genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63163976--63164111	68	2.0	68	95	0	245	18	14	18	48	1.81
63165008--63165093	43	2.0	43	95	0	154	40	10	17	31	1.83
63176296--63176425	47	2.8	47	84	0	152	23	16	27	32	1.96
63178179--63178253	36	2.1	36	92	0	123	18	8	22	50	1.73
63189568--63189601	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
63190433--63190462	16	1.9	15	93	6	51	46	0	6	46	1.29
63191909--63192191	18	15.3	18	72	10	149	37	15	12	35	1.84
63191990--63192191	72	2.8	71	79	5	210	38	15	11	34	1.84
63192354--63192462	45	2.4	45	87	3	157	44	18	17	19	1.86
63194120--63194160	16	2.4	16	88	8	55	0	26	0	73	0.84
63194278--63194332	24	2.3	25	78	12	71	34	10	5	49	1.61
63194360--63194399	15	2.7	15	84	7	55	60	2	0	37	1.11
63198853--63198908	18	3.1	18	81	0	67	42	16	3	37	1.65
63198822--63199051	36	6.7	36	67	14	110	38	14	10	35	1.82
63198915--63199105	18	10.6	18	71	12	142	37	15	12	35	1.84
63198934--63198981	19	2.6	19	87	6	64	43	12	10	33	1.77
63198915--63199117	54	3.8	54	74	8	189	37	14	11	35	1.83
63198915--63199117	36	5.6	36	74	12	157	37	14	11	35	1.83
63199281--63199389	45	2.4	45	90	3	175	43	19	18	19	1.89
63201044--63201077	16	2.1	16	94	0	59	0	20	0	79	0.73
63201334--63201396	25	2.5	24	69	16	56	63	4	1	30	1.24
63204036--63204087	19	2.7	18	77	11	50	30	5	13	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63205559--63205607	17	2.7	18	78	6	55	26	2	6	65	1.27
63205559--63205608	18	2.7	19	75	9	59	26	2	6	66	1.26
63209344--63209381	20	1.9	20	94	0	67	36	21	18	23	1.95
63218521--63218561	19	2.2	19	95	0	73	41	14	7	36	1.74
63235214--63235258	17	2.7	16	83	16	56	86	0	8	4	0.69
63235214--63235258	18	2.6	18	86	13	67	86	0	8	4	0.69
63236347--63236926	190	3.0	190	86	8	846	30	17	21	29	1.97
63236537--63236937	200	2.0	201	90	2	633	31	17	21	28	1.96
63236769--63237259	261	1.9	256	84	3	662	33	17	21	27	1.96
63237573--63237690	17	6.6	17	84	9	155	38	11	14	35	1.83
63237565--63237690	35	3.5	36	86	11	186	38	11	15	35	1.82
63237565--63237690	54	2.3	54	98	0	243	38	11	15	35	1.82
63237567--63237676	18	6.5	15	80	17	78	38	10	15	35	1.83
63237565--63237690	19	6.9	19	87	10	201	38	11	15	35	1.82
63237597--63237713	19	6.0	22	87	10	95	36	9	16	37	1.81
63245692--63245812	43	2.8	43	83	3	138	29	26	18	25	1.98
63248843--63248867	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
63251416--63251472	21	2.7	21	83	0	78	19	38	21	21	1.93
63257057--63257104	25	1.9	25	86	0	69	37	25	12	25	1.91
63257144--63257182	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
63257143--63257182	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
63257228--63257295	25	2.8	24	90	2	100	25	25	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63257232--63257308	24	3.2	24	87	5	93	25	23	22	28	1.99
63260184--63260272	44	2.0	44	100	0	178	26	14	15	42	1.86
63263322--63263447	21	5.9	21	74	12	96	26	0	22	51	1.48
63263329--63263447	22	5.5	21	68	14	73	27	0	21	50	1.49
63263183--63263450	65	4.2	65	78	11	268	26	0	20	52	1.49
63268277--63268309	16	2.0	17	88	5	50	39	24	3	33	1.71
63273600--63273642	20	2.2	20	95	0	77	41	2	0	55	1.12
63276605--63276637	16	2.0	17	88	5	50	39	24	3	33	1.71
63287495--63287576	42	2.0	42	90	4	130	48	14	12	24	1.78
63292341--63292383	18	2.3	18	80	4	50	11	0	16	72	1.13
63299236--63299306	35	2.0	35	100	0	142	39	26	14	19	1.90
63301065--63301106	22	1.9	22	95	0	75	33	26	2	38	1.69
63301291--63301378	25	3.6	24	76	13	90	36	27	13	22	1.92
63301232--63301378	50	2.9	50	85	0	186	36	27	13	22	1.92
63304514--63304685	46	3.7	46	77	13	190	28	27	21	22	1.99
63304519--63304689	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.99
63320842--63320889	12	3.8	12	79	15	60	62	14	0	22	1.32
63320837--63320893	27	2.1	27	100	0	114	57	14	0	28	1.37
63331588--63331634	19	2.5	19	79	6	51	36	21	25	17	1.94
63334894--63334942	26	1.9	26	95	4	91	48	12	20	18	1.79
63335043--63335089	17	2.8	16	75	18	51	51	0	12	36	1.40
63336833--63336886	23	2.4	22	78	12	56	37	0	18	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63337442--63337483	20	2.1	20	86	0	57	30	7	11	50	1.66
63338908--63338952	22	2.0	22	95	0	81	48	13	15	22	1.79
63342584--63342608	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
63346961--63347000	18	2.3	18	87	8	57	22	15	12	50	1.77
63349537--63349584	22	2.2	22	85	7	62	31	25	10	33	1.89
63350152--63350179	10	2.8	10	100	0	56	53	0	7	39	1.28
63350184--63350233	23	2.3	22	83	10	66	72	2	0	26	0.96
63350191--63350233	23	1.9	22	90	4	68	69	2	0	27	1.00
63351536--63351589	20	2.7	21	80	8	67	46	0	7	46	1.31
63358222--63358247	13	2.0	13	100	0	52	23	30	38	7	1.83
63362235--63362346	27	4.2	26	84	7	134	37	22	23	16	1.94
63362235--63362346	54	2.1	54	86	3	154	37	22	23	16	1.94
63379893--63379930	19	2.0	19	100	0	76	21	15	26	36	1.93
63379895--63379938	19	2.3	19	92	0	70	25	15	22	36	1.94
63382040--63382204	43	3.9	42	81	5	161	24	15	26	33	1.95
63388226--63388429	40	5.2	40	86	4	263	25	20	26	27	1.99
63391343--63391605	40	6.6	40	91	2	370	28	28	20	22	1.98
63396054--63396223	46	3.7	45	73	14	150	30	28	20	20	1.97
63396061--63396232	92	1.9	93	93	1	301	29	29	20	20	1.98
63397835--63398038	40	5.2	40	88	4	281	26	27	21	24	1.99
63402124--63402209	30	2.9	30	76	10	88	55	13	16	13	1.69
63402124--63402209	15	5.9	15	76	10	72	55	13	16	13	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63405124--63405296	46	3.7	46	76	13	183	30	29	19	21	1.97
63415057--63415303	47	5.2	47	87	0	323	25	29	10	34	1.90
63424135--63424357	47	4.7	47	90	1	322	32	8	30	27	1.87
63424476--63424554	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
63426432--63426535	39	2.6	39	86	7	120	25	23	27	23	2.00
63426392--63426733	40	8.6	40	84	4	356	24	23	27	24	2.00
63429625--63429847	47	4.7	47	91	1	331	32	8	30	27	1.88
63429672--63429750	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
63429966--63430044	37	2.1	37	88	0	113	22	18	32	25	1.97
63431991--63432099	58	1.9	58	84	1	148	26	30	15	27	1.96
63432003--63432102	29	3.5	29	82	4	114	27	31	16	26	1.96
63432334--63432372	8	4.9	8	83	0	51	7	20	25	46	1.77
63432342--63432376	16	2.2	16	94	0	61	5	20	22	51	1.68
63432331--63432377	24	2.0	23	91	4	76	6	19	25	48	1.72
63436160--63436213	27	2.0	27	92	0	90	22	1	42	33	1.64
63439252--63439325	29	2.6	29	86	0	94	31	27	12	29	1.92
63439252--63439334	29	2.9	29	75	7	78	32	27	12	27	1.92
63439406--63439441	18	2.1	18	89	5	56	19	30	22	27	1.98
63441109--63441222	40	2.8	41	77	17	112	28	27	18	26	1.98
63441193--63441325	45	3.0	45	83	4	160	34	25	14	25	1.94
63447153--63447263	45	2.5	45	79	2	134	28	14	27	29	1.95
63453508--63453633	47	2.7	47	83	0	153	22	15	26	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63456768--63457014	41	6.0	41	86	3	309	36	23	19	19	1.95
63461635--63461665	16	2.0	15	93	6	53	83	3	6	6	0.88
63473575--63473606	15	2.1	16	94	5	57	56	6	6	31	1.49
63479523--63479663	69	2.0	69	97	0	264	36	24	12	25	1.91
63483048--63483172	50	2.5	50	98	0	241	21	31	17	29	1.96
63486970--63487048	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
63487167--63487466	47	6.3	47	90	1	447	29	29	9	33	1.88
63494311--63494488	50	3.7	49	75	9	168	25	29	20	25	1.99
63494315--63494543	96	2.4	96	79	11	226	25	29	18	25	1.98
63494413--63494543	50	2.8	48	79	11	146	23	30	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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