genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  97  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26908769--26908925	41	3.8	41	80	6	174	15	25	22	35	1.94
26909723--26909776	21	2.6	21	87	0	72	35	18	42	3	1.68
26910223--26910493	43	6.3	43	78	7	239	26	22	19	30	1.98
26910267--26910476	85	2.5	85	81	1	260	25	23	18	32	1.97
26919195--26919243	17	2.9	17	75	0	62	38	4	28	28	1.75
26924215--26924273	18	3.1	18	75	13	64	10	13	38	37	1.79
26924215--26924284	21	3.5	20	77	12	74	10	11	41	37	1.75
26924953--26925007	28	2.0	28	88	0	83	45	18	7	29	1.76
26925002--26925096	26	4.0	24	76	15	81	55	10	5	28	1.55
26925001--26925071	22	3.1	22	76	11	72	56	9	4	29	1.51
26925104--26925181	26	3.0	25	84	7	84	47	15	7	29	1.73
26925207--26925275	25	2.7	26	76	13	70	50	13	7	28	1.67
26925022--26925311	96	3.1	95	92	2	487	48	18	6	26	1.71
26925214--26925281	26	2.6	26	83	4	75	51	14	7	26	1.68
26926402--26926452	6	8.5	6	97	0	93	64	15	1	17	1.38
26928481--26928505	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26929334--26929411	24	3.2	24	89	7	129	24	19	0	56	1.42
26929730--26929819	45	2.0	45	100	0	180	28	22	13	35	1.92
26930235--26930375	28	5.1	27	83	5	167	17	14	8	59	1.59
26930235--26930396	27	5.9	27	82	9	114	19	15	8	56	1.64
26930559--26930660	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
26930925--26930963	16	2.4	16	86	0	51	53	0	46	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26931041--26931106	12	5.0	13	78	15	57	74	0	25	0	0.82
26931057--26931108	12	4.2	12	79	16	61	80	0	19	0	0.71
26931046--26931114	26	2.6	26	77	6	68	78	0	20	1	0.83
26931213--26931256	21	2.1	21	91	0	70	68	6	25	0	1.14
26931214--26931268	24	2.3	25	87	9	87	63	9	25	1	1.34
26931387--26931432	15	3.1	15	87	6	67	84	0	15	0	0.62
26931385--26931440	13	4.1	14	73	19	55	82	1	16	0	0.76
26931804--26931846	22	2.0	21	90	4	68	37	13	9	39	1.78
26931804--26931846	21	2.0	20	86	8	59	37	13	9	39	1.78
26931949--26932008	18	3.4	17	78	17	77	40	13	8	38	1.75
26932076--26932147	19	3.7	20	85	10	96	40	8	11	40	1.71
26932125--26932250	18	7.1	18	61	18	50	31	10	11	46	1.74
26943886--26944062	73	2.5	70	84	4	205	30	12	22	34	1.92
26943886--26944498	192	3.2	192	94	2	1054	30	13	20	35	1.91
26944272--26944403	68	1.9	69	87	3	196	34	15	19	31	1.93
26944517--26944550	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
26944456--26944705	91	2.8	88	80	9	269	27	18	18	36	1.94
26944456--26944714	85	2.9	87	79	10	271	27	17	18	37	1.93
26944701--26944734	15	2.4	14	90	9	52	14	8	8	67	1.41
26944810--26945025	54	4.1	55	86	10	306	28	16	17	37	1.92
26945293--26945394	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
26945778--26945838	25	2.3	26	86	5	79	77	0	22	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26945933--26945997	11	5.6	11	77	12	60	67	7	23	1	1.25
26945944--26945998	24	2.3	24	87	0	83	63	9	25	1	1.34
26946115--26946154	11	3.6	11	86	6	55	85	2	12	0	0.71
26946516--26946558	22	2.0	21	90	4	68	37	13	9	39	1.78
26946516--26946558	21	2.0	20	86	8	59	37	13	9	39	1.78
26946661--26946720	18	3.4	17	78	17	77	40	13	8	38	1.75
26946788--26946859	19	3.7	20	85	10	96	40	8	11	40	1.71
26946839--26946869	16	1.9	16	93	0	53	25	12	12	48	1.77
26946837--26946961	17	7.1	17	63	21	53	32	10	12	45	1.75
26947782--26947975	45	4.3	44	72	12	146	22	21	19	36	1.95
26947779--26947993	90	2.4	90	87	0	306	22	20	19	37	1.95
26947861--26947998	45	3.1	44	79	10	154	22	19	21	36	1.95
26949438--26949542	51	2.0	53	85	3	142	15	18	36	30	1.91
26954365--26954405	17	2.4	17	91	0	64	26	19	31	21	1.97
26955157--26955186	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
26958430--26958482	21	2.5	21	93	0	88	60	13	5	20	1.53
26961095--26961285	51	3.8	51	76	11	212	29	28	17	24	1.97
26961093--26961277	101	1.8	102	88	3	284	30	27	18	23	1.98
26964258--26964388	41	3.2	41	81	4	140	51	6	22	19	1.70
26967178--26967216	19	2.1	19	95	0	69	30	15	28	25	1.96
26968917--26969045	41	3.2	41	78	4	136	52	4	21	20	1.64
26968917--26969045	40	3.2	40	80	2	141	52	4	21	20	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26970039--26970161	54	2.3	55	80	10	130	23	24	26	26	2.00
26971274--26971307	7	4.9	7	88	0	50	32	35	0	32	1.58
26984649--26984694	23	2.0	23	95	0	83	45	4	23	26	1.71
26984928--26984953	13	2.0	13	100	0	52	69	30	0	0	0.89
26988104--26988158	6	9.2	6	100	0	110	16	18	0	65	1.27
26999866--26999891	3	8.7	3	100	0	52	30	0	69	0	0.89
27002712--27002808	48	2.0	48	93	0	167	18	15	20	45	1.85
27010082--27010216	68	2.0	69	89	1	209	40	4	5	48	1.47
27014449--27014501	13	4.0	13	80	2	61	62	1	0	35	1.06
27014557--27014602	22	2.1	22	87	0	65	39	0	32	28	1.57
27014562--27014608	22	2.1	22	88	0	67	38	0	27	34	1.57
27020308--27020342	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
27020490--27020538	18	2.8	18	90	3	73	46	0	0	53	1.00
27020498--27020538	17	2.3	18	87	4	57	48	0	0	51	1.00
27020483--27020546	28	2.3	30	78	13	73	50	0	0	50	1.00
27020722--27020776	16	3.4	16	77	5	58	27	21	3	47	1.68
27020817--27020858	21	2.0	21	100	0	84	57	4	9	28	1.51
27022408--27022442	18	1.9	19	88	11	56	37	2	0	60	1.12
27022634--27022733	53	1.9	52	83	6	130	38	5	6	51	1.49
27023104--27023138	17	2.1	16	89	5	52	48	0	2	48	1.16
27023430--27023488	25	2.3	26	80	19	70	57	1	1	38	1.19
27026009--27026051	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27026472--27026592	49	2.5	49	95	0	215	44	3	7	44	1.48
27026889--27027164	125	2.2	125	94	0	471	28	19	19	32	1.97
27028100--27028142	19	2.5	16	88	11	59	48	0	0	51	1.00
27029961--27030063	52	2.0	52	81	11	122	25	25	16	33	1.96
27030099--27030406	92	3.4	91	80	8	297	30	17	17	34	1.94
27030328--27030453	44	2.8	44	84	1	153	27	22	21	28	1.99
27038507--27038553	19	2.5	20	86	6	62	44	10	19	25	1.82
27042286--27042320	12	2.8	12	91	4	52	60	0	8	31	1.27
27044338--27044383	21	2.2	21	96	0	83	15	4	26	54	1.59
27045897--27045932	18	2.1	18	89	5	56	61	0	2	36	1.11
27047928--27048045	57	2.1	58	90	4	186	29	18	5	45	1.73
27053027--27053059	16	2.1	16	94	5	59	51	3	24	21	1.62
27054260--27054514	69	3.7	69	88	2	379	43	14	10	30	1.80
27054545--27054725	90	2.0	90	97	0	344	33	24	12	30	1.92
27058206--27058285	25	3.2	26	77	7	76	30	15	22	32	1.94
27063031--27063057	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
27063148--27063242	47	2.0	47	100	0	190	37	14	18	28	1.91
27071616--27071671	22	2.5	22	83	8	69	44	16	3	35	1.65
27071629--27071726	19	4.8	19	82	9	97	38	15	8	37	1.77
27071663--27071725	21	3.1	21	88	9	103	38	12	9	39	1.76
27102825--27102852	11	2.5	11	100	0	56	7	25	10	57	1.58
27110067--27110410	51	6.8	50	82	5	392	28	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27110068--27110410	102	3.4	102	90	2	496	28	26	16	28	1.97
27110879--27110937	30	1.9	30	83	10	75	28	20	6	44	1.77
27115331--27115391	26	2.2	29	83	13	76	34	1	4	59	1.29
27115331--27115406	29	2.8	27	82	13	77	34	2	3	59	1.30
27115649--27115698	24	2.2	24	82	13	61	36	2	2	60	1.20
27115879--27115922	18	2.5	17	82	17	54	25	0	4	70	1.06
27115932--27115960	15	1.9	15	100	0	58	20	3	13	62	1.46
27126882--27126930	26	1.9	26	88	12	75	16	14	8	61	1.56
27127914--27128585	44	15.3	44	71	9	388	30	15	23	29	1.96
27128073--27128459	89	4.4	89	88	3	476	30	15	24	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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