genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81253533--81253564	14	2.3	14	94	0	55	21	0	3	75	0.95
81253560--81253644	23	3.7	23	80	12	93	40	0	3	56	1.16
81253546--81253646	47	2.2	46	80	10	116	37	0	2	59	1.13
81253608--81253671	34	1.9	32	87	6	92	35	0	3	60	1.12
81253643--81253690	20	2.3	20	85	3	60	39	2	2	56	1.23
81253571--81253768	20	9.7	20	64	20	58	41	1	3	54	1.25
81253971--81254007	18	2.0	18	89	5	56	62	0	0	37	0.96
81253958--81254029	31	2.3	30	83	11	83	59	0	0	40	0.97
81253988--81254022	13	2.8	13	91	8	56	57	0	0	42	0.99
81254057--81254136	24	3.3	24	87	8	101	60	3	0	36	1.15
81254078--81254126	14	3.9	14	77	22	63	61	4	0	34	1.15
81254210--81254284	20	3.6	20	82	8	87	54	0	0	45	0.99
81254227--81254284	22	2.7	21	84	12	73	58	0	0	41	0.98
81254225--81254284	23	2.8	22	88	11	90	56	0	0	43	0.99
81254243--81254558	34	9.0	33	67	22	146	54	2	1	40	1.24
81253958--81254285	140	2.4	138	79	10	375	55	3	1	39	1.27
81254310--81254356	22	2.1	23	84	4	60	57	2	0	40	1.11
81254128--81254613	214	2.2	215	92	2	794	53	3	1	40	1.30
81254430--81254499	21	3.4	20	82	9	79	54	0	0	45	0.99
81254456--81254514	14	4.9	14	66	33	55	61	0	0	38	0.96
81254445--81254501	20	2.8	20	87	10	80	61	0	0	38	0.96
81254460--81254558	33	3.0	32	88	8	137	58	1	1	39	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81254498--81254540	22	2.0	22	86	9	61	58	2	2	37	1.24
81258003--81258027	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
81258038--81258065	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
81258223--81258276	3	17.7	3	84	3	54	37	7	0	55	1.28
81260738--81260820	8	9.9	8	71	19	62	67	2	0	30	1.03
81260738--81260804	15	4.1	15	78	21	73	68	2	0	28	1.04
81260738--81260816	33	2.3	34	85	8	99	68	2	0	29	1.03
81260815--81260846	14	2.3	14	100	0	64	40	0	0	59	0.97
81263767--81263797	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
81266338--81266566	43	5.3	43	84	4	230	27	16	26	29	1.97
81266338--81266566	86	2.6	87	85	2	282	27	16	26	29	1.97
81269295--81269329	9	3.9	9	84	0	52	2	17	0	80	0.84
81269295--81269334	18	2.2	19	90	4	64	2	15	2	80	0.93
81269338--81269410	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
81269339--81269381	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
81269345--81269409	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
81279710--81279741	16	2.0	16	93	0	55	34	0	6	59	1.23
81279711--81279745	18	1.9	18	94	0	61	34	0	5	60	1.21
81280419--81280452	17	1.9	18	94	5	61	2	29	35	32	1.73
81282238--81282280	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
81284756--81284867	3	37.0	3	86	1	89	55	2	8	33	1.45
81288772--81288850	41	1.9	41	92	0	131	35	17	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81290929--81290967	19	2.1	19	90	9	62	58	7	0	33	1.26
81294935--81295064	18	6.7	18	73	13	98	13	24	23	39	1.90
81294938--81295105	39	4.2	39	85	7	219	13	25	23	38	1.91
81294950--81295121	83	2.1	78	82	5	209	13	26	22	37	1.91
81300523--81300789	89	3.0	89	92	1	428	40	22	19	17	1.92
81307659--81307707	20	2.5	20	89	0	71	26	20	22	30	1.98
81308578--81308620	23	1.9	22	90	4	68	6	0	30	62	1.21
81308578--81308620	22	1.9	23	86	13	63	6	0	30	62	1.21
81311027--81311173	9	15.6	9	67	17	59	61	2	3	32	1.27
81311057--81311097	8	4.8	8	85	14	55	63	0	0	36	0.95
81311036--81311123	26	3.3	25	77	15	79	63	3	0	32	1.11
81311057--81311145	19	4.7	19	76	11	69	61	1	2	34	1.15
81311603--81311647	23	1.9	24	90	4	74	28	2	0	68	1.01
81311627--81311697	16	4.3	16	74	19	58	35	1	1	61	1.13
81313086--81313122	15	2.6	14	87	8	56	86	0	13	0	0.57
81315999--81316028	13	2.3	13	100	0	60	33	0	23	43	1.54
81327026--81327119	47	2.0	47	97	2	181	41	4	4	50	1.41
81328222--81328276	25	2.2	25	77	6	58	47	3	1	47	1.30
81329717--81329745	6	5.0	6	91	8	51	0	0	13	86	0.58
81339602--81339632	8	3.9	8	95	0	53	51	12	0	35	1.40
81339747--81339776	15	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
81339991--81340032	21	2.0	21	95	0	75	40	14	16	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81342042--81342108	20	3.4	19	75	8	55	56	1	4	37	1.29
81348364--81348443	39	2.1	39	97	0	151	36	16	12	35	1.86
81351442--81351479	19	2.0	19	100	0	76	26	26	10	36	1.89
81356732--81356791	30	2.0	31	83	3	77	30	5	10	55	1.54
81378784--81378826	22	1.9	22	85	4	59	65	0	6	27	1.18
81382257--81382311	27	2.0	27	85	0	74	38	14	3	43	1.63
81393224--81393262	13	3.0	13	100	0	78	30	15	0	53	1.42
81402256--81402318	28	2.3	28	86	2	92	30	0	7	61	1.24
81405802--81405830	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
81411481--81411527	23	2.0	23	100	0	94	27	4	12	55	1.56
81413562--81413773	111	1.9	110	96	0	388	21	24	15	39	1.91
81418389--81418444	28	2.0	28	100	0	112	39	3	21	35	1.71
81419833--81419882	24	2.1	24	92	0	82	46	28	14	12	1.79
81420683--81420742	28	2.1	28	90	0	93	25	1	25	48	1.61
81423236--81423485	137	1.8	137	97	0	473	37	23	18	20	1.94
81426353--81426996	312	2.0	317	85	6	859	37	11	12	38	1.80
81430924--81430983	31	1.9	31	93	0	102	28	11	15	45	1.81
81432392--81432697	109	2.8	109	88	1	447	33	18	16	32	1.93
81433212--81433246	17	2.1	17	89	10	54	60	0	11	28	1.32
81443494--81443546	26	2.0	26	100	0	106	39	11	15	33	1.83
81449207--81449264	29	1.9	30	86	6	82	25	10	5	58	1.52
81449387--81449415	12	2.3	13	94	5	51	68	6	0	24	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81453757--81453809	29	1.9	27	85	11	72	67	5	0	26	1.12
81459715--81459745	10	3.1	10	90	0	53	35	0	35	29	1.58
81460277--81460327	9	5.7	9	90	0	66	35	39	0	25	1.56
81460290--81460324	3	11.7	3	100	0	70	34	34	0	31	1.58
81460337--81460366	3	10.0	3	92	0	51	0	63	0	36	0.95
81460434--81460513	39	2.1	39	90	4	126	32	43	3	20	1.69
81463161--81463191	15	2.1	15	100	0	62	32	6	19	41	1.77
81469414--81469481	33	2.1	33	86	5	93	26	33	5	33	1.81
81472250--81472299	22	2.2	23	85	3	66	44	4	4	48	1.40
81476076--81476117	14	2.7	15	78	14	50	71	0	28	0	0.86
81476076--81476122	19	2.5	19	83	10	60	70	0	29	0	0.88
81480178--81480661	257	1.9	257	93	0	835	27	15	18	37	1.92
81488001--81488035	18	1.9	18	88	11	54	74	5	2	17	1.14
81488266--81488370	51	2.1	51	89	1	158	20	11	24	42	1.85
81494209--81494352	30	4.8	30	86	0	173	26	47	4	22	1.69
81494826--81494883	22	2.7	22	84	10	75	34	3	1	60	1.24
81494844--81494960	25	4.7	25	72	10	78	36	4	1	57	1.29
81494876--81494960	25	3.3	25	78	6	82	36	4	1	57	1.27
81494904--81494970	16	4.1	17	75	18	70	35	2	0	61	1.12
81494985--81495045	24	2.7	22	89	5	86	34	8	4	52	1.53
81495198--81495245	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
81495198--81495249	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81498802--81498837	12	3.0	12	83	0	54	30	22	2	44	1.67
81507171--81507425	73	3.5	73	92	0	413	30	17	20	31	1.96
81507444--81507472	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
81507481--81507901	73	5.5	73	73	15	294	29	15	22	32	1.95
81507243--81507949	240	3.0	238	93	1	1200	28	17	21	33	1.95
81507686--81507713	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
81507555--81507863	165	1.9	164	87	4	460	29	16	21	32	1.95
81507628--81507794	92	1.8	90	85	5	237	28	16	20	34	1.94
81507718--81507944	75	3.0	74	84	5	296	29	16	21	33	1.95
81507923--81507972	14	3.6	14	88	0	55	22	14	2	62	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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