genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24176835--24176881	24	2.0	22	88	8	67	10	8	14	65	1.45
24179387--24179665	48	5.8	49	77	5	264	26	27	17	28	1.98
24179387--24179665	96	2.9	96	88	3	391	26	27	17	28	1.98
24181776--24181801	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
24182248--24182345	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
24182276--24182358	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
24187660--24187690	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
24187657--24187696	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
24187882--24188137	55	4.8	53	80	8	245	21	25	17	35	1.95
24187929--24188129	108	1.8	110	87	4	300	22	25	18	33	1.97
24204496--24204533	20	2.0	20	89	5	60	52	0	2	44	1.14
24205489--24205536	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
24206037--24206077	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
24217623--24217737	55	2.1	55	85	3	151	14	26	31	26	1.95
24228229--24228286	30	1.9	30	85	0	80	17	27	34	20	1.95
24239251--24239288	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
24239518--24239688	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
24239513--24239685	46	3.7	46	77	13	192	28	28	21	21	1.99
24253712--24253816	34	3.1	34	88	0	156	30	21	19	28	1.97
24253945--24253991	21	2.2	21	80	0	58	31	21	25	21	1.98
24269951--24269992	14	2.7	16	78	17	52	69	2	28	0	1.01
24274106--24274163	30	1.9	30	85	0	80	29	25	6	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24276851--24276879	12	2.3	13	94	5	51	24	31	6	37	1.82
24277130--24277318	55	3.5	53	82	7	220	21	24	18	35	1.96
24277305--24277426	47	2.6	47	94	0	208	26	23	13	36	1.91
24283769--24283919	53	2.8	52	80	10	162	21	24	15	38	1.92
24286413--24286706	47	6.2	47	87	2	408	31	8	30	28	1.87
24286415--24286691	96	2.9	96	92	1	441	31	8	31	28	1.87
24288730--24289004	43	6.4	43	96	0	487	22	16	34	26	1.95
24288986--24289059	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
24289082--24289279	40	4.9	40	90	2	299	27	20	28	23	1.99
24289082--24289322	40	6.0	40	87	2	286	26	20	28	24	1.99
24292885--24293178	47	6.2	47	87	2	408	31	8	30	28	1.87
24292887--24293163	96	2.9	96	92	1	441	31	8	31	28	1.87
24303586--24303661	25	3.2	25	63	14	61	43	11	22	22	1.85
24303574--24303923	138	2.5	137	88	3	513	43	13	22	19	1.86
24303574--24303923	46	7.6	47	85	6	441	43	13	22	19	1.86
24311097--24311121	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
24314869--24314921	4	13.0	4	76	11	54	71	0	0	28	0.86
24314866--24314919	21	2.7	19	83	8	72	74	0	0	25	0.83
24314873--24314921	17	2.7	18	87	9	64	71	0	0	28	0.86
24314865--24314921	24	2.4	24	85	5	71	73	0	0	26	0.83
24316431--24316552	47	2.6	47	92	0	208	25	23	14	36	1.93
24316691--24316775	44	1.9	44	85	0	116	24	23	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24317315--24317372	30	1.9	31	82	3	73	27	24	10	37	1.88
24320887--24320939	21	2.5	21	90	0	88	15	32	28	24	1.95
24322956--24323032	34	2.3	34	90	0	118	31	22	19	27	1.98
24323166--24323205	21	1.9	21	89	0	62	27	22	27	22	1.99
24328569--24328733	43	3.9	43	91	2	264	25	20	29	24	1.99
24331769--24332390	49	12.9	49	95	2	1072	29	29	8	32	1.87
24331769--24332390	145	4.3	146	96	2	1068	29	29	8	32	1.87
24331769--24332390	192	3.2	192	96	1	1124	29	29	8	32	1.87
24337457--24337592	50	2.7	49	84	9	161	37	14	15	32	1.88
24337438--24337602	50	3.3	50	80	8	158	36	14	14	33	1.87
24343470--24343532	27	2.3	26	91	2	81	34	30	9	25	1.88
24343470--24343567	28	3.5	28	88	2	126	32	28	12	26	1.92
24351750--24351819	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
24351750--24351847	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
24352294--24352320	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
24354129--24354443	39	8.1	39	93	0	531	21	25	29	23	1.99
24362282--24362499	48	4.5	49	78	5	230	25	18	28	27	1.98
24362280--24362500	96	2.3	96	85	3	293	25	18	28	27	1.98
24369312--24369544	49	4.7	50	75	8	215	26	18	25	30	1.98
24369315--24369495	100	1.8	100	85	3	256	27	18	24	30	1.98
24374974--24375055	26	3.2	26	98	0	155	31	7	25	35	1.84
24376652--24376766	27	4.3	26	81	7	131	18	22	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24376652--24376766	54	2.1	54	85	3	151	18	22	22	36	1.95
24379560--24379671	27	4.2	26	84	5	125	35	22	23	18	1.96
24379560--24379671	54	2.1	54	84	3	145	35	22	23	18	1.96
24380064--24380093	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
24381272--24381353	26	3.2	26	98	0	155	35	25	7	31	1.84
24392319--24392382	28	2.3	28	88	0	92	20	17	35	26	1.94
24392699--24393291	27	22.1	27	81	5	584	38	19	10	30	1.86
24392699--24393278	107	5.4	107	83	5	645	38	20	10	30	1.86
24393150--24393318	54	3.1	54	83	6	130	40	18	11	29	1.86
24400823--24400862	16	2.4	18	84	12	50	10	22	2	65	1.35
24403334--24403456	43	2.9	43	79	16	146	28	28	20	22	1.99
24405819--24405857	16	2.4	17	86	4	53	30	0	2	66	1.05
24407357--24407390	16	2.1	16	88	0	50	52	8	8	29	1.62
24408645--24408769	50	2.5	50	88	2	180	39	14	13	32	1.85
24415298--24415361	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
24415555--24415744	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
24415554--24415745	47	4.0	48	91	4	291	26	21	22	29	1.99
24415555--24415745	71	2.7	72	89	5	282	26	21	23	28	1.99
24415794--24415860	20	3.3	20	89	0	107	31	20	13	34	1.92
24417103--24417180	27	2.9	26	76	14	86	20	19	23	37	1.95
24417225--24417603	27	14.0	27	76	6	194	35	8	19	36	1.82
24417401--24417826	81	5.3	81	78	5	360	37	7	22	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24417318--24417845	27	19.6	27	79	5	300	35	8	21	34	1.83
24417400--24417826	54	7.9	54	77	6	337	37	7	22	32	1.83
24417691--24417871	81	2.2	81	82	0	191	38	7	21	32	1.81
24422698--24422751	27	2.0	27	92	0	90	35	22	20	22	1.96
24422887--24422987	27	3.8	27	75	6	89	19	21	20	37	1.94
24435324--24435357	17	2.1	16	88	5	50	55	0	2	41	1.15
24435323--24435368	22	2.1	22	84	8	58	54	0	4	41	1.20
24438389--24438423	16	2.2	16	94	0	61	5	20	0	74	1.02
24442754--24442800	22	2.1	22	96	0	85	23	40	4	31	1.74
24443100--24443149	14	3.6	14	84	7	50	74	2	8	16	1.15
24443115--24443152	12	2.8	14	80	19	53	76	0	2	21	0.91
24447742--24447788	22	2.1	22	96	0	85	23	40	4	31	1.74
24455571--24455637	34	2.0	34	91	5	109	29	20	20	28	1.98
24463342--24464078	47	15.6	47	93	2	1251	33	8	28	29	1.87
24465770--24465833	27	2.4	27	84	2	76	40	20	18	20	1.91
24469916--24469993	39	2.0	39	94	0	138	39	17	2	39	1.64
24469916--24469977	21	3.1	20	68	13	56	40	19	1	38	1.61
24469916--24469984	21	3.5	20	68	11	52	42	18	2	36	1.66
24480644--24480704	21	3.0	21	92	2	106	21	27	39	11	1.88
24485537--24485702	48	3.6	46	79	9	119	30	28	15	25	1.96
24485493--24485610	42	2.8	42	84	2	148	31	29	16	22	1.96
24485400--24485574	90	1.9	90	80	4	201	26	26	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24489146--24489217	25	2.8	26	80	4	74	27	20	8	43	1.81
24495949--24496190	40	6.1	40	92	1	355	26	28	21	23	1.99
24503959--24504153	37	5.4	36	81	14	208	25	27	21	25	1.99
24515663--24515710	24	2.0	25	84	12	64	8	33	2	56	1.41
24517264--24517469	40	5.2	40	92	1	335	27	27	22	22	1.99
24518885--24518912	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
24522501--24522633	29	4.5	29	84	2	176	39	12	27	21	1.89
24522497--24522633	59	2.3	59	89	1	213	38	13	27	21	1.90
24522532--24522751	59	3.8	57	79	10	194	37	12	26	24	1.90
24522653--24522765	29	3.9	29	72	5	84	37	15	24	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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