genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  189  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56066233--56066310	21	3.7	21	77	17	90	37	6	15	41	1.73
56066232--56066310	19	3.7	22	78	14	78	36	6	16	40	1.74
56066276--56066321	23	2.0	23	87	4	67	32	4	15	47	1.65
56066487--56066520	15	2.2	16	89	5	52	11	8	5	73	1.24
56066913--56066965	20	2.9	18	78	13	63	37	9	0	52	1.34
56066918--56066963	20	2.3	20	84	0	65	36	8	0	54	1.32
56066868--56067067	104	1.9	104	90	2	323	34	9	4	53	1.51
56078510--56078664	47	3.3	47	79	5	143	43	20	13	22	1.86
56079246--56079371	43	3.0	42	83	4	155	29	26	15	28	1.96
56081082--56081227	41	3.5	41	88	2	204	23	29	18	28	1.98
56081750--56081782	12	2.8	12	90	4	50	51	9	3	36	1.49
56081573--56082109	222	2.4	222	97	0	1011	41	14	2	40	1.61
56081972--56082004	6	5.7	6	85	7	50	51	12	0	36	1.39
56081573--56082110	112	4.8	112	94	1	958	41	14	2	40	1.61
56088327--56088464	41	3.3	41	88	1	195	25	27	17	29	1.97
56088875--56088907	12	2.8	12	90	4	50	51	9	3	36	1.49
56088808--56089246	112	3.8	112	91	4	743	41	15	2	40	1.61
56088886--56089249	120	3.1	119	90	6	616	42	14	2	40	1.58
56088808--56089249	232	1.9	232	97	0	839	41	14	2	40	1.61
56089739--56089767	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
56102074--56102116	9	4.4	9	78	16	50	72	0	25	2	0.97
56102076--56102113	3	12.7	3	88	0	58	68	0	28	2	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56102493--56102563	25	2.8	25	77	14	74	32	4	2	60	1.30
56102431--56102566	67	2.0	65	81	6	157	32	5	4	58	1.40
56104870--56104946	33	2.3	33	80	14	88	25	15	20	37	1.92
56106662--56106707	25	1.9	23	82	8	56	36	10	6	45	1.65
56108489--56108613	40	3.2	38	82	5	144	38	21	19	20	1.94
56108664--56108818	41	3.8	41	90	1	231	21	23	25	29	1.99
56109914--56109973	7	8.7	7	81	3	59	16	1	40	41	1.58
56111551--56111763	114	1.9	113	87	2	311	24	22	26	26	2.00
56111755--56113992	146	15.2	146	90	4	3440	43	14	16	25	1.85
56111755--56113992	294	7.6	293	90	5	3457	43	14	16	25	1.85
56113511--56113992	148	3.2	148	92	5	805	44	14	15	25	1.84
56114370--56114401	15	2.0	17	88	11	50	46	0	3	50	1.17
56114505--56114536	14	2.3	14	94	0	55	31	0	31	37	1.58
56114559--56114608	14	3.7	14	86	5	59	20	0	40	40	1.52
56114659--56114965	82	3.6	81	75	15	276	28	1	24	45	1.64
56115070--56115103	10	3.5	10	88	8	52	64	0	5	29	1.17
56115087--56115140	17	3.4	15	78	17	56	79	0	1	18	0.82
56115087--56115130	22	2.0	22	86	8	63	79	0	0	20	0.73
56115088--56115140	10	5.2	10	80	8	54	81	0	1	16	0.79
56115135--56115233	47	2.1	48	83	5	121	46	11	1	41	1.46
56117081--56117131	26	2.0	26	88	0	75	27	11	17	43	1.84
56118729--56118775	21	2.2	21	84	0	58	40	12	0	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56118981--56119158	42	4.3	40	80	7	169	32	20	21	25	1.98
56121961--56122052	43	2.1	43	85	0	130	21	16	31	30	1.95
56123433--56123461	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
56123753--56123818	32	2.1	32	94	2	116	48	10	9	31	1.69
56127725--56127800	33	2.3	33	100	0	152	44	5	32	17	1.71
56129686--56129732	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
56130032--56130092	32	1.9	32	96	3	115	45	13	8	32	1.72
56134899--56134946	14	3.4	14	78	18	55	47	0	2	50	1.12
56136565--56136684	41	2.9	41	86	0	150	27	19	22	30	1.98
56136881--56136905	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
56142640--56142688	25	2.0	25	84	8	64	44	0	4	51	1.20
56144309--56144428	41	2.9	41	86	0	150	27	19	22	30	1.98
56144625--56144649	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
56145916--56146354	221	2.0	220	91	3	713	33	18	13	33	1.90
56148370--56148951	44	12.9	44	71	14	346	28	21	19	30	1.97
56148265--56148957	227	3.1	227	91	0	1073	28	20	19	31	1.97
56148332--56148984	183	3.6	180	75	10	503	28	21	19	31	1.97
56149071--56149168	51	1.9	51	89	0	151	29	22	16	31	1.96
56149077--56149184	51	2.1	51	82	0	126	29	22	14	33	1.94
56148960--56149439	261	1.8	260	89	0	744	27	23	17	30	1.97
56150666--56150711	19	2.4	19	89	7	67	0	17	0	82	0.67
56150665--56150711	16	3.0	16	77	22	55	0	19	0	80	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56150669--56150709	13	3.1	13	89	10	57	0	17	0	82	0.66
56155280--56155719	221	2.0	219	92	1	729	34	17	13	34	1.89
56156654--56156759	41	2.6	41	83	7	135	21	28	36	13	1.91
56158624--56158667	19	2.5	17	81	7	52	22	6	6	63	1.43
56161345--56161396	23	2.3	24	80	12	65	34	3	1	59	1.27
56169668--56169708	20	2.0	21	86	13	59	58	0	7	34	1.26
56171391--56171511	45	2.7	45	81	2	145	24	23	20	30	1.99
56171554--56171808	44	5.9	43	74	8	212	29	21	17	31	1.96
56171468--56171855	173	2.2	172	84	2	490	29	22	17	30	1.96
56171479--56171759	85	3.3	85	75	7	262	32	22	15	30	1.94
56172717--56172765	25	1.9	26	87	4	73	61	10	14	14	1.57
56184203--56184248	12	3.7	12	88	11	74	54	0	6	39	1.26
56184191--56184256	26	2.5	26	85	14	98	53	0	7	39	1.30
56187720--56187755	17	2.1	17	94	0	63	41	8	5	44	1.58
56188573--56188610	15	2.4	16	95	4	69	18	5	10	65	1.41
56192338--56192606	90	3.0	90	80	0	286	34	14	24	26	1.94
56196368--56196410	22	2.0	22	85	0	59	37	2	2	58	1.24
56196449--56196483	12	2.9	12	91	0	61	42	11	0	45	1.40
56196403--56196588	95	1.9	95	82	7	234	36	7	1	54	1.39
56197951--56198020	31	2.3	30	90	4	106	18	20	28	32	1.96
56198021--56198260	43	5.6	43	82	4	279	32	30	16	21	1.95
56198029--56198260	86	2.7	84	87	4	313	31	30	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56198639--56198724	43	2.0	43	88	4	129	45	10	9	34	1.71
56201660--56202058	148	2.7	148	90	1	584	29	11	14	44	1.80
56202923--56202985	28	2.2	29	80	8	76	38	42	0	19	1.51
56204514--56204636	40	3.1	39	81	4	131	24	17	18	39	1.92
56214383--56214505	45	2.8	45	92	1	203	42	21	20	16	1.89
56216271--56216444	45	3.9	45	78	6	167	31	21	21	25	1.98
56216553--56216653	51	2.0	51	86	3	141	32	20	21	24	1.98
56216678--56217099	44	9.6	45	72	11	261	30	21	22	26	1.99
56216147--56216908	404	1.9	403	91	1	1242	31	19	22	26	1.98
56216721--56217152	218	2.0	218	88	2	636	31	20	21	27	1.98
56221918--56221992	33	2.3	32	80	10	82	34	6	2	56	1.40
56226283--56226343	30	2.0	30	100	0	122	34	6	13	45	1.69
56228542--56228574	17	1.9	17	100	0	66	39	12	12	36	1.80
56233054--56233103	24	2.1	24	88	0	73	34	20	2	44	1.63
56235367--56235400	2	17.0	2	93	0	59	0	52	0	47	1.00
56243109--56243167	5	11.4	5	82	12	66	22	1	0	76	0.88
56243109--56243174	26	2.5	28	76	16	77	22	1	0	75	0.88
56243116--56243175	20	3.0	20	77	18	61	25	1	0	73	0.93
56244410--56244459	24	2.2	21	78	21	57	76	4	0	20	0.95
56244423--56244469	20	2.3	20	85	0	58	76	4	2	17	1.04
56247961--56248015	21	2.8	18	78	21	58	76	0	3	20	0.94
56264472--56264520	20	2.4	20	80	13	55	44	6	8	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56283089--56283149	31	2.0	31	83	0	77	44	22	8	24	1.80
56283047--56283592	184	3.0	184	87	1	756	43	19	8	28	1.80
56285779--56285809	16	1.9	16	93	0	53	45	12	12	29	1.80
56299501--56299545	15	3.2	15	76	23	53	26	0	17	55	1.42
56301626--56301907	138	2.0	139	99	0	557	28	19	12	40	1.87
56304855--56304890	17	2.1	17	89	0	54	27	33	19	19	1.96
56311275--56312016	48	15.5	48	73	13	430	23	19	23	34	1.96
56311307--56311942	105	6.6	98	76	13	390	22	18	23	35	1.96
56311446--56311639	57	3.6	57	79	12	253	20	17	25	37	1.94
56311402--56311696	105	2.8	104	93	2	479	22	18	23	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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