5	20	84	12	66	77	0	20	2	0.87
68827692--68827743	17	3.1	17	81	8	61	30	1	1	65	1.14
68831807--68831840	15	2.2	16	90	10	54	23	0	8	67	1.18
68837402--68837501	20	5.1	19	75	8	85	12	31	22	35	1.90
68837402--68837501	39	2.5	39	85	4	130	12	31	22	35	1.90
68853771--68853809	20	2.0	20	89	0	60	51	2	10	35	1.50
68865724--68865750	11	2.5	11	100	0	54	25	7	0	66	1.17
68866861--68867118	46	5.5	46	74	12	163	28	18	29	23	1.97
68866861--68867122	47	5.6	48	74	11	190	28	18	29	23	1.98
68870817--68871075	46	5.6	46	74	10	242	28	29	20	21	1.98
68870816--68871075	91	2.8	92	92	1	432	28	30	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68891561--68891698	68	2.0	68	100	0	276	36	7	10	45	1.66
68891863--68891888	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
68906406--68906476	30	2.6	27	91	8	108	43	0	19	36	1.51
68906404--68906464	30	2.0	30	100	0	122	44	0	22	32	1.54
68906431--68906613	55	3.1	55	86	10	233	44	2	12	40	1.57
68906431--68906577	55	2.7	54	91	4	240	42	2	13	40	1.58
68906647--68906903	125	2.0	126	87	2	374	36	17	19	26	1.93
68912303--68912345	22	2.0	22	82	13	54	53	6	16	23	1.67
68912339--68912381	11	4.0	10	88	8	59	41	0	30	27	1.56
68921842--68921888	21	2.3	21	85	3	60	36	0	10	53	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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