genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502828--2502891	19	3.5	18	85	12	78	37	3	0	59	1.13
2509036--2509101	31	2.1	31	85	2	87	24	4	7	63	1.40
2510038--2510079	20	2.0	21	86	9	59	50	4	0	45	1.23
2510854--2511019	91	1.8	91	86	2	244	22	13	19	43	1.86
2510921--2511305	106	3.8	100	79	7	418	26	11	20	40	1.87
2511256--2511361	56	1.9	56	88	3	160	24	9	22	43	1.83
2511157--2511444	156	1.8	155	82	3	362	28	10	19	41	1.85
2517102--2517128	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45
2529830--2529871	20	2.1	20	90	0	66	30	0	0	69	0.89
2530166--2530257	39	2.4	37	85	7	114	57	2	0	40	1.11
2533577--2533629	18	2.9	18	91	0	79	35	26	15	22	1.93
2533576--2533633	9	6.4	9	75	0	62	37	24	13	24	1.91
2533748--2533951	107	1.9	107	98	0	399	25	4	22	47	1.71
2534738--2534802	3	21.7	3	82	0	58	33	23	38	4	1.75
2534920--2534958	6	6.5	6	93	0	60	33	23	33	10	1.88
2534891--2534958	12	5.7	12	80	0	64	32	20	36	10	1.86
2535956--2535981	12	2.2	12	100	0	52	92	7	0	0	0.39
2536254--2536279	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
2543193--2543369	61	2.9	59	81	9	196	48	14	15	22	1.80
2543210--2543311	31	3.3	31	72	21	90	46	14	14	24	1.83
2549104--2549131	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
2552752--2552781	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565775--2565811	11	3.5	11	82	14	51	48	0	0	51	1.00
2571264--2571294	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2573041--2573124	31	2.8	29	75	10	80	35	11	14	38	1.83
2576968--2577040	31	2.4	31	79	4	87	53	2	1	42	1.23
2577442--2577477	18	2.0	19	89	10	58	27	0	0	72	0.85
2585477--2585515	20	1.9	21	85	15	55	74	2	10	12	1.17
2585620--2585653	16	2.1	16	94	0	59	35	17	20	26	1.95
2587699--2587728	10	3.0	10	90	0	51	36	0	13	50	1.42
2596956--2597032	19	4.1	19	73	20	72	33	0	5	61	1.19
2596953--2597054	29	3.6	28	76	15	102	33	0	6	58	1.31
2596971--2597115	19	7.5	19	70	13	75	32	1	4	61	1.26
2597066--2597115	18	2.5	20	87	9	68	28	2	0	70	0.99
2597257--2597297	7	5.7	7	91	2	55	39	0	0	60	0.96
2597246--2597297	22	2.3	23	80	12	63	38	0	0	61	0.96
2597359--2597399	21	2.0	21	95	0	73	24	19	14	41	1.89
2598111--2598224	54	2.1	55	93	3	194	21	34	14	28	1.94
2602196--2602263	29	2.3	30	80	16	79	32	11	5	50	1.63
2602911--2602953	17	2.6	17	88	3	70	53	9	0	37	1.33
2606409--2606433	13	1.9	13	100	0	50	64	8	4	24	1.38
2608440--2608478	20	2.1	19	85	9	53	48	5	7	38	1.54
2608908--2608965	3	19.3	3	85	0	80	63	1	3	31	1.21
2609441--2609468	12	2.3	12	100	0	56	0	42	35	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2610471--2610990	131	4.0	128	73	14	431	26	21	20	31	1.98
2610363--2610937	218	2.7	217	93	2	971	26	21	21	30	1.98
2610601--2610810	87	2.4	87	80	7	210	26	21	20	30	1.98
2610394--2610980	44	13.5	43	74	10	396	26	21	20	31	1.98
2623517--2623596	36	2.2	36	80	8	92	52	2	8	36	1.46
2623727--2623772	3	15.3	3	95	0	83	65	2	0	32	1.05
2633756--2633809	24	2.3	23	74	3	54	22	1	7	68	1.24
2640525--2640585	22	2.9	21	72	15	63	59	4	0	36	1.19
2640525--2640585	21	2.9	20	74	11	59	59	4	0	36	1.19
2640919--2640943	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2640941--2640983	19	2.2	20	91	4	70	37	0	0	62	0.95
2640940--2640991	20	2.7	19	82	5	52	34	0	5	59	1.21
2641374--2641398	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
2641799--2641859	23	2.6	23	75	17	63	26	3	6	63	1.34
2644253--2644303	13	3.9	13	73	0	57	35	7	21	35	1.83
2648133--2648180	25	2.0	23	84	8	60	41	29	6	22	1.78
2648624--2648676	26	2.0	26	85	7	72	45	15	7	32	1.74
2651311--2651365	19	2.8	20	83	10	69	23	0	10	65	1.24
2662896--2662965	31	2.2	32	80	12	83	50	7	14	28	1.69
2666196--2666267	31	2.4	30	81	4	81	41	9	9	38	1.71
2672948--2672977	14	2.1	14	100	0	60	40	20	6	33	1.78
2680868--2680902	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2682038--2682065	7	4.0	7	100	0	56	0	0	14	85	0.59
2693641--2693698	28	2.1	28	100	0	116	31	10	17	41	1.83
2695643--2695683	20	2.0	20	90	9	64	43	12	7	36	1.70
2698255--2698293	17	2.3	18	82	13	55	48	5	7	38	1.54
2698895--2698936	22	1.9	22	85	9	59	38	2	0	59	1.10
2698922--2699008	30	2.9	29	81	6	102	40	1	0	58	1.05
2698970--2699008	11	3.9	10	83	10	53	48	0	0	51	1.00
2698970--2698999	11	2.7	11	100	0	60	46	0	0	53	1.00
2702364--2702399	19	1.9	18	88	5	54	11	8	16	63	1.49
2704813--2704900	44	2.0	44	100	0	176	38	20	20	20	1.94
2716854--2716918	35	1.9	33	82	17	80	40	30	6	23	1.79
2717753--2717798	22	2.1	21	84	4	56	45	0	0	54	0.99
2720960--2721000	21	2.0	21	85	4	57	63	12	7	17	1.50
2723953--2723991	12	3.5	11	82	10	53	35	0	7	56	1.28
2730040--2730118	21	3.7	23	76	10	78	15	21	24	39	1.91
2736086--2736146	30	2.0	30	100	0	122	16	6	22	54	1.65
2741775--2741826	26	2.0	26	92	7	88	42	19	25	13	1.87
2745798--2745822	11	2.3	11	100	0	50	40	0	24	36	1.55
2745847--2745888	14	3.1	14	77	16	52	35	4	9	50	1.56
2746378--2746405	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
2753280--2753321	17	2.5	17	80	3	50	54	23	7	14	1.64
2754267--2754292	9	2.9	9	100	0	52	65	0	11	23	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2764295--2764323	13	2.2	13	100	0	58	37	6	0	55	1.27
2764408--2764436	13	2.2	13	100	0	58	37	6	0	55	1.27
2764223--2764540	113	2.8	114	96	0	593	37	12	12	37	1.81
2766658--2766728	19	3.8	19	84	13	87	38	8	16	36	1.80
2768199--2768389	98	1.9	98	95	0	346	27	10	24	37	1.89
2779855--2779897	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
2779855--2779897	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
2783939--2784031	18	5.2	18	92	0	150	31	17	24	26	1.97
2784564--2784606	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
2784564--2784606	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
2793823--2793890	33	2.1	33	100	0	136	27	20	20	30	1.98
2804148--2804358	105	2.0	105	97	0	395	41	15	9	34	1.78
2815090--2815148	30	2.0	30	100	0	118	33	3	25	37	1.73
2820538--2820568	6	5.2	6	100	0	62	83	0	0	16	0.64
2825074--2825133	15	4.0	15	71	12	52	70	5	1	23	1.16
2825808--2825834	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
2829077--2829198	27	4.5	27	74	8	104	23	23	32	19	1.97
2829414--2829453	3	13.3	3	89	0	62	32	0	5	62	1.17
2830288--2830332	18	2.5	18	92	0	72	31	4	48	15	1.65
2832740--2833294	162	3.5	159	75	14	591	29	10	9	50	1.69
2832685--2833459	319	2.4	318	93	2	1340	30	11	9	49	1.70
2833822--2833973	4	38.8	4	75	19	85	0	28	0	70	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2833817--2833973	10	16.2	10	70	21	88	0	29	0	70	0.92
2833794--2833972	31	6.2	28	70	25	94	0	29	0	69	0.92
2833857--2833923	14	4.6	14	75	14	73	0	26	0	73	0.84
2841090--2841131	17	2.5	17	92	3	68	64	2	0	33	1.07
2841883--2842149	43	6.3	43	92	1	430	22	20	31	25	1.98
2842554--2842614	31	2.0	31	83	3	79	37	13	11	37	1.80
2843653--2843706	20	2.7	20	80	5	56	24	53	14	7	1.66
2845046--2845084	18	2.2	17	86	13	53	12	5	5	76	1.11
2845233--2845578	111	3.2	109	89	2	541	30	15	18	35	1.92
2846654--2846692	13	2.9	13	84	3	51	51	12	0	35	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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