genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  88  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23919886--23919939	21	2.7	20	83	11	65	22	37	7	33	1.82
23923799--23923988	34	5.6	34	73	6	152	32	12	12	43	1.79
23923789--23923988	68	2.9	68	82	2	222	31	12	12	44	1.79
23938631--23938830	105	1.9	105	96	1	375	39	17	13	30	1.87
23940830--23940869	19	2.2	18	86	4	53	45	2	12	40	1.56
23940830--23940876	19	2.5	19	79	3	51	40	2	12	44	1.54
23940900--23940983	42	2.0	42	92	0	141	33	8	10	47	1.68
23951296--23951333	17	2.3	17	86	4	51	39	10	2	47	1.52
23958293--23958329	17	2.1	17	90	5	56	35	10	18	35	1.86
23958988--23959044	29	2.0	28	83	12	73	8	36	7	47	1.62
23961384--23961411	8	3.5	8	100	0	56	0	10	0	89	0.49
23961816--23961867	16	3.2	16	97	0	95	26	0	36	36	1.57
23961848--23961942	45	2.1	45	86	1	129	33	5	27	33	1.79
23962104--23962138	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23962062--23962134	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
23962251--23962285	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23962023--23962297	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
23962271--23962449	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
23962371--23962405	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
23962481--23962512	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
23962234--23962526	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
23962542--23962749	91	2.3	91	85	4	258	46	3	4	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23963265--23963294	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
23963555--23963585	14	2.2	14	100	0	62	45	29	6	19	1.75
23966177--23966209	17	1.9	17	93	0	57	15	9	27	48	1.74
23969141--23969191	13	3.9	13	81	0	66	35	21	7	35	1.83
23982853--23982904	25	2.1	25	89	7	79	17	25	13	44	1.85
23984410--23984563	18	8.9	18	68	18	85	42	0	1	55	1.16
23984408--23984591	10	20.0	10	63	24	50	43	0	2	53	1.16
23984345--23984832	120	4.1	120	95	0	841	43	1	4	50	1.29
23984650--23984685	18	2.0	18	100	0	72	33	0	0	66	0.92
23984769--23984803	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23984962--23985056	45	2.1	44	86	5	129	36	28	4	30	1.76
23985036--23985072	16	2.3	16	95	0	65	24	35	5	35	1.78
23985097--23985132	16	2.2	16	95	0	63	25	33	5	36	1.79
23984991--23985132	61	2.3	61	97	0	266	30	28	5	34	1.80
23987557--23987593	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
23996423--23996505	21	4.0	21	81	3	98	42	16	24	16	1.89
23996423--23996505	42	2.0	40	88	4	121	42	16	24	16	1.89
24002247--24002330	35	2.4	35	86	4	116	15	15	28	40	1.88
24010550--24010590	9	4.2	10	82	14	50	36	12	0	51	1.40
24016686--24017068	125	3.1	124	84	4	493	38	15	17	28	1.90
24020600--24020635	18	2.0	18	88	0	54	41	8	25	25	1.83
24022142--24022203	32	1.9	32	96	0	115	41	19	19	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24027029--24027180	61	2.5	61	81	3	155	21	14	26	37	1.92
24029444--24029474	10	3.1	10	95	0	53	19	0	6	74	1.03
24029438--24029474	15	2.6	14	87	8	56	21	0	5	72	1.04
24029870--24029940	36	2.0	36	100	0	142	29	19	25	25	1.99
24031655--24032400	248	3.0	248	99	0	1474	34	16	18	31	1.93
24033510--24033538	10	2.9	10	100	0	58	41	20	0	37	1.53
24046257--24046307	24	2.1	24	81	0	57	21	27	17	33	1.96
24046370--24046436	25	2.7	25	73	13	66	22	25	22	29	1.99
24051547--24051855	27	11.4	27	81	1	314	39	20	21	18	1.92
24051548--24051930	81	4.7	81	77	5	328	40	19	21	19	1.92
24051547--24051930	27	14.2	27	77	5	296	40	19	21	19	1.92
24052302--24052491	28	6.9	28	91	1	294	24	21	23	31	1.98
24052302--24052487	83	2.2	83	90	3	286	23	20	23	32	1.98
24053571--24053613	19	2.2	20	80	12	54	32	20	0	46	1.51
24054314--24054390	22	3.4	22	82	12	93	41	16	24	16	1.89
24054391--24054485	25	3.8	25	84	0	127	38	18	18	23	1.93
24054389--24054484	50	1.9	50	89	0	147	39	18	18	22	1.92
24058651--24058811	79	2.0	79	98	0	313	38	15	19	26	1.91
24064143--24064193	24	2.1	24	85	0	66	21	23	19	35	1.96
24067923--24067957	17	2.0	18	94	5	63	45	17	11	25	1.81
24075439--24075503	16	4.1	16	91	0	85	38	3	33	24	1.71
24075482--24075579	45	2.2	44	83	5	126	33	2	26	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24075835--24075886	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24075720--24076060	120	2.9	120	97	1	643	49	6	1	42	1.38
24075951--24075996	15	3.0	15	84	9	58	50	2	0	47	1.13
24085335--24085362	14	2.0	14	100	0	56	21	28	28	21	1.99
24087081--24087235	77	2.0	77	92	2	258	23	25	12	37	1.91
24091317--24091359	19	2.3	18	84	4	50	9	39	0	51	1.34
24103038--24103072	16	2.2	16	90	10	54	68	5	5	20	1.31
24111908--24111979	33	2.1	34	92	2	119	41	6	11	40	1.67
24115407--24115448	22	1.9	23	85	9	61	21	19	4	54	1.62
24115638--24115796	34	4.6	34	89	1	210	41	30	10	17	1.83
24115636--24115793	69	2.3	71	85	6	216	41	29	10	18	1.84
24119083--24119126	19	2.3	19	84	7	54	25	18	6	50	1.71
24120369--24120447	33	2.3	34	82	4	97	34	25	20	20	1.96
24120407--24120497	28	3.2	28	87	3	130	35	24	18	21	1.96
24120390--24120500	33	3.7	33	67	24	82	32	24	19	23	1.98
24120608--24120710	26	4.0	26	81	0	125	37	26	18	17	1.93
24120608--24120710	52	2.0	52	86	0	143	37	26	18	17	1.93
24120879--24121389	27	19.0	27	85	2	593	22	18	20	38	1.93
24122374--24122528	32	4.8	32	75	0	139	35	21	21	21	1.96
24122390--24122528	64	2.2	64	90	0	215	35	23	20	20	1.96
24122532--24122583	26	2.0	26	88	0	77	40	26	19	13	1.88
24122733--24122791	24	2.5	24	77	0	73	42	22	5	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24122822--24122879	27	2.2	26	81	3	62	22	15	27	34	1.94
24122834--24122890	27	2.1	27	83	6	71	17	17	26	38	1.92
24122851--24123033	81	2.3	81	80	5	192	19	16	23	39	1.92
24122893--24123114	27	8.3	27	75	5	146	22	15	19	41	1.89
24126563--24127072	256	2.0	260	91	3	843	40	10	20	29	1.84
24131204--24131382	92	1.9	93	94	1	315	32	13	21	32	1.92
24134516--24134552	13	2.8	13	83	0	56	35	0	24	40	1.55
24135446--24135490	24	1.9	24	90	4	74	26	31	31	11	1.91
24135800--24135834	12	3.0	12	91	4	54	34	0	8	57	1.29
24139465--24139505	21	2.0	21	95	0	73	36	7	12	43	1.70
24147536--24147787	27	9.3	27	80	3	276	42	21	18	17	1.89
24147970--24148037	26	2.6	26	79	4	75	17	17	23	41	1.90
24148150--24148204	28	2.0	28	96	0	101	21	25	21	30	1.98
24156372--24156595	27	8.3	27	78	7	197	41	18	20	18	1.90
24156372--24156595	54	4.1	54	78	4	218	41	18	20	18	1.90
24156372--24156595	81	2.8	79	76	10	220	41	18	20	18	1.90
24156844--24156916	28	2.6	28	82	0	92	19	21	27	31	1.97
24165260--24165503	40	6.1	39	86	3	301	33	19	29	18	1.95
24165263--24165502	120	2.0	120	87	3	349	34	19	29	17	1.94
24171539--24171599	26	2.3	26	88	0	86	36	14	14	34	1.87
24179927--24180020	31	3.0	31	82	0	125	32	18	22	26	1.97
24182567--24182599	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24186550--24186658	40	2.7	40	85	4	130	40	13	27	18	1.88
24186571--24186658	40	2.2	40	91	0	140	37	13	30	18	1.89
24186750--24186847	48	2.0	48	88	3	144	18	26	7	47	1.74
24186758--24186860	48	2.1	48	82	3	118	24	25	6	43	1.78
24190118--24190337	71	3.1	71	77	4	244	35	4	14	46	1.65
24190262--24190450	99	1.9	99	85	2	263	34	7	15	42	1.75
24190379--24190594	72	3.0	71	76	8	204	32	6	14	46	1.69
24190865--24190908	20	2.3	18	81	11	52	29	2	2	65	1.16
24194423--24194665	50	4.8	50	87	0	342	25	22	30	20	1.98
24201996--24202288	50	5.8	50	88	0	406	26	21	30	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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