genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81508720--81508833	30	3.8	29	87	2	129	25	47	4	22	1.70
81508735--81508833	30	3.3	30	85	1	137	26	48	4	21	1.67
81509314--81509443	23	5.5	23	67	22	74	34	4	2	58	1.31
81509393--81509446	15	3.5	16	73	19	51	33	3	0	62	1.12
81509320--81509529	25	8.5	25	73	14	143	33	6	3	56	1.41
81509379--81509570	101	1.9	101	79	6	219	32	7	4	55	1.48
81509676--81509723	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
81509676--81509727	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
81510529--81510571	14	3.2	14	74	12	54	39	2	0	58	1.11
81513197--81513256	29	2.1	29	100	0	120	38	21	10	30	1.86
81514456--81514483	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
81521608--81521699	38	2.3	40	85	7	125	40	1	6	52	1.35
81523287--81523425	70	2.0	70	95	0	251	37	4	11	46	1.60
81524963--81524987	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
81525260--81525330	35	2.1	35	86	7	101	26	14	14	45	1.82
81526172--81526249	20	4.2	19	73	12	72	34	3	6	55	1.44
81527132--81527165	5	6.8	5	86	0	50	38	2	0	58	1.13
81529718--81529757	17	2.3	18	86	4	55	55	5	0	40	1.22
81529723--81529775	25	2.2	24	83	10	63	54	5	1	37	1.35
81529708--81529757	18	2.8	17	81	6	55	56	6	0	38	1.24
81530361--81530393	17	1.9	17	93	0	57	69	0	0	30	0.88
81531969--81532676	204	3.5	204	87	2	971	18	16	12	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81532657--81532971	120	2.6	120	81	6	345	23	13	12	50	1.75
81537416--81537578	80	2.0	80	98	0	317	45	23	5	25	1.74
81537496--81537701	99	2.1	99	97	0	394	46	22	4	26	1.70
81538704--81538790	30	2.9	30	94	1	147	26	25	6	41	1.80
81538714--81538790	15	5.1	15	69	12	68	25	23	7	42	1.81
81547537--81547609	37	2.0	36	82	12	87	54	2	4	38	1.34
81547684--81547726	20	2.1	21	87	8	63	53	9	6	30	1.59
81548976--81549690	175	4.1	175	85	3	850	22	13	21	43	1.86
81549960--81550020	25	2.4	24	76	10	68	47	24	1	26	1.61
81554131--81554244	56	2.0	56	100	0	228	46	19	10	23	1.81
81554417--81554454	18	2.2	17	95	4	67	63	0	5	31	1.17
81554437--81555419	333	2.9	333	90	4	1425	25	11	18	43	1.84
81554807--81555419	175	3.5	175	91	2	908	23	12	20	44	1.85
81555695--81555755	25	2.4	24	76	10	68	47	24	1	26	1.61
81558665--81558725	31	2.0	31	93	0	104	55	21	4	18	1.60
81559744--81559877	68	2.0	67	95	1	241	41	8	5	45	1.56
81560362--81560413	25	2.1	25	100	0	104	48	7	11	32	1.68
81562340--81562432	47	2.0	46	97	2	177	27	6	17	48	1.71
81571794--81571860	25	2.6	26	75	13	68	32	16	22	28	1.95
81574050--81574089	19	2.1	19	86	9	55	40	0	0	60	0.97
81578016--81578068	26	2.0	28	88	7	83	47	3	1	47	1.31
81593701--81593729	14	2.1	14	100	0	58	34	20	13	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81604146--81604398	87	2.9	86	84	4	321	46	16	12	24	1.82
81618419--81618451	15	2.2	15	89	10	50	0	30	18	51	1.46
81625819--81625860	18	2.3	18	83	0	57	38	4	9	47	1.57
81626213--81626258	21	2.3	20	79	17	51	43	4	0	52	1.21
81630159--81630295	68	2.0	68	97	0	256	31	14	12	41	1.83
81630626--81630676	26	2.0	26	84	7	68	23	7	11	56	1.61
81630794--81630851	30	1.9	30	86	6	82	50	22	3	24	1.65
81632863--81632967	52	2.0	53	96	1	194	34	21	14	29	1.93
81641973--81642365	132	3.0	131	80	8	361	28	15	19	36	1.93
81642568--81642809	135	1.8	133	89	3	378	28	17	17	36	1.93
81651506--81651586	42	1.9	42	94	0	144	58	8	28	4	1.49
81652346--81652456	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
81663338--81663393	29	1.9	29	85	0	76	35	17	5	41	1.73
81664443--81664511	36	2.0	36	94	5	124	36	21	2	39	1.69
81664777--81664801	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
81664962--81665004	9	4.8	9	94	0	68	39	27	9	23	1.85
81666606--81666662	25	2.4	22	78	18	60	59	1	0	38	1.08
81671854--81671920	32	2.1	33	85	2	91	38	8	13	38	1.76
81671863--81671933	32	2.3	32	83	9	85	42	12	14	30	1.82
81672892--81672935	20	2.1	21	87	4	63	45	6	0	47	1.29
81673856--81673897	18	2.4	17	80	11	50	52	0	0	47	1.00
81674855--81674897	12	3.7	11	81	9	50	25	0	2	72	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81674852--81674898	17	2.7	18	84	15	71	27	0	2	70	0.99
81675994--81676165	58	2.9	58	79	9	195	27	23	13	34	1.93
81679892--81680606	263	2.7	259	84	3	869	36	18	15	29	1.91
81689340--81689424	37	2.3	37	95	0	152	37	9	17	35	1.82
81697944--81698006	28	2.2	28	88	0	90	28	30	9	31	1.89
81697957--81698015	28	2.1	28	87	0	82	28	28	10	32	1.90
81703033--81703127	29	3.4	29	71	14	101	30	37	14	16	1.89
81703013--81703100	29	3.3	26	71	12	79	29	34	18	18	1.94
81703013--81703158	54	2.7	55	90	8	228	29	34	17	17	1.94
81721740--81721785	22	2.1	22	100	0	92	30	8	17	43	1.79
81732692--81732733	21	2.0	22	85	4	59	16	2	2	78	0.96
81733213--81733267	28	2.0	28	85	7	76	65	7	3	23	1.34
81735297--81735359	28	2.2	28	88	0	90	28	30	9	31	1.89
81735310--81735368	28	2.1	28	87	0	82	28	28	10	32	1.90
81740304--81740547	57	4.2	57	93	1	389	27	35	18	18	1.94
81740359--81740517	29	5.6	29	78	3	178	28	37	18	16	1.92
81741926--81741952	11	2.5	11	100	0	54	44	7	0	48	1.31
81742548--81742606	28	2.1	28	83	0	73	28	27	10	33	1.89
81752784--81752818	17	1.9	18	88	11	54	22	8	11	57	1.61
81754569--81754615	21	2.4	19	82	7	58	46	2	2	48	1.25
81761009--81761047	19	2.1	19	90	4	62	48	0	0	51	1.00
81763787--81763840	23	2.5	21	77	11	56	40	1	0	57	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81777425--81777488	31	2.1	31	100	0	128	51	17	3	28	1.60
81779968--81780061	31	3.1	31	84	3	111	41	10	14	32	1.81
81781757--81781791	12	2.9	12	86	0	52	62	5	28	2	1.32
81781912--81781941	6	5.0	6	91	0	51	30	33	36	0	1.58
81786554--81787261	353	2.0	353	100	0	1416	27	19	15	37	1.92
81796869--81796915	15	3.3	14	80	11	51	51	0	0	48	1.00
81796873--81796909	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
81802875--81802917	12	3.6	12	100	0	86	51	0	0	48	1.00
81802875--81802917	18	2.4	18	100	0	86	51	0	0	48	1.00
81804435--81804475	22	1.9	22	85	14	59	39	12	12	36	1.80
81817372--81817405	17	2.0	17	88	0	50	29	32	14	23	1.94
81817435--81817466	15	2.1	15	100	0	64	12	34	0	53	1.39
81822420--81822617	110	1.8	109	85	1	279	39	24	9	26	1.86
81825217--81825254	19	2.0	19	85	10	51	60	10	5	23	1.50
81825280--81825322	22	2.0	21	91	8	70	48	2	0	48	1.14
81829642--81829671	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
81831545--81831593	18	2.5	19	80	12	64	28	20	14	36	1.92
81831850--81831881	16	2.0	16	93	0	55	43	3	12	40	1.58
81843151--81843219	33	2.1	33	97	0	129	31	7	27	33	1.84
81843675--81843721	24	2.0	24	100	0	94	40	17	8	34	1.79
81846099--81846174	30	2.5	29	79	8	80	28	7	13	50	1.69
81853791--81853903	58	1.9	58	80	7	131	16	13	18	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81860918--81860942	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
81861294--81861323	14	2.1	14	93	0	51	40	13	6	40	1.71
81869851--81869930	40	2.0	38	83	7	97	57	0	0	42	0.98
81870876--81870913	11	3.5	11	96	0	67	10	13	65	10	1.47
81877992--81878024	16	2.0	17	94	5	59	18	36	15	30	1.91
81885423--81885465	21	2.0	21	100	0	86	32	13	6	46	1.71
81887038--81887092	29	1.9	29	85	10	78	47	3	0	49	1.19
81887231--81887279	22	2.2	22	85	7	64	30	6	8	55	1.54
81887277--81887341	34	2.0	32	82	11	78	46	3	7	43	1.48
81893271--81893324	26	2.1	26	82	6	65	33	20	5	40	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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