genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14418721--14418797	11	6.9	11	80	14	54	45	1	29	23	1.61
14418721--14418797	22	3.5	21	77	13	75	45	1	29	23	1.61
14422719--14422790	3	24.0	3	100	0	144	66	0	33	0	0.92
14423790--14423838	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
14432225--14432321	22	4.3	22	78	19	110	28	34	1	36	1.65
14432227--14432322	48	2.0	50	93	4	169	30	33	1	35	1.65
14432355--14432421	32	2.2	32	94	5	120	32	0	0	67	0.91
14434760--14435171	30	13.2	30	80	14	451	45	25	0	29	1.56
14434736--14435171	66	6.9	63	82	12	476	45	25	0	29	1.56
14434923--14434970	24	2.0	23	92	4	78	43	25	0	31	1.55
14435061--14435172	56	2.0	56	96	0	206	48	22	0	28	1.57
14435099--14435155	26	2.2	26	90	3	89	47	22	0	29	1.52
14435168--14435325	56	2.8	56	99	0	307	35	10	10	43	1.75
14438421--14438700	124	2.3	124	93	2	474	34	21	14	29	1.93
14454338--14454395	27	2.1	27	83	3	71	31	18	3	46	1.66
14455495--14455526	15	2.0	17	88	11	50	18	0	6	75	1.01
14456467--14456508	22	1.9	22	85	0	57	30	28	0	40	1.57
14462477--14462627	73	2.1	73	89	2	232	35	15	13	35	1.88
14463375--14463438	29	2.1	31	94	5	114	51	1	3	43	1.26
14464574--14464759	85	2.1	84	85	7	237	45	10	3	40	1.54
14469259--14469371	60	1.9	60	85	3	156	22	23	23	30	1.99
14470384--14470425	3	14.3	3	95	5	77	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14471311--14471349	15	2.7	15	92	4	62	61	30	7	0	1.24
14471311--14471356	15	3.1	15	87	6	58	60	30	6	2	1.34
14471458--14471509	24	2.2	24	85	0	68	57	9	1	30	1.42
14472137--14472178	6	7.0	6	88	0	66	47	33	0	19	1.49
14473560--14473628	16	4.3	16	92	0	120	40	5	33	20	1.76
14473772--14473858	19	4.6	20	72	20	53	58	0	0	41	0.98
14473782--14473814	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
14473759--14473871	21	5.1	21	68	21	70	55	0	0	42	1.12
14473805--14473879	29	2.5	31	75	12	75	53	2	0	44	1.14
14473772--14473900	56	2.3	57	80	11	149	54	3	0	42	1.16
14474150--14474311	77	2.1	77	96	0	297	42	10	6	40	1.64
14476051--14476240	94	2.0	94	100	0	380	31	22	16	29	1.96
14476274--14476335	31	2.0	31	93	6	108	51	17	4	25	1.65
14477446--14477648	108	1.9	108	96	0	379	39	14	10	35	1.80
14497888--14498009	42	2.9	42	84	4	140	15	22	18	43	1.87
14497932--14497989	21	2.8	21	72	0	62	17	25	17	39	1.91
14497978--14498018	21	2.0	21	85	0	55	14	17	21	46	1.84
14502244--14502293	25	2.0	25	84	0	64	30	18	26	26	1.98
14502278--14502426	24	6.0	24	68	10	77	34	16	27	21	1.95
14502519--14502566	24	2.0	24	83	4	60	33	18	25	22	1.97
14512033--14512069	4	9.2	4	88	11	58	75	0	0	24	0.80
14512030--14512069	13	2.8	15	77	14	57	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14512062--14512244	73	2.5	73	79	2	188	59	6	8	26	1.51
14514617--14514879	101	2.6	101	85	1	332	30	15	26	28	1.96
14526886--14527002	60	2.0	60	86	1	164	32	9	21	36	1.85
14547451--14547495	24	2.0	24	87	12	69	64	0	2	33	1.06
14552868--14552911	20	2.1	21	87	4	63	27	2	0	70	0.99
14552868--14552916	21	2.4	20	86	3	62	28	2	2	67	1.13
14556389--14556421	5	6.4	5	93	6	57	0	39	0	60	0.97
14556385--14556421	16	2.3	16	95	0	65	0	40	0	59	0.97
14558522--14558775	126	2.0	126	99	0	499	26	18	24	29	1.98
14568357--14568401	21	2.1	22	84	12	58	6	20	0	73	1.05
14570888--14570919	16	2.0	16	93	0	55	28	15	12	43	1.83
14576205--14576234	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
14577536--14577574	21	1.9	20	84	5	51	58	2	5	33	1.33
14579356--14579414	20	3.0	20	82	12	77	66	0	33	0	0.92
14579355--14579414	3	19.7	3	80	10	68	65	0	35	0	0.93
14579445--14579483	20	2.0	20	85	10	53	64	2	30	2	1.21
14582791--14582884	49	1.9	49	88	0	143	42	8	25	23	1.82
14583780--14583854	23	3.3	23	88	0	78	26	22	14	36	1.93
14583795--14583860	23	2.9	23	88	0	105	24	21	18	36	1.95
14590030--14590191	68	2.4	69	82	5	186	17	21	22	38	1.93
14595819--14595933	43	2.7	43	80	8	117	26	29	20	23	1.99
14600577--14600639	25	2.5	25	82	10	83	22	12	17	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14600775--14600835	30	2.0	30	100	0	122	19	19	16	44	1.87
14602855--14602927	38	1.9	37	86	8	103	31	19	1	47	1.58
14603028--14603349	45	7.2	45	88	0	432	34	25	16	23	1.95
14607884--14607941	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
14608153--14608184	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
14608279--14608520	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
14608279--14608528	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
14613060--14613124	32	2.0	32	100	0	130	33	3	29	33	1.73
14613756--14613829	34	2.1	35	82	2	87	21	24	24	29	1.99
14617901--14617930	8	3.8	8	100	0	60	23	0	0	76	0.78
14617915--14617965	21	2.5	19	81	12	57	31	1	1	64	1.15
14620293--14620324	6	5.3	6	96	0	55	12	50	18	18	1.78
14628765--14628804	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
14631754--14631787	18	1.9	17	94	5	59	41	0	58	0	0.98
14633163--14633231	27	2.6	27	85	0	93	18	34	28	17	1.94
14633284--14633426	4	36.2	4	72	21	65	68	0	31	0	0.90
14633283--14633425	38	3.7	38	79	13	150	68	0	31	0	0.90
14633284--14633421	10	13.8	10	67	17	72	68	0	31	0	0.90
14633751--14634310	158	3.5	160	75	12	582	52	6	9	30	1.60
14636054--14636092	6	6.5	6	87	0	51	28	51	20	0	1.48
14639624--14639746	39	3.1	37	76	13	122	49	12	4	33	1.61
14639654--14639740	37	2.3	38	84	5	106	49	12	4	33	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14646052--14646090	18	2.1	18	86	13	53	33	0	2	64	1.08
14646752--14646811	30	2.0	30	96	0	111	56	15	3	25	1.54
14646848--14646874	14	1.9	14	100	0	54	51	14	7	25	1.68
14653057--14653122	25	2.7	24	81	6	69	6	22	15	56	1.61
14653082--14653121	20	2.0	20	85	0	53	2	25	17	55	1.55
14658953--14658984	9	3.7	9	91	8	57	68	0	0	31	0.90
14658951--14658983	8	4.1	8	88	11	50	66	0	0	33	0.92
14663908--14663979	36	2.0	36	97	0	135	43	29	0	27	1.56
14664950--14664980	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
14670246--14670349	39	2.7	39	77	5	104	26	6	24	42	1.79
14674110--14674490	69	5.5	69	80	0	276	20	20	24	33	1.97
14674108--14674603	138	3.6	139	77	3	450	20	20	24	33	1.97
14674035--14674605	69	8.3	68	74	4	225	20	20	25	34	1.97
14674179--14674572	207	1.9	207	79	2	450	20	20	25	33	1.97
14682858--14682910	26	2.0	26	96	0	97	33	13	11	41	1.80
14688307--14688381	39	1.9	38	84	10	98	56	1	4	38	1.27
14691456--14691554	31	3.3	31	70	18	91	51	19	11	18	1.75
14692714--14692780	30	2.2	30	82	10	75	35	26	4	32	1.77
14698627--14698758	62	2.1	63	94	2	232	23	9	15	52	1.71
14699358--14699735	195	1.9	196	88	2	564	39	8	15	35	1.79
14702583--14702643	24	2.5	24	86	7	79	59	1	0	39	1.08
14702575--14702643	25	2.8	25	85	8	81	59	1	0	39	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14712186--14712268	37	2.3	37	87	6	116	18	14	30	37	1.90
14720076--14720110	16	2.2	16	90	10	54	25	28	5	40	1.78
14727008--14727196	59	3.2	57	68	19	152	41	3	3	51	1.35
14726957--14727294	120	2.7	124	85	10	462	43	2	4	49	1.36
14727035--14727233	66	3.2	64	67	19	177	41	3	6	49	1.42
14726997--14727294	120	2.5	120	93	1	508	42	2	4	50	1.36
14727070--14727257	61	3.1	61	69	14	190	42	1	6	49	1.38
14727122--14727173	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
14727071--14727254	59	3.1	58	67	22	155	42	1	6	49	1.38
14727238--14727272	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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