genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24934350--24934455	43	2.5	43	83	4	126	28	18	21	31	1.97
24936301--24936384	29	2.9	30	70	13	75	36	23	13	26	1.91
24936350--24936498	29	5.3	30	73	8	100	39	20	13	26	1.90
24937990--24938181	40	4.8	40	88	2	296	27	27	21	23	1.99
24943335--24943380	24	1.9	24	82	8	58	41	4	30	23	1.74
24944725--24944849	27	4.6	27	78	5	119	39	20	10	29	1.86
24947433--24947541	27	4.1	27	82	5	114	39	22	22	16	1.92
24947433--24947541	54	2.0	53	85	1	146	39	22	22	16	1.92
24947644--24947702	25	2.3	25	82	5	64	30	11	22	35	1.90
24948752--24948822	38	1.9	37	82	5	90	56	1	36	5	1.32
24948960--24949043	24	3.5	24	90	0	123	27	36	1	34	1.65
24948949--24949043	48	2.0	48	87	0	136	27	35	2	34	1.69
24955292--24955380	27	3.3	27	87	6	135	38	23	23	14	1.92
24956735--24956811	24	3.2	24	90	0	118	23	40	2	33	1.68
24959575--24959614	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
24959580--24959622	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
24960112--24960221	42	2.6	42	82	1	141	20	15	25	39	1.91
24966522--24966680	45	3.7	44	70	16	127	28	28	18	23	1.98
24969079--24969355	40	6.9	40	91	0	446	27	20	28	24	1.99
24972711--24972872	40	4.1	40	90	0	252	29	26	21	22	1.99
24979672--24979849	40	4.5	40	84	0	214	28	26	20	25	1.99
24985307--24985419	43	2.7	42	82	5	138	32	25	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24987436--24987500	34	1.9	34	87	6	96	30	23	20	26	1.98
24988134--24988164	15	2.1	15	100	0	62	16	25	32	25	1.96
24991406--24991628	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
24994859--24995113	55	4.8	54	78	10	235	36	17	24	21	1.95
24994866--24995066	108	1.8	110	87	4	300	34	17	24	22	1.96
24995305--24995335	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
25005423--25005600	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
25005424--25005579	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
25005422--25005600	82	2.2	81	82	3	216	26	15	28	29	1.96
25022927--25023235	47	6.6	47	72	12	165	24	30	19	26	1.98
25023018--25023276	94	2.8	94	81	2	283	23	31	19	25	1.98
25029056--25029153	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
25029599--25029624	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
25031757--25031897	22	6.4	22	89	0	192	36	20	14	28	1.92
25037889--25037985	29	3.4	28	81	7	99	25	12	32	28	1.92
25042770--25042836	30	2.3	29	97	2	125	23	16	25	34	1.95
25047449--25047626	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	30	1.96
25047450--25047605	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	30	1.96
25047449--25047626	82	2.2	80	82	7	214	26	15	28	30	1.96
25055527--25055704	27	6.6	27	81	3	187	27	14	28	30	1.95
25055528--25055683	82	1.9	81	85	3	215	27	14	28	30	1.95
25055524--25055704	82	2.2	81	81	2	211	27	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25063298--25063576	40	7.0	40	93	0	459	22	21	29	26	1.99
25073048--25073218	93	1.8	93	94	2	308	28	28	21	21	1.98
25073040--25073215	46	3.8	46	80	14	218	29	28	20	21	1.98
25079741--25079912	42	4.0	43	75	6	143	24	17	25	33	1.96
25084584--25084761	35	5.0	35	66	18	107	27	14	28	30	1.95
25084561--25084799	74	3.3	74	86	5	303	30	13	25	30	1.94
25084948--25085010	29	2.2	29	85	0	81	34	17	25	22	1.95
25101265--25101312	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
25108835--25108878	22	2.0	23	90	4	72	29	0	43	27	1.55
25108900--25108974	33	2.3	33	86	4	98	25	22	24	28	2.00
25110327--25110584	45	5.9	45	78	9	248	23	16	27	32	1.96
25110474--25110576	41	2.4	43	79	9	106	26	20	28	25	1.99
25111970--25112000	10	3.1	10	90	0	53	32	25	9	32	1.88
25119653--25119704	27	2.0	26	84	3	68	17	23	21	38	1.93
25122039--25122293	43	5.9	43	91	1	386	23	19	32	25	1.97
25122039--25122293	87	3.0	85	90	2	384	23	19	32	25	1.97
25122039--25122293	130	2.0	128	90	1	402	23	19	32	25	1.97
25122348--25122430	31	2.6	31	80	3	85	61	19	3	15	1.48
25129306--25129572	40	6.7	40	96	0	489	21	27	20	30	1.98
25138068--25138334	40	6.7	40	96	0	489	21	27	20	30	1.98
25141026--25141142	9	12.3	9	73	10	99	31	0	23	44	1.59
25141061--25141136	39	1.9	39	94	0	134	31	0	22	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25141028--25141140	57	2.0	57	85	0	154	30	0	23	45	1.59
25141167--25141791	243	2.6	243	98	0	1198	32	14	16	35	1.90
25144927--25144960	13	2.6	13	90	0	59	38	0	38	23	1.55
25145543--25145617	26	2.9	27	88	4	109	45	4	6	44	1.48
25146006--25146095	29	3.1	27	83	12	101	33	38	1	26	1.64
25146093--25146190	15	5.2	21	62	33	62	40	35	0	23	1.55
25146097--25146222	36	3.5	36	96	3	227	44	37	0	18	1.50
25146869--25146979	40	2.7	38	77	13	98	26	19	21	32	1.97
25151302--25151429	43	3.0	43	79	7	127	33	24	16	25	1.96
25153585--25153795	46	4.5	47	81	8	209	30	17	28	23	1.97
25157033--25157231	45	4.6	43	84	7	178	25	29	20	25	1.99
25157086--25157249	45	3.7	45	89	6	219	24	28	23	24	2.00
25160236--25160312	22	3.4	22	70	10	64	25	31	10	32	1.90
25163898--25164175	40	6.9	40	95	0	484	28	29	21	20	1.98
25166489--25166573	39	2.2	39	82	6	100	31	31	20	16	1.94
25166691--25166767	22	3.4	22	70	10	64	25	31	10	32	1.90
25166647--25166767	47	2.6	47	81	6	140	26	30	10	32	1.90
25170360--25170440	40	2.1	39	90	2	126	27	29	23	19	1.98
25170461--25170652	40	4.8	40	96	0	357	29	29	19	20	1.97
25172973--25173057	40	2.2	40	84	2	109	30	31	20	17	1.95
25178545--25178640	48	2.0	48	100	0	192	33	27	14	25	1.94
25181038--25181278	131	1.8	131	90	0	383	36	19	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25182387--25182457	19	3.4	19	74	20	70	50	16	8	23	1.73
25182369--25182458	44	2.0	44	97	0	171	51	17	8	22	1.73
25182371--25182448	25	3.4	25	72	20	96	51	17	8	21	1.73
25184010--25184529	176	3.0	176	87	2	758	23	24	20	31	1.98
25184004--25184533	89	6.0	89	81	3	604	23	24	19	31	1.98
25189196--25189341	47	3.1	47	86	4	188	45	12	13	29	1.79
25201647--25201789	46	2.9	47	77	9	117	25	13	28	32	1.94
25210023--25210064	20	2.1	20	86	8	59	45	11	19	23	1.83
25213414--25213667	131	1.9	131	91	0	418	37	18	17	26	1.93
25213856--25213934	28	2.8	28	94	1	131	63	12	3	20	1.44
25213940--25213964	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
25216094--25216188	50	1.9	50	86	4	138	29	13	13	43	1.83
25216504--25216541	20	1.9	20	88	0	58	47	2	7	42	1.46
25216509--25216549	20	2.0	20	85	0	55	46	7	9	36	1.65
25217446--25217484	20	2.0	20	84	0	51	56	12	7	23	1.62
25227079--25227121	18	2.5	18	85	7	54	51	0	0	48	1.00
25227074--25227116	18	2.4	18	92	0	68	48	2	0	48	1.14
25232395--25232434	21	2.0	20	85	5	53	45	5	10	40	1.60
25237944--25237985	22	2.0	22	95	4	77	21	28	40	9	1.84
25253038--25253123	43	2.0	43	93	0	145	20	16	33	29	1.95
25254982--25255132	53	2.8	53	82	1	185	23	23	16	35	1.95
25255114--25255242	47	2.7	47	97	0	240	26	24	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25257190--25257275	27	3.2	26	85	8	93	34	20	23	20	1.96
25257214--25257303	28	3.3	28	84	7	105	34	21	23	21	1.97
25260111--25260160	25	2.0	25	92	0	82	26	16	24	34	1.95
25269462--25269576	27	4.3	26	78	7	113	35	20	22	20	1.96
25276109--25276146	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
25276108--25276145	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
25277904--25277967	14	4.4	14	77	12	67	75	3	7	14	1.15
25277960--25277998	17	2.3	17	86	8	53	71	7	15	5	1.26
25277945--25278021	31	2.7	28	79	13	84	70	6	14	9	1.33
25278892--25278926	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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