genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18562438--18562780	27	12.7	27	74	11	183	40	20	9	29	1.83
18562809--18562932	27	4.6	27	77	4	133	37	18	21	21	1.94
18563072--18563124	27	2.0	27	92	0	88	20	22	22	33	1.97
18567272--18567381	44	2.6	42	81	9	116	17	20	29	32	1.96
18570651--18570786	37	3.7	37	77	2	121	30	19	22	27	1.97
18570754--18570849	48	2.0	48	91	0	156	28	17	23	30	1.97
18572115--18572341	53	4.2	53	75	7	188	21	21	16	40	1.91
18572115--18572331	54	4.0	53	77	8	163	21	22	16	40	1.91
18579541--18579747	53	3.8	54	78	1	218	21	24	16	37	1.93
18580064--18580120	30	1.9	30	85	0	78	28	17	7	47	1.73
18583544--18583595	26	2.0	26	100	0	104	42	11	15	30	1.82
18585751--18585809	29	2.0	29	93	0	100	37	6	23	32	1.81
18585756--18585816	29	2.1	29	87	0	86	42	6	21	29	1.78
18586627--18586984	47	7.6	45	75	15	168	27	21	28	22	1.99
18586667--18586986	47	6.8	47	77	12	268	27	21	29	22	1.99
18588135--18588173	21	1.9	21	89	5	62	15	35	25	23	1.94
18601373--18601598	45	4.9	45	85	1	236	24	18	31	25	1.97
18607471--18607537	32	2.1	32	100	0	134	34	2	20	41	1.68
18610613--18610750	62	2.2	61	82	3	152	31	15	27	24	1.96
18612089--18612139	26	2.0	25	84	3	66	47	0	17	35	1.48
18613840--18613887	23	2.1	23	84	7	62	43	12	8	35	1.73
18620176--18620416	120	2.0	120	95	0	437	37	22	16	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18626087--18626262	96	1.8	96	82	2	228	33	26	18	21	1.96
18626087--18626263	48	3.7	48	73	7	153	33	26	18	21	1.96
18629341--18629449	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
18629595--18629879	48	5.8	48	89	6	430	30	26	7	35	1.83
18629595--18629878	98	2.9	98	95	3	493	30	26	7	35	1.83
18629598--18629879	146	1.9	147	90	5	453	30	26	7	35	1.83
18629849--18630136	47	6.1	47	93	0	468	26	27	11	34	1.91
18629801--18630136	141	2.4	141	85	4	471	27	27	10	34	1.90
18629989--18630064	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
18637828--18637860	17	1.9	17	100	0	66	36	12	15	36	1.84
18640270--18640383	31	3.7	31	92	2	187	28	26	15	28	1.96
18640407--18640498	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
18640646--18640715	25	2.8	25	91	4	106	25	24	25	24	2.00
18641170--18641211	20	2.0	22	86	9	61	26	35	16	21	1.94
18641531--18641605	27	2.8	27	76	11	73	24	16	20	40	1.91
18641623--18641812	54	3.5	55	75	12	167	34	8	17	39	1.81
18641624--18641832	27	7.7	27	73	8	118	33	8	18	40	1.80
18641651--18641832	54	3.3	54	81	4	188	32	7	18	41	1.77
18641733--18641836	27	3.9	27	81	5	120	30	9	20	39	1.84
18641864--18641955	27	3.4	27	83	0	112	41	7	21	29	1.81
18647034--18647058	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
18653629--18653676	16	2.9	16	77	17	53	31	37	12	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18653981--18654018	20	1.9	20	94	0	67	47	18	18	15	1.83
18659199--18659273	24	3.2	24	75	11	84	25	20	16	38	1.92
18663488--18663604	49	2.3	49	85	8	148	28	12	30	28	1.93
18666824--18666854	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
18670010--18670188	48	3.9	47	76	14	192	29	25	19	25	1.99
18671950--18672374	212	2.0	212	99	0	832	37	8	23	30	1.85
18672725--18672945	46	4.7	46	73	7	158	29	19	27	23	1.98
18675991--18676060	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
18682103--18682132	6	5.0	6	91	0	51	0	63	16	20	1.31
18687380--18687517	68	2.0	68	95	0	249	20	23	17	38	1.93
18698809--18699026	40	5.5	40	89	2	298	24	22	27	26	2.00
18713393--18713531	42	3.2	43	81	5	138	28	19	25	27	1.99
18722304--18722503	47	4.5	47	75	16	201	29	15	24	31	1.95
18722391--18722535	38	3.6	38	79	15	173	31	14	25	28	1.95
18722344--18722545	85	2.4	85	90	3	322	29	14	24	30	1.95
18725269--18725414	48	3.0	48	91	0	238	30	24	18	26	1.98
18733521--18733941	47	9.0	47	90	1	637	31	12	29	25	1.93
18733520--18733949	141	3.0	141	93	1	729	31	12	29	26	1.93
18733830--18733905	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
18734104--18734218	37	3.1	37	92	0	185	21	20	32	25	1.98
18742190--18742242	26	2.1	25	82	10	63	58	11	9	20	1.60
18744497--18744537	20	2.0	20	100	0	82	41	4	19	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18756283--18756450	46	3.6	46	77	10	189	21	20	28	29	1.98
18756280--18756452	93	1.9	93	92	0	292	21	20	28	29	1.98
18781175--18781236	30	2.1	30	90	0	97	33	6	4	54	1.47
18782010--18782737	364	2.0	364	83	2	908	35	21	18	24	1.96
18795312--18795349	16	2.3	17	90	4	60	26	5	2	65	1.27
18819153--18819322	40	4.3	40	88	0	225	25	28	21	24	1.99
18821811--18821885	38	2.0	38	97	0	141	32	5	20	42	1.74
18825637--18825849	46	4.6	45	81	8	189	28	16	31	23	1.96
18825682--18825851	48	3.6	48	83	9	183	27	16	31	24	1.96
18826833--18826872	21	2.0	20	85	14	55	12	32	25	30	1.92
18834163--18834380	40	5.5	40	89	2	307	23	22	27	26	1.99
18835891--18835955	33	2.0	33	85	11	89	16	24	27	30	1.97
18849588--18849628	23	1.9	22	85	14	59	21	0	51	26	1.48
18851538--18851584	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
18860364--18860586	40	5.6	40	88	4	272	24	21	28	26	1.99
18860438--18860621	80	2.3	80	87	0	262	25	21	28	25	1.99
18868302--18868550	40	6.3	40	91	1	367	24	20	28	26	1.99
18868249--18868550	79	3.8	80	87	3	369	24	20	27	26	1.99
18868249--18868550	119	2.5	118	87	2	406	24	20	27	26	1.99
18868249--18868585	79	4.2	80	84	3	346	25	20	27	26	1.99
18868323--18868585	119	2.2	119	86	3	361	25	20	27	26	1.99
18879798--18879858	28	2.2	28	81	0	77	27	6	21	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18888207--18888430	40	5.6	40	85	3	279	25	23	25	26	2.00
18888215--18888430	83	2.7	80	86	4	274	24	23	25	26	2.00
18906185--18906296	22	4.9	22	69	15	68	33	17	23	25	1.96
18914364--18914406	21	2.0	21	86	0	59	37	16	0	46	1.47
18930427--18930658	84	2.8	84	82	5	256	44	10	11	32	1.75
18930622--18930822	87	2.3	86	82	2	242	38	12	12	36	1.82
18933107--18933175	34	2.0	34	94	0	120	23	8	23	44	1.80
18934653--18934703	15	3.4	15	74	15	52	35	0	3	60	1.15
18946684--18946835	44	3.5	44	84	6	218	25	22	28	23	1.99
18954339--18954488	44	3.5	43	83	8	198	25	21	29	24	1.99
18962184--18962336	44	3.5	45	84	7	206	24	20	28	26	1.99
18971569--18972025	27	16.9	27	86	3	553	29	22	7	40	1.82
18972035--18972230	27	7.3	27	85	2	241	35	18	18	26	1.95
18972622--18972695	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
18972813--18972945	6	21.8	6	75	17	123	19	18	14	48	1.81
18972813--18972945	31	4.4	30	91	6	205	19	18	14	48	1.81
18972813--18972966	30	5.1	30	86	7	186	19	18	14	48	1.82
18973756--18973800	10	4.8	10	81	10	51	46	13	2	37	1.55
18974731--18974802	35	2.1	35	94	0	126	30	22	16	30	1.96
18974919--18975028	22	5.0	22	84	9	136	33	21	16	28	1.95
18980665--18980693	15	1.9	15	100	0	58	37	27	13	20	1.91
18992994--18993638	47	13.6	47	92	2	1040	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18992994--18993638	96	6.8	94	92	3	1040	29	29	8	32	1.87
18992994--18993638	143	4.5	143	94	1	1084	29	29	8	32	1.87
18995669--18995709	20	2.2	20	86	8	59	17	24	0	58	1.38
19012264--19012306	16	2.8	15	75	6	50	39	0	20	39	1.53
19020907--19020962	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
19020896--19020962	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
19021005--19021133	25	5.2	25	86	6	149	31	20	22	26	1.98
19021318--19021378	31	2.0	31	86	0	86	31	14	27	26	1.95
19022924--19022992	34	2.0	34	97	0	129	30	4	14	50	1.62
19026301--19026333	17	1.9	17	93	0	57	24	9	9	57	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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