genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
349523--349847	95	3.4	95	94	1	578	29	22	18	28	1.98
349523--349908	95	4.0	94	87	6	395	28	23	18	29	1.97
349872--350545	44	15.2	44	75	7	598	30	26	16	27	1.97
349861--350552	132	5.2	132	94	1	1118	30	26	16	27	1.97
350498--350681	46	4.0	46	67	10	117	30	24	19	25	1.98
350517--350849	45	7.4	45	64	12	128	28	23	19	27	1.99
350504--350926	134	3.1	134	95	1	733	29	23	19	27	1.98
350874--351223	86	4.1	86	92	0	547	26	24	22	26	2.00
350949--351169	42	5.2	42	62	20	98	24	23	24	27	2.00
355349--355392	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
366702--366739	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
370097--370124	14	2.0	14	100	0	56	57	7	0	35	1.26
373420--373487	33	2.1	33	100	0	136	41	11	17	29	1.85
375578--375767	37	5.0	36	67	16	105	25	18	14	40	1.89
375604--375727	40	3.2	38	71	13	101	29	18	12	39	1.87
375583--375824	77	3.1	76	81	1	277	25	18	14	41	1.88
382514--382637	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
382514--382748	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
382599--382775	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
388055--388101	13	3.5	13	82	5	58	31	34	14	19	1.92
388143--388198	7	8.1	7	80	4	69	28	33	14	23	1.94
388221--388271	21	2.5	19	84	6	57	21	3	31	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
388236--388286	25	2.0	27	88	7	79	19	5	33	41	1.76
390612--390698	23	3.9	23	84	4	97	16	20	25	37	1.93
390635--390698	21	3.0	21	88	4	83	15	23	26	34	1.95
392598--392691	18	5.4	18	91	3	122	27	9	26	36	1.88
393299--393361	30	2.1	30	85	2	83	49	11	1	38	1.48
396298--396438	71	2.0	71	95	0	255	29	12	12	46	1.77
397790--397850	32	1.9	32	96	0	113	31	6	16	45	1.73
403664--403706	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
414598--414633	18	2.0	18	100	0	72	38	16	22	22	1.93
418120--418153	6	5.7	6	92	0	59	32	14	0	52	1.42
438477--438547	36	2.0	36	100	0	142	36	18	11	33	1.86
438483--438546	20	3.4	20	64	24	57	37	18	10	32	1.86
444876--444932	30	2.0	28	89	6	87	43	1	0	54	1.10
448445--448477	16	1.9	18	88	11	52	42	3	6	48	1.43
455661--455716	8	7.0	8	75	20	55	58	0	1	39	1.08
455661--455703	14	2.9	14	86	10	50	55	0	0	44	0.99
459116--459162	25	2.0	23	83	8	58	17	8	17	57	1.63
472935--473004	34	2.1	34	91	0	113	24	8	22	44	1.81
474732--474795	31	2.1	30	82	5	76	31	7	15	45	1.75
474992--475064	31	2.4	30	84	6	85	42	6	9	41	1.64
482946--482976	15	2.1	15	93	0	53	58	0	0	41	0.98
482993--483039	17	2.7	18	86	3	60	65	2	4	27	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
485489--485519	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
489669--489868	55	3.7	53	75	10	192	36	16	24	23	1.94
489668--489868	108	1.8	110	86	2	289	36	16	24	22	1.94
490084--490114	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
498220--498398	47	3.8	49	81	13	214	29	28	20	21	1.98
498228--498398	94	1.8	93	93	1	297	28	28	21	21	1.98
500231--500438	55	3.8	53	80	7	215	22	25	16	35	1.95
500231--500431	108	1.8	110	87	4	300	22	24	17	34	1.96
501933--501969	18	2.1	18	100	0	74	40	16	16	27	1.89
504606--504714	28	3.9	27	77	8	103	23	25	19	31	1.98
504614--504790	56	3.2	56	81	4	225	25	27	16	30	1.97
504632--504787	54	2.8	55	81	4	199	25	27	16	31	1.96
509543--509595	24	2.2	24	83	10	63	39	3	7	49	1.49
515050--515076	4	6.8	4	100	0	54	0	25	0	74	0.83
518795--518832	18	2.2	18	85	4	51	26	21	15	36	1.93
522416--522462	15	3.1	15	84	6	51	61	0	2	36	1.08
523137--523199	29	2.3	26	86	8	81	66	1	0	31	1.01
523137--523198	27	2.2	27	88	5	88	67	1	0	30	1.00
523137--523208	14	5.3	14	74	21	64	66	1	0	31	1.00
523476--523508	15	2.1	16	88	5	50	18	6	66	9	1.40
528258--528289	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
528668--528723	28	2.0	28	100	0	112	32	7	14	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
531257--531316	22	2.8	20	74	23	50	46	3	8	41	1.50
536477--536539	33	1.9	33	100	0	126	31	11	20	36	1.88
544606--544648	2	22.0	2	86	13	63	48	2	0	48	1.14
544606--544648	7	5.5	8	84	15	63	48	2	0	48	1.14
544606--544647	11	3.8	11	84	12	59	50	2	0	47	1.14
552514--552648	71	1.9	71	95	0	243	51	14	6	26	1.67
552670--552747	34	2.3	34	97	2	147	46	19	7	26	1.77
552685--552741	19	3.2	19	63	27	52	43	22	7	26	1.78
552864--552910	23	2.1	23	88	4	69	53	4	4	38	1.40
561743--561825	43	1.9	43	100	0	166	21	22	13	42	1.88
565165--565245	30	2.7	30	84	0	108	23	7	41	27	1.81
574268--574310	21	2.0	21	82	8	52	25	11	11	51	1.72
581418--581465	4	12.5	4	84	8	64	47	22	0	29	1.51
582635--582772	72	1.9	72	86	2	197	31	24	16	27	1.97
586000--586033	17	1.9	17	94	5	59	23	0	0	76	0.79
592228--592262	17	2.1	17	100	0	70	34	34	17	14	1.90
600557--600587	15	2.0	16	93	6	55	32	16	51	0	1.44
602572--602611	21	1.9	21	90	10	64	37	0	2	60	1.11
604577--604652	30	2.5	30	85	8	118	22	14	42	21	1.89
608086--608156	3	23.7	3	75	16	58	1	38	1	59	1.15
608086--608153	30	2.3	30	86	0	91	1	38	1	58	1.16
608085--608156	18	3.8	18	76	12	74	1	38	1	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
610712--610761	21	2.4	21	93	0	82	14	42	0	44	1.44
612922--612966	16	2.8	16	82	0	63	26	0	4	68	1.08
613282--613343	30	2.1	28	85	5	79	46	6	0	46	1.28
614223--614253	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
614262--614303	20	2.1	20	90	0	66	30	16	11	40	1.85
617660--617694	18	1.9	18	88	0	52	20	20	28	31	1.97
618936--618966	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
618975--619016	20	2.1	20	90	0	66	30	16	11	40	1.85
623483--623542	15	4.1	14	74	8	57	50	1	1	46	1.21
638162--638202	19	2.2	19	86	0	55	43	9	4	41	1.59
640639--640668	15	1.9	16	93	6	53	26	13	20	40	1.89
647674--647712	18	2.2	18	86	4	53	35	5	7	51	1.53
647797--647860	20	3.2	20	82	10	69	51	6	1	40	1.36
647839--647897	24	2.6	23	86	7	77	57	1	0	40	1.09
647829--647895	20	3.2	20	77	20	66	59	2	0	37	1.13
651348--651374	12	2.2	12	100	0	54	48	0	7	44	1.31
651924--651959	6	6.0	6	96	0	63	2	47	0	50	1.15
653830--653880	24	2.2	24	89	3	77	78	1	13	5	1.02
653827--653888	24	2.7	21	79	16	70	75	1	14	8	1.10
657843--657883	21	2.0	21	90	4	66	46	7	17	29	1.74
663730--663784	21	2.6	21	94	0	101	29	3	41	25	1.72
664475--664552	38	2.1	38	97	0	147	29	20	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
665151--665176	12	2.2	12	100	0	52	30	34	7	26	1.85
679752--679848	33	2.8	35	72	20	89	45	2	1	51	1.19
680033--680096	13	4.9	13	77	7	67	34	23	7	34	1.84
684253--684320	9	7.6	9	81	0	82	44	16	13	26	1.84
684253--684320	18	3.8	18	86	0	91	44	16	13	26	1.84
690149--690215	7	9.6	7	72	16	50	16	0	34	49	1.46
690149--690217	21	3.3	21	95	0	129	15	0	36	47	1.46
690299--690357	19	3.1	18	82	4	64	33	3	20	42	1.69
690479--690976	127	4.0	126	95	1	890	35	18	21	25	1.96
692400--692448	21	2.5	20	90	6	73	57	4	4	34	1.37

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