genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2911320--2911427	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
2912977--2913017	22	1.9	21	90	5	64	14	14	19	51	1.77
2917531--2917651	44	2.8	43	89	2	197	23	20	33	22	1.97
2917532--2917675	43	3.3	42	80	8	164	24	22	29	24	1.99
2917727--2917810	31	2.6	31	83	5	96	64	19	1	15	1.36
2923721--2923822	9	11.4	9	82	2	134	37	0	12	49	1.48
2923937--2923992	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
2924169--2924236	24	2.8	24	89	8	111	44	7	20	27	1.78
2928825--2928867	14	3.1	14	90	3	61	44	25	0	30	1.55
2929104--2929135	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
2929555--2929603	18	2.8	18	84	9	66	48	2	4	44	1.33
2929910--2930181	41	6.6	41	91	0	391	26	30	19	23	1.98
2930167--2930247	41	2.0	41	88	9	121	24	22	23	29	1.99
2930220--2930276	30	1.9	30	92	0	96	8	17	26	47	1.77
2943417--2943474	20	2.6	22	79	17	59	1	27	0	70	0.97
2945779--2945819	14	3.1	14	79	10	50	75	0	0	24	0.80
2945956--2946022	11	6.2	11	75	8	57	58	0	4	37	1.19
2945961--2946018	10	5.6	10	79	6	62	62	0	3	34	1.12
2945961--2946022	21	3.0	21	82	0	79	61	0	3	35	1.12
2952438--2952672	126	1.9	126	97	0	443	37	16	16	30	1.90
2952758--2952808	13	4.0	13	80	14	52	64	0	5	29	1.17
2953107--2953152	15	3.0	15	87	9	58	65	2	0	32	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2953540--2953576	19	2.0	19	89	5	58	16	0	59	24	1.37
2953858--2954245	85	4.6	85	90	2	611	19	26	24	28	1.99
2954267--2954411	44	3.3	44	70	12	145	26	16	20	36	1.93
2954216--2954418	87	2.3	87	91	0	325	25	17	21	35	1.95
2954227--2954367	43	3.3	43	68	13	117	23	17	24	35	1.95
2962106--2962150	21	2.1	21	91	0	72	15	24	22	37	1.93
2965411--2965435	11	2.3	11	100	0	50	16	8	28	48	1.74
2965650--2965889	126	1.9	126	94	1	428	37	16	17	28	1.92
2965971--2966021	13	4.0	13	80	14	52	64	0	5	29	1.17
2966756--2966791	18	2.0	18	94	0	63	16	0	58	25	1.38
2966774--2966836	29	2.2	29	85	5	83	19	1	47	31	1.59
2967434--2967531	19	5.2	19	90	7	146	38	9	15	36	1.79
2967424--2967511	36	2.5	36	87	10	112	39	9	13	37	1.77
2967453--2967509	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
2967916--2967967	19	3.2	15	78	21	52	36	7	3	51	1.49
2973328--2973393	7	9.7	7	76	18	52	83	0	10	6	0.81
2973326--2973392	11	5.8	12	74	20	54	83	0	10	5	0.80
2974286--2974463	44	4.0	44	75	8	191	31	17	24	26	1.97
2974488--2974719	44	5.3	44	73	10	170	28	16	25	29	1.97
2974370--2974605	117	2.0	117	95	0	427	30	16	24	27	1.96
2974651--2974742	44	2.1	44	89	4	141	31	14	28	26	1.94
2974729--2975437	204	3.5	205	93	0	1233	30	19	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2975517--2975626	45	2.5	45	80	4	116	34	13	26	25	1.93
2975982--2976060	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
2975988--2976060	36	2.0	37	94	5	130	38	10	15	35	1.82
2983129--2983183	28	2.0	28	96	0	101	21	20	25	32	1.97
2986456--2986708	16	15.7	16	66	24	65	32	3	2	60	1.28
2986522--2986610	3	29.3	3	69	22	53	30	3	2	64	1.22
2986522--2986710	19	9.6	19	67	19	79	32	4	2	60	1.27
2986517--2986748	17	13.2	17	68	25	71	31	4	2	61	1.30
2986573--2986605	13	2.4	14	90	5	50	33	3	0	63	1.10
2986458--2986632	57	3.1	55	76	16	155	30	2	3	62	1.26
2986681--2986753	21	3.9	17	77	19	51	28	5	1	64	1.24
2986995--2987052	17	3.6	17	71	21	61	36	1	0	62	1.06
2989018--2989090	33	2.2	33	92	2	121	34	19	4	42	1.70
2989894--2990056	37	4.4	37	95	0	274	25	20	17	36	1.94
2990021--2990386	52	7.2	52	84	7	468	28	22	13	34	1.93
2990021--2990378	98	3.6	98	90	2	520	29	22	13	34	1.93
2990028--2990392	150	2.5	144	92	5	577	29	22	14	34	1.93
2996762--2996788	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2997003--2997087	39	2.3	37	91	6	136	36	10	12	40	1.78
2999797--2999840	18	2.4	18	88	11	63	72	4	2	20	1.13
2999798--2999842	20	2.3	19	88	3	63	75	4	2	17	1.07
3001375--3001422	14	3.4	14	72	16	53	43	0	2	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3001364--3001422	29	2.0	29	100	0	118	44	0	3	52	1.17
3003255--3003351	49	2.0	49	100	0	194	44	12	10	32	1.76
3004009--3004038	14	2.1	15	93	6	53	73	0	0	26	0.84
3006357--3006386	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
3006824--3006879	28	2.0	28	85	0	76	16	12	17	53	1.73
3014306--3014357	27	1.9	27	88	0	77	63	1	26	7	1.32
3023114--3023304	38	5.0	38	91	1	265	21	21	25	30	1.99
3030314--3030538	79	2.8	80	82	9	271	25	21	27	25	2.00
3030314--3030538	40	5.7	40	86	5	271	25	21	27	25	2.00
3030314--3030538	119	1.9	120	83	8	298	25	21	27	25	2.00
3030321--3030571	79	3.2	79	80	10	262	27	20	26	25	1.99
3049868--3049949	39	2.1	39	97	0	155	19	24	31	24	1.98
3054381--3054421	14	2.9	14	85	3	55	46	0	29	24	1.53
3054712--3055116	125	3.2	124	81	5	449	28	20	15	35	1.94
3056343--3056410	3	23.0	3	80	8	50	63	8	27	0	1.24
3057335--3057398	31	2.1	31	82	5	87	21	9	17	51	1.73
3057588--3057630	15	2.9	15	92	0	77	58	23	0	18	1.40
3057690--3057763	22	3.5	21	76	5	69	52	24	4	18	1.63
3057590--3057749	7	22.4	7	66	20	64	53	24	1	20	1.55
3076790--3076968	27	6.5	27	76	5	153	36	15	22	25	1.93
3076790--3076937	55	2.7	56	87	5	203	39	15	20	24	1.91
3078320--3078355	17	2.2	17	90	5	56	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3087089--3087133	4	11.2	4	100	0	90	24	0	24	51	1.49
3091459--3091509	21	2.4	21	93	0	84	58	7	11	21	1.58
3093004--3093043	19	2.1	19	95	0	71	37	17	20	25	1.94
3096279--3096314	18	2.0	18	100	0	72	38	11	27	22	1.88
3097079--3097116	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
3098960--3099278	46	7.0	46	92	1	489	38	14	24	22	1.92
3098960--3099278	137	2.3	138	90	2	489	38	14	24	22	1.92
3101307--3101341	18	1.9	18	88	0	52	77	8	0	14	0.99
3101710--3101819	12	9.0	12	70	22	61	60	0	2	35	1.17
3101696--3101761	21	3.0	21	76	22	64	62	0	3	34	1.11
3101731--3101821	38	2.3	40	75	21	93	60	1	2	36	1.16
3103105--3103552	132	3.4	132	89	0	637	28	25	14	31	1.95
3103092--3103552	44	10.5	44	86	2	568	29	24	15	30	1.95
3115565--3115674	11	9.0	12	71	21	61	60	0	2	35	1.17
3115565--3115616	21	2.3	23	87	9	72	65	0	1	32	1.04
3115632--3115673	17	2.4	18	81	14	52	61	0	2	35	1.09
3115579--3115655	21	3.7	20	72	14	66	62	1	1	35	1.12
3122342--3122398	24	2.4	24	93	0	96	43	22	10	22	1.84
3127568--3127740	46	3.7	46	77	13	201	22	20	27	29	1.99
3127565--3127735	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
3140909--3140949	5	7.6	5	91	8	55	17	4	0	78	0.93
3140921--3140949	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3141050--3141085	18	2.0	18	100	0	72	38	11	27	22	1.88
3178137--3178220	12	7.1	12	73	10	66	66	2	3	27	1.20
3178631--3178690	13	4.7	13	68	4	50	20	15	50	15	1.79
3178629--3178711	38	2.2	38	97	0	157	21	12	49	16	1.78
3178755--3178779	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
3179103--3179167	21	3.1	21	62	4	51	24	21	23	30	1.99
3179214--3179555	87	4.0	87	88	3	442	19	21	21	36	1.95
3179215--3179555	43	7.9	43	70	11	207	19	21	21	36	1.95
3179693--3179863	86	2.0	85	87	4	245	20	20	21	38	1.94
3187851--3187897	19	2.5	19	86	6	60	42	8	19	29	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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