Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  42  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11346691--11346753
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0
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17
5
0
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15
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0
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0
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40
1.36
11352026--11352088
27
2.3
26
76
10
63
38
0
11
50
1.38
11353016--11353049
12
2.8
12
95
0
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23
14
0
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2.3
30
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5
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2.2
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15
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1.9
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16
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2.2
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25
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2.00
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0
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0
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0
0
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20
20
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1.9
18
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0
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28
17
37
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.6
25
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0
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31
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40
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28
20
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1.98
11398051--11398168
25
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25
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184
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1.92
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3
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0
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36
0
0
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2.1
45
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158
20
19
19
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1.93
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1.9
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1.99
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5
82
22
13
12
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57
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0
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1.82
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2.0
42
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142
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10
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1.51
11428252--11428326
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2.0
38
100
0
150
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14
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1.92
11430173--11430215
21
2.0
21
100
0
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30
13
18
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2.2
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10
10
43
1.73
11437188--11437306
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3.4
35
82
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107
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21
26
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1.9
71
80
4
155
36
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20
28
1.92
11437209--11437308
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2.9
35
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112
38
16
20
26
1.92
11437207--11437331
35
3.6
35
80
4
110
36
16
19
28
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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201
21
21
28
27
1.99
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1.8
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93
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22
29
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1.99
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1
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18
2.6
18
79
0
58
0
36
6
57
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11509826--11509877
18
3.1
16
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17
61
50
7
0
42
1.31
11509812--11509877
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2.0
34
85
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91
56
6
0
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1.24
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21
1.9
21
89
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11
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29
20
26
24
1.99
11535163--11535221
28
2.1
28
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77
49
15
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27
1.73
11535175--11535232
28
2.0
30
90
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93
44
17
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31
1.75
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17
2.0
17
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0
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11
1.90
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19
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1
0
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1.09
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0
14
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81
0
10
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67
0
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1
1.01
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18
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54
77
0
22
0
0.78
11557428--11557483
17
3.1
19
75
15
64
16
0
12
71
1.15
11563630--11563668
17
2.3
17
91
8
62
33
10
10
46
1.72
11564206--11564343
72
1.9
72
87
0
204
36
18
23
21
1.95
11566218--11566737
150
3.5
149
89
3
785
29
7
6
56
1.51
11567321--11567380
3
21.0
3
76
10
63
0
35
0
65
0.93
11567693--11567740
23
2.1
23
81
14
55
50
6
2
41
1.39
11578935--11578974
21
1.9
21
100
0
80
25
20
35
20
1.96
11578953--11580541
74
21.4
74
80
7
1446
32
15
20
30
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11582051--11582100
3
16.3
3
84
12
66
34
0
2
64
1.05
11582053--11582090
19
2.0
19
94
0
67
34
0
0
65
0.93
11582199--11582225
3
9.0
3
100
0
54
33
0
0
66
0.92
11587864--11587903
15
2.7
15
96
0
71
10
40
25
25
1.86
11597897--11597929
16
2.0
17
88
5
50
57
12
9
21
1.62
11600341--11600464
61
2.0
61
100
0
248
49
1
17
31
1.57
11600345--11600440
30
3.2
30
68
24
92
51
1
17
30
1.53
11602747--11602781
17
2.1
16
89
5
52
74
2
0
22
0.95
11603438--11603471
3
11.3
3
100
0
68
67
0
32
0
0.91
11613240--11613286
24
2.0
24
88
8
71
42
0
2
55
1.12
11615320--11615344
11
2.3
11
100
0
50
92
0
8
0
0.40
11629893--11629978
43
2.0
43
95
0
154
36
8
17
38
1.79
11634461--11634515
29
2.0
28
82
13
69
25
3
3
67
1.23
11634826--11634877
27
1.9
27
88
0
77
55
5
11
26
1.58
11635604--11635664
9
7.1
9
74
7
56
57
1
0
40
1.08
11639073--11639287
92
2.3
91
84
4
279
25
18
20
35
1.95
11640711--11640744
14
2.4
14
90
0
50
44
8
17
29
1.79
11641208--11641264
15
3.5
15
71
17
51
47
3
1
47
1.29
11641345--11641400
22
2.6
22
83
5
62
51
0
0
48
1.00
11645062--11645283
40
5.6
40
94
1
358
22
23
26
26
2.00
11646829--11646873
17
2.6
18
82
7
56
42
13
13
31
1.82
11646847--11646886
18
2.2
18
86
0
53
40
15
10
35
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11646875--11646923
18
2.7
18
87
6
64
34
16
6
42
1.73
11646896--11646938
18
2.4
18
84
7
52
34
13
11
39
1.82
11647053--11647083
6
5.2
6
92
0
53
45
19
19
16
1.86
11647053--11647087
12
2.9
12
91
0
61
42
17
22
17
1.88
11647063--11647181
51
2.3
53
85
7
154
41
19
21
18
1.91
11653526--11653571
24
1.9
24
95
0
83
34
8
10
45
1.70
11654770--11654890
42
2.9
41
75
8
109
22
21
14
42
1.88
11655467--11655500
12
2.8
12
90
0
50
17
17
38
26
1.92
11659369--11659440
37
1.9
37
94
0
126
27
30
19
22
1.98
11659586--11659770
48
3.8
48
88
4
282
31
26
5
36
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255