genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  35  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9161156--9161250	17	5.2	17	65	14	55	33	3	13	49	1.58
9161257--9161393	9	14.6	9	89	6	193	21	9	32	36	1.86
9161499--9161564	29	2.3	27	78	16	71	28	12	27	31	1.92
9162342--9162454	20	5.7	20	71	10	70	39	6	13	40	1.69
9162337--9162480	40	3.6	39	75	12	114	39	8	11	40	1.72
9162522--9162581	20	3.0	21	80	4	70	40	11	10	38	1.75
9162524--9162608	40	2.1	40	80	8	93	42	14	8	35	1.75
9162591--9162649	20	3.0	20	73	9	57	42	20	6	30	1.78
9162544--9162670	40	3.2	40	72	11	102	43	14	7	35	1.72
9162727--9162799	37	2.0	37	97	0	137	24	5	20	49	1.70
9162888--9162950	20	3.2	19	75	8	63	33	11	11	44	1.75
9162970--9163049	20	4.1	20	73	3	72	40	11	13	35	1.81
9165475--9165756	109	2.6	109	84	4	345	31	18	15	34	1.92
9165489--9165788	108	2.8	109	85	3	356	31	20	16	32	1.94
9165801--9165926	57	2.2	56	90	2	200	30	22	19	27	1.98
9166569--9166644	40	1.9	38	84	5	98	57	1	1	39	1.15
9184952--9184992	20	2.0	20	90	0	64	41	4	24	29	1.75
9186126--9186204	41	1.9	41	92	0	131	22	24	32	20	1.97
9186284--9186439	82	1.9	81	85	3	215	23	17	32	26	1.97
9191512--9191571	26	2.6	22	78	19	61	16	13	6	63	1.50
9194350--9194410	31	2.0	31	86	0	86	45	9	11	32	1.73
9199043--9199129	29	2.9	30	71	10	79	52	0	4	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9200579--9200696	8	13.6	8	68	18	58	65	3	0	30	1.15
9200573--9200611	19	2.1	19	85	0	51	64	5	0	30	1.15
9200587--9200696	17	6.2	18	67	15	59	65	3	0	30	1.16
9200578--9200688	26	4.2	26	80	12	111	64	2	0	31	1.13
9200719--9200777	22	2.8	20	76	16	57	57	3	0	38	1.15
9200579--9200778	9	21.6	9	68	18	99	61	3	1	33	1.22
9200733--9200780	22	2.2	22	84	0	60	62	4	0	33	1.14
9204115--9204164	21	2.4	21	83	9	59	38	0	14	48	1.44
9204740--9204856	25	4.7	24	69	16	69	17	23	24	34	1.96
9204751--9204821	25	2.8	25	77	8	74	16	26	21	35	1.95
9207132--9207197	31	2.1	31	88	5	98	25	0	9	65	1.22
9207163--9207207	19	2.2	21	84	11	67	22	0	11	66	1.22
9207133--9207295	10	16.3	10	71	15	70	32	0	5	61	1.24
9207134--9207291	20	7.9	20	70	17	89	33	0	5	60	1.23
9207178--9207316	20	6.9	21	72	15	80	35	1	3	59	1.24
9207165--9207291	39	3.2	38	76	16	107	33	0	4	60	1.23
9216423--9216599	50	3.5	50	89	0	273	36	15	21	25	1.93
9216575--9216723	31	4.8	31	85	0	199	28	18	26	27	1.98
9216823--9216954	49	2.9	48	87	8	186	27	15	28	29	1.96
9216835--9216998	42	3.7	43	83	9	172	29	14	27	28	1.95
9222327--9222385	30	2.0	30	93	0	100	33	16	27	22	1.95
9223722--9223761	21	1.9	21	89	0	62	47	5	7	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9227082--9227151	29	2.3	30	87	4	97	41	2	4	51	1.36
9229341--9229379	19	2.0	20	90	5	62	58	0	20	20	1.39
9230925--9231176	131	1.9	132	79	5	278	34	16	19	28	1.94
9235895--9235955	27	2.2	27	80	11	70	40	32	6	19	1.77
9235898--9235954	28	2.0	28	83	6	71	40	35	5	19	1.74
9236828--9236894	30	2.2	32	86	5	93	47	1	1	49	1.19
9240026--9240084	30	2.0	30	83	6	75	40	3	25	30	1.72
9242514--9242759	82	3.0	82	100	0	492	39	15	15	29	1.89
9245873--9245907	16	2.1	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
9246071--9246108	20	1.9	20	100	0	76	39	34	5	21	1.76
9246129--9246185	27	2.2	26	83	3	69	22	1	29	45	1.63
9249085--9249144	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
9252382--9252457	39	1.9	39	81	5	91	46	0	5	48	1.24
9253735--9253768	14	2.3	15	90	5	52	55	8	8	26	1.59
9261028--9261080	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
9262567--9262622	26	2.2	26	96	0	103	37	26	7	28	1.83
9263917--9263951	18	1.9	18	94	0	61	31	14	25	28	1.95
9268123--9268177	27	2.0	27	100	0	110	27	29	10	32	1.91
9271508--9271553	23	2.0	23	100	0	92	21	8	39	30	1.84
9272779--9272825	17	2.8	17	78	18	53	46	19	2	31	1.61
9273512--9273566	8	6.6	9	83	6	55	43	1	0	54	1.10
9278543--9278572	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9278580--9278604	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
9283861--9283911	26	2.1	23	89	10	75	31	3	3	60	1.33
9283865--9283920	26	2.2	24	81	9	67	32	5	3	58	1.37
9291925--9291987	29	2.2	29	94	0	108	44	4	20	30	1.72
9291932--9291988	29	2.0	29	100	0	114	45	3	21	29	1.68
9293824--9294607	208	3.7	210	83	2	882	32	15	14	37	1.88
9293824--9294607	209	3.7	209	83	2	910	32	15	14	37	1.88
9293824--9294607	105	7.5	105	82	3	862	32	15	14	37	1.88
9299262--9299286	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
9299282--9299389	26	4.2	26	100	0	216	30	7	26	35	1.84
9304266--9304330	29	2.2	28	84	7	85	46	4	7	41	1.53
9304631--9304670	21	1.9	21	85	10	55	47	10	7	35	1.65
9304729--9304826	3	32.7	3	72	17	62	62	5	2	30	1.28
9304716--9304803	28	3.1	28	76	17	92	61	7	0	30	1.25
9308183--9308217	18	2.0	18	88	5	54	20	20	5	54	1.64
9309961--9310001	21	1.9	21	85	5	55	53	7	12	26	1.64
9310964--9310988	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
9313680--9313726	22	2.2	20	82	17	51	36	4	6	53	1.46
9315594--9316075	133	3.6	131	78	3	439	34	19	19	27	1.96
9319032--9319078	24	2.0	24	91	0	76	8	19	27	44	1.79
9320931--9321085	25	6.3	25	67	13	72	18	24	19	37	1.94
9337997--9338055	6	9.5	6	78	7	55	33	15	13	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9338004--9338065	19	3.3	19	83	0	70	40	14	12	32	1.84
9338002--9338055	25	2.2	25	86	6	74	35	14	12	37	1.85
9340849--9340889	21	2.0	21	90	9	66	36	4	0	58	1.20
9343412--9343463	26	2.0	26	92	0	86	50	0	11	38	1.39
9344471--9344742	136	2.0	135	94	2	483	27	14	23	34	1.94
9347576--9347611	19	1.9	19	88	5	56	36	19	8	36	1.82
9356181--9356214	17	2.1	17	88	5	52	26	8	11	52	1.67
9357603--9357662	17	3.8	17	70	17	56	15	38	28	18	1.91
9361311--9361813	47	10.6	47	94	2	812	28	29	8	33	1.87
9361311--9361813	143	3.5	143	91	3	834	28	29	8	33	1.87
9363269--9363388	56	2.1	56	96	0	222	21	23	10	45	1.82
9372440--9374166	862	2.0	862	99	0	3409	27	14	20	37	1.92
9374614--9374676	24	2.6	23	90	5	90	17	34	1	46	1.58
9382604--9382642	16	2.4	16	82	0	51	2	15	7	74	1.15
9387093--9387131	16	2.4	16	82	0	51	2	15	7	74	1.15
9389937--9389979	21	2.2	20	83	8	52	62	2	2	32	1.20
9390102--9390263	81	2.0	81	98	0	315	49	19	6	24	1.72
9391404--9391435	17	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
9400515--9400551	19	1.9	19	88	0	56	48	5	5	40	1.49
9400686--9400714	14	2.1	14	100	0	58	79	0	6	13	0.93
9406170--9406212	16	2.7	16	88	0	68	41	0	30	27	1.56
9406417--9406448	15	2.1	15	100	0	64	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9406755--9406841	45	1.9	45	90	0	138	19	32	10	37	1.86
9407318--9407361	20	2.1	21	83	4	54	54	0	0	45	0.99
9408303--9408363	20	3.1	19	75	15	61	13	11	0	75	1.05
9408306--9408368	28	2.4	27	80	15	69	12	11	0	76	1.03
9408636--9408676	21	2.0	21	90	0	64	31	2	2	63	1.20
9411823--9411881	22	2.7	22	76	23	70	52	5	6	35	1.50
9412479--9412528	25	2.1	22	82	10	55	52	0	12	36	1.39
9412551--9412589	20	1.9	21	89	5	62	43	5	20	30	1.73
9413711--9413759	26	1.9	25	87	4	71	61	0	2	36	1.08
9413737--9413795	17	3.5	17	70	25	54	64	0	1	33	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255