genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  67  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19654598--19654711	25	4.6	24	74	11	72	25	24	21	28	1.99
19659653--19659702	13	3.8	13	89	0	73	50	14	14	22	1.77
19666416--19666476	30	2.0	30	87	6	88	32	21	6	39	1.79
19670508--19670539	15	2.1	15	100	0	64	40	28	18	12	1.87
19676532--19676617	43	2.0	43	82	13	106	29	29	18	23	1.98
19683966--19684061	28	3.4	27	81	8	120	26	30	14	29	1.95
19683966--19684075	57	1.9	57	88	3	168	27	31	13	27	1.94
19683966--19684082	28	4.1	28	80	10	114	28	29	12	29	1.93
19689990--19690032	11	4.2	11	85	8	56	0	20	18	60	1.36
19699368--19699462	42	2.2	43	81	5	113	27	20	23	29	1.98
19710249--19710322	32	2.4	31	86	4	112	22	29	5	41	1.76
19714091--19714237	40	3.7	40	87	2	190	24	21	27	26	1.99
19721782--19721957	40	4.4	40	88	2	239	26	18	27	26	1.98
19734817--19734853	19	1.9	19	94	0	65	37	16	13	32	1.87
19739424--19739492	34	2.0	34	94	0	120	39	18	10	31	1.84
19740369--19740405	16	2.3	16	95	0	65	18	29	24	27	1.98
19741889--19742006	57	2.1	58	90	1	184	47	12	5	33	1.66
19749052--19749614	47	11.9	47	92	3	957	29	28	8	33	1.87
19749052--19749614	143	4.0	141	93	2	957	29	28	8	33	1.87
19749052--19749614	190	3.0	189	95	1	995	29	28	8	33	1.87
19752191--19752235	21	2.0	23	91	8	76	15	20	22	42	1.89
19754985--19755110	23	5.5	23	83	7	118	16	25	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19758205--19758234	14	2.1	14	100	0	60	36	0	13	50	1.42
19758509--19758778	48	5.6	48	79	6	287	28	20	28	22	1.98
19758509--19758778	95	2.8	96	84	2	346	28	20	28	22	1.98
19758506--19758778	143	1.9	143	85	5	381	28	20	28	22	1.98
19764406--19764657	46	5.5	45	80	9	244	26	19	29	24	1.98
19764401--19764656	93	2.8	92	81	7	297	26	19	29	23	1.99
19771813--19771896	29	2.9	29	85	3	107	28	29	17	23	1.97
19771783--19771895	58	2.0	57	84	5	147	27	28	16	27	1.97
19775108--19775140	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
19779650--19779894	40	6.2	40	92	3	345	26	27	21	23	1.99
19782811--19782988	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
19782832--19782987	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
19790325--19790502	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
19790325--19790502	82	2.2	81	84	3	232	30	28	14	26	1.95
19792091--19792138	14	3.5	14	82	5	71	18	14	0	66	1.25
19792091--19792146	27	2.1	27	100	0	112	17	14	0	67	1.22
19798668--19798815	40	3.7	40	91	6	223	25	27	23	23	2.00
19802679--19802906	48	4.8	47	81	7	262	26	21	29	21	1.99
19802679--19802907	96	2.4	95	87	2	316	27	21	29	21	1.99
19806439--19806613	46	3.8	45	76	10	174	22	20	28	29	1.98
19814575--19814759	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
19814556--19814759	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19822521--19822703	40	4.7	40	83	8	216	25	26	22	24	2.00
19822521--19822703	78	2.3	81	82	9	218	25	26	22	24	2.00
19837058--19837113	21	2.8	21	75	5	62	62	3	3	30	1.29
19841181--19841227	18	2.7	17	87	6	67	23	2	4	70	1.16
19841188--19841226	18	2.2	18	95	0	69	20	2	5	71	1.17
19843919--19845192	639	2.0	639	92	0	2109	29	22	12	35	1.91
19853905--19854125	39	5.6	39	82	6	232	24	20	28	26	1.99
19853905--19854125	40	5.6	39	83	4	223	24	20	28	26	1.99
19862025--19862248	40	5.7	40	85	6	280	24	22	28	25	2.00
19862025--19862246	79	2.8	80	85	6	290	24	22	27	24	2.00
19862025--19862281	79	3.3	79	80	7	220	25	22	27	24	2.00
19870803--19870840	19	2.0	19	100	0	76	47	10	5	36	1.61
19877170--19877318	40	3.7	38	82	11	156	30	24	22	22	1.99
19877194--19877320	42	3.1	42	91	2	204	32	22	20	24	1.98
19880166--19880252	43	2.0	43	80	12	99	29	27	16	26	1.96
19882776--19882839	28	2.3	28	86	0	83	20	18	35	25	1.95
19883156--19883545	27	14.7	27	79	9	349	38	19	10	31	1.86
19883395--19883437	21	2.0	21	86	0	59	44	23	6	25	1.78
19883497--19883585	27	3.3	27	88	3	117	37	15	17	29	1.91
19883173--19883558	156	2.4	156	82	6	413	38	18	11	31	1.86
19883156--19883585	183	2.3	183	80	7	404	38	19	11	30	1.87
19888327--19888389	31	2.0	31	90	0	99	23	22	15	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19888603--19888654	25	2.1	25	89	3	79	26	17	21	34	1.95
19888610--19888704	25	3.8	25	81	5	111	27	20	24	28	1.99
19896415--19896478	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
19896699--19896770	25	2.9	25	91	0	117	23	22	26	27	1.99
19896816--19896882	20	3.3	20	95	4	118	34	19	10	35	1.86
19896802--19896882	40	2.0	39	84	13	103	34	18	11	35	1.86
19896816--19896871	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
19896816--19896888	9	7.4	10	73	17	64	35	19	9	35	1.84
19898077--19898101	10	2.5	10	100	0	50	76	0	24	0	0.80
19900886--19900958	36	2.0	36	97	0	137	36	10	8	43	1.70
19904934--19904993	27	2.3	26	88	2	84	21	25	20	33	1.97
19916243--19916340	37	2.6	39	77	17	102	40	3	4	52	1.36
19916327--19916399	38	1.9	38	86	5	103	41	4	2	52	1.35
19917548--19917607	22	2.7	22	84	0	75	35	45	8	11	1.71
19917836--19917887	24	2.2	23	89	6	77	13	13	0	73	1.11
19925255--19925298	23	2.0	22	86	4	61	25	22	11	40	1.87
19930194--19930228	17	2.1	17	89	5	54	14	2	0	82	0.77
19934659--19934696	5	7.4	5	88	5	58	15	2	0	81	0.80
19935702--19935794	44	2.1	44	100	0	186	10	23	4	61	1.47
19942208--19942248	21	2.0	20	86	9	57	41	4	4	48	1.46
19943187--19943220	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
19948335--19948452	40	3.0	40	89	2	175	28	21	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19948200--19948693	194	2.5	192	80	7	502	30	20	20	28	1.97
19948540--19948677	40	3.5	40	82	5	163	28	22	21	26	1.99
19949512--19949623	7	15.9	7	66	12	50	41	32	2	23	1.68
19949513--19949593	14	5.8	14	74	8	58	41	30	2	24	1.68
19950050--19950870	336	2.4	337	85	3	1062	28	16	20	34	1.94
19953045--19953158	9	13.0	9	76	10	85	49	19	0	30	1.54
19954863--19954890	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
19956309--19956512	40	5.1	40	92	1	331	23	21	27	27	1.99
19963037--19963064	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
19964350--19964555	40	5.2	40	92	1	335	23	22	26	27	2.00
19972333--19972535	43	4.7	43	83	3	239	25	18	26	30	1.98
19988223--19988269	18	2.7	18	90	3	69	14	36	27	21	1.93
19990850--19990937	30	2.9	30	78	6	88	29	25	17	28	1.97
19991121--19991154	5	7.0	5	96	3	61	17	0	0	82	0.67
20000969--20001244	39	7.1	39	90	0	435	23	29	25	21	1.99
20000961--20001244	78	3.6	78	93	0	480	23	28	25	22	1.99
20002650--20002704	25	2.2	25	96	0	101	14	21	18	45	1.85
20006002--20006173	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
20005994--20006169	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
20008558--20008646	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
20008558--20008637	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
20008569--20008646	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20013135--20013312	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
20013136--20013291	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
20013132--20013312	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
20016125--20016296	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
20016117--20016292	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
20019768--20020082	39	8.1	39	93	0	531	23	29	25	21	1.99
20031262--20031302	19	2.2	19	91	4	66	58	4	0	36	1.20
20031256--20031303	19	2.5	20	80	10	64	58	4	0	37	1.18
20031301--20031345	12	3.9	11	80	8	54	64	2	6	26	1.30
20038101--20038161	5	12.2	5	100	0	122	59	0	0	40	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255