genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  245  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79694774--79694849	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
79696994--79697052	11	5.2	11	84	8	82	66	0	0	33	0.92
79698324--79698395	19	3.6	20	75	18	69	56	4	6	31	1.45
79698472--79698517	19	2.4	19	89	7	67	58	4	6	30	1.43
79698703--79698747	11	4.1	11	82	0	54	60	4	0	35	1.17
79699539--79699602	31	2.1	31	88	2	94	6	4	15	73	1.20
79704284--79704313	13	2.2	14	94	5	53	26	0	16	56	1.40
79711874--79711922	18	2.9	17	78	6	55	46	0	4	48	1.20
79714279--79714317	15	2.6	14	88	11	60	25	0	2	71	0.98
79714284--79714317	15	2.3	15	95	5	61	26	0	0	73	0.83
79715779--79715897	47	2.4	49	86	4	161	42	12	4	40	1.62
79715973--79716008	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
79719112--79719171	30	2.0	30	100	0	120	43	10	30	16	1.81
79720377--79720496	47	2.5	50	87	4	165	40	13	3	43	1.60
79724039--79724069	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
79725736--79725859	61	2.1	59	82	8	144	35	17	25	21	1.95
79728890--79728938	21	2.3	21	86	10	64	10	16	6	67	1.39
79731287--79731326	22	2.0	21	85	14	57	52	5	7	35	1.51
79733337--79733419	24	3.5	23	67	17	62	36	9	6	48	1.61
79733324--79733428	47	2.2	47	94	0	192	38	12	6	42	1.69
79738548--79738693	12	11.5	12	68	14	53	57	0	10	30	1.38
79738864--79738912	23	2.1	23	88	0	71	65	4	6	24	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79738951--79738994	22	2.0	22	86	8	63	63	0	2	34	1.07
79744119--79744168	25	2.0	25	84	7	66	70	20	2	8	1.23
79745679--79745897	72	3.0	72	92	0	348	24	18	35	21	1.96
79750947--79751003	27	2.1	28	83	3	71	45	5	3	45	1.43
79759087--79759144	10	6.6	9	73	16	50	32	0	0	67	0.91
79759369--79759406	19	2.0	19	100	0	76	36	36	15	10	1.82
79763346--79763516	51	3.3	51	69	10	134	35	21	14	29	1.92
79763359--79763606	103	2.4	103	81	6	306	35	20	17	26	1.95
79767327--79767399	34	2.1	34	100	0	146	17	23	12	46	1.82
79769512--79769566	28	1.9	28	85	10	76	49	0	9	41	1.34
79770062--79770099	17	2.3	16	90	4	58	71	0	2	26	1.00
79771942--79771966	12	2.1	12	100	0	50	24	28	0	48	1.52
79772894--79772947	28	2.2	23	70	29	56	37	22	9	31	1.86
79772900--79772956	28	2.0	28	100	0	114	35	21	12	31	1.90
79773558--79773583	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
79773817--79774853	519	2.0	519	87	5	1495	35	13	13	37	1.84
79778137--79778199	31	2.0	31	90	0	99	34	14	9	41	1.78
79782215--79782273	28	2.1	28	93	0	100	25	10	22	42	1.84
79785748--79785975	115	2.0	115	94	0	402	27	15	29	27	1.96
79791503--79791571	34	2.0	34	94	0	120	47	1	18	31	1.58
79792587--79792615	13	2.2	13	100	0	58	65	0	0	34	0.93
79796685--79796731	22	2.1	23	88	4	69	63	4	0	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79798535--79798585	21	2.4	21	80	3	57	45	9	11	33	1.74
79804880--79804939	30	2.0	30	86	0	84	58	15	1	25	1.46
79804976--79805002	14	1.9	14	100	0	54	51	14	11	22	1.73
79813912--79813991	32	2.5	32	97	0	151	51	2	1	45	1.22
79814882--79814906	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
79819909--79819959	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
79820951--79820994	21	2.1	21	95	0	79	22	4	29	43	1.73
79824700--79824751	6	9.3	6	76	19	51	30	0	0	69	0.89
79836188--79836456	46	5.6	46	84	10	340	34	14	22	28	1.93
79836188--79836456	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
79836420--79836548	37	3.5	37	96	0	231	36	17	20	25	1.94
79857497--79857694	91	2.2	92	83	7	242	35	14	10	39	1.80
79857815--79857923	29	3.8	28	74	12	80	60	1	2	34	1.22
79857853--79857895	19	2.2	20	87	4	61	55	0	6	37	1.27
79858143--79858217	38	2.0	38	87	7	109	28	5	2	64	1.29
79858164--79858217	19	2.8	19	74	0	63	31	1	1	64	1.14
79858191--79858312	28	4.2	28	75	12	104	34	2	2	60	1.23
79858173--79858312	9	14.7	9	68	18	52	32	2	2	62	1.19
79873198--79873261	34	1.9	34	84	9	87	35	4	4	54	1.42
79874165--79874249	43	2.0	43	97	0	161	25	11	20	42	1.86
79874178--79874266	43	2.1	43	80	0	97	32	13	12	41	1.82
79874256--79874284	14	2.1	14	100	0	58	44	13	6	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79877445--79877500	24	2.3	23	80	14	60	42	5	1	50	1.35
79877765--79877793	14	2.1	14	100	0	58	48	0	0	51	1.00
79878468--79878561	47	2.0	47	100	0	188	29	27	4	38	1.76
79879773--79879889	51	2.3	51	85	2	146	23	23	18	35	1.96
79885067--79885188	37	3.0	37	68	26	95	30	15	24	29	1.96
79885125--79885195	37	1.9	37	94	0	124	28	14	28	29	1.95
79903135--79903168	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
79908066--79908124	23	2.5	22	72	20	57	62	6	5	25	1.41
79908313--79908342	6	5.0	6	95	0	51	20	16	46	16	1.84
79908532--79908608	30	2.6	30	91	0	118	11	18	37	32	1.87
79914477--79914524	20	2.3	21	82	13	64	39	0	0	60	0.97
79914589--79914641	26	2.1	25	85	3	70	37	5	1	54	1.35
79916514--79916543	14	2.1	14	93	0	51	50	16	0	33	1.46
79916512--79916542	16	1.9	16	100	0	62	51	16	0	32	1.44
79917670--79917700	2	15.5	2	93	0	53	45	3	0	51	1.17
79921874--79921915	12	3.1	14	80	13	52	52	0	0	47	1.00
79921877--79921915	13	3.1	12	82	13	51	53	0	0	46	1.00
79923404--79923618	108	2.0	109	90	2	344	36	14	14	34	1.87
79926396--79926431	10	3.5	10	96	3	63	36	0	0	63	0.94
79929246--79929278	4	8.2	4	100	0	66	27	0	24	48	1.51
79931722--79931754	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
79932635--79932709	37	2.0	37	100	0	150	44	8	21	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79933588--79933637	19	2.8	17	80	11	64	44	0	0	56	0.99
79934659--79934711	16	3.5	14	82	10	52	69	0	1	28	0.99
79934659--79934710	18	3.2	16	77	17	54	71	0	1	26	0.97
79936039--79936076	20	2.1	19	85	14	53	39	0	7	52	1.31
79943670--79943706	14	2.5	16	87	12	53	45	0	0	54	1.00
79944350--79944446	48	2.0	48	100	0	194	42	22	6	28	1.78
79953779--79953817	16	2.5	16	95	4	71	46	5	12	35	1.65
79965343--79966013	95	7.2	95	77	10	624	28	22	20	29	1.98
79965657--79965850	46	4.3	46	66	15	143	30	24	19	25	1.98
79965552--79965918	134	2.7	134	97	0	698	28	22	20	27	1.99
79965822--79965979	45	3.4	43	67	17	111	27	23	19	29	1.98
79966239--79966492	45	5.4	45	63	19	124	30	19	22	27	1.98
79966284--79966436	50	3.2	50	62	19	124	31	18	22	26	1.98
79966206--79966589	95	4.0	95	95	0	671	30	20	21	28	1.98
79968241--79968311	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
79968253--79968314	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
79968277--79968322	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
79968339--79968388	13	4.2	12	76	19	52	28	4	0	68	1.08
79968329--79968390	24	2.5	25	78	21	76	29	4	0	66	1.12
79970606--79970649	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
79974765--79975028	86	3.1	86	88	0	375	26	22	23	26	2.00
79975052--79975210	45	3.4	44	68	17	124	29	19	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79975021--79975860	95	9.0	95	82	7	915	29	20	22	28	1.98
79975114--79975480	134	2.7	134	97	0	698	27	20	22	28	1.99
79975179--79975375	46	4.4	46	66	14	149	24	20	23	30	1.98
79975510--79975763	45	5.4	45	63	19	124	30	19	22	27	1.98
79977513--79977583	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
79977525--79977586	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
79977549--79977594	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
79977611--79977660	13	4.2	12	76	19	52	28	4	0	68	1.08
79977601--79977662	24	2.5	25	78	21	76	29	4	0	66	1.12
79979561--79979642	39	2.1	38	86	2	110	17	30	18	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255