genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  37  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9697728--9698515	47	16.6	47	91	2	1209	29	29	8	33	1.87
9697728--9698515	96	8.3	96	92	2	1206	29	29	8	33	1.87
9697728--9698515	143	5.5	142	94	1	1222	29	29	8	33	1.87
9701274--9701569	127	2.3	127	92	1	477	26	17	19	36	1.94
9713246--9713670	45	9.5	44	73	10	274	29	19	22	28	1.98
9713245--9713720	135	3.5	135	88	1	654	30	19	22	27	1.98
9716316--9716641	127	2.6	127	88	2	467	27	15	19	37	1.92
9719796--9719837	11	3.9	10	85	14	57	73	2	4	19	1.12
9720332--9720397	8	7.5	8	73	17	51	65	1	1	31	1.11
9720346--9720403	18	3.2	17	78	11	53	65	1	1	31	1.13
9720332--9720395	18	3.6	18	74	14	60	65	1	1	31	1.11
9720460--9720506	24	1.9	25	83	12	62	53	2	2	42	1.25
9723478--9723514	17	2.2	17	100	0	74	32	27	10	29	1.90
9726397--9726459	33	1.9	33	90	0	99	14	6	26	52	1.65
9728404--9728440	13	2.8	13	87	0	56	21	16	27	35	1.94
9728410--9728482	28	2.5	28	84	10	85	27	13	26	32	1.94
9732188--9732240	15	3.8	13	78	14	52	24	20	28	26	1.99
9732197--9732250	15	3.6	15	84	0	72	27	18	27	25	1.98
9732261--9732309	18	2.8	17	78	3	53	28	8	26	36	1.85
9732350--9732424	15	5.1	15	75	10	57	24	17	29	29	1.97
9733846--9733879	15	2.2	16	94	5	61	32	0	0	67	0.91
9738978--9739030	17	2.9	18	83	8	63	22	3	1	71	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9738998--9739036	20	2.0	20	85	5	53	33	0	2	64	1.08
9746754--9746803	23	2.2	23	82	13	59	50	0	4	46	1.20
9746912--9747029	52	2.3	52	91	4	195	36	5	18	38	1.75
9749659--9749974	137	2.3	138	82	2	393	21	23	14	41	1.89
9749659--9749977	46	7.0	46	85	1	372	21	23	14	41	1.89
9752768--9752810	21	2.0	21	100	0	86	27	13	23	34	1.93
9752961--9753201	128	1.9	129	86	2	351	37	12	8	41	1.73
9753931--9753982	26	2.0	26	100	0	104	30	15	19	34	1.93
9754531--9754574	16	2.6	16	85	7	52	40	2	2	54	1.25
9767838--9768192	83	4.3	83	89	0	530	23	23	30	22	1.99
9768009--9768142	46	3.1	45	63	18	113	25	24	29	20	1.99
9768970--9769008	17	2.3	17	90	0	60	30	28	20	20	1.98
9775080--9775187	26	4.2	26	86	0	162	34	6	22	37	1.80
9782172--9782291	27	4.5	26	73	18	95	42	16	7	33	1.76
9782198--9782362	27	6.2	26	76	10	102	38	16	12	31	1.87
9782171--9782321	53	2.8	53	81	6	137	41	17	8	33	1.80
9782171--9782320	80	1.9	79	85	1	210	41	16	8	33	1.79
9782296--9782365	27	2.6	27	90	0	104	35	18	20	25	1.95
9809371--9809446	38	2.0	38	97	0	143	27	15	19	36	1.93
9809652--9809809	85	1.9	85	93	0	271	45	10	19	24	1.81
9810090--9810129	10	3.8	10	83	9	53	77	2	10	10	1.08
9810275--9810318	20	2.1	22	83	8	56	72	4	18	4	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9811232--9811321	26	3.2	29	81	12	80	46	7	1	44	1.39
9811265--9811317	26	2.0	26	100	0	106	45	11	0	43	1.40
9811253--9811326	26	2.7	26	80	14	87	43	9	0	47	1.36
9812329--9812393	34	1.9	34	83	0	85	27	23	21	27	1.99
9812794--9812958	54	3.1	54	89	0	222	20	16	20	42	1.89
9812794--9812958	27	6.1	27	86	0	195	20	16	20	42	1.89
9813221--9813334	56	2.0	56	100	0	228	32	21	8	37	1.84
9819347--9819389	17	2.8	14	78	21	50	69	0	6	23	1.12
9819358--9819416	24	2.5	23	80	5	64	66	1	3	28	1.18
9819676--9819736	30	2.0	30	93	0	104	24	37	26	11	1.89
9822058--9822118	24	2.5	24	91	0	95	31	26	6	36	1.82
9824386--9824445	29	2.1	28	90	6	95	30	21	15	33	1.94
9827473--9827519	24	1.9	25	82	4	60	29	6	4	59	1.41
9827734--9827767	11	3.1	11	86	0	50	64	11	8	14	1.49
9828969--9829012	22	2.2	20	88	12	63	27	20	9	43	1.82
9828974--9829018	22	2.0	23	95	4	83	24	22	8	44	1.81
9837011--9837052	23	1.9	22	90	9	68	26	0	4	69	1.08
9852430--9852468	20	2.0	20	89	0	60	58	0	38	2	1.12
9853219--9853278	26	2.3	27	82	8	70	43	5	0	51	1.23
9859271--9859336	31	2.1	31	86	5	89	50	9	4	36	1.55
9865252--9865301	25	2.0	25	84	4	64	34	14	16	36	1.88
9866511--9866548	20	1.9	20	94	0	67	0	5	31	63	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9866842--9866887	18	2.5	17	86	10	56	32	0	2	65	1.05
9866879--9866940	31	2.1	29	82	11	72	32	1	6	59	1.32
9870327--9870360	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
9871153--9871240	43	2.0	45	86	10	128	44	2	9	44	1.48
9871477--9871554	39	2.0	39	97	0	147	42	2	16	38	1.62
9872723--9872774	19	2.9	18	89	10	81	40	9	15	34	1.80
9872731--9872790	19	2.8	22	82	9	54	38	6	16	38	1.75
9881976--9882473	220	2.3	219	93	1	852	32	19	21	26	1.97
9882416--9882787	78	4.6	78	82	7	401	32	17	23	25	1.97
9882722--9882921	45	4.5	45	89	1	294	32	15	29	23	1.95
9882737--9882904	89	1.9	89	93	0	291	29	14	30	25	1.95
9883271--9883361	19	4.9	19	84	12	136	37	9	14	38	1.79
9883271--9883384	35	3.0	37	83	10	124	36	8	14	39	1.78
9883271--9883384	19	5.8	22	76	21	71	36	8	14	39	1.78
9886381--9886578	41	4.8	41	82	1	211	19	22	28	29	1.98
9887754--9887799	20	2.3	21	77	11	51	19	8	6	65	1.43
9894275--9894305	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
9899731--9899915	40	4.6	40	77	6	203	23	28	23	24	2.00
9900511--9900600	38	2.4	38	98	0	171	33	25	14	26	1.94
9907912--9908096	40	4.6	40	79	6	212	23	27	23	24	2.00
9908691--9908780	38	2.4	38	94	0	162	32	25	15	26	1.96
9910710--9910765	26	2.2	26	96	0	103	30	5	26	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9912254--9912306	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
9916362--9916397	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
9917244--9917316	36	2.0	36	97	0	137	35	16	5	42	1.71
9917631--9917689	23	2.5	24	82	17	72	44	1	1	52	1.21
9924558--9924762	27	7.6	27	83	3	223	30	27	15	26	1.96
9925307--9925331	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
9932469--9932646	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
9932490--9932645	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
9933188--9933212	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
9945548--9945604	26	2.2	26	96	0	105	35	26	8	29	1.87
9950394--9950424	12	2.6	12	94	0	53	12	48	25	12	1.77
9954507--9954556	26	1.9	26	95	0	91	46	2	14	38	1.56
9956597--9956671	26	3.0	25	90	2	105	42	2	13	41	1.58
9956599--9956676	25	3.1	25	90	1	111	38	3	12	44	1.61
9958739--9958788	26	1.9	26	87	0	73	46	2	14	38	1.56
9960858--9960907	26	1.9	26	95	0	91	46	2	14	38	1.56
9965633--9965789	19	7.9	19	71	14	70	33	1	2	61	1.20
9965606--9965750	78	1.8	79	82	10	190	35	1	2	60	1.20
9965699--9965809	23	5.1	21	80	14	102	29	1	2	65	1.16
9965630--9965749	47	2.5	51	75	15	119	35	1	2	60	1.20
9965733--9965808	12	6.8	12	73	19	65	30	1	1	67	1.07
9965633--9965809	42	4.4	40	69	17	107	33	1	2	62	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9965722--9965809	20	4.3	20	76	18	76	30	1	1	67	1.06
9965754--9965809	7	8.0	7	80	11	53	32	0	0	67	0.91
9965753--9965809	15	3.5	16	81	13	64	31	0	0	68	0.90
9965940--9965994	19	2.9	18	76	10	65	40	1	5	52	1.35
9966068--9966096	13	2.1	14	93	6	51	3	0	13	82	0.79
9975361--9975385	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
9977367--9977548	28	6.5	28	91	1	276	32	26	12	28	1.92
9990698--9990920	40	5.6	40	84	3	227	26	27	21	25	1.99
9990852--9990929	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
9997524--9997746	40	5.6	40	83	3	218	26	27	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255