genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  45  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12149871--12150093	120	1.9	119	93	0	383	28	28	18	23	1.98
12149868--12150132	120	2.2	118	85	4	379	29	28	18	23	1.98
12150064--12150141	40	1.9	41	81	5	95	29	28	19	23	1.98
12157533--12157795	79	3.3	79	86	4	336	28	28	19	23	1.98
12157533--12157795	39	6.7	40	88	4	338	28	28	19	23	1.98
12170447--12170624	27	6.6	27	81	3	169	29	28	14	28	1.95
12170447--12170624	54	3.3	54	81	3	187	29	28	14	28	1.95
12188945--12189122	27	6.6	27	81	3	169	29	28	14	28	1.95
12188945--12189122	54	3.3	54	81	3	187	29	28	14	28	1.95
12195918--12196040	27	4.6	27	79	5	106	39	21	8	30	1.84
12195993--12196057	27	2.4	27	87	5	87	38	12	10	38	1.78
12196064--12196446	27	14.2	27	85	1	462	30	21	7	40	1.81
12196772--12196831	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
12196950--12197053	31	3.4	31	90	0	163	21	19	11	48	1.80
12196950--12197074	6	20.3	6	66	16	60	20	18	12	48	1.79
12201142--12201186	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
12203029--12203379	46	7.6	46	87	0	452	40	13	25	20	1.89
12203039--12203394	138	2.6	138	87	0	514	40	14	24	20	1.90
12205979--12206169	43	4.5	43	87	0	258	29	26	19	25	1.98
12210830--12210902	7	8.9	8	73	19	53	31	0	5	63	1.17
12211639--12211686	21	2.3	21	78	7	53	39	41	2	16	1.60
12211680--12211717	15	2.6	14	88	8	58	39	36	2	21	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12211741--12211785	14	3.2	14	87	0	54	48	26	0	24	1.51
12211879--12211999	7	17.0	7	68	12	68	42	35	0	21	1.59
12211879--12211940	22	2.9	20	81	11	61	46	32	0	20	1.51
12212317--12212585	40	6.7	40	76	4	211	29	18	22	28	1.98
12212329--12212543	80	2.7	81	80	5	233	33	17	21	26	1.96
12228736--12228998	140	1.9	139	84	2	357	22	29	19	29	1.98
12244892--12245011	41	2.9	41	83	2	152	21	23	30	25	1.99
12244994--12245061	29	2.3	29	84	0	91	25	20	29	25	1.99
12244994--12245069	29	2.6	28	75	8	71	23	19	30	26	1.98
12251772--12251876	27	3.9	27	86	9	126	35	21	23	19	1.96
12253471--12253552	26	3.2	26	94	0	137	36	23	7	32	1.82
12269449--12269588	27	5.2	27	79	11	162	36	22	22	17	1.95
12269449--12269589	54	2.6	54	92	2	230	36	22	22	17	1.94
12271187--12271306	26	4.6	26	96	0	222	34	25	8	32	1.86
12271421--12271448	10	2.8	10	100	0	56	35	21	0	42	1.53
12284979--12285036	18	3.2	18	77	0	62	37	17	22	22	1.93
12285430--12285592	27	5.9	27	83	8	193	26	18	19	36	1.94
12285447--12285557	58	1.9	58	94	0	195	27	19	18	34	1.95
12285595--12285671	27	2.9	27	90	0	127	33	16	12	36	1.88
12294781--12294902	47	2.6	47	96	0	217	36	13	23	25	1.92
12294881--12295149	54	4.8	54	81	10	290	34	18	25	21	1.96
12294889--12295109	116	1.9	116	88	3	338	34	19	25	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12307199--12307354	42	3.7	42	76	10	131	21	19	26	32	1.97
12307199--12307362	43	3.9	42	73	13	149	20	19	27	32	1.97
12317887--12317950	18	3.6	18	78	0	74	37	10	10	40	1.76
12317853--12317960	36	3.0	36	79	1	110	39	13	8	37	1.75
12317905--12318034	18	6.7	19	66	18	63	41	13	10	35	1.77
12318165--12318268	47	2.2	47	89	3	156	40	21	20	18	1.92
12318441--12318474	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
12323063--12323139	37	2.1	37	97	0	145	33	6	19	40	1.77
12325885--12325924	21	1.9	21	84	0	53	47	0	0	52	1.00
12330688--12330831	58	2.6	52	75	20	132	55	5	2	36	1.35
12330736--12330806	33	2.2	33	89	0	106	56	7	0	36	1.27
12330732--12330778	3	15.7	3	80	8	51	59	4	0	36	1.17
12341049--12341082	9	3.8	9	100	0	68	8	32	58	0	1.29
12343019--12343068	23	2.2	23	100	0	100	28	12	26	34	1.92
12348915--12348952	20	2.1	19	85	14	53	31	15	15	36	1.90
12352607--12352646	20	2.0	20	85	0	53	12	25	17	45	1.83
12355536--12355581	21	2.2	21	84	0	56	47	15	21	15	1.81
12363875--12363924	26	1.9	26	100	0	100	28	12	6	54	1.60
12365094--12365150	24	2.3	24	85	14	80	52	0	0	47	1.00
12365810--12365848	18	2.2	18	86	4	53	61	5	0	33	1.18
12366823--12366868	15	3.1	15	70	17	51	21	10	13	54	1.69
12367236--12367275	19	2.2	19	90	4	64	25	2	12	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12367259--12367284	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
12369916--12370058	65	2.2	65	86	2	191	50	2	9	37	1.49
12372014--12372079	19	3.3	20	78	20	68	42	3	3	51	1.32
12372097--12372135	20	2.0	20	85	5	53	51	5	0	43	1.24
12377848--12377885	6	6.3	6	93	0	67	34	15	21	28	1.94
12377943--12377994	23	2.2	25	75	13	63	42	7	15	34	1.75
12379398--12379576	39	4.6	39	78	4	173	37	16	23	22	1.93
12382458--12382596	68	2.0	68	97	0	260	30	13	8	46	1.73
12383624--12383688	6	10.7	6	81	8	69	55	1	26	16	1.50
12383623--12383688	18	3.6	18	83	6	80	56	1	25	16	1.49
12384661--12384752	41	2.2	41	82	3	123	53	7	18	20	1.69
12407872--12407905	18	1.9	18	88	5	52	17	32	32	17	1.94
12407977--12408010	18	1.9	18	88	5	52	14	32	41	11	1.82
12409289--12409328	19	2.1	19	95	0	71	42	12	15	30	1.83
12415567--12415601	18	2.0	18	88	5	54	14	31	42	11	1.81
12420885--12420980	39	2.5	39	75	16	99	18	14	8	58	1.61
12420884--12420980	40	2.5	39	78	8	108	18	14	8	58	1.60
12420884--12420983	19	5.1	19	73	9	69	19	14	8	59	1.59
12436554--12436642	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
12436554--12436622	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
12443506--12443545	19	2.1	19	90	0	62	50	2	17	30	1.59
12445200--12445257	20	3.0	19	75	12	55	63	6	10	18	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12445284--12445318	15	2.3	15	90	0	52	68	17	11	2	1.31
12445295--12445320	10	2.6	10	100	0	52	69	19	11	0	1.18
12447357--12447433	26	3.0	26	78	3	66	15	20	27	36	1.93
12447388--12447439	26	2.0	26	92	0	86	19	17	25	38	1.93
12455035--12455084	26	2.0	25	92	4	82	16	18	24	42	1.89
12456565--12456611	14	3.3	14	79	8	51	59	8	17	14	1.59
12458209--12458234	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
12462694--12462736	22	2.0	22	90	0	68	39	16	11	32	1.84
12469277--12469357	28	3.0	26	85	3	72	28	24	11	35	1.90
12469291--12469357	28	2.4	28	92	0	107	29	26	11	31	1.92
12474328--12474482	28	5.5	28	75	3	157	29	34	19	16	1.94
12474314--12474484	57	3.0	57	95	0	297	29	34	18	18	1.94
12474353--12474454	29	3.6	29	78	2	134	28	38	17	15	1.91
12476458--12476538	28	3.0	26	85	3	72	28	24	11	35	1.90
12476472--12476538	28	2.4	28	92	0	107	29	26	11	31	1.92
12484499--12484690	105	1.8	105	80	3	235	27	19	28	25	1.99
12486023--12486196	87	2.0	87	98	0	339	28	20	16	35	1.94
12488030--12488060	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
12490028--12490080	20	2.7	20	96	0	97	20	37	32	9	1.85
12491924--12492045	48	2.6	47	81	5	129	26	27	18	27	1.98
12491973--12492102	48	2.7	48	83	4	163	25	27	18	28	1.98
12499775--12499807	16	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12528346--12528410	29	2.3	29	86	5	89	18	0	16	64	1.29
12542744--12542900	43	3.7	43	79	10	178	27	19	25	28	1.98
12552040--12552169	37	3.6	35	80	11	120	46	13	6	34	1.68
12556898--12556950	25	2.1	25	86	6	72	49	5	1	43	1.37
12562044--12562079	5	6.8	5	87	12	54	80	0	2	16	0.83
12562045--12562077	17	1.9	17	100	0	66	78	0	3	18	0.87
12577280--12577339	20	3.1	19	73	7	57	18	18	10	53	1.71
12577283--12577410	40	3.3	37	73	16	98	17	18	7	56	1.63
12584382--12585016	284	2.2	282	77	9	599	31	15	14	38	1.87
12590472--12590510	10	3.9	10	80	12	53	69	5	7	17	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255