genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  5  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1473864--1473913	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1478501--1478550	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1481889--1481927	18	2.2	18	95	0	69	30	12	12	43	1.81
1497912--1497972	19	3.1	19	86	9	79	49	1	0	49	1.10
1509881--1510030	51	2.9	51	80	4	176	24	15	28	32	1.95
1509881--1510073	102	1.9	103	80	5	230	23	18	27	30	1.98
1524223--1524304	39	2.1	39	93	0	137	34	30	13	21	1.92
1555159--1555196	20	1.9	20	89	10	60	44	0	5	50	1.24
1559027--1559110	44	1.9	44	83	9	109	59	5	1	33	1.29
1562060--1562100	21	2.0	21	90	9	66	26	17	26	29	1.97
1567978--1568067	36	2.5	36	87	0	126	33	15	22	28	1.95
1567978--1568070	18	5.2	18	80	0	105	33	15	22	29	1.94
1573557--1573664	6	18.0	6	98	0	207	33	0	16	49	1.53
1577231--1577260	6	5.0	6	91	0	51	0	33	30	36	1.58
1584059--1584104	24	1.9	24	86	8	67	21	4	28	45	1.71
1584796--1584848	26	2.0	26	92	0	88	49	3	16	30	1.64
1592638--1592677	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1592623--1592689	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
1593793--1593844	17	3.1	16	80	8	50	63	0	0	36	0.95
1603603--1603668	31	2.1	31	83	5	80	37	13	13	34	1.84
1608643--1608686	14	3.2	14	90	9	65	50	0	2	47	1.13
1616287--1616323	3	12.3	3	88	0	56	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1618497--1618558	25	2.5	25	94	2	108	38	20	25	14	1.91
1618619--1618668	27	1.9	25	88	8	73	34	20	26	20	1.96
1618587--1618678	25	3.6	26	73	15	77	33	18	28	19	1.95
1619088--1619138	21	2.4	21	83	6	59	43	19	0	37	1.51
1619637--1619669	17	1.9	17	88	11	50	24	9	0	66	1.20
1621134--1621169	18	2.1	18	89	5	56	58	0	0	41	0.98
1622551--1622643	43	2.1	43	90	5	143	37	15	30	17	1.90
1623303--1623338	19	1.9	19	88	5	56	38	0	5	55	1.23
1623279--1623329	24	2.0	26	85	7	70	45	3	1	49	1.32
1623295--1623375	41	2.0	41	83	13	105	45	0	6	48	1.27
1623308--1623392	20	4.3	19	75	11	73	38	0	7	54	1.28
1623462--1623488	9	3.0	9	100	0	54	33	11	11	44	1.75
1627803--1627861	31	1.9	31	93	6	102	40	8	10	40	1.69
1631278--1631337	26	2.3	27	88	2	86	15	6	11	66	1.42
1642939--1642969	12	2.5	12	94	5	53	45	6	9	38	1.63
1643508--1643562	23	2.5	22	80	11	69	65	0	1	32	1.03
1644810--1644883	24	3.0	24	73	15	71	60	8	0	31	1.25
1658417--1658490	32	2.4	31	82	13	89	35	10	8	45	1.69
1659019--1659048	13	2.4	12	89	10	51	0	0	10	90	0.47
1659402--1659442	17	2.3	19	80	16	52	63	12	2	21	1.40
1659610--1659652	22	2.0	22	86	9	61	72	13	9	4	1.26
1660258--1660312	25	2.1	27	83	10	69	60	9	9	21	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1666129--1666218	30	3.0	30	85	4	119	34	2	0	63	1.07
1666142--1666218	30	2.5	30	89	8	120	35	2	0	62	1.09
1666166--1666200	17	2.0	18	94	5	63	37	0	0	62	0.95
1667412--1667454	19	2.3	19	79	0	50	72	2	0	25	0.97
1669181--1669232	20	2.6	19	76	11	59	63	1	1	32	1.16
1669692--1669866	94	1.9	94	93	0	305	36	24	9	29	1.88
1675642--1675703	31	2.0	31	90	0	97	35	16	8	40	1.78
1676307--1676344	19	2.0	20	94	5	69	36	18	7	36	1.80
1681957--1682259	150	2.0	150	100	0	606	25	13	16	44	1.84
1691271--1691320	23	2.2	22	82	7	55	12	12	10	66	1.46
1698432--1698475	23	1.9	23	90	0	70	29	2	29	38	1.69
1701055--1701584	80	6.6	79	78	7	471	41	20	13	23	1.88
1701061--1701612	159	3.4	160	77	7	492	42	20	13	22	1.88
1709507--1710254	146	5.0	146	81	8	717	51	16	15	17	1.77
1709514--1710173	305	2.2	298	82	9	811	52	14	15	17	1.76
1711176--1711236	31	2.0	31	83	0	77	32	8	13	45	1.72
1713823--1713854	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1713949--1714190	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
1713949--1714198	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
1716631--1716658	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
1716942--1716974	16	2.1	16	100	0	66	12	12	15	60	1.59
1718636--1718697	5	12.2	5	85	14	83	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1718639--1718689	3	19.0	3	75	22	51	39	0	0	60	0.97
1718706--1718801	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
1718748--1718823	17	4.3	18	73	9	59	67	5	27	0	1.12
1719512--1719569	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
1719781--1719812	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1719907--1720148	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
1719907--1720156	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
1725329--1725444	60	1.9	60	92	0	196	34	9	18	37	1.83
1729161--1729219	30	2.0	28	87	6	82	55	3	15	25	1.55
1733821--1733846	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
1734057--1734115	29	2.0	29	96	0	109	30	35	6	27	1.83
1737744--1738272	241	2.2	235	85	6	699	30	14	15	38	1.88
1749522--1749600	39	1.9	40	87	12	115	34	1	0	64	1.02
1749563--1749617	28	2.0	28	82	6	69	30	0	3	65	1.10
1751205--1751233	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1760783--1760827	22	2.0	24	86	8	67	26	6	0	66	1.16
1766198--1766255	18	3.2	18	73	22	50	31	0	3	65	1.09
1768338--1768395	10	5.6	10	72	8	53	20	1	18	58	1.48
1768327--1768374	22	2.2	22	92	0	78	14	2	14	68	1.30
1772169--1772301	66	2.0	66	100	0	266	25	6	16	51	1.67
1773580--1773641	5	13.0	5	79	16	60	80	3	14	1	0.91
1773581--1773641	9	6.6	9	76	14	52	80	3	14	1	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1773573--1773639	33	2.0	34	97	2	127	79	5	11	2	1.03
1774767--1774884	59	2.0	59	100	0	236	20	8	25	45	1.79
1778712--1778766	18	3.1	18	72	12	60	61	12	1	23	1.40
1778796--1778838	21	2.0	22	82	13	54	62	13	18	4	1.48
1782534--1782782	50	4.8	50	84	4	275	20	29	23	26	1.99
1782533--1782782	100	2.4	104	87	6	348	21	29	23	26	1.99
1782877--1782908	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1783120--1783177	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1783866--1783941	17	4.3	18	73	9	59	0	27	5	67	1.12
1783888--1783982	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
1784000--1784050	3	19.0	3	77	22	60	62	0	0	37	0.95
1784003--1784053	5	9.8	5	93	6	84	62	0	0	37	0.95
1783992--1784053	31	2.0	30	90	9	99	61	0	0	38	0.96
1784003--1784062	21	2.9	21	87	9	70	63	1	0	35	1.05
1785706--1785758	26	2.0	26	100	0	106	50	15	11	22	1.75
1786037--1786064	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
1788496--1788744	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
1788495--1788744	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
1788839--1788870	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1789082--1789139	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1789823--1789948	41	3.0	41	82	11	141	0	27	6	65	1.16
1789966--1790016	3	18.0	3	77	18	56	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1789960--1790016	11	5.0	12	82	18	77	59	0	0	40	0.97
1789958--1790019	5	12.2	5	79	20	67	59	0	0	40	0.97
1789958--1790028	37	1.9	37	83	11	92	60	1	0	38	1.06
1789958--1790019	13	4.8	13	82	13	76	59	0	0	40	0.97
1795507--1795574	36	1.9	36	90	3	111	30	1	0	67	0.99
1816972--1817000	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1819307--1819379	31	2.4	31	80	0	83	27	9	13	49	1.73
1822267--1822304	6	6.3	6	100	0	76	65	0	0	34	0.93
1827294--1827321	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
1830435--1830503	32	2.2	32	89	5	104	24	8	5	60	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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