genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76099933--76099997	29	2.3	28	87	7	96	36	0	4	58	1.19
76112034--76112099	26	2.5	26	80	11	73	9	19	3	68	1.31
76112021--76112099	27	3.0	25	78	10	79	7	20	2	69	1.25
76114007--76114387	192	2.0	194	87	1	559	39	10	19	29	1.86
76119360--76119403	19	2.2	21	84	11	58	38	2	4	54	1.33
76123928--76123953	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
76126195--76126264	36	1.9	37	85	8	99	32	15	30	21	1.94
76138788--76138916	42	3.1	42	72	9	122	23	25	23	27	2.00
76142587--76142628	11	3.9	11	84	3	50	30	2	47	19	1.62
76146673--76146739	18	3.7	18	81	0	89	35	14	20	28	1.93
76146674--76146744	36	2.0	36	91	0	115	33	16	19	29	1.94
76146673--76146747	18	4.2	18	78	0	78	33	16	21	29	1.95
76147280--76147333	11	5.0	11	77	4	56	31	5	42	20	1.75
76150389--76150514	51	2.5	51	80	2	164	40	5	11	42	1.65
76152202--76152491	96	3.0	96	93	0	472	36	17	33	12	1.88
76153403--76153519	51	2.3	51	83	0	153	40	5	12	41	1.68
76154004--76154076	37	2.0	37	88	0	110	26	19	24	30	1.98
76154425--76154660	105	2.2	107	83	6	307	29	20	17	32	1.96
76158080--76158144	26	2.4	28	79	7	80	69	0	9	21	1.16
76158083--76158165	26	3.3	25	78	17	75	67	0	9	22	1.20
76158153--76158238	5	15.8	5	75	15	64	54	0	13	31	1.40
76158153--76158265	28	4.3	27	76	18	94	53	0	15	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76158121--76158216	22	4.5	22	82	15	112	57	0	12	30	1.36
76158148--76158250	22	4.6	22	80	9	50	52	0	14	33	1.42
76161857--76161921	27	2.4	27	84	5	87	49	27	3	20	1.64
76162371--76162498	45	2.8	46	78	9	145	22	17	18	40	1.91
76162061--76162629	204	2.8	194	83	5	625	31	19	17	31	1.95
76162999--76163059	28	2.1	29	84	3	79	44	1	4	49	1.33
76163660--76163698	19	2.1	19	90	4	62	30	5	12	51	1.62
76169087--76169327	101	2.4	101	91	1	394	31	14	24	28	1.95
76169154--76169300	33	4.4	32	70	12	116	30	16	25	27	1.96
76169320--76169388	24	2.9	24	93	0	120	47	4	24	23	1.69
76172870--76172898	9	3.3	9	90	9	51	68	0	0	31	0.89
76178382--76178422	15	2.7	15	88	0	64	51	0	0	48	1.00
76181826--76182140	46	6.8	46	93	0	461	40	15	23	20	1.90
76185705--76185763	20	2.9	20	80	7	57	59	1	5	33	1.29
76185869--76185961	37	2.5	37	84	5	116	58	4	4	33	1.37
76186527--76186563	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
76186992--76187042	15	3.2	16	78	13	52	33	0	0	66	0.92
76187071--76187129	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
76187100--76187149	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
76191449--76191474	6	4.3	6	100	0	52	50	15	15	19	1.79
76191603--76191683	25	3.5	22	75	16	74	51	1	2	44	1.22
76191709--76191786	23	3.3	23	79	17	70	50	3	5	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76192307--76192336	14	2.2	14	94	5	53	3	20	6	70	1.25
76192399--76192438	17	2.4	17	78	0	53	37	7	15	40	1.75
76200409--76200462	5	10.2	5	80	7	54	18	0	3	77	0.91
76200407--76200461	23	2.4	23	81	6	67	20	0	3	76	0.94
76202368--76202479	55	2.1	54	81	1	125	30	29	22	17	1.97
76215143--76215178	7	5.0	7	89	3	54	80	0	16	2	0.83
76216028--76216297	73	3.7	73	87	4	373	27	17	23	31	1.97
76216250--76216427	54	3.3	54	92	1	286	28	14	18	39	1.89
76218701--76218741	20	2.0	21	86	9	59	17	12	0	70	1.16
76224375--76224435	23	2.8	21	78	11	70	37	21	22	18	1.94
76228392--76228435	15	2.8	16	86	3	54	43	0	0	56	0.99
76229096--76229137	17	2.5	17	88	11	68	33	2	21	42	1.66
76231879--76231964	45	1.9	45	85	0	118	37	1	16	45	1.55
76232839--76232919	37	2.2	37	88	0	117	40	7	17	34	1.77
76235330--76235380	26	2.0	26	85	7	70	27	11	15	45	1.81
76239587--76239611	6	4.2	6	100	0	50	36	16	0	48	1.46
76240873--76240923	22	2.3	22	83	10	59	41	0	1	56	1.10
76242766--76242827	3	20.7	3	96	0	97	61	0	4	33	1.17
76243248--76243284	18	2.0	19	85	15	51	64	10	0	24	1.25
76246385--76246410	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
76254915--76254969	27	2.0	27	96	0	101	23	18	18	40	1.91
76258018--76258048	15	2.1	15	100	0	62	12	25	12	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76261953--76262073	38	3.2	38	62	17	97	45	14	8	31	1.75
76261946--76262099	76	2.0	76	100	0	308	44	14	9	31	1.76
76262432--76262487	26	2.2	24	82	14	69	62	8	1	26	1.35
76264331--76264363	15	2.1	16	88	5	50	45	18	21	15	1.85
76267157--76267196	17	2.4	17	87	8	55	60	7	2	30	1.38
76268407--76268437	8	3.8	8	95	4	53	48	0	3	48	1.17
76269669--76269701	15	2.1	16	88	5	50	39	9	0	51	1.34
76273574--76273636	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
76273757--76273797	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
76278998--76279060	28	2.2	28	91	5	101	30	30	7	31	1.86
76279182--76279222	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
76280162--76280216	7	8.0	7	74	11	51	49	0	0	50	1.00
76280162--76280216	13	4.0	14	73	17	53	49	0	0	50	1.00
76282294--76282329	16	2.2	17	90	9	58	36	0	2	61	1.11
76282289--76282335	13	3.3	14	80	14	51	46	0	2	51	1.13
76283185--76283218	17	1.9	18	88	5	52	50	8	0	41	1.34
76284800--76284867	22	3.0	22	78	2	64	50	7	8	33	1.61
76285475--76285523	22	2.2	21	80	16	55	65	0	0	34	0.93
76285471--76285503	9	3.7	9	100	0	66	66	0	0	33	0.92
76285526--76285565	19	2.0	19	85	9	53	60	5	15	20	1.53
76285539--76285591	17	2.9	19	80	11	65	58	7	13	20	1.59
76286383--76286412	10	3.0	10	95	0	51	0	33	56	10	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76286823--76286867	11	4.1	11	82	0	54	35	0	4	60	1.17
76287049--76287096	19	2.5	20	86	6	73	31	6	4	58	1.42
76296421--76296692	68	4.0	67	77	12	252	27	18	25	29	1.98
76296679--76296705	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
76296680--76296713	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
76296604--76296782	91	2.0	88	85	5	243	26	17	20	34	1.95
76296693--76297122	75	5.7	74	86	4	569	31	15	20	32	1.94
76298743--76298779	18	2.1	18	89	0	56	32	0	5	62	1.18
76298909--76298938	13	2.2	13	94	5	51	10	6	13	70	1.34
76311264--76311334	28	2.5	28	90	0	115	49	29	0	21	1.50
76323162--76323221	30	2.0	30	83	6	77	25	33	23	18	1.97
76326746--76326926	72	2.6	70	77	8	197	28	20	23	27	1.99
76326870--76327088	113	1.9	114	80	6	257	24	21	26	28	1.99
76327748--76327789	13	3.3	13	80	6	50	16	2	30	50	1.58
76327918--76328006	14	6.4	14	71	11	58	21	1	30	47	1.58
76327921--76328002	21	3.9	19	74	13	56	21	1	30	46	1.59
76328440--76328679	115	2.1	116	89	3	378	30	18	19	31	1.96
76328541--76329250	261	2.7	261	92	2	1151	27	18	21	32	1.96
76329807--76329884	34	2.3	34	93	0	129	29	11	14	44	1.80
76330220--76330376	73	2.1	74	95	4	291	50	1	6	41	1.36
76330416--76330712	19	16.5	19	67	24	96	46	19	1	32	1.57
76330412--76330810	26	16.1	26	84	10	525	46	20	0	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76330802--76330855	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
76330691--76330855	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
76336303--76336373	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
76336597--76336630	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
76336683--76337028	42	8.2	42	86	2	372	27	19	21	32	1.97
76337120--76337163	22	2.0	22	86	0	61	47	27	15	9	1.76
76347295--76347417	64	1.9	64	89	0	192	30	20	13	34	1.92
76347703--76347791	45	2.0	45	95	0	160	31	17	20	30	1.96
76347488--76347922	177	2.5	177	90	0	674	30	19	22	27	1.98
76347749--76348054	132	2.3	132	89	1	470	30	19	23	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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