genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3611--3855	116	2.0	121	88	10	365	44	13	17	24	1.85
8111--8140	12	2.4	12	94	5	51	30	26	10	33	1.89
27042--27623	292	2.0	292	100	0	1164	36	16	18	28	1.92
29003--29053	25	2.0	25	96	0	93	47	15	17	19	1.83
31976--32008	16	2.1	16	94	0	57	18	27	15	39	1.90
33085--33386	159	1.9	160	99	0	597	50	12	8	28	1.69
38029--38068	21	1.9	21	89	0	62	50	30	7	12	1.68
46127--46186	30	2.0	30	96	0	111	45	11	10	33	1.74
50790--50848	26	2.4	25	81	10	68	66	5	0	28	1.13
50830--50873	19	2.2	20	80	4	54	77	4	2	15	1.04
61612--61716	35	3.0	35	97	0	192	18	30	27	23	1.97
61659--61715	19	3.2	19	67	23	59	17	29	28	24	1.97
61630--61734	35	3.1	34	89	5	115	20	27	29	22	1.98
64983--65068	42	2.0	42	93	0	145	41	12	16	29	1.85
78847--78904	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
79116--79147	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
80015--80077	33	1.9	32	90	3	99	39	25	9	25	1.86
80293--80489	41	4.8	41	92	5	317	27	22	20	28	1.99
82022--82046	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
82123--82364	50	4.7	50	84	4	279	26	24	28	20	1.99
82123--82372	100	2.4	103	86	6	346	26	24	28	21	1.99
92915--92949	17	2.1	17	88	0	52	17	5	28	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99843--99893	26	1.9	27	84	4	68	33	13	15	37	1.87
102687--102735	18	2.8	17	75	9	53	42	0	2	55	1.11
103876--103904	5	5.8	5	100	0	58	0	17	0	82	0.66
114555--114604	21	2.4	21	86	0	73	42	2	6	50	1.38
123106--123152	19	2.5	19	86	6	60	59	0	0	40	0.97
123188--123235	25	1.9	25	95	0	87	41	18	0	39	1.51
130162--130198	19	1.9	19	100	0	74	32	0	5	62	1.18
164701--164756	28	2.0	28	89	0	85	44	8	7	39	1.63
164705--164765	28	2.2	28	81	0	68	49	9	3	37	1.52
167163--167226	29	2.2	29	81	10	78	57	1	12	28	1.44
174131--174169	18	2.1	19	90	4	62	23	10	5	61	1.48
175263--175302	19	2.1	19	86	9	55	47	0	0	52	1.00
176817--176945	63	2.1	62	84	7	163	41	19	9	29	1.82
186477--186514	18	2.1	19	85	5	51	55	0	5	39	1.23
186483--186542	24	2.3	26	78	16	63	46	0	5	48	1.24
186516--186554	17	2.3	17	86	0	51	43	2	2	51	1.29
186594--186635	18	2.3	18	87	0	57	52	0	4	42	1.22
186476--186660	41	4.4	41	65	17	119	48	2	3	45	1.32
186665--186692	13	2.2	13	100	0	56	53	0	0	46	1.00
186662--186690	13	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
186735--186803	18	3.9	17	75	5	66	50	1	1	46	1.19
186740--186809	35	1.9	36	85	5	97	55	1	2	40	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186826--186888	17	3.6	17	82	6	72	46	3	1	49	1.27
188552--188613	32	1.9	32	90	6	99	56	0	3	40	1.15
189154--189257	36	2.9	36	98	0	199	31	1	21	45	1.63
189455--189501	23	2.0	23	88	12	69	29	0	17	53	1.44
189656--189787	40	3.3	40	75	13	139	25	16	22	34	1.95
189657--189759	37	2.7	38	79	11	111	26	16	23	33	1.95
190578--190652	31	2.4	31	86	0	105	32	9	22	36	1.86
209064--209133	31	2.3	31	94	0	122	34	8	11	45	1.71
226681--226989	172	1.8	171	87	3	469	43	20	12	23	1.86
226862--227278	148	2.8	147	84	3	534	41	23	11	23	1.87
227321--227741	164	2.6	163	86	3	553	45	25	9	19	1.80
236591--236615	11	2.3	11	100	0	50	16	0	36	48	1.46
236674--236700	14	1.9	14	100	0	54	29	7	14	48	1.71
238105--238139	15	2.2	16	90	5	54	74	5	14	5	1.19
243417--244217	259	3.0	268	88	5	1194	22	17	23	36	1.95
258469--258598	67	1.9	67	100	0	260	34	15	12	37	1.85
261272--261313	21	2.0	21	86	9	59	57	2	2	38	1.25
263952--263978	12	2.2	12	100	0	54	22	18	0	59	1.38
265547--265998	193	2.3	194	80	5	515	42	14	8	34	1.77
269006--269082	31	2.5	31	91	0	127	36	7	10	45	1.67
270689--270745	30	1.9	30	85	7	80	45	1	0	52	1.11
271997--272030	5	6.8	5	100	0	68	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294369--294400	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
295254--295388	42	3.2	40	76	11	128	32	3	12	51	1.57
296041--296144	51	2.0	51	100	0	208	28	5	43	22	1.76
296051--296133	27	3.2	27	65	22	77	31	6	42	20	1.76
301965--302004	9	4.4	9	93	0	71	25	12	22	40	1.89
302301--302360	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
303365--304539	293	3.9	294	84	8	1383	30	10	7	51	1.63
303947--304524	157	3.7	158	76	13	578	30	10	6	51	1.63
303917--304550	317	2.0	315	91	1	1027	30	10	7	51	1.63
304887--304926	19	2.1	19	85	0	53	0	37	0	62	0.95
304914--305017	10	10.5	10	66	17	56	1	31	0	66	1.03
304919--304985	31	2.2	29	82	12	82	2	26	0	70	1.02
304878--304985	14	7.8	14	71	15	82	1	29	0	68	1.00
304906--305036	38	3.4	37	81	9	156	2	32	0	65	1.05
317013--317080	22	3.2	21	81	6	75	33	0	2	63	1.10
317166--317207	15	2.8	15	85	7	50	59	0	0	40	0.97
317166--317208	14	2.9	15	86	6	52	58	0	0	41	0.98
328106--328148	18	2.3	18	81	14	52	37	2	0	60	1.10
328097--328150	27	2.0	28	82	10	67	40	1	0	57	1.09
331624--331697	29	2.5	29	76	14	80	45	12	13	28	1.79
335542--335583	17	2.5	16	85	14	50	64	2	4	28	1.26
343130--343155	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343305--343352	25	1.9	25	95	0	87	35	8	4	52	1.51
343673--343707	17	2.1	16	89	5	52	71	0	2	25	1.00
343897--343954	21	2.8	21	77	12	66	39	0	3	56	1.16
343978--344029	15	3.1	18	75	25	60	55	3	0	40	1.18
345333--345607	138	2.0	137	82	2	327	24	9	26	39	1.86
347355--347381	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
347360--347405	19	2.4	19	82	7	58	50	0	0	50	1.00
350945--351034	23	4.0	23	82	7	105	40	18	20	21	1.92
352145--352190	22	2.0	22	84	12	58	52	2	2	43	1.25
359216--359315	29	3.3	29	85	4	119	54	0	9	37	1.32
359484--359520	17	2.2	17	90	0	56	21	5	2	70	1.20
364604--364628	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
366252--366278	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
366737--366761	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
369300--369345	19	2.3	21	78	14	53	60	4	0	34	1.16
377674--377786	58	1.9	58	84	7	149	40	15	21	22	1.91
389375--389429	29	1.9	29	85	10	78	58	0	25	16	1.38
390308--390334	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
393307--393371	30	2.2	29	86	2	85	50	7	7	33	1.59
393635--393666	6	5.3	6	100	0	64	15	0	0	84	0.63
393636--393675	18	2.2	18	86	8	55	20	0	0	80	0.72
395342--395393	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
395270--395620	100	3.6	101	88	7	501	19	20	28	31	1.97
395536--395587	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
397031--397055	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
400023--400048	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
402570--402603	18	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
404086--404117	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
411306--411360	10	5.4	10	72	20	51	30	1	3	63	1.22
411303--411361	21	2.9	20	73	14	66	30	3	3	62	1.28
416582--416624	22	2.0	22	85	0	59	27	4	6	60	1.43
435054--435115	26	2.3	26	86	13	81	32	1	0	66	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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