genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21015785--21015813	14	2.1	14	93	6	51	0	10	0	89	0.48
21017366--21017395	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
21019733--21019758	7	3.7	7	100	0	52	84	0	15	0	0.62
21029521--21029652	28	4.8	27	81	7	122	22	13	7	56	1.63
21030151--21030308	84	1.9	86	85	7	225	29	18	20	31	1.97
21031328--21031562	116	2.0	116	97	0	443	33	8	24	33	1.85
21031603--21031640	20	1.9	20	88	0	58	5	28	18	47	1.70
21031603--21031661	20	3.0	20	82	5	57	8	27	18	45	1.78
21034663--21034728	27	2.4	28	89	2	98	21	16	6	56	1.62
21034645--21034757	29	4.0	28	77	5	102	23	17	4	54	1.60
21035588--21035627	22	1.9	20	85	10	53	2	7	15	75	1.14
21052902--21053085	40	4.6	40	81	7	187	27	26	20	25	1.99
21052865--21053085	80	2.8	81	78	11	222	27	26	20	25	1.99
21060821--21060988	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
21060856--21061041	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
21060858--21061041	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
21063764--21063990	40	5.7	39	86	6	255	24	23	27	24	2.00
21063764--21064010	79	3.1	79	80	11	242	24	23	27	24	2.00
21066136--21066267	20	6.6	20	90	0	201	40	24	18	15	1.90
21066109--21066267	40	4.0	40	85	0	201	38	23	21	16	1.93
21066109--21066267	60	2.7	60	87	0	228	38	23	21	16	1.93
21074475--21074611	43	3.2	43	75	10	111	27	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21082093--21082172	27	3.0	27	79	5	90	33	20	23	22	1.97
21082120--21082257	67	2.1	67	85	0	186	31	21	28	18	1.97
21082892--21083091	27	7.4	27	86	0	274	24	21	19	35	1.96
21084298--21084438	43	3.3	42	78	12	128	29	17	24	28	1.98
21089947--21090022	24	3.2	24	100	0	152	28	19	9	42	1.82
21090390--21090488	28	3.4	28	75	13	72	27	24	22	26	2.00
21090390--21090460	33	2.1	34	86	2	99	25	25	22	26	2.00
21090838--21091009	27	6.4	27	93	0	290	24	22	19	33	1.97
21090987--21091152	27	6.2	27	81	4	201	30	12	21	36	1.90
21090987--21091145	53	3.0	53	85	2	203	30	11	20	37	1.89
21091349--21091381	17	1.9	17	100	0	66	12	36	33	18	1.88
21105932--21105991	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
21111133--21111390	40	6.5	40	89	4	337	22	23	28	25	1.99
21120434--21120588	28	5.5	28	95	0	256	27	12	26	32	1.93
21128366--21128516	28	5.4	28	93	0	239	27	11	25	34	1.91
21130061--21130233	40	4.4	40	86	4	237	22	21	28	26	1.99
21135904--21135945	20	2.1	20	82	8	50	23	7	7	61	1.47
21138731--21138810	27	3.0	27	88	3	108	28	16	13	41	1.86
21139698--21139747	21	2.4	21	96	0	91	44	16	10	30	1.80
21154038--21154116	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21157987--21158032	16	2.9	16	90	0	65	56	32	0	10	1.34
21157990--21158032	8	5.4	8	85	0	59	58	30	0	11	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21159260--21159315	16	3.5	15	76	9	58	48	14	21	16	1.81
21159246--21159324	32	2.5	31	82	10	97	46	15	22	15	1.82
21159246--21159315	24	3.0	23	79	6	77	48	15	21	14	1.80
21159544--21159650	29	3.8	28	74	8	99	28	14	30	26	1.94
21163491--21163554	32	2.0	32	100	0	128	18	9	21	50	1.75
21171781--21171832	26	2.0	26	85	7	70	40	1	11	46	1.51
21173333--21173396	32	2.0	32	100	0	128	18	9	21	50	1.75
21179033--21179071	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
21180452--21180498	19	2.5	19	82	3	51	29	17	34	19	1.94
21180582--21180685	29	3.6	29	76	6	95	27	16	31	24	1.96
21182874--21182971	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
21182902--21182986	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
21185534--21185625	20	4.6	20	93	0	139	42	26	18	13	1.86
21185691--21185761	36	2.0	36	88	5	108	16	29	23	29	1.97
21190785--21190836	24	2.1	24	85	3	68	53	1	7	36	1.41
21196052--21196229	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21196053--21196208	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21196049--21196229	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21202434--21202658	40	5.7	39	88	3	281	25	26	23	24	2.00
21202434--21202657	79	2.8	80	87	3	292	25	26	23	24	2.00
21209045--21209131	44	2.0	45	95	2	158	24	11	25	39	1.89
21212163--21212339	27	6.6	27	82	5	196	27	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21212164--21212318	81	1.9	81	86	5	224	27	14	28	29	1.95
21212160--21212339	81	2.2	81	82	3	220	27	15	27	30	1.96
21220239--21220416	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21220240--21220395	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21220236--21220416	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21225936--21225973	19	2.0	20	94	5	69	52	21	13	13	1.73
21228033--21228303	46	5.8	48	79	8	267	28	19	29	22	1.98
21228033--21228304	94	2.9	95	82	8	308	28	19	29	22	1.98
21228038--21228303	140	1.9	141	83	6	344	28	19	29	22	1.98
21229880--21230064	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
21229861--21230064	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
21246227--21246287	29	2.1	28	79	5	68	22	24	21	31	1.98
21246240--21246421	29	6.3	29	72	9	104	25	24	17	32	1.96
21246274--21246523	57	4.4	57	80	5	267	26	22	16	34	1.95
21246360--21246509	28	5.3	28	68	14	85	29	23	16	31	1.96
21246270--21246523	114	2.3	114	83	4	320	26	23	16	33	1.95
21247607--21247665	30	2.0	30	100	0	118	33	6	11	47	1.67
21247697--21247810	29	3.9	30	74	13	96	25	30	14	28	1.95
21247980--21248016	16	2.4	15	86	8	56	16	21	10	51	1.74
21249290--21249357	28	2.4	27	80	7	82	25	23	17	33	1.96
21249292--21249365	28	2.6	27	79	12	78	22	25	16	35	1.95
21249718--21249762	15	3.0	15	76	0	54	28	17	8	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21256303--21256363	26	2.3	26	91	2	95	57	8	18	16	1.63
21257195--21257341	58	2.6	57	78	9	147	29	17	19	34	1.94
21261415--21261440	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
21261889--21261986	27	3.5	28	88	2	108	27	13	28	30	1.94
21261889--21261986	28	3.5	27	87	5	124	27	13	28	30	1.94
21261917--21261999	27	3.0	27	89	5	96	31	12	25	31	1.92
21269213--21269374	25	6.5	25	84	2	218	27	12	10	50	1.72
21269213--21269368	75	2.1	75	92	2	260	27	10	10	50	1.71
21270201--21270464	45	6.0	45	92	3	403	23	22	28	25	1.99
21270201--21270464	89	3.0	90	91	3	403	23	22	28	25	1.99
21270399--21270501	41	2.5	42	84	9	122	28	20	29	22	1.98
21273804--21273879	39	1.9	39	92	5	127	34	14	18	32	1.91
21273821--21274111	36	7.9	36	79	7	255	31	14	19	33	1.93
21273897--21274100	108	1.9	108	87	2	302	29	15	19	34	1.93
21276029--21276286	40	6.5	40	90	2	360	25	28	22	23	1.99
21302388--21302473	42	2.0	43	88	2	129	22	9	23	45	1.81
21303718--21303841	47	2.7	46	79	9	135	27	18	29	24	1.98
21305264--21305455	49	3.9	49	78	6	197	30	26	17	26	1.97
21305275--21305406	50	2.7	49	87	1	174	33	28	13	25	1.93
21305277--21305460	101	1.8	99	84	4	253	30	26	16	25	1.97
21311597--21311637	15	2.8	15	88	3	66	9	14	14	60	1.57
21314248--21315060	140	6.0	140	80	7	858	27	18	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21314556--21315062	126	3.9	126	79	8	559	27	18	21	32	1.97
21314415--21315060	266	2.4	267	82	2	798	27	18	21	31	1.97
21317185--21317389	40	5.1	40	84	4	227	26	27	21	24	2.00
21325102--21325287	40	4.7	40	87	5	234	26	26	22	24	2.00
21327416--21327498	35	2.4	35	91	0	139	14	40	21	22	1.90
21339375--21339552	27	6.6	27	81	3	187	26	15	26	30	1.96
21339372--21339552	82	2.2	81	80	2	211	27	15	26	30	1.96
21342395--21343095	37	19.2	36	75	10	341	25	20	15	38	1.92
21342523--21342757	73	3.2	70	76	8	159	27	23	12	36	1.91
21342383--21343099	148	4.9	148	78	8	650	25	20	15	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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