genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25638422--25638702	27	10.4	27	75	9	151	33	8	20	38	1.83
25638301--25638470	81	2.1	81	81	4	191	28	17	18	35	1.94
25638534--25638702	81	2.1	81	85	2	223	31	7	20	40	1.80
25638560--25638713	27	5.7	27	88	0	218	29	5	22	42	1.77
25638558--25638713	81	1.9	81	89	0	240	30	5	21	41	1.77
25638534--25638717	54	3.4	54	84	1	226	32	7	20	40	1.80
25638564--25638738	81	2.2	81	85	0	224	31	6	20	42	1.77
25645073--25645143	35	2.0	35	86	0	97	42	21	7	29	1.79
25651999--25652038	10	3.9	10	87	6	53	0	17	2	80	0.83
25654443--25654656	114	1.9	114	81	2	261	37	16	14	31	1.89
25658473--25658694	40	5.6	40	88	1	304	23	20	26	29	1.99
25663153--25663204	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
25663855--25664185	27	12.3	27	88	1	466	25	20	18	34	1.96
25668614--25668671	27	2.1	27	87	0	80	27	6	20	44	1.77
25668622--25668679	27	2.1	27	96	0	107	25	5	18	50	1.68
25671532--25671570	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
25675848--25675940	47	2.0	47	100	0	186	29	15	19	36	1.92
25685981--25686153	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
25685978--25686148	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
25692986--25693158	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
25692983--25693153	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
25699205--25699285	40	2.0	40	90	4	128	27	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25720728--25720813	24	3.5	24	71	7	75	29	26	16	27	1.97
25720677--25720812	49	2.8	47	80	10	125	26	29	16	27	1.97
25725001--25725122	43	2.9	42	77	7	147	34	13	22	29	1.92
25735165--25735367	40	5.1	40	80	10	211	24	28	22	24	1.99
25735186--25735368	79	2.3	81	83	9	225	25	28	22	24	1.99
25738090--25738114	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
25738087--25738155	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
25739955--25740100	37	3.9	37	94	0	229	26	30	18	24	1.98
25740247--25740389	52	2.8	52	97	0	268	32	26	6	34	1.82
25740359--25740552	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	34	1.90
25752882--25752932	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
25759386--25759448	27	2.3	27	80	0	72	34	17	20	26	1.95
25759428--25759491	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
25760055--25760119	25	2.6	25	90	0	103	20	23	13	43	1.87
25760077--25760145	6	11.3	6	73	14	61	18	18	14	47	1.82
25761590--25761640	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
25764852--25764971	41	2.9	41	94	0	213	49	5	22	23	1.69
25766239--25766281	18	2.4	18	82	14	54	16	18	6	58	1.60
25770003--25770079	29	2.7	29	85	0	109	27	31	12	28	1.93
25770010--25770102	29	3.2	29	84	1	107	26	29	13	30	1.95
25771930--25772013	24	3.5	24	78	3	89	21	14	21	42	1.88
25788844--25788868	7	3.6	7	100	0	50	12	0	60	28	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25791435--25791524	27	3.3	27	75	9	85	26	23	13	36	1.92
25798151--25798203	27	2.0	27	85	7	72	33	20	24	20	1.97
25798798--25798851	27	2.0	27	85	3	74	33	20	22	24	1.97
25798852--25798942	27	3.4	27	81	0	110	26	20	17	35	1.95
25799864--25799921	27	2.1	27	80	0	62	32	17	20	29	1.95
25800520--25800560	19	2.3	19	79	8	50	14	4	17	63	1.47
25802171--25802276	23	4.7	21	75	14	95	25	21	17	34	1.96
25802196--25802276	22	3.6	23	81	8	85	27	22	17	33	1.96
25802171--25802276	46	2.3	45	84	9	126	25	21	17	34	1.96
25802171--25802277	24	4.6	24	74	14	91	25	21	17	35	1.95
25803829--25803924	48	2.0	48	95	0	174	20	14	25	39	1.91
25805893--25805930	19	2.0	19	94	0	67	31	23	26	18	1.97
25810385--25810435	26	2.0	26	100	0	102	39	11	11	37	1.79
25814078--25814201	51	2.4	51	93	0	212	29	24	12	33	1.92
25814177--25814215	7	5.6	7	90	0	60	20	30	7	41	1.80
25814177--25814215	14	2.8	14	96	0	69	20	30	7	41	1.80
25814126--25814264	65	2.1	65	89	2	208	28	25	13	31	1.94
25819000--25819042	18	2.4	18	96	0	77	65	6	4	23	1.37
25833069--25833198	44	3.0	42	75	12	111	29	20	23	26	1.99
25839490--25839557	36	1.9	36	84	3	93	39	20	10	29	1.86
25841539--25841713	29	6.0	29	83	2	244	36	12	26	24	1.91
25841539--25841713	87	2.0	87	90	0	278	36	12	26	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25847489--25847635	41	3.6	41	83	1	206	20	23	28	27	1.99
25858051--25858076	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
25861743--25861823	29	2.8	27	75	14	81	41	13	11	33	1.80
25875066--25875251	92	2.0	92	100	0	372	24	31	16	27	1.96
25882500--25882551	27	1.9	27	96	0	95	5	3	32	57	1.40
25882500--25882545	15	3.3	15	70	17	53	6	4	30	58	1.43
25883904--25884075	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
25883897--25884072	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
25891477--25891648	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
25891470--25891645	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
25893066--25893101	16	2.1	18	90	10	58	69	2	0	27	1.02
25901672--25901748	25	3.2	25	68	17	81	31	7	29	31	1.86
25901683--25901759	22	3.4	22	68	16	66	29	10	29	29	1.90
25901659--25902079	47	9.0	47	89	0	608	31	11	29	27	1.91
25902242--25902393	37	4.1	37	94	0	250	21	20	32	25	1.97
25903865--25903912	20	2.4	20	100	0	96	16	35	35	12	1.87
25916339--25916483	42	3.4	43	76	13	131	32	26	18	22	1.97
25916339--25916458	43	2.8	43	82	9	122	31	25	18	25	1.97
25916994--25917047	28	2.0	28	82	10	67	27	27	3	40	1.73
25918382--25918419	16	2.4	17	86	13	62	52	21	21	5	1.66
25918390--25918424	16	2.2	16	94	0	61	51	17	22	8	1.72
25918634--25918748	29	4.0	29	82	6	128	27	16	29	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25918647--25918757	57	1.9	58	85	1	152	27	17	29	25	1.97
25923209--25923266	30	1.9	30	85	0	80	12	24	36	27	1.91
25925095--25925155	6	10.7	6	82	7	74	80	0	1	18	0.80
25930352--25930615	40	6.6	40	84	6	274	26	21	28	23	1.99
25930353--25930588	120	2.0	120	85	5	325	26	20	29	24	1.99
25948170--25948354	40	4.6	39	83	5	203	23	21	28	26	1.99
25948223--25948387	79	2.1	79	83	6	201	25	20	28	25	1.99
25956334--25956518	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
25956387--25956543	79	2.0	79	81	7	185	25	21	27	26	1.99
25958347--25958400	20	2.7	20	80	11	74	42	25	25	5	1.77
25959860--25959964	27	3.9	27	82	0	120	37	18	17	27	1.93
25959946--25960237	27	10.8	27	76	7	198	41	16	9	32	1.80
25959947--25960210	81	3.3	81	79	6	250	42	16	9	31	1.80
25960656--25960723	25	2.7	25	81	0	91	22	13	22	42	1.87
25963517--25963597	27	3.0	27	94	0	135	29	19	23	27	1.98
25963582--25963640	26	2.2	26	84	3	82	35	15	11	37	1.84
25963633--25963784	27	5.6	27	83	7	132	46	19	5	27	1.73
25963633--25963760	54	2.4	54	85	2	168	46	20	5	28	1.73
25963582--25963784	54	3.8	54	74	7	162	42	18	7	30	1.79
25963602--25963785	27	6.9	27	79	9	83	44	18	6	30	1.75
25965386--25965569	49	3.7	49	83	2	242	26	19	26	28	1.98
25965381--25965568	100	1.9	100	96	0	349	25	19	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25966910--25967051	25	5.7	25	79	5	171	16	16	28	38	1.90
25966899--25967050	50	3.1	50	94	0	270	18	14	27	39	1.90
25972717--25973310	296	2.0	297	94	0	1037	39	18	4	37	1.72
25976700--25976826	28	4.7	28	76	10	120	36	20	15	27	1.93
25978680--25978771	45	2.0	47	85	8	125	28	15	25	31	1.95
25980908--25980943	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
25981424--25981601	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25981425--25981580	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25981421--25981601	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25988857--25988892	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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