genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8316191--8316245	27	2.0	27	96	0	101	50	3	20	25	1.64
8321344--8321496	46	3.4	45	77	5	155	26	11	18	43	1.85
8323114--8323143	15	2.0	15	93	0	51	76	0	23	0	0.78
8325415--8325472	17	3.5	17	83	6	66	25	27	3	43	1.71
8325481--8325545	20	3.2	20	79	14	62	27	4	0	67	1.10
8331444--8331481	17	2.4	16	91	8	60	47	23	2	26	1.65
8331450--8331484	17	2.1	17	100	0	70	45	25	5	22	1.74
8332552--8332585	13	2.6	13	90	0	50	38	8	11	41	1.73
8334886--8334915	15	1.9	16	93	6	53	73	0	3	23	0.98
8340153--8340181	13	2.2	13	100	0	58	24	6	31	37	1.82
8340659--8340702	12	3.8	11	81	18	54	40	0	0	59	0.98
8341206--8341252	24	2.0	24	83	8	60	46	0	2	51	1.13
8341308--8341369	19	3.3	19	76	0	61	69	1	6	22	1.20
8345222--8345256	18	1.9	18	94	0	61	31	17	5	45	1.71
8349585--8349628	21	2.2	20	83	4	52	75	15	0	9	1.05
8353131--8353422	126	2.3	126	84	2	361	27	15	19	38	1.91
8353144--8353465	126	2.5	126	82	4	328	26	14	19	39	1.90
8368199--8368701	44	11.3	44	71	7	225	28	20	23	27	1.99
8368288--8368527	88	2.7	88	90	1	365	26	20	26	27	1.99
8368376--8368759	135	2.9	135	83	3	454	29	21	22	26	1.99
8368192--8368621	221	1.9	223	84	2	580	28	20	23	26	1.99
8369389--8369438	25	2.0	25	92	0	82	34	20	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8371674--8371781	41	2.6	41	84	5	139	34	22	22	21	1.97
8371775--8372058	41	6.9	41	91	0	433	24	21	28	25	1.99
8372042--8372074	16	2.1	16	100	0	66	18	30	33	18	1.94
8372058--8372134	41	1.9	40	86	5	111	20	20	28	29	1.98
8372448--8372496	18	2.8	18	78	9	57	42	4	2	51	1.32
8372916--8372947	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
8377800--8377866	24	2.8	24	82	10	93	28	19	7	44	1.77
8378043--8378098	15	3.8	15	77	20	64	44	1	0	53	1.11
8378203--8378420	9	24.6	9	75	7	133	48	12	0	38	1.48
8378203--8378420	18	12.3	18	75	7	169	48	12	0	38	1.48
8378213--8378420	53	3.9	52	78	10	197	48	12	0	37	1.48
8378212--8378444	115	2.0	114	84	4	299	48	12	0	38	1.48
8383632--8383660	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
8384071--8384132	21	3.0	21	90	4	90	30	16	50	3	1.61
8384506--8384676	43	4.0	43	90	1	270	22	24	19	33	1.97
8384506--8384677	87	2.0	87	94	0	299	22	24	19	33	1.97
8385753--8385792	19	2.2	19	86	13	57	65	7	15	12	1.47
8386718--8386752	18	1.9	18	100	0	70	37	28	5	28	1.80
8390817--8390859	11	4.0	11	78	6	52	20	44	4	30	1.72
8395640--8395687	24	2.2	22	85	14	64	16	10	2	70	1.24
8400028--8400091	22	2.8	23	85	2	94	26	50	10	12	1.73
8428658--8428835	73	2.5	72	82	3	200	28	15	21	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8428839--8429190	72	4.7	72	82	7	357	31	15	19	33	1.93
8428853--8429190	76	4.5	74	85	5	421	32	15	20	31	1.94
8429571--8429627	25	2.2	25	81	6	69	35	14	7	43	1.72
8429600--8429796	73	2.7	72	88	4	279	32	17	18	31	1.94
8430272--8430382	53	2.1	53	93	0	186	25	23	14	36	1.93
8430637--8430678	22	1.9	22	90	9	68	23	50	11	14	1.76
8435863--8436022	26	6.2	26	93	0	275	33	7	23	35	1.83
8437510--8437562	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
8437879--8437953	33	2.2	34	79	9	82	28	18	24	29	1.98
8441731--8441779	26	1.9	25	87	4	71	65	4	0	30	1.11
8441756--8441813	21	2.8	21	87	7	75	68	6	0	24	1.13
8444693--8444732	21	2.0	20	90	5	62	30	2	10	57	1.45
8444930--8444977	25	1.9	25	86	0	69	31	14	8	45	1.74
8445076--8445116	20	2.0	20	90	4	64	31	7	4	56	1.48
8447136--8447175	18	2.2	18	86	8	55	5	0	27	67	1.11
8450048--8450080	8	4.2	8	88	7	50	78	0	0	21	0.75
8450040--8450091	20	2.6	19	85	8	68	78	1	0	19	0.84
8452789--8452842	21	2.6	21	76	5	56	22	27	33	16	1.95
8453572--8453619	5	9.4	5	82	17	55	79	2	0	18	0.84
8453566--8453619	17	3.1	17	83	5	63	79	1	1	16	0.91
8453572--8453619	17	2.7	18	93	6	80	79	2	0	18	0.84
8458306--8458346	16	2.4	17	88	8	57	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8458903--8458965	18	3.5	18	74	23	69	41	4	14	39	1.67
8458896--8458970	36	2.1	36	97	0	141	36	5	13	45	1.66
8459215--8459270	29	1.9	29	88	0	85	42	3	1	51	1.29
8460677--8462323	625	2.6	625	96	0	2951	33	15	15	34	1.90
8461767--8466170	885	5.0	885	99	0	8801	32	15	16	36	1.90
8470195--8470221	13	2.1	13	100	0	54	14	0	25	59	1.36
8470778--8470979	100	2.0	100	100	0	404	29	7	18	43	1.79
8472913--8472987	19	3.7	19	70	16	62	32	4	1	62	1.22
8472915--8473028	26	4.5	26	68	14	78	33	4	0	61	1.22
8472920--8472983	14	4.6	14	81	16	80	32	4	1	60	1.26
8472920--8472984	15	4.7	15	78	16	77	32	4	1	61	1.26
8472915--8473040	14	8.9	15	72	17	76	33	3	1	61	1.24
8472976--8473032	29	1.9	29	89	10	89	35	3	0	61	1.13
8473141--8473210	19	3.8	19	72	10	65	41	0	2	55	1.14
8473630--8473876	41	6.3	41	74	16	193	31	23	18	26	1.97
8473713--8473853	72	2.0	71	84	4	185	31	24	17	26	1.97
8473780--8473895	41	2.8	40	80	5	142	32	22	18	26	1.97
8473971--8474023	26	2.0	26	81	7	61	30	3	7	58	1.43
8474178--8474244	28	2.4	28	82	7	73	50	22	0	26	1.49
8474431--8474520	43	2.0	45	82	4	112	28	6	25	38	1.81
8476217--8476246	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
8478736--8478785	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8479464--8479591	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
8479482--8479558	39	2.0	39	97	0	145	44	23	0	32	1.54
8479477--8479589	57	2.0	57	87	0	163	45	23	0	30	1.59
8485168--8485198	15	2.0	16	93	6	55	32	16	51	0	1.44
8485618--8485801	43	4.2	43	88	4	244	27	31	17	23	1.97
8485624--8485787	86	1.9	86	93	0	283	24	32	18	25	1.97
8487039--8487220	41	4.5	41	94	0	285	34	24	25	15	1.94
8487039--8487220	82	2.2	82	95	0	321	34	24	25	15	1.94
8488250--8488281	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
8488268--8488321	10	5.0	10	80	12	54	55	0	0	44	0.99
8507734--8508273	90	6.2	90	81	7	684	30	15	26	26	1.96
8507910--8508229	81	3.8	81	84	7	442	29	15	29	25	1.95
8507734--8508273	171	3.1	171	89	2	765	30	15	26	26	1.96
8508311--8508647	45	7.5	45	66	12	190	32	15	26	25	1.95
8508156--8508387	117	2.0	118	90	0	367	29	15	27	27	1.96
8508274--8508662	90	4.3	90	90	1	586	31	15	26	26	1.96
8510162--8510254	20	4.7	19	70	17	64	31	4	1	63	1.21
8510169--8510232	14	4.6	14	81	16	80	32	4	1	60	1.26
8510169--8510233	15	4.7	15	78	16	77	32	4	1	61	1.26
8510222--8510296	29	2.9	24	74	22	71	33	2	1	62	1.17
8510208--8510295	17	4.9	17	71	14	61	34	3	1	61	1.20
8510295--8510357	22	2.9	22	75	11	67	46	1	3	49	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8513918--8513982	28	2.4	27	76	19	71	29	29	23	18	1.98
8525945--8525990	19	2.3	21	85	7	60	73	2	10	13	1.17
8526123--8526163	20	2.1	20	90	4	66	56	4	7	31	1.48
8527949--8528003	16	3.4	17	85	5	62	40	1	25	32	1.66
8528158--8528203	22	2.0	24	87	12	69	47	0	4	47	1.21
8528834--8528942	40	2.7	40	89	1	173	32	16	9	42	1.80
8528917--8528960	21	2.1	21	100	0	88	34	22	9	34	1.86
8528878--8528995	61	1.9	61	98	0	227	33	19	7	38	1.80
8530881--8530910	15	1.9	16	93	6	53	43	0	40	16	1.48
8533842--8533904	26	2.5	26	89	2	92	36	4	0	58	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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